첨단기술기업에 대한 감면

상세내용

사 건 2023누22870 법인세부과처분취소

원고, 항소인 주식회사 PPPP

피고, 피항소인 00세무서장

제 1 심 판 결 부산지방법원 2023. 9. 14. 선고 2023구합20103 판결

변 론 종 결 2024. 10. 11.

판 결 선 고 2024. 11. 8.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2021. 6. 4. 원고에 대하여 한 2019사업연도 법인세 8,632,731,980원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심 판결의 인용

원고의 항소이유는, 쟁점 조항의 해석에 관한 원고의 주장을 뒷받침하는 근거를 추가하거나 아래 2.항에서 보는 바와 같이 예비적 주장을 하는 것 외에는 제1심에서 주장한 내용과 크게 다르지 않다. 1심 판결 이유에 더하여 원고의 추가 주장에 대한 판단이 포함된 아래와 같은 내용을 종합하여 보면, 원고의 주장과 제출 증거, 관련 법령의 내용을 다시 살펴보더라도 제1심의 관련 사실인정과 판단, 쟁점 조항에 대한 해석은 정당하다. 따라서 이 법원의 판결 이유는 제7쪽 14행 및 제8쪽 3행의 “세재”를 “세제”로 고치는 것 외에 제1심 판결 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

가. 원고는 쟁점 조항 중 “20XX년 12월 31일까지 지정을 받은”이라는 문구를 근거로 일정 시점까지 지정을 받은 이상 그 이후 첨단기술기업에 해당하는지와 관계없이 세제 혜택을 받아야 한다고 주장한다. 그러나 “20XX년 12월 31일까지 지정을 받은”이라는 표현은 제도의 수명을 정하기 위한, 다시 말해 세제 혜택의 대상이 되는 첨단기술기업의 범위를 정하기 위한 일몰기한을 규정한 것이다. 따라서 쟁점 조항 해석 시위 기한은 세제 혜택을 부여할 것인지 아닌지를 판단할 때만 적용되어야 하므로 제1항제1호의 방점은 “20XX년 12월 31일까지 지정을 받은”이 아니라 “첨단기술기업”에 찍어야 한다. 일몰기한 내에 지정을 받아 시적 요건을 갖추었다는 전제 하에 쟁점 조항제1, 2항을 종합적으로 해석하여 보면, 세재 혜택의 대상은 “첨단기술기업”의 “감면대상사업”에서 발생한 “소득”으로 보는 것이 자연스럽고 문언에 충실하며 그러한 해석이 원고의 주장처럼 부당한 확장해석이라고 할 수 없다. 결국 감면요건 충족 여부를 판단하는 시기에 해당 기업이 “첨단기술기업”이 아니라면 쟁점 조항에 따른 법인세를 감면받을 수 없다고 봄이 타당하다.

나. 법인세는 기간에 따라 과세단위가 구분되는 기간과세로 과세요건이나 감면요건등은 원칙적으로 납세의무 성립 시기인 사업연도 종료일을 기준으로 판단하여야 한다. 쟁점 조항 역시 각 과세연도 별로 나누어 이를 일정 비율(전부 또는 50%)에 따라 감면한다고 규정하고 있으므로 납세의무 성립 시기인 사업연도 종료일 외에 다른 기준 시점을 상정하기 어렵다. 원고는 첨단기술기업 지정 유효기간이 2019. 9. 6. 만료되어 2019사업연도의 종료일에 첨단기술기업에 해당하지 않는 이상 쟁점 조항에 따라 법인세의 50%를 감면받을 수 없다.

다. 이 사건에서 문제된 과세연도 이후 조세특례제한법이 2022. 12. 31. 법률 제19199호 개정되면서 쟁점 조항 제2항 단서에 “다만, 제1항제1호 또는 제2호에 따른 지정또는 등록이 취소되는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.”는 감면배제 규정이 신설되었고, 대통령령으로 정하는 사유에 관하여 조세특례제한법 시행령 제11조의2제2항 제3호는 “연구개발특구법 제12조의4제3항에 따른 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료된 경우. 다만, 유효기간 만료일이 속하는 과세연도 종료일 현재 첨단기술기업으로 재지정된 경우는 제외한다.”라고 규정하였는데, 조세특례제한법 부칙<제19199호,2022. 12. 31.>은 제1조 본문에서 “이 법은 2023년 1월 1일부터 시행한다.”라고, 제2조제1항에서는 “이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은부칙 제1조에 따른 각 해당 개정규정의 시행일 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다.”라고 규정하여 개정 법령을 소급하여 적용하도록 하지는 않았다. 그러나 감면배제규정이 신설되기 이전의 법령을 앞서 본 바와 같이 해석하는 것이 타당한 이상, 개정

법령은 감면사유 배제 여부를 명확히 하기 위한 것으로 보아야 하고 원고의 주장과 같이 이 사건에 개정된 법률을 소급하여 적용함으로써 조세법률주의를 위반하였다고 볼수 없다.

