합병대가를 지급한 경우에 해당한다고 보기 어렵고, 합병매수차손은 분할하여 손금에 산입할 대상에 해당하지 아니한다고 봄이 타당함

상세내용

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

   제1심 판결을 취소한다. 피고가 201x. xx. xx. 원고에게 한 별지 1 목록 ‘본세’란 기재 법인세 및 농어촌특별세 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

  원고의 항소이유 주장은 제1심에서 주장한 바와 크게 다르지 않고, 제1심이 적법하게 채택하여 조사한 증거들에 원고가 당심에서 추가 제출한 증거들까지 보태어 보아도, 제1심의 사실 인정과 판단은 모두 정당하다. 따라서 이 사건에 관하여 우리 법원이 설시할 이유는, 다음과 같이 일부 고치거나 덧붙이는 부분을 빼면, 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지 2까지 포함하여 이를 인용한다(원고는 제1심 판결이 현금흐름할인법에 따른 수익가치를 이 사건 피합병법인의 순자산시가로 잘못 판단하였다는 취지의 주장도 하고 있으나, 제1심 판결 27, 28면에서 설시한 바는 현금흐름할인법에 따라 평가한 이 사건 피합병법인의 가치가 지급대가를 초과하는 점에 비추어, 원고가 이 사건 피합병법인에 그 실질가치를 초과하여 지급한 대가 자체가 없다고 볼 여지도 있다는 정도의 부수적 논거에 불과하고, 제1심 판결의 핵심적 논지는 결국 여러 사정을 종합하여 보았을 때 이 사건 피합병법인에 초과수익력이 없었다는 것이므로, 위와 같은 원고의 주장은 그 당부를 떠나 이 사건의 결론에 영향을 미칠 수 없다).

 ○ 제1심 판결 5면 8행의 “요청한 바 있다.”를 “요청한 바 있으나, 조사 결과 201x․201x사업연도 외의 사업연도에 대한 과세 사항은 따로 적출하지 않았다.”로 고친다.

 ○ 제1심 판결 7면 2행의 “법인세 통합조사 및” 바로 다음에 “그 과정에서 세무조사범위 확대에 따른”을 덧붙인다.

 ○ 제1심 판결 26면 하단에서 3, 4행 사이에 아래와 같은 내용을 덧붙인다.

 “(5) 원고는, 동종 사업을 영위하는 기업의 정상이익률을 초과하는 수익력이 초과수익력인데, 이 사건 피합병법인은 이 사건 사업에 관한 국내 독점사업자로서 동종 사업을 영위하는 다른 기업을 상정할 수 없으므로, 그 자체만으로도 초과수익력을 인정할 수 있다는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 그 주장의 근거로 적시하고 있는 대법원 2004. 4. 9. 선고 2003두7804 판결 등은 해당 기업이 보유한 사회적 신용, 특수한 제조기술, 특수거래관계의 존재 등으로 인한 제조판매의 독점성을 바탕으로 동종 사업을 영위하는 다른 기업이 올리는 수익보다 큰 수익을 올릴 수 있는지 등을 중심으로 초과수익력의 존부를 판단한 것이어서, 그저 국내 독점사업자의 지위를 가진 데 불과한 이 사건 피합병법인에 그대로 원용할 수 없고, 특히 국가가 한 기업에게 특정 사업에 대한 독점사업자의 지위를 부여하는 것은 해당 사업에 공영성이 존재하여 서비스 품질, 기반 시설에 대한 투자 등에 관하여 독점적 관리가 필요한 경우 등 다양한 목적이 있을 수 있고, 그러한 모든 경우에 정상이익률을 초과하는 수익력이 존재한다고 단정할 수 없다. 따라서 이 사건 피합병법인이 시장 독점적 지위에 있다는 사정만으로 초과수익력이 존재한다고 볼 수는 없다.”

 ○ 제1심 판결 27면 7행의 “있다”와 마침표 사이에 아래와 같은 내용을 덧붙인다.

