원고는 거주주택 양도 당시 임대주택은 관할행정청에 임대업등록이 완료되지 않아, 거주주택 과세특례 요건인 장기임대주택에 해당되지 않아 비과세 대상에 해당하지 아니함

상세내용

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심판결을 취소한다. 피고가 2020. 11. 13. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 361,093,290원의 경정거부처분을 취소한다.

1. 제1심판결의 인용

원고가 이 법원에서 주장하는 사유는 제1심에서 주장한 내용과 크게 다르지 않고, 제1심과 이 법원에 제출된 증거를 원고의 주장과 함께 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다고 인정된다.

이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 제1심판결문의 해당 부분을 고치거나 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

【고치거나 추가하는 부분】

○ 2면 5행부터 13행까지를 다음과 같이 고친다.

『 나. 원고는 2012. 3. 6. 인천 중구 aa동 2796-4 화평에어빌 507호(이하 ‘bbbbb’이라 한다)의 소유권을, 2013. 5. 24. 인천 중구 aa동 2789-2 cccc오피스텔 519호(이하 ‘cccc오피스텔’이라 한다)의 소유권을, 2016. 3. 3. 인천 중구 aa동 2800-2 ddd 401호(이하 ‘ddd’이라 한다)의 소유권을 각 취득하였다.

   다. 원고는 2019. 10. 11 서울특별시 서초구청장(이하 ‘서초구청장’이라 한다)에게 bbbbb, cccc오피스텔, ddd(이하 위 주택을 통틀어 ‘이 사건 각 임대주택’이라 한다)을 구 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(2019. 11. 26. 법률 제16630호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 민간임대주택법’이라 한다) 제5조의 민간임대주택으로 등록하기 위한 임대사업자등록 신청을 하였고, 2019. 10. 22. 이 사건 각 임대주택이 민간임대주택으로 등록이 마쳐졌다(원고는 당초 이 사건 각 임대주택을 단기민간임대주택으로 임대하는 임대사업자의 등록을 신청하였다가 2019. 10. 28. 임대주택의 종류를 단기민간임대주택에서 장기일반민간임대주택으로 변경함으로써 이 사건 각 임대주택은 최종적으로 장기일반민간임대주택으로 등록이 마쳐졌다).』

○ 3면 마지막 행을 다음과 같이 고친다.

『 이 사건 양도일 이후에 마쳐졌다는 사정을 들어 원고가 구 소득세법 시행령 제155조 제20항』

○ 5면 3, 4행의 “해당하지 않는 사실”을 “해당하는 사실”로 고친다.

○ 5면 6행의 “임대사업자 등록하여”를 “임대사업자로 등록하여”로 고친다.

○ 6면 10, 11행을 다음과 같이 고친다.

『 원고가 2019. 10. 14. 피고에게 구 소득세법 제168조에 따른 사업자등록을 신청하여 같은 날 개업연월일이 ‘2019. 10. 12.’, 업태가 ‘부동산’, 종목이 ‘주택임대’인 내용의 사업자등록이 마쳐진 사실은 인정할 수 있다.』

○ 7면 1행부터 9행까지를 다음과 같이 고친다.

『 이러한 구 민간임대주택법령의 관련 규정에 따르면, 민간임대주택의 임대사업자로 등록 신청을 하는 경우 임대사업자의 주소지를 관할하는 시장․군수․구청장은 임대사업자가 등록기준에 적합한지 확인한 후 적합한 경우에만 등록대장에 올리고 등록증을 발급하므로, 민간임대주택의 임대사업자 지위는 임대사업자의 등록 신청과 관할 시장․군수․구청장의 확인 및 등록 절차를 거쳐 비로소 구체적인 권리의 형태로 발생하게 된다. 또한 구 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록은 민간임대주택의 건설․공급 및 관리와 민간주택임대사업자의 육성을 위한 것에 그 취지가 있기도 하다.

