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판례 / 피고에 대한 제2차 납세의무 지정 및 납부통지가 당연무효가 된다고 볼 수 없음
판례 정보 서울행정법원 일반행정

피고에 대한 제2차 납세의무 지정 및 납부통지가 당연무효가 된다고 볼 수 없음

원고는 주식회사 CCCCCC의 과점주주가 아니라며, 피고가 2021년 1월 8일 원고를 제2차 납세의무자로 지정하여 한 부가가치세 및 법인세 부과처분의 무효 확인을 구하였다. 본문에 따르면 이 사건 회사는 2019년경부터 부가가치세와 법인세를 체납하였고, 2020년 11월 20일 제출된 법인세 수정신고서와 주식등변동상황명세서에는 원고가 2016년 3월경부터 회사 지분 66.67%를 보유한 것으로 기재되어 있었다. 법원은 주식등변동상황명세서와 등기사항전부증명서 등 자료에 비추어 피고가 원고를 과점주주로 볼 만한 객관적 사정이 있었고, 원고 주장처럼 명의도용이나 신주발행서류 위조가 있었는지는 사실관계를 정확히 조사해야 밝혀질 사항이므로 처분 하자가 외관상 명백하다고 볼 수 없다고 판단하였다. 이에 법원은 이 사건 각 처분이 당연무효라고 볼 수 없다며 원고의 청구를 모두 기각하였다.

서울행정법원-2025-구합-53385 2026.03.26 마지막 업데이트 2026.05.23

기본 정보

법원
서울행정법원
사건번호
서울행정법원-2025-구합-53385
사건구분
구합
선고일
2026.03.26
상단 광고
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목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 원고를 국세기본법 제39조 제1항 제2호의 과점주주로 보아 제2차 납세의무를 부담시키는 것이 가능한지 여부
  • 원고 명의의 신주발행서류가 위조되어 주주명의가 도용되었다는 주장이 이 사건 각 처분의 무효사유가 되는지 여부
  • 과세관청이 주식등변동상황명세서, 수정신고서, 법인등기부등본 등을 근거로 원고를 주주로 인정한 데 객관적 사정이 있었는지 여부
  • 이 사건 각 처분의 하자가 중대하고도 외관상 명백하여 당연무효라고 볼 수 있는지 여부

판례 포인트

  • 과점주주 해당 여부는 회사 경영 관여 여부만으로 판단하지 않고 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 여부를 기준으로 판단한다고 보았다.
  • 과세관청은 주주명부, 주식등변동상황명세서, 법인등기부등본 등의 자료로 주식 소유사실을 입증할 수 있고, 명의도용이나 차명등재를 주장하는 경우 그 명의자가 이를 입증하여야 한다는 법리를 재확인하였다.
  • 과세대상이 아닌 사실관계에 대한 과세처분이라도, 이를 과세대상으로 오인할 만한 객관적 사정이 있고 정확한 사실조사를 거쳐야만 오류가 밝혀지는 경우에는 당연무효로 보기 어렵다고 판단하였다.
  • 주식등변동상황명세서상 지분 66.67% 기재와 사내이사 등기 경력은 과세관청이 원고를 과점주주로 볼 만한 객관적 사정으로 평가되었다.
  • 본세뿐 아니라 가산세가 포함된 처분이라도 전체 처분이 무효가 아닌 이상 원고가 다투는 본세 부분만 별도로 무효로 보지 않았다.

자주 묻는 질문

Q 주주명의 도용을 주장하면 제2차 납세의무 지정이 바로 무효가 되나요?

A 서울행정법원은 주주명의 도용 주장이 있다는 사정만으로 제2차 납세의무 지정 및 납부통지가 당연무효가 된다고 보지 않았습니다. 세무서에 원고를 과점주주로 볼 객관적 자료가 있었고, 실제로 명의가 도용되었는지는 정확한 사실조사가 있어야 밝혀질 수 있다고 판단했습니다. 그래서 하자가 중대하더라도 외관상 명백하다고 단정하기 어렵다고 보았습니다.

Q 이 사건에서 세무서는 왜 원고를 과점주주로 보고 제2차 납세의무자로 지정했나요?