 “(원고가 합병 이후 세무 신고 내용을 고려해야 한다며 거시하는 대법원 판결들은 모두 이와 같은 개정 전 법인세 관련 법령을 적용한 경우일 뿐이다)”

 ○ 제1심 판결 28면 2행 말미에 아래와 같은 내용을 덧붙인다.

 “원고는 구 법인세법 시행령 제80조의3 제3항에 의하면 합병매수차손은 합병대가에서 피합병법인의 순자산시가를 차감한 금액인바, 이 사건 합병매수차손 xx,xxx,xxx,xxx원은 이 사건 합병대가 xx,xxx,xxx,xxx원에서 이 사건 피합병법인의 순자산시가 x,xxx,xxx,xxx원을 차감한 금액이어서 위 규정상 정의에 부합하고, 이 사건 피합병법인의 순자산 공정가치 xx,xxx,xxx,xxx원(＝피합병법인의 발행주식총수 xx,xxx,xxx주 × 피합병법인 발행주식의 1주당 가격 x,xxx원)과 이 사건 합병대가 xx,xxx,xxx,xxx원의 차이는 합병 당시 피합병법인에 대하여 주식매수청구권을 행사한 주식의 수(xx,xxx,xxx주)를 제외하고 나머지에 대해서만 원고의 주식을 교부하였기 때문에 발생한 것일 뿐이므로, 이 사건 피합병법인의 순자산시가를 초과하여 합병대가를 지급한 것으로 보아야 한다는 취지로 주장한다(2023. 12. 19.자 원고의 구술변론자료 참조). 그러나 구 법인세법 시행령 제80조의3 제3항은 양도가액이 순자산시가를 초과하는 경우 그 차액을 합병매수차손으로 본다고 정하고 있고, 구 법인세법 제44조의2 제2항은 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액을 순자산시가로 정하고 있는 반면, 같은 법 제44조 제1항 제2호는 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액을 순자산장부가액으로 정하고 있는바, 원고가 순자산시가라고 주장하는 x,xxx,xxx,xxx원은 앞서 본 바와 같이 이 사건 피합병법인의 순자산장부가액에 불과하여 이와 전제를 달리하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다(나아가 구 법인세법 제44조의3이 적격합병에 대하여 같은 법 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 순자산시가가 아닌 장부가액으로 양도받은 것으로 의제하도록 규정하고, 일정 기간이 지나기 전에 승계받은 사업을 폐지하는 경우 순자산시가에 따라 다시 세무조정을 하도록 하고 있는 이상, 이 사건 피합병법인의 순자산장부가액과 순자산시가가 동일하다고 쉽사리 평가할 수도 없다). 또한, 피합병법인의 주식에 대하여 주식매수청구권의 행사가 있었다고 한들, 그로 인하여 피합병법인의 가치에는 아무런 변동이 없음이 명백함에도, 이 사건 피합병법인의 주식 중 주식매수청구권을 행사한 주식을 제외하고 합병대가를 산정하여 지급하였다면, 원고가 이 사건 피합병법인의 순자산시가를 초과한 합병대가를 지급하였다고 단정하기 어렵다.”

 ○ 제1심 판결 31면 6행의 “아니한 점”을 “아니하고, 실제로 201x년 세무조사 결과 201x․201x사업연도 외의 사업연도에 관한 과세 사항은 적출하지 아니한 점”

 ○ 제1심 판결 31면 하단에서 2행의 “어려운 점” 바로 다음에 쉼표를 찍고, 이어서 아래와 같은 내용을 덧붙인다.

  “원고는 당심에 이르러 201x년 세무조사 당시 원고를 대리하였던 GG회계법인 소속 회계사 권HH의 사실확인서(갑 제45호증)를 제출하였으나, 그 기재에 따르더라도 권HH가 세무조사 과정에서 단순히 이 사건 합병매수차손의 금액을 기술적으로 산정하는 방법에 대하여 설명하였다는 것일 뿐, 이 사건 피합병법인에 초과수익력이 존재하는지, 원고가 그러한 사업상 가치에 대한 대가를 지급하였는지를 두고는 어떠한 조사가 있었다고 보기는 힘든 점”

2. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.