본점 사업장에서 발생한 공통매입세액이라고 하더라도 불공제 매입세액의 안분 계산 시 해당 재화ㆍ용역이 사용된 모든 사업장의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여야 한다.

상세내용

1. 피고가 2021. 12. 27. 원고에 대하여 한 [별지 1] 표 ‘감액경정 거부세액’란 기재 각 부가가치세의 감액경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

1. 처분의 경위

  가. 원고는 본점 사업장(과세․면세 겸영, 이하 ‘본점 사업장’이라 한다)과 3개의 지점 사업장, 즉 SJ사업장(과세․면세 겸영), SN사업장(과세) 및 PJ사업장(과세)을 두고 있는데, 부가가치세법 제8조 제3항에 따라 사업자 단위로 본점 사업장에서 사업자등록을 마치고 부가가치세를 신고․납부하고 있다.

  나. 원고는 2016년 제2기부터 2021년 제1기까지의 과세기간 동안 본점 사업장에서 발생한 아래 표 1과 같은 공통매입세액(이하 ‘이 사건 공통매입세액’이라 한다)에 대해 원고의 전체 사업장의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 불공제 매입세액을 안분계산하여 부가가치세를 신고․납부하였는데, 2021. 10. 27. 피고에게 이 사건 공통매입세액은 본점 사업장에서 발생한 매입세액이므로 본점 사업장의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 하여야 함에도 전체 사업장의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 불공제 매입세액을 안분 계산함으로써 부가가치세가 과다하게 신고․납부되었다는 이유로 아래 표 2와 같이 과다 신고․납부한 부가가치세 합계 *,***,906,562원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

  <표1>

  다. 피고는 2021. 12. 27. 원고에게 이 사건 공통매입세액 중 2020년 제2기에 발생한 ***,124,965원은 과세사업만 영위하는 파주사업장에 실지 귀속되는 것으로 보아 해당 매입세액을 전액 공제하여 환급하고 이를 제외한 나머지 *,***,781,590원에 대하여는 원고의 경정청구를 거부하였다.

  <표2>

  라. 원고는 2022. 3. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2023. 7. 18. ‘이 사건 공통매입세액 중 지점 사업장과 공통으로 영위하는 사업에 관련된 부분은 불공제 매입세액 계산 시 관련된 모든 사업장의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 안분 계산하여야 할 것이나, 이 사건 공통매입세액에는 본점 사업장에만 관련된 부분이 있어 전액이 원고의 전체 사업장과 관련된 매입세액이라고 보기 어려우므로, 피고는 이 사건 공통매입세액의 항목별로 본점 사업장에만 관련된 부분이 있는지를 재조사하여 해당 부분은 본점 사업장의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 안분계산하여 세액을 경정하여야 한다.’는 내용의 재조사 결정을 하였다.

  마. 서울지방국세청장은 조세심판원의 재조사 결정에 따라 아래 표 3과 같이 이 사건 공통매입세액 중 MTT, MRRRR 관련 광고선전비만 본점 사업장에 단독으로 관련된 비용으로 구분하여 이에 대하여만 본점 사업장의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 불공제 매입세액을 안분 재계산하였고, 나머지 부분은 원고의 전체 사업장에 관련된 부분으로 보아 종전과 마찬가지로 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 불공제 매입세액을 안분 계산하였다. 피고는 2023. 9. 15. 원고에게 서울지방국세청장의 재계산 결과에 따라 **,246,170원(= 재계산 전 불공제매입세액 *,***,478,813원–재계산 후 불공제매입세액 *,***,232,633원)을 추가 환급하였다(원고의 경정청구세액 중 환급하고 남은 *,***,535,420원에 대한 거부를 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

  <표3>

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

  별지 2 관계 법령 기재와 같다.

3. 이 사건 거부처분의 위법 여부

  가. 원고 주장의 요지

   1) 부가가치세 과세에 있어 ‘사업장별 과세원칙’이 적용되므로 본점 사업장에서 발생한 이 사건 공통매입세액 안분 계산 시 본점 사업장의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여야 한다(이하 ‘제1주장’이라 한다).

   2) 피고는 감액경정청구와 관련하여 부가가치세 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 관하여 조사․확인할 의무가 있다. 이 사건 공통매입세액에 본점 사업장의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율이 아닌 원고의 전체 사업장의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 계산한 부가가치세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과한다는 원고의 주장에 대해 피고는 이 사건 공통매입세액이 본점 사업장에서 발생하였음에도 다른 사업장에 귀속되는 부분이 있다는 전제에서 이 사건 거부처분을 하였는바, 이 사건 공통매입세액이 본점 사업장에서 발생하였음에도 다른 사업장에 실질귀속되는 부분이 있다는 사정에 대해서는 피고가 입증하여야 하는데, 피고는 이러한 사정을 입증하지 못하고 있다(이하 ‘제2주장’이라 한다).

