사무장병원은 부가가치세 면제 대상이 아님

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 4. 5.경 원고에 대하여 한 2013년 귀속 근로소득세 72,273,830원, 2014년

귀속 근로소득세 58,482,130원, 2015년 귀속 근로소득세 198,516,740원, 2016년 귀속

근로소득세 68,416,160원, 2018년 귀속 근로소득세 19,497,980원, 2019년 귀속 근로소

득세 22,289,950원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자들의 관계

원고 의료법인 AA재단(이하 ‘원고 의료법인’이라고만 한다)은 2007. 8. 28. 의

료법 제48조, 제33조 제2항에 의해 의료기관을 설치·운영할 목적으로 설립된 법인으로,

충남 금산군에 CC병원(이하 ‘이 사건 요양병원’이라 한다)을

개설하여 운영하고 있다. 지DD은 2008. 6. 9. 원고 의료법인의 이사장에 취임한 후

2011. 6. 9. 퇴임한 자이다(지DD에 대한 퇴임 등기는 2015. 12. 3. 이루어졌다).

나. 지DD의 이 사건 요양병원 운영 경위

1) 원고 의료법인은 2007. 8. 21. 설립허가를 받아 충남 금산군 인

근에 이 사건 요양병원을 개설하여 운영하여 왔는데, 이 사건 요양병원 개설당시 행정

원장이었던 지DD은 2008. 6. 초순경 원고 의료법인의 이사장이던 고EE로부터 이

사건 요양병원의 물적·인적시설과 원고 의료법인의 채권·채무를 인수하여 이 사건 요

양병원의 운영권 일체를 포괄적으로 양수하였다.

2) 지DD은 의료인이 아님에도 불구하고 2008. 6.경부터 2015. 11.경까지는 원고 의

료법인의 이사장으로서, 2015. 11. 9.경부터 2018. 2. 14.까지는 처남인 강만희를 원고

의료법인의 이사장으로 내세워 이 사건 요양병원을 실질적으로 운영하였다.

3) 지DD은 2008. 6. 9.경부터 2017. 11.경까지 위와 같이 이 사건 요양병원을 운

영하면서 의사를 고용하여 환자를 진료하게 한 다음 건강보험심사평가원에 요양급여비

용 명세서를 근거로 심사를 의뢰하고, 그 심사 결과를 통보받아 국민건강보험공단으로

부터 2008. 8. 26.부터 2017. 11. 2.까지 113회에 걸쳐 요양급여비 명목으로 합계

13,650,224,150원을 지급받았다.

다. 관련 형사판결의 경과

1) 지방검찰청 검사는 2018. 9. 28. 지DD을 의사 등이 아닌자는 의료기관을

개설하여서는 아니 된다는 의료법 제33조 규정을 위반하였다는 의료법위반 및 특정경

제범죄가중처벌등에관한법률위반(사기)죄로 기소하였는데, 구체적인 공소사실은 다음과

같다.

2) 지방법원은 2019. 8. 22. ‘원고 의료법인은 그 명의로 개설·운영된 이 사건

요양병원이 적법한 의료기관인 것과 같은 외관을 만들기 위하여 형식적으로 설립되어

존속하였을 뿐이고, 의료인이 아닌 지DD이 실질적으로 이 사건 요양병원을 운영하였

다’고 판단하여 위 1)항의 공소사실을 유죄로 인정한 후 지DD을 징역 3년에 처하는

판결을 선고하였다(2018고합호).

3) 지DD은 위 판결에 불복하여 항소 및 상고를 제기하였으나, 모두 기각되어 위

판결은 확정되었다(고등법원 2020. 4. 17. 선고 2019노호 판결, 대법원 2020.

7. 23. 선고 2020도호 판결, 이하 ‘관련 형사판결’이라 한다).

라. 원고 의료법인 등에 대한 요양급여비용 환수결정 및 관련 행정소송

1) 국민건강보험공단은 2018. 12. 10. ‘원고 의료법인 및 지DD이 의료법 제33조

제2항을 위반하여 요양급여비용을 청구·지급받았다’는 이유로, 원고 의료법인 및 지해

용에게 각 17,415,801,080원, 9,779,895,810원의 요양급여비용을 환수하는 결정을 하였

다(이하 ‘이 사건 환수처분’이라 한다).

2) 원고 의료법인 및 지DD은 국민건강보험공단을 상대로 서울행정법원에 이 사건

환수처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였고, 서울행정법원은 2020. 12. 24. ‘이 사건

요양병원은 의료법 제33조 제2항을 위반하여 개설된 의료기관에 해당하고, 원고 의료

법인은 이 사건 요양병원을 개설한 명의자로서 국민건강보험공단으로부터 이 사건 요

양병원에 대한 요양급여비용을 지급받았으므로, 국민건강보건법 제57조 제1항에 의해

부당징수처분의 상대방이 된다’는 이유 등으로 이 사건 환수처분의 처분사유는 인정하

고, 다만 원고 의료법인에게 요양급여비용 전액을 징수하는 것은 비례의 원칙을 위반

하여 재량권을 일탈·남용한 위법이 있다는 이유로 원고 의료법인에 대한 처분은 전부

취소하고, 지DD에 대한 처분은 적법하다고 보아 지DD의 청구는 기각하는 판결(서울

행정법원 2018구합호)을 선고하였다.