A 판결문에 따르면 회사가 제출한 2020년 11월 20일자 수정신고서와 주식등변동상황명세서에는 원고가 2016년 3월경부터 회사 지분 66.67%를 보유한 것으로 기재되어 있었습니다. 등기사항전부증명서에도 원고가 일정 기간 사내이사로 등기된 사실이 있었습니다. 법원은 이런 자료를 바탕으로 세무서가 원고를 과점주주로 볼 만한 객관적 사정이 있었다고 보았습니다.

Q 회사 경영에 직접 관여하지 않았어도 과점주주로 판단될 수 있나요?

A 판결문이 인용한 법리에 따르면 과점주주 해당 여부는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지로 판단합니다. 그래서 구체적으로 회사 경영에 관여한 사실이 없다는 사정만으로 과점주주가 아니라고 볼 수는 없다고 했습니다. 다만 명의도용이나 차명 등 특별한 사정이 있으면 별도의 입증 문제가 남을 수 있습니다.

Q 주주명부나 주식변동 자료에 이름이 있으면 실제 주주로 추정되나요?

A 판결문은 과세관청이 주주명부, 주식이동상황명세서, 법인등기부등본 같은 자료로 주식 소유사실을 입증할 수 있다고 보았습니다. 이런 자료에 비추어 일견 주주로 보이면 과세처분의 기초가 될 수 있습니다. 다만 실제로는 명의도용이나 차명 등이라는 사정이 있다면, 주주가 아니라고 주장하는 명의자가 그 점을 입증해야 한다는 취지입니다.

Q 서울행정법원 2025구합53385 사건에서 원고 청구는 받아들여졌나요?

A 서울행정법원은 2026년 3월 26일 선고한 2025구합53385 사건에서 원고의 청구를 모두 기각했습니다. 원고가 주장한 명의도용 사정만으로는 제2차 납세의무 지정과 납부통지가 당연무효라고 볼 수 없다고 판단했습니다. 소송비용도 원고가 부담하도록 했습니다.

판결 내용

  • 국기
피고에 대한 제2차 납세의무 지정 및 납부통지가 당연무효가 된다고 볼 수 없음 국승
  • 서울행정법원-2025-구합-53385
  • 귀속년도 : 2019
  • 심급 : 1심
  • 등록일자 : 2026.04.23.
  • 생산일자 : 2026.03.26.
  • 진행상태 : 진행중
관련 주제어
출자자의 제2차납세의무
관련 법령
국세기본법 제39조
요지 판결내용 상세내용

요지

피고에게는 원고가 이 사건 회사의 과점주주에 해당한다고 볼 만한 객관적인 사정이 있었다고 봄이 상당하고, 원고의 주장과 같이 AA가 원고 명의의 신주발행서류를 위조하여 신주를 발행하는 등으로 주주 명의를 도용하였는지 여부는 그 사실관계를 정확히 조사하여야만 비로소 밝혀질 수 있는 것이므로, 그러한 사정들만으로 이 사건 각 처분의 하자가 외관상 명백하여 당연무효가 된다고 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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사 건

2025구합53385 부가가치세부과처분무효확인

원고, 상고인

BBBB

피고, 피상고인

ㅇㅇ세무서장

변 론 종 결

2026. 2. 12.

판 결 선 고

2026. 3. 26.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

 피고가 2021. 1. 8. 원고를 주식회사 CCCCCC(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)의 제2차 납세의무자로 지정하여 한 2019년 1기 부가가치세 22,364,150원, 2019년 2기 부가가치세 23,178,700원, 2019년 2기 부가가치세 14,523,310원, 2020년 1기 부가가치세 17,467,630원, 2020년 1기 부가가치세 18,149,820원, 2019년 법인세 5,149,760원, 2020년 법인세 1,902,860원의 각 부과 처분은 무효임을 확인한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 이 사건 회사가 2020. 11. 20. 피고에게 제출한 2016년 귀속 법인세 수정신고서 및 주식등변동상황명세서에, ‘원고가 2016. 3. 10.경 이 사건 회사가 발행한 신주 20만 주를 취득하여 그 무렵부터 이 사건 회사의 지분 66.67%를 보유한 것’으로 기재되어 있는 사람이다(이하 위 법인세 수정신고서를 ‘이 사건 수정신고서’, 위 주식등변동상황명세서를 ‘이 사건 변동상황명세서’라 한다).