  나. 판단

   1) 제1주장에 대한 판단

    가) 부가가치세법은 각 사업장의 소재지를 납세지로 하여(제6조 제1항), 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액을 각 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고하고(제49조 제1항), 사업장이 둘 이상인 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장에 반출하는 것은 법 제9조 제1항에서 정한 ‘공급’의 개념에 부합하지 않는데도 불구하고 이를 공급으로 의제하는 등(제10조 제3항) 사업장을 실질적인 납세의 단위로 하여 그 과세표준과 세액의 신고 및 납부, 사업자등록, 세금계산서의 발급 및 제출, 각종의 기타 조세협력의무를 모두 사업장 단위로 이행하는 이른바 ‘사업장별 과세’를 원칙으로 삼고 있다(대법원 1989. 6. 27. 선고 88누9497 판결, 헌법재판소 2023. 7. 20.자 2020헌바101 결정 등 참조). 부가가치세법이 사업자의 사업상 편의에 기여하고자 두고 있는 사업자 단위 과세제도를 이용하는 경우, 사업장이 둘 이상인 사업자는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록을 신청할 수 있고, 사업자 단위 과세승인을 받은 사업자는 납부세액 계산, 부가가치세액 신고ㆍ납부뿐만 아니라 사업자등록, 세금계산서 교부까지 사업자 단위로 할 수 있게 되나(부가가치세법 제6조 제4항, 제8조 제3항), 부가가치세 신고 시 사업장별로 매출과세표준 등을 구분하여 기재한 신고명세서를 첨부하여야 하고, 세금계산서에도 실제로 재화 또는 용역을 공급한 종된 사업장의 소재지 및 상호를 기재하여야 하므로(부가가치세법 시행령 제67조 제2항 제8호, 제90조 제3항 표 중 “8. 사업자 단위 과세 사업자인 경우” 부분 및 제91조 제2항 표 중 “11. 사업자 단위 과세 사업자인 경우” 부분), 각 사업장의 과세표준과 매출세액 및 매입세액을 통산하는 것은 아니고 각 사업장별로 계산된 납부세액 또는 환급세액을 통산하는 것이라고 볼 수 있다. 즉, 사업자가 사업자 단위 과세제도를 이용하더라도 사업장별로 매출세액 및 매입세액을 계산하여야 하는 것은 변함이 없다.

    나) 부가가치세법은 위와 같이 사업장별 과세원칙을 취하고 있기는 하나, 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것을 재화의 공급으로 의제하는 것과는 달리 자기 사업에 사용할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 의제하지 않고(제10조), 자기의 용역을 자기의 사업을 위하여 대가를 받지 않고 공급하는 것은 다른 사업자와의 과세형평이 침해되는 경우에만 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다고 하면서 그 용역의 범위는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있는데, 시행령에서 별도의 규정을 두고 있지 않으므로 결국 특정 사업장에서 자기의 사업을 위해 대가를 받지 않고 다른 사업장에 용역을 제공하는 것은 역시 용역의 공급으로 의제하지 않는다(제12조). 또한, 매출세액에서 공제하는 매입세액을 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’으로(제38조 제1항 제1호), 매출세액에서 불공제하는 매입세액 중 하나로 ‘면세사업등과 관련된 매입세액’으로(제39조 제1항 제7호) 규정할 뿐 매입세액 공제나 불공제에 있어서 장소적 제한을 두지 않고 있다. 위와 같은 규정들에 의하면, 특정 사업장에서 생산․매입한 재화․용역을 다른 사업장에서 사용하는 경우에도 특정 사업장에서 사용한 것과 동일하게 매입세액 공제가 가능하고, 면세사업등에 사용하였다면 매입세액은 불공제하여야 한다. 즉, 특정 사업장에서 재화와 용역을 생산․매입하였다고 하더라도 그 사용에까지 사업장에 따른 제약이 있는 것이 아니다.