라. 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업에 대하여법인세 등을 감면하도록 정하고 있는 조세특례제한법 제6조 제2항의 구조가 쟁점 조항과 유사하고, 해당 조항에 관하여 벤처기업의 확인이 취소되는 경우만을 감면배제 사유로 규정하였다가 조세특례제한법이 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되어 2017.1. 1. 시행되면서 벤처기업확인서의 유효기간이 만료되는 경우도 감면배제 사유로 추가되었다. 그리고 원고가 소장에 첨부하여 제시한 바와 같이, 조세심판원은 개정 법령 시행 전의 여러 사례에 관하여 벤처기업의 확인 취소 외에 유효기간 만료는 감면배제 사유로 규정하고 있지 않음을 들어 과세연도 종료일 이전 벤처기업확인서의 유효기간이 만료된 사례에 대하여 법인세를 과세한 처분을 취소한 것은 사실이다. 그러나 조세심판원의 결정은 관계 행정청을 기속할 뿐(국세기본법 제80조 제1항) 법원이 법령을 해석할 때에는 이에 기속되지 않거니와 조세심판 대상이 된 법령과 이 사건 쟁점 조항이 동일한 법령도 아니다. 조세심판원 결정의 이유를 살펴보면, 문제가 된 사업연도에는 갱신 신청 등의 지연 또는 해태로 벤처기업확인서의 유효기간이 만료되었으나 다음 사업연도에 다시 확인을 받은 사례이거나 유효기간의 만료일이 2014. 12. 17.로 사업연도종료일인 2014. 12. 31.과 시간적 차이가 크지 않은 사례로서 그 사이 벤처기업의 실질이 바뀌었다고 보기 어렵다는 점 또한 결정 이유로 들고 있어 사실관계에 특수성이 있다고 볼 여지도 상당하다. 무엇보다 쟁점 조항을 앞서 본 바와 같이 해석하는 것이 타당하다고 판단하는 이상 벤처기업에 관한 감면배제 사유의 규정 변천 연혁이나 관련조세심판원의 사례는 이 사건에서 큰 의미를 갖기 어렵고, 원고가 2019사업연도에 법인세 감면사유가 있다고 신뢰할 만한 정당한 사유가 될 수도 없다.

마. 첨단기술기업의 세제 감면에 관한 쟁점 조항은 2006. 12. 30. 신설되었다. 당시에는 연구개발특구법의 명칭이 대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법이었고, 첨단기술기업의 유효기간에 관한 규정은 대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법 시행령이 2007. 3. 9. 대통령령 제19924호로 개정될 때 제3조의2가 신설됨으로써 들어가게 되었다. 원고는 이를 근거로 첨단기술기업의 유효기간 자체가 쟁점 조항 신설 이후 규정되었으므로 쟁점 조항의 입법자가 유효기간을 염두에 둔 상태에서 입법하였을 리가 만무하다고 주장한다. 그러나 첨단기술기업의 세제 혜택에 관한 내용이 단일 법령이 아니라 조세특례제한법과 대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법에 별도로 규정되었고 법률과 시행령의 시행 전 절차가 정확하게 일치하여 진행되기는 어려운 점에 비추어 보면, 쟁점 조항과 첨단기술기업의 유효기간에 관한 대통령령의 신설 시기가 약 2개월 정도 차이난다는 것만으로 입법자의 의도를 원고의 주장과 같이 해석하는 것은 타당하지 않다.

2. 원고의 예비적 주장에 대한 판단

가. 원고의 예비적 주장 요지

쟁점 조항의 해석을 원고의 주장과 달리할 경우, 원고가 2019사업연도 중 2019.1. 1.부터 2019. 9. 6.까지는 첨단기술기업이었음이 분명한 이상 해당 기간만큼의 매출비율에 따른 안분액은 감면대상액으로 인정되어야 한다. 감면대상사업에 관한 원고의 2019사업연도 전체 매출은 319,468,070,911원, 위 기간의 매출은 137,905,634,802원으로 전체 매출 대비 위 기간의 매출 비율은 43.17%이므로, 전체 취소를 구하는 법인세8,632,731,980원(가산세 포함) 중 그 비율에 해당하는 3,726,514,454원 부분은 취소되어야 한다.

나. 판단

아래와 같은 사정에 비추어, 원고의 예비적 주장과 같이 기간을 나누어 법인세를 감면하여야 한다고 볼 근거가 부족하므로 이는 받아들일 수 없다.

1) 앞서 본 바와 같은 법인세의 특성 및 통상적인 과세 방법, 쟁점 조항이 과세연도 별로 구분하여 감면률을 정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 납세의무 성립 시인 사업연도 종료일에 감면요건을 갖추었는지에 따라 해당 과세연도의 법인세 전체를 감면할지 여부가 결정된다고 봄이 타당하다.

2) 원고는 2016. 10. 20. 처음으로 지정받은 첨단기술기업의 유효기간이 만료되었다가 2017. 9. 7. 첨단기술기업으로 다시 지정받았는데, 만약 2017사업연도에 수익이 발생하였다면 사업연도 중간에 첨단기술기업으로 지정받았는지와 관계없이 과세연도 전체에 대하여 법인세를 면제받았을 것이다. 실제 2017사업연도에는 수익이 나지 않았고 2019사업연도에 수익이 발생하여 결과적으로 원고가 그 혜택을 보지 못하였다고 하더라도 그것만으로 위와 같은 해석이 특별히 불합리하다고 할 수 없다.

3) 앞서 본 바와 같이 감면배제 규정을 신설한 현행 쟁점 조항과 조세특례제한법시행령 또한 해당 과세연도에 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료되었더라도 유효기간 만료일이 속하는 과세연도 종료일까지 첨단기술기업으로 재지정되면 해당 과세연도전체의 법인세에 대하여 감면규정을 적용하도록 하고 있는 점도 고려할 만하다.

4) 원고가 원용한 대법원 2012. 1. 26. 선고 2010두3763 판결은 비영리국내법인의자산양도소득에 대한 과세특례를 규정한 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제62조의2의 해석에 관한 판례이고 그 내용도 원고의 예비적 주장을 뒷받침할 만한 것이 되지 못한다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하다. 따라서 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.