나. 피고는 이 사건 회사가 2019년경부터 부가가치세와 법인세를 체납하자, 각각의 부가가치세 및 법인세 납세의무 성립일 기준 이 사건 회사의 지분 66.67%를 보유한 원고를 과점주주로 보아 2차 납세의무자로 지정하고, 2021. 1. 8. 원고에게 이 사건 회사의 2019년 1기 부가가치세(가산세 포함, 이하 같다), 2019년 2기 부가가치세, 2020년 1기 부가가치세, 2019 사업연도 귀속 법인세, 2020 사업연도 귀속 법인세의 각 66.7%를 부과하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 구체적인 내역은 다음 표 기재와 같다.

[표] 이 사건 각 처분 내역

< 표 생략>

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제4 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

3. 이 사건 각 처분의 위법 여부

가. 원고 주장 요지

원고는 이 사건 회사의 신주를 인수한 적이 없다. 그럼에도 원고의 사촌누나이자 이 사건 회사의 대표이사 및 주주인 AA이 자신의 2차 납세의무를 회피하고자 원고 명의의 신주발행서류를 위조하여 피고에게 이 사건 수정신고서와 이 사건 변동상황명세서를 제출해 마치 원고가 과점주주인 것처럼 허위 신고한 것이다. 그렇다면 원고가 이 사건 회사의 과점주주라고 할 수 없으므로 이와 다른 전제에선 이 사건 각 처분(가산세 제외)은 하자가 중대하고 명백하여 무효이다.

나. 관련 법리

1) 국세기본법 제39조 제1항 제2호 소정의 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 선고2003두1615 판결).

2) 일반적으로 과세대상이 되는 법률관계나 소득 또는 행위 등의 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이지만 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세 요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연 무효라고 볼 수 없다(대법원 1996. 12. 20. 선고 95다20379 판결, 대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 등 참조).

다. 구체적 판단

앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제1호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 회사가 2019년 1기 부가가치세, 2019년 2기 부가가치세, 2020년 1기 부가가치세, 2019 사업연도 귀속 법인세, 2020 사업연도 귀속 법인세를 체납한 사실, 이 사건 회사가 2020. 9. 1. 사업부진을 이유로 폐업한 사실, 이 사건 회사가 2020. 11. 20. 피고에게 이 사건 수정신고서와 이 사건 변동상황명세서를 제출하였는데 위 변동상황명세서에는 원고가 2016. 3.경부터 이 사건 회사의 주식 66.67%를, AA이 나머지 33.33%를 각 보유한 것으로 기재되어 있는 사실, 이 사건 회사의 등기사항전부증명서에는 원고가 2016. 1. 10.경부터 2019. 3. 31.까지, 2019. 10. 11.부터 이 사건 각 처분 당시까지 이 사건 회사의 사내이사로 재직하였거나 재직하는 것으로 등기된 사실, 피고가 이 사건 변동상황명세서에 기재된 원고의 지분비율을 기초로 하여 이 사건 각 처분을 한 사실이 인정된다.

이러한 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 피고에게는 원고가 이 사건 회사의 과점주주에 해당한다고 볼 만한 객관적인 사정이 있었다고 봄이 상당하고, 원고의 주장과 같이 AA이 원고 명의의 신주발행서류를 위조하여 신주를 발행하는 등으로 주주명의를 도용하였는지 여부는 그 사실관계를 정확히 조사하여야만 비로소 밝혀질 수 있는 것이므로, 그러한 사정들만으로 이 사건 각 처분의 하자가 외관상 명백하여 당연무효가 된다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다(이 사건 각 처분에는 본세뿐만 아니라 가산세도 각 포함되어 있는데, 이 사건 각 처분을 무효라고 볼 수 없는 이상 원고가 무효 확인을 구하는 본세 부분 역시 무효로 볼 수 없다).

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관련 법령

국세기본법 제39조 국세기본법 제39조 제1항 제2호 대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결 대법원 1996. 12. 20. 선고 95다20379 판결 대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 2016년 귀속 법인세 수정신고서 주식등변동상황명세서 등기사항전부증명서

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