가산세를 면제할 정당한 사유가 인정되는지 여부

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 9. 5. 원고에게 한 2018년 제2기 부가가치세 236,242,600원(가산세 포함)의 경정처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2016. 11. 14.부터 2021. 9. 3.까지 AA건설이라는 상호로 주택신축 및판매업을 영위한 자이다. 나. 원고는 BB시 C동 160-23 소재 토지에 지하 3층, 지상 13층 규모의 집합건물을 신축하여 2017. 10. 13. 사용승인을 받았다. 위 집합건물은 지하 3 내지 1층 주차장, 지상 1층 계단실, 지상 2 내지 6층 오피스텔, 지상 7 내지 13층 아파트로 되어 있다(이하 오피스텔 부분을 ‘이 사건 오피스텔’이라 한다).

다. 원고는 2017년부터 2018년까지 이 사건 오피스텔을 분양하였고, 그 중 2018년 제2기에 공급된 이 사건 오피스텔 호수별 분양 내역은 아래와 같다(이하 2018년 제2기에 공급된 아래 각 오피스텔을 함께 지칭할 시 ‘2018년 제2기 공급 오피스텔’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 오피스텔 공급이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 국민주택의 공급에 해당하는 것으로 보고 부가가치세 면제대상으로 신고하였다.

마. DD세무서장은 2022. 12. 1.부터 2023. 1. 9.까지 원고에 대한 2017년 귀속 종합소득세 조사를 실시한 결과, 이 사건 오피스텔 공급이 조세특례제한법 제106조 제1항제4호에서 규정한 부가가치세가 면제되는 국민주택의 공급에 해당하지 아니한다고 보고 원고가 제출한 2017. 10. 11.자 감정평가서(이하 ‘이 사건 감정평가서’라 한다)의 감정평가가액을 기준으로 안분계산하는 방법으로 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항, 구 부가가치세법 시행령(2019.2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제2호에 따라 과세표준을 산정한 2018년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세자료를 2023. 1. 10.경 피고에게 통보하였다.

바. 피고는 2023. 2. 15. 위와 같이 통보받은 2018년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세자료에 관하여 원고에게 아래와 같은 내용의 부가가치세 해명자료 제출 통보(이하‘이 사건 해명자료 제출 통보’라 한다)를 하였다.

사. 피고 담당 공무원(EEE세무서 부가가치세과 부가2팀)이 2023. 2. 28. 원고에게이 사건 감정평가서의 감정평가가액을 반영하여 계산한 내역(2018년 제1기 부가가치세138,801,507원, 2018년 제2기 부가가치세 109,405,456원)을 붙임 자료(이하 ‘이 사건붙임 자료’라 한다)로 발송하면서 2018년 제1기 및 제2기 부가가치세 수정신고를 할것을 요청하였다. 이에 원고는 이 사건 붙임 자료에 따라 이 사건 감정평가서의 감정평가가액을 기준으로 안분계산하여 2023. 3. 2. 2018년 제1기 부가가치세 217,862,842원(138,801,505원 + 가산세 79,061,337원) 및 2018년 제2기 부가가치세 167,294,070원(109,405,456원 + 가산세 57,888,614원)을 각 수정신고 하였고, 이와 같은 내용의 해명자료(이하 ‘이 사건 해명자료’라 한다)도 피고에게 팩스로 송부하였다.

아. 피고는 2023. 3. 24. 2018년 제1기 부가가치세 가산세 부분을 수정한 세액239,253,541원을 알려주면서 수정신고할 것을 안내하였고, 이에 원고는 위 금액으로다시 수정신고를 한 다음 분할납부를 신청하여 2023. 5. 22.부터 2024. 1. 2.까지 2018년 제1기 부가가치세를 가산세 포함하여 전액 납부하였다.

자. 위 사.항의 피고 담당 공무원은 2023. 5.경 원고에게 2018년 제2기에 대하여는 이 사건 감정평가서의 감정평가가액을 적용할 수 없으므로 수정신고를 검토하라는 취지로 전화로 안내하였다.

차. 피고는 2023. 7. 6.경 원고에게 2018년 제2기의 경우 이 사건 감정평가서의 감정평가가액 적용 가능 기간을 벗어나 위 감정평가가액을 적용할 수 없고, 구 부가가치세법 제29조 제9항, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제3호 및 구 「토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우 과세표준 안분계산방법 고시」(국세청고시 제2015-43호, 이하‘이 사건 고시’라 한다) 제2조에 따라 과세표준을 재산정하여 2018년 제2기 부가가치세236,423,951원(2023. 7. 6.까지의 가산세 포함)을 경정·고지하겠다는 과세예고통지를 하였다.