    다) 부가가치세법상 면세는 특정한 재화 또는 용역의 공급과 재화의 수입에 대한 부가가치세의 납세의무를 면제하는 것으로 납세의무만 면제하므로 부가가치세가 과세되는 재화나 용역을 공급받거나 재화를 수입하는 경우 거래징수 당한 부가가치세액, 즉 매입세액은 공제받지 못한다(제39조 제1항). 따라서 사업자가 구입한 재화․용역 중 과세사업에 사용하는 부분은 매입세액을 공제받을 수 있으나, 면세사업에 사용하는 부분은 매입세액을 공제받을 수 없다. 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 재화․용역을 구입하는 경우 해당 재화․용역의 구입이 과세사업에 사용되거나 사용될 부분, 면세사업에 사용되거나 사용될 부분의 구분이 명확하면 그에 따라 매입세액의 공제 여부를 판단하면 되지만 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 ‘공통매입세액’이라 하고 그중 면세사업 관련 매입세액으로 불공제할 매입세액은 원칙적으로 공통매입세액에 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율을 적용하여 안분 계산한다(제40조, 시행령 제81조). 앞서 본 것처럼 특정 사업장에서 생산․매입한 재화․용역이라고 하더라도 다른 사업장에서 사용이 가능하고 그 경우 매입세액 공제․불공제가 특정 사업장에서 사용된 것과 동일하게 이루어지므로, 특정 사업장에서 생산․매입한 재화․용역 중 과세․면세사업에의 귀속을 알 수 없어 매입세액을 안분 계산해야 하는 공통매입세액과 관련하여서도 그 안분 계산을 위한 총공급가액과 면세공급가액에는 해당 재화․용역이 사용된 사업장이라면 특정 사업장뿐만 아니라 다른 사업장 발생분도 포함되어야 한다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896 판결 등 참조).

    라) 그러므로 본점 사업장에서 발생한 공통매입세액이라고 하더라도 불공제 매입세액의 안분 계산 시 반드시 본점 사업장의 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율을 적용하여야 하는 것이 아니라, 해당 재화․용역이 사용된 모든 사업장의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

   2) 제2주장에 대한 판단

    가) 일반적으로 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에게 있으므로, 과세관청이 구체적인 소송과정에서 과세요건사실을 직접 증명하거나 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실을 밝히지 못하면 해당 과세처분은 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이 된다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 참조). 한편 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 관하여 조사․확인할 의무가 있으므로 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분 의 실체적·절차적 위법사유를 취소원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라고 할 것이고, 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이므로(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 참조), 감액경정 거부처분 취소소송에서도 거부처분의 적법성에 관하여 원칙적으로 과세관청이 이를 증명하여야 한다고 봄이 타당하다.

    나) 이 사건 공통매입세액이 본점 사업장에서 발생한 것이라고 하더라도 그 공통매입세액이 실지 귀속된 모든 사업장의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여야 함은 앞서 본 바와 같다. 그러나 부가가치세법의 사업장별 과세원칙에 따라 각 사업장은 과세상 독립된 장소적 단위가 되는바, 특정 사업장에서 생산․매입한 재화․용역은 특별한 사정이 없는 한 해당 사업장에서 사용되는 것이 전제되므로 과세․면세사업에의 실지 귀속이 불분명한 매입세액은 해당 사업장만의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분 계산하여야 하고(대법원 2012. 5. 9. 선고 2010두23170 판결 등 참조), 특정 사업장에서 생산․매입한 재화․용역임에도 불구하고 해당 사업장이 아닌 다른 사업장에도 실지 귀속된 사정이 있다면 이는 특별한 사정으로서 피고가 입증하여야 한다. 이때 ‘실지 귀속’의 여부는 당해 재화나 용역이 대내적으로 어떤 사업장 내지 사업부 때문에 실제로 사용되었느냐, 실질적으로 효용이 미쳤느냐에 따라 판단할 수 있을 것이다(대법원 1987. 6. 9. 선고 86누251 판결, 대법원 2001. 7. 13. 선고 99두11615 판결 등 참조).

    다) 본점 사업장에서 발생한 이 사건 공통매입세액에는 ‘*** 교체, ***** 교체, *** 비용, **** 용역비’ 등 본점 사업장에서만 사용된 것으로 보이는 비용에 관한 부분이 포함되어 있다. 피고는 이 사건 공통매입세액에 대해 극히 일부를 제외하고는 원고의 전체 사업장에 실지 귀속된다고 보아 전체 사업장의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 불공제할 면세 매입세액을 계산을 하였는데, 피고가 제출한 자료만으로는 위와 같은 비용들을 포함하여 이 사건 공통매입세액이 원고의 전체 사업장에 실지 귀속된다는 사실을 인정하기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

   3) 소결론

    따라서 이 사건 거부처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

4. 결론

  그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.