반면에 구 소득세법 제168조 제1항은 “새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.”라고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은 “이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 부가가치세법 제8조를 준용한다.”라고 규정하고 있다. 그런데 부가가치세법상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세의 납세의무자를 파악하고 과세자료를 확보하게 하려는 데 취지가 있고, 이와 마찬가지로 구 소득세법 제168조 제1항에 따른 사업자등록도 과세관청으로 하여금 납세의무자와 사업 내용의 파악을 용이하게 하여 근거 과세와 세수 확보등 과세행정의 편의를 도모하게 하려는 데 목적이 있는 것으로 보인다. 따라서 이러한 사업자등록은 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 관할 세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립하고, 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과하다(대법원 2000. 12. 22. 선고 99두6903 판결, 대법원 2011. 1. 27. 선고 2008두2200 판결 등 참조).

이처럼 구 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록은 구 소득세법 제168조 및 위 규정이 준용하고 있는 부가가치세법 제8조에 따른 사업자등록과는 목적과 취지, 절차를 달리하므로, 구 민간임대주택법상 임대사업자등록이 형식적으로 신청인의 신청을 확인하는 절차에 불과하여 임대사업자등록 신청서를 제출한 때 성립한다고 볼 수는 없다.』

○ 7면 10행의 “2011. 12. 8., 2013. 3. 25., 2016. 1. 29.”를 “2012. 3. 6., 2013. 5. 24., 2016. 3. 3.”로 고친다.

○ 7면 18행과 19행 사이에 다음과 같은 내용을 추가한다.

『 이에 대하여 원고는 민간임대주택 임대사업자등록 신청일로부터 4일 만에 등록대장에 기재가 완료되어 임대사업자 등록증이 발급된 사례(갑 제12호증의 1, 2)를 들면서, 자신의 경우에도 위와 같이 등록 절차가 마쳐졌다면 1세대 1주택의 비과세 특례규정이 적용되었을 것이라고 주장한다. 그러나 ① 서초구청 직원은 2019. 10. 11. 원고의 구 민간임대주택법 제5조 제1항에 따른 임대사업자등록 신청을 접수하면서 신청서에 처리기한을 ‘2019. 10. 18.’로 명시하는 한편, 처리완료 예정일이 ‘2019. 10. 25.(10일 한)’로 기재된 접수증을 원고에게 교부하여 처리기한과 처리완료 예정일을 고지한 점, ② 서초구청장은 처리완료 예정일 이전인 2019. 10. 22. 이 사건 각 임대주택을 민간임대주택으로 등록을 마친 점, ③ 앞서 본 것처럼 관할 시장․군수․구청장은 임대사업자가 5년 이내에 민간임대주택 또는 공공임대주택 사업에서 부도가 발생한 사실이 있는지 등 등록기준에 적합한지를 확인해야 하는데, 이러한 확인을 통한 서초구청장의 원고에 대한 임대사업자등록 처리절차가 정당한 이유 없이 지연되었다고 볼 만한 자료가 없는 점 등을 고려하면, 원고가 들고 있는 사례만으로 이 사건 주택의 잔금 지급일인 2019. 10. 15. 원고를 구 민간임대주택법에 따른 임대사업자로 보는 것이 타당하다고 할 수 없다.』

○ 9면 7행의 “입대사업자등록”을 “임대사업자등록”으로 고친다.

○ 9면 10행의 “어렵다.” 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

『 따라서 구 지방세특례제한법 제31조 제1항에서 ‘임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 임대사업자로 등록한 경우’의 해석에 관한 일부 조세심판원 결정례만을 들어 1세대 1주택의 비과세 특례에 관한 구 소득세법 시행령 제155조 제20항 제2호의 ‘민간임대주택법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여’라는 문구에 ‘등록 신청을 한 경우’까지 포함된다고 볼 수는 없다.』

○ 9면 11행의 ”피고의 이 사건 거부처분은 결국하다.”를 “피고의 이 사건 거부처분은 결국 적법하다.”로 고친다.

2. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.