카. 원고는 2023. 7. 24. 피고에게 과세전적부심사청구를 제기하였는데, 피고는 이 사건 오피스텔 중 301호의 토지와 건물 가액을 2018년 기준시가를 적용하여 과세표준을산정하는 것으로 일부채택 결정을 하였다. 타. 피고는 위 과세전적부심사결정을 반영하여 2023. 9. 5. 원고에게 2018년 제2기분부가가치세 236,242,600원(2023. 9. 5.까지의 가산세 포함)을 경정·고지(이하 ‘이 사건처분’이라고 한다) 하였다.

파. 원고는 2023. 10. 13. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를제기하였으나, 2024. 6. 4. 기각 결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제3호증(가지번호가 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

가. 부가가치세 과세표준 산정의 위법성 주장

이 사건은 토지와 건물을 함께 공급하였으나 그 중 일부인 토지에 대하여만 기준시가가 있는 경우에 해당하므로, 이 사건 오피스텔의 과세표준을 산정함에 있어 구 소득세법 시행령 제64조 제2호가 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 처분에는 구 소득세법 시행령 제64조 제3호로 잘못 적용하여 과세표준 산정을 한 위법이 있다.

나. 절차상 위법 주장

피고는 원고가 2023. 3. 2. 제출한 2018년 2기분 해명자료에 대하여 30일 내에 검토결과 통지 또는 해명자료 처리기한 연장 통지를 발송하지 않는 등 부가가치세 사무처리규정 제83조 제6항에서 정한 절차를 위반하였으므로, 이 사건 처분에는 절차상 위법이 있다.

다. 2023. 3. 2. 이후 가산세 부분의 위법성 주장

원고는 피고 담당공무원의 이 사건 붙임 자료를 통한 공적 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 2025. 3. 2. 해명자료를 제출하고 2018년 제2기 부가가치세 수정신고를 마친 것이다. 피고는 이러한 원고의 신뢰에 반하여 그 이후 피고가 일방적으로 확정을 지연한 약 4개월의 기간 및 피고가 잘못 계산한 부분을 정정하는데 소요된 약 2개월의기간 동안 발생한 가산세까지 원고에게 부과하였다. 따라서 피고가 부과한 2023. 3. 2.이후의 가산세 부분에 대해서는 원고가 납부를 하지 않은 데 정당한 사유가 있다고 할것이고, 그럼에도 위 부분 가산세를 부과한 처분에는 가산세를 면제하지 아니한 위법과 신뢰보호원칙을 위반한 위법이 있다.

3. 관계 법령 별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 부가가치세 과세표준 산정의 위법성 주장에 관한 판단 구 부가가치세법 제29조 제9항은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제64조는 토지와 건물등에 대한기준시가가 모두 있는 경우 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 하되, 감정평가가액(공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다, 이하 이 조에서 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 하고(제1호), 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 하되, 감정평가가액이 없는 경우 장부가액, 장부가액이 없는 경우 취득가액에 비례하여안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 하며(제2호), 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액으로 한다(제3호)고 규정하고 있다. 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제3호의 위임에 따른 이 사건 고시 제2조는 실지거래가액을 소득세법에 따라 계산한 토지 및 건물 등의 기준가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

위 각 규정에 따라 앞서 본 사실관계 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 2018년 제2기 공급 오피스텔의 부가가치세 과세표준은 구 부가가치세법 제29조 제9항, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제3호 및 이사건 고시 제2조에 따라 산정하여야 할 것이고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

1) 2018년 제2기 공급 오피스텔 분양 시 토지와 건물의 대금이 구분되지 않은 채합산한 금액으로 분양대금이 정해졌으므로 실지거래가액 중 토지와 건물 등의 가액의구분이 불분명한 경우에 해당한다. 2) 2018년 제2기 공급 오피스텔에 대한 기준시가는 2020. 1. 1.자부터 공시되어 있어 2018년 제2기 공급 오피스텔의 각 공급계약일(2017. 9. 27.부터 2018. 7. 17.까지)현재 기준시가가 없다.