3) 이에 대하여 지DD과 국민건강보험공단이 서울고등법원에 항소하였고, 서울고

등법원은 2024. 6. 12. 항소심 계속 중인 2022. 9. 21. 국민건강보험공단이 원고 의료

법인 및 지DD에 대한 공단부담부분에 대해 환수금액을 감액한 사정을 감안하여 이

사건 요양급여 환수처분 중 감액된 부분을 초과하는 부분에 대한 취소청구 부분은 각

하하고, 지DD에 대한 환수처분 중 일부를 취소하며 나머지 청구를 모두 기각하는 것

으로 제1심 판결을 변경하는 판결을 선고하였다(서울고등법원 2021누호). 이에

대해 원고 의료법인 및 지DD, 국민건강보험공단이 모두 상고하여 상고심 계속 중이

다(대법원 2024호, 이하 ’환수처분 관련 판결‘이라 한다).

마. 이 사건 근로소득세 처분 등

1) 지방국세청장은 원고 의료법인에 대하여 2021. 3. 9.부터 2021. 7. 23.까지

2011년 사업연도부터 2019년 사업연도까지에 대한 법인세통합조사를 실시하였고, 그

결과 원고 의료법인은 국민건강보험공단을 기망하여 속칭 ‘사무장 병원’을 운영하였음

에도 적법한 의료기관인 것처럼 부가가치세 면제를 적용하여 2011년 제1기부터 2018

년 제1기까지 부가가치세 총 3,292,233,564원을 포탈하였고, 원고 의료법인 이사장 지

해용은 변칙 회계처리를 통해 원고 의료법인의 자금을 부당하게 유출하여 2011년 사

업연도 부터 2019년 사업연도까지 법인세 총 776,338,378원(= 고지세액: 781,175,425원

- 환급세액: 2018년 사업연도 법인세 4,787,047원)을 포탈하였다는 과세자료를 피고에

게 통보하였다.

이에 피고는 원고 의료법인에 대하여 2021. 9. 6. 법인세를, 2021. 7. 22. 및

2021. 9. 6. 부가가치세를 각 결정·고지(이하 ‘법인세 등 처분’이라 한다) 하는 동시에,

지DD에게 상여로 인한 소득금액변동통지를 하였다.

2) 이 사건 근로소득세 처분

그런데 원고 의료법인이 지DD에 대한 근로소득세(원천세) 신고·납부를 하지 않

자 2022. 4. 5.경 원고 의료법인에 대하여 아래 표 기재와 같이 2013년부터 2019년까

지의 귀속 원천징수분 근로소득세 합계 439,476,790원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사

건 근로소득세 처분’이라 한다).

3) 이 사건 근로소득세 처분에 대한 전심절차

원고 의료법인은 2022. 6. 24. 조세심판원에 ‘의료용역 제공에 따른 수입은 원고

의료법인의 것이 아니고 지DD이 사실상 수입금액의 실질적 귀속자이므로 원고 의료

법인에게 지DD이 인출한 돈을 상여로 소득금액변동통지 한 후 원천징수분 근로소득

세를 부과하는 처분을 하는 것은 부당하다’는 이유로 이 사건 근로소득세 처분의 취소

를 구하는 취지의 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 1. 4. 원고의 심판청구를

기각하였다(조세심판원 2022결정).

