이 사건 주택 양도에 거주요건이 적용되지 않는지 여부

상세내용

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2022. 11. 1. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 175,447,030원(가산세

포함)의 부과처분을 취소한다

1. 처분의 경위

가. 원고는 2017. 7. 15. 서울 ZZ구 YY동 19 YYXXXX아파트 000동 000호(이

하 ‘이 사건 주택’이라 한다)에 관하여 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체

결하고 2017. 9. 22. 이 사건 주택을 취득한 후, 2021. 3. 18. 10억 원에 양도(이하 ‘이

사건 양도’라 한다)하고, 2021. 5. 27. 1세대 1주택 비과세를 적용하여 2021년 귀속 양

도소득세 5,797,840원을 예정신고ㆍ납부하였다.

나. 원고는 이 사건 매매계약 체결 당시 ‘VV시 UU동 000 TT아파트 000동 000호’(이하 ‘VV시 소재 주택’이라 한다)와 ‘SS RR구 QQ동 000 PP아파트 0동 000호’(이하 ‘SS시 소재 주택’이라 한다)를 소유하고 있었다. 원고의 부동산 보유 내역은 다음 표 기재와 같다.

다. 피고는 원고가 조정대상지역에서 취득한 주택임에도 2017. 9. 19. 대통령령 제

28293호로 개정된 소득세법 시행령(이하 ‘개정 시행령’이라 한다) 제154조 제1항(이하

‘개정 시행령 조항’이라 한다)에서 정한 2년의 거주기간 요건을 충족하지 못하였다는

이유로 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하여 2022. 11. 1. 원고에게 2021년 귀속 양도

소득세 175,447,030원(가산세 31,812,234원 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제8, 9호증, 을 제1, 2, 3, 4호증(가지번호 있는 것은

가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 주위적 주장

가) 원고가 2017. 7. 15. 이 사건 매매계약을 체결하고 그에 따른 계약금을 지급

하였을 때 보유하고 있던 VV시 소재 주택과 SS시 소재 주택은 이 사건 주택의 취득

당시 국민주택규모 이하의 소형주택으로서 개정 시행령 부칙(이하 ‘이 사건 부칙’이라

한다) 제2조 제2항 제2호 괄호 부분의 주택 보유 여부 판단에서 제외되므로 이 사건 양

도에 대하여 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호에 따라 구 소득세법 시행령(2017. 9. 19.

대통령령 제28293호로 개정되기 전의 것) 제154조 제1항(이하 ‘종전 시행령 조항’이라

한다)이 적용되어 거주기간 요건이 적용되지 않는다(이하 ‘원고의 제1 주위적 주장’이라

한다).

나) 원고는 이 사건 매매계약 체결 당시 시행되던 종전 시행령 조항을 신뢰하여

이 사건 주택을 2년 이상만 보유하면 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있다고

신뢰하고 이 사건 매매계약을 체결하고 계약금을 지급하였는데, 그 이후 개정 시행령

조항에 따라 1세대 1주택 비과세 특례의 요건에 관하여 거주기간 요건이 추가되었다.

이는 원고의 재산권을 침해하고 소급과세금지의 원칙에도 위배된다(이하 ‘원고의 제2주위적 주장’이라 한다).

2) 예비적 주장

원고는 이 사건 양도 전 ZZ세무서 소속 세무 조사관에게 이 사건 양도에 대하

여 1세대 1주택 비과세가 적용된다는 확인을 받고 이를 신뢰하여 이 사건 양도를 하고

2021년 귀속 양도소득세 5,797,840원을 예정신고ㆍ납부하였으므로, 이 사건 처분 중 가

산세 부분은 신뢰보호의 원칙에 위배되거나 국세기본법 제48조 제1항 제2호의 정당한

사유가 존재함에도 이루어져서 위법하다.

나. 원고의 제1 주위적 주장에 관한 판단

1) 개정 시행령 조항은 1세대 1주택 비과세 특례의 요건에 관하여 종전 시행령 조

항과 달리 취득 당시 조정지역에 있는 주택에 대해서는 ‘주택의 보유기간 중 거주기간

이 2년 이상일 것’이라는 거주기간 요건을 새롭게 추가하였다. 그리고 개정 시행령의

부칙인 이 사건 부칙 제2조 제1항은 ‘제154조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 양

도하는 분부터 적용한다’고 규정하면서, 제2항에서 개정규정 적용의 예외로서 ‘2017. 8.

2. 이전에 취득한 주택’(제1호), ‘2017. 8. 2. 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지

급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계

약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)’(제2호), ‘2017. 8. 3. 이

후 취득하여 이 영 시행 전에 양도한 주택’(제3호) 중 어느 하나에 해당하는 주택에 대

해서는 위 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용한다고 규정하고 있다.

2) 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다

음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 양도에 대하여 이 사건 부칙 제2조 제2항

제2호가 적용된다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 제1 주위적 주장은 이유 없다.

가) 이 사건 부칙 제2조 제1항은 ‘제154조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후

양도하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있고, 원고는 개정 시행령의 시행 이후인 2021.

3. 18. 취득 당시 조정지역에 있는 주택인 이 사건 주택을 양도하였으므로 개정 시행

령 조항의 적용대상이다.