3) 2017. 10. 11. 작성된 이 사건 감정평가서의 감정평가가액은 2018년 제2기 공급 오피스텔의 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간인 2018년 제1기의 개시일인 2018. 1. 1.부터 공급시기가 속하는 과세기간인 2018년 제2기의 종료일인 2018.12. 31까지 감정평가업자가 평가한 감정평가가액에 해당하지 아니하고, 달리 2018. 1.1.부터 2018. 12. 31까지 사이에 감정평가업자가 평가한 감정평가가액에 관한 자료가없으며, 장부가액이나 취득가액을 확정할 수 있는 자료도 없다.

나. 절차상 위법 주장에 관한 판단

피고가 2023. 2. 15. 원고에게 2023. 2. 28.까지 해명자료를 제출하라는 취지의 이사건 해명자료 제출 통보를 하고, 원고가 2023. 3. 2. 피고에게 이 사건 해명자료를 제출한 사실은 앞서 본 바와 같고, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면 피고가 원고의 이 사건 해명자료 제출일인 2023. 3. 2.로부터 30일 이내에 해명자료 검토결과 통지, 현장확인 통지, 과세예고통지서, 세무조사 사전통지, 해명자료 처리기한 연장통지를 발송하지 않은 사실이 인정되므로, 피고가 구 「부가가치세 사무처리규정」(2021. 6. 15. 국세청훈령 제2451호) 제83조 제6항에서 정한 절차를 위반하였다고 볼수 있기는 하다.

그러나 부가가치세 사무처리규정은 국세청 훈령으로서 부가가치세 사무처리에 관한기본적인 사항을 정하여 사무처리의 통일성을 기하고 업무를 효율적으로 처리하기 위하여 마련된 행정기관 내부의 사무처리준칙에 불과할 뿐 대외적인 구속력이 있는 법규명령이 아니고, 이는 과세자료의 관리 및 처리의 통일성과 효율성을 기하기 위하여 규정된 제83조 제6항 역시 마찬가지라 할 것이므로, 위 규정에 정한 절차를 위반하였다는 사정만으로 이 사건 처분에 취소사유에 이를 정도의 절차상 하자가 있다고 보기는어렵다. 따라서 이와 결론을 달리하는 원고의 주장은 이유 없다.

다. 2023. 3. 2. 이후 가산세 부분의 위법성 주장에 관한 판단

1) 관련 법리

조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이다(대법원 2004. 7. 22. 선고 2002두11233 판결 등 참조). 그러므로 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한것이어야 한다.

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결, 대법원 2015. 8. 27. 선고 2012두16084판결 등 참조). 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 1993. 11. 23. 선고 93누15939 판결, 대법원 2013. 10. 31. 선고 2012두18080 판결 등 참조).

2) 구체적 판단 위 법리에 비추어 앞서 본 사실관계 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 설령 피고 담당 공무원의 원고에 대한 이 사건 붙임 자료의 발송을 공적 견해표명에 해당하는 것으로 보더라도 이를 통해 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이라고 보기 어렵고, 원고에게 위 부분 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

가) 부가가치세는 납세의무자가 스스로가 신고·납부하여야 하는 신고납세방식을취하고 있으므로 과세표준 산정에 관하여 법령에 규정된 사항을 스스로 확인할 필요가있다. 그런데 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호는 제64조의 감정평가가액은‘공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다’고 명시적으로 규정되어 있어 해석상 다툼의 여지가 전혀 없고, 이에 의하면 2017. 10. 11. 작성된 이 사건감정평가서의 감정평가가액은 2018년 제2기 공급 오피스텔에 대한 과세표준 산정 시구 부가가치세법 시행령 제64조 제1, 2호가 적용될 수 있는 감정평가가액에 해당하지아니함이 법령상 명백하다.

나) 피고 담당 공무원이 원고에게 2023. 2. 28. 발송한 이 사건 붙임 자료에 이사건 감정평가서의 감정평가액이 반영되어 있었기는 하나 이는 법령의 부지나 단순 착오에 의한 것임이 분명해 보인다. 이에 피고 담당 공무원이 2023. 5.경 2018년 제2기부가가치세에는 이 사건 감정평가서의 감정평가가액을 적용할 수 없어 재수정신고를 검토하라는 취지로 원고에게 다시 안내를 하였고, 피고는 2023. 7. 6.경 위와 같이 다시 안내한 사항과 같은 방법으로 과세표준을 재산정하여 과세예고통지를 하였다. 그럼에도 불구하고 원고는 위 법령을 확인하여 위와 같이 잘못 적용된 사항을 바로잡으려는 노력을 기울이지 않았다.

라. 소결론

따라서 이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.