4) 법인세 등 처분에 관한 이의 및 소송 경과

한편 위 법인세 등 처분에 대하여는, 원고 의료법인이 조세심판원에 ‘원고 의료법

인이 아닌 지DD이 의료용역 제공의 주체이자 수입금액의 실질적 귀속자이다’라는 이

유로 이 사건 법인세 등 처분의 취소를 구하는 취지의 심판을 청구하였으나, 조세심판

원은 2022. 10. 27. 원고 의료법인의 심판청구를 기각하였고(조세심판원 2022

결정), 이에 원고 의료법인은 피고를 상대로 지방법원에 이 사건 법인세 등 처분에

대한 취소청구 소송을 제기하였는데, 지방법원은 2024. 7. 11. ‘① 원고 의료법인이

국민건강보험공단으로부터 환수금 결정 통지를 받았을 뿐, 그 해당 금액을 납부하지 않

은 이상 원고 의료법인이 국민건강보험공단으로부터 지급받은 요양급여는 법인세 및 부

가가치세 과세대상이 되고, ② 이 사건 요양병원은 의료법 제33조 제2항을 위반하여 개

설된 의료기관에 해당하므로 이 사건 요양병원에서 이루어진 진료행위 등의 용역은 구

부가가치세법 및 같은 법 시행령에서 정한 부가가치세 면제 대상인 의료법에 따른 의사

등이 제공하는 용역에 해당하지 아니하며, ③ 이 사건 요양병원의 수익은 법인사업자로

등록된 원고 의료법인에 귀속되는 이상 과세관청이 원고 의료법인의 소득을 근거로 이

사건 법인세 및 부가가치세 처분을 한 것은 실질과세의 원칙에 반한다고 볼 수 없다‘는

이유로 원고 의료법인의 청구를 기각하는 판결(2023호)을 선고하였고, 이에

대하여 원고가 항소하여 항소심 계속 중이다(고등법원 2024, 이하 ‘법인세

관련 소송’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 이 법원에 현저한

사실, 변론 전체의 취지

2. 원고 의료법인의 주장 요지

이 사건 요양병원의 의료용역 제공에 따른 수입은 원고 의료법인에 귀속되지 않고

사실상 지DD에게 귀속되었으므로, 지DD이 원고 의료법인에서 인출한 돈을 상여로

소득금액변동통지 한 후 원고 의료법인에게 원천징수분 근로소득세를 부과하는 처분을

하는 것은 부당하다

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 관련 법리

장부에 기재되지 않고 사외유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명하지 않은 한 과

세관청이 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서의 규정에 의하

여 대표자에 대한 상여로 소득처분할 수밖에 없고, 이 경우 그 귀속이 분명하다는 점

에 관한 증명책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2013. 3. 28. 선고

2010두20805 판결, 대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두51310 판결 등 참조).

그리고 법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 특

별한 사정이 없는 한 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에

대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당한다. 여기서 그 유용 당시부터 회수를 전제

하지 않은 것으로 볼 수 없는 특별한 사정에 관하여는 횡령의 주체인 대표이사 등의

법인 내에서의 실질적인 지위 및 법인에 대한 지배 정도, 횡령행위에 이르게 된 경위

및 횡령 이후의 법인의 조치 등을 통하여 그 대표이사 등의 의사를 법인의 의사와 동

일시하거나 대표이사 등과 법인의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로 보기 어

려운 경우인지 여부 등 제반 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하며,

이러한 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 한다(대법원 2008. 11. 13. 선

고 2007두23323 판결, 대법원 2013. 2. 28. 선고 2012두23822 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에

비추어 보면, 원고 의료법인에서 지DD에게 인출된 돈을 당시 원고 의료법인의 실질

적 대표자이자 운영자인 지DD에 대한 상여로 소득처분 한 것이 위법하거나 부당하다

고 볼 수 없다.

1) 앞서 본 바와 같이 지방국세청장은 원고 의료법인에 대하여 2021. 3. 9.부터

2021. 7. 23.까지 2011년부터 2019년까지 사업연도에 대한 법인세통합조사를 실시하였

고, 그 결과 지DD이 2011. 1. 3.부터 2018. 1. 26.까지의 기간 동안 원고 의료법인 계

좌에서 228차례에 걸쳐 2,480,633,970원을 ‘가지급금’ 또는 ‘이사장님 경비’ 등의 내용

으로 지DD 개인계좌로 입금하거나 수표나 현금으로 인출, 공사비 등의 명목으로 타

인계좌로 지급하면서 원고 의료법인 계좌에는 ‘(차)현금(또는 선급금) xxx, (대)보통예금

xxx’로 기장하는 등의 방법으로 원고 의료법인의 자금을 유출하였고, 그 중 일부금액인

994,934,000원을 다시 원고 의료법인 계좌로 입금하여 지DD이 원고 의료법인에서 부

당유출한 순자금은 1,485,699,970원으로 확인하였는바, 위 금액은 법인의 실질적 운영

자인 지DD이 법인의 자금을 유용한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 위 금액의 지출

자체로 이미 사외유출에 해당한다.

2) 관련 형사판결 및 환수처분에 관련 판결, 법인세 관련 소송 등에서 이 사건 요

양병원은 지DD이 실질적으로 운영하였다고 인정되었고, 원고 의료법인의 등기부상

지DD은 2008. 6. 9.부터 2015. 12. 3.까지 이사장으로 등기되어 있었으며 원고 의료

법인 역시 지DD이 이 사건 요양병원의 대표자이자 운영자임을 인정하는 전제에서 의

료용역 제공에 따른 수입은 원고 의료법인이 아닌 지DD에게 귀속되었다고 주장하는

바, 법인세법 제67조는 같은 법 제66조에 의한 법인세 과세표준의 경정이 있는 경우

익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타

사외유출·사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분하도록 규정하고, 법인세법

시행령 제106조 제1항 제1호에 의하면 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분

명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유

출로 처리하도록 되어있고, 그 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한

상여로 처리하도록 규정하고 있으므로, 피고가 원고 의료법인에서 지DD에게 유출된

금액을 상여로 처리한 것은 법인세법 및 법인세법 시행령에 부합한다.

3) 원고 의료법인이 환자로부터 받은 의료비 내지 국민건강보험공단 등으로부터 받

은 공적 의료비 등을 모두 포함한 원고 의료법인의 의료비 수입은 우선 원고 의료법인

에 귀속된 후 그 돈에서 위 1)항에서 본 바와 같이 지DD에게 유출되었고, 지DD이

원고 의료법인에서 자금을 유용한 것이 그 유용 당시부터 회수를 전제한 것임을 인정

할 만한 증거가 없다.

5. 결론

원고의 청구를 기각한다.