나) 그럼에도 개정 시행령 조항이 아닌 종전 시행령 조항이 적용되기 위해서는

이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호의 예외에 해당하여야 한다. 그런데 원고는 2017. 8.

2. 이전인 2017. 7. 15. 이 사건 매매계약을 체결하고 계약금 52,000,000원을 지급하였

으나, 계약금 지급일 당시 VV시 소재 주택과 SS시 소재 주택을 보유하고 있었으므

로, 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호의 예외사유에 해당하지 아니한다.

다) 원고는 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호 괄호 부분의 주택 보유 여부 판단에

서 국민주택규모 이하의 소형주택인 VV시 소재 주택과 SS시 소재 주택이 제외된다

고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을

막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이

유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가

운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원

칙에도 부합한다고 할 것인데(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조), 이 사

건 부칙 제2조 제2항 제2호의 괄호 부분은 ‘해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금

지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다’고 규정하고 있고, 구 소득세법

(2021. 12. 8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것) 제88조 제7호는 ‘주택이란 허가 여

부나 공부상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경

우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다’고 규정하고 있으므로, 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호 괄호 부분의 주택 보유 여부 판단에서 국민주택규모 이하

의 소형주택이 제외된다는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

다. 원고의 제2 주위적 주장에 관한 판단

1) 국가의 조세정책은 탄력적․합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼 조세에 관한

법규와 제도가 항상 변할 수밖에 없고, 특히 부동산 관련 세법 등 법령의 경우 잦은

개편 및 조정을 거쳐 계속 변화되어 왔으므로, 원고의 종전 시행령 조항 적용에 대한

기대나 신뢰는 본래부터 그 자체로 영구적이었던 것이 아니라, 법령의 개정에 따라 변

할 수 있는 불확실하고 잠정적인 것에 불과하였던 점, 개정 시행령 조항에서 거주기간

요건이 추가된 것은 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의

안정을 도모하기 위한 것으로 보이는 점, 이 사건 부칙 제2조 제2항은 ‘2017. 8. 2. 이

전에 취득한 주택’(제1호), ‘2017. 8. 2. 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한

사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금

지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)’(제2호), ‘2017. 8. 3. 이후 취

득하여 이 영 시행 전에 양도한 주택’(제3호) 중 어느 하나에 해당하는 주택에 대해서

는 개정 시행령 조항에도 불구하고 종전 시행령 조항을 적용한다고 규정하여 일정한

경우 개정 시행령 조항의 적용을 배제하고 있는 점, 개정 시행령 조항은 거주기간 요

건을 갖추지 못할 합리적인 이유가 있는 경우에는 거주기간 요건을 갖추지 않더라도 1

세대 1주택 비과세 혜택을 주는 예외 규정을 두고 있는 점 등에 비추어 보면, 개정 시

행령 조항이 재산권을 침해한다고 볼 수 없다.

2) 소급과세금지의 원칙은 조세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위

또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다는 원칙을 의미하는 것이므로(국세기본법 제18조 제2항), 세법이 제정되거나 개정된 후

에 조세를 납부할 의무가 성립한 경우에는 이 원칙이 적용될 여지가 없다(대법원

1989. 9. 29. 선고 88누11957 판결 등 참조).

양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양

도자산이 과세요건과 감면요건에 해당하는지 여부는 양도 시기를 기준으로 판단하여야

하는데(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 등 참조), 이 사건 부칙 제1조, 제

2조 제1항에 따르면 개정 시행령 조항은 개정 시행령 시행 이후 양도하는 분부터 적용

하는 것으로 규정되어 있고, 이 사건 양도로 인한 양도소득세는 원고가 이 사건 양도

를 함으로써 비로소 성립되는 것이어서, 이 사건 양도에 대하여 이 사건 양도 전 이미

시행된 개정 시행령 조항이 적용된다고 하여 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 할 수

없다.

3) 따라서 원고의 제2 주위적 주장도 이유 없다.

라. 원고의 예비적 주장에 관한 판단

1) 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙

내지 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위한 요건으로는 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰

의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해표명이 정당하

다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표

명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명

에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원

2006. 5. 26. 선고 2003다18401 판결 참조).

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별

세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지

못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의

무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태

를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있다(대법원 2005.

4. 15. 선고 2003두4089 판결 참조).

2) 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정

들, 즉 ① 원고가 송파세무서 소속 공무원에게 이 사건 양도에 대하여 1세대 1주택 비

과세가 적용된다는 답변을 받았다고 인정할 증거가 없고, 설령 그러한 답변을 받았다

고 하더라도 그러한 답변이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러낸 질의에

대한 것이라고 단정할 수 없는 점, ② 과세관청이 세법에 위반된 신고를 그대로 받아

들이면서 시정지시 등을 하지 아니하였다고 하더라도 납세의무 위반에 정당한 사유가

있다고 볼 수 없는 점(대법원 1991. 9. 13. 선고 91누773 판결 등 참조) 등에 비추어

보면, 이 사건 처분 중 가산세 부분이 신뢰보호의 원칙에 위배되거나 국세기본법 제48

조 제1항 제2호의 정당한 사유가 존재함에도 이루어져서 위법하다고 보기 어렵다. 따라

서 원고의 예비적 주장 또한 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.