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판례 / 주임종단기대여금 계정에 계상된 금액이 법인의 사업과 관련하여 사용한 것(아파트 신축을 위해 토지를 매입하며 양도소득세를 대납한 비용)임이 인정되므로, 대표자 상여처분은 부적법함
판례 정보 서울고등법원 일반행정

주임종단기대여금 계정에 계상된 금액이 법인의 사업과 관련하여 사용한 것(아파트 신축을 위해 토지를 매입하며 양도소득세를 대납한 비용)임이 인정되므로, 대표자 상여처분은 부적법함

서울고등법원은 원고에 대한 2017년 귀속 종합소득세 41,909,665원 부과처분 취소를 인용한 제1심판결을 유지하고 피고의 항소를 기각하였다. 피고는 이 사건 회사의 2012년 기준 주임종단기대여금 중 149,543,356원이 회수되지 않은 가지급금이라고 보아 원고에게 상여처분한 뒤 종합소득세를 부과하였다. 법원은 이 사건 회사가 아파트 신축을 위한 토지 매입 과정에서 매도인 박EE, 이FF의 양도소득세 및 주민세 578,291,410원을 대납한 사실이 원장, 계좌내역, 확인서, 과세정보회신 및 증언의 전체적 맥락 등에 의해 인정된다고 보았다. 또한 피고가 제출한 증거만으로는 쟁점금액이 원고에게 유출 또는 지급되었다고 인정하기 부족하므로, 이를 대표자 상여로 보아 한 과세처분은 부적법하다고 판단하였다.

서울고등법원-2025-누-3578 2025.07.11 마지막 업데이트 2026.05.27

기본 정보

법원
서울고등법원
사건번호
서울고등법원-2025-누-3578
사건구분
누
선고일
2025.07.11
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 주임종단기대여금 계정에 계상된 쟁점금액이 대표자에게 유출된 가지급금인지 여부
  • 아파트 신축을 위한 토지 매입 과정에서 매도인들의 양도소득세 및 주민세 대납 사실이 인정되는지 여부
  • 소 제기 후 제출된 기안서, 자금집행승인서, 보통예금 계정별원장의 신빙성을 인정할 수 있는지 여부
  • 양도인들의 증언과 계좌내역, 과세정보회신 등 객관적 자료를 어떻게 평가할 것인지 여부
  • 과세처분의 적법성 및 쟁점금액의 대표자 유출 여부에 대한 주장증명책임의 소재

판례 포인트

  • 법인 장부상 주임종단기대여금으로 계상된 금액이라도 법인의 사업 관련 지출로 사용된 사실이 인정되면 대표자 상여처분의 근거로 삼기 어렵다.
  • 토지 매입 과정에서 매도인의 양도소득세 등을 매수 법인이 부담하기로 하고 이를 포함해 매매대금을 정한 사정은 계좌흐름, 원장, 과세정보회신, 증언의 전체적 맥락을 종합해 판단할 수 있다.
  • 소 제기 후 제출된 내부 문서라도 제출 경위가 설명되고 다른 증거와 대체로 부합하며 진정성립이나 신빙성을 부정할 자료가 없으면 배척되지 않을 수 있다.
  • 장기간 경과 후 이루어진 증언은 일부 기억 혼동이나 부정확성이 있을 수 있으므로 전체 취지와 객관자료를 함께 보아야 한다.
  • 과세처분의 적법성에 대한 주장증명책임은 처분청에게 있고, 처분청 증거만으로 대표자 유출 또는 지급이 인정되지 않으면 상여처분은 유지되기 어렵다.
  • 주임종단기대여금 잔액이 양도소득세 등 대납액보다 작다는 사정만으로 대납 사실을 부정하기 어렵고, 지급 재원이 모두 해당 계정으로 계상되지 않았을 가능성도 고려되었다.

자주 묻는 질문

Q 아파트 신축 토지 매입 과정에서 대납한 양도소득세를 주임종단기대여금으로 계상한 경우 대표자 상여처분이 적법한가요?

A 서울고등법원은 이 사건에서 아파트 신축을 위한 토지 매입 과정에서 원소유주들의 양도소득세와 주민세를 대납한 비용이 주임종단기대여금으로 계상된 것으로 보았습니다. 원장, 계좌내역, 확인서 등 증거에 비추어 해당 금액이 법인의 사업과 관련해 사용된 것으로 인정되므로, 이를 회수되지 않은 가지급금으로 보아 대표자에게 상여처분하고 종합소득세를 부과한 것은 부적법하다고 판단했습니다.

Q 서울고등법원 2025누3578 사건에서 종합소득세 부과처분이 취소된 이유는 무엇인가요?

A 이 사건 처분은 법인 폐업 시 확인된 주임종단기대여금 중 149,543,356원을 회수되지 않은 가지급금으로 보고, 이를 대표자인 원고의 소득으로 보아 2017년 귀속 종합소득세를 부과한 것이었습니다. 법원은 해당 법인이 토지 매입 과정에서 양도소득세 및 주민세 578,291,410원을 대납한 사실이 인정되고, 쟁점금액이 원고에게 유출되거나 지급되었다고 볼 증거가 부족하다고 보았습니다. 이에 따라 종합소득세 부과처분은 취소되어야 한다고 판단했습니다.

Q 법원은 매도인들이 양도소득세를 직접 부담했다는 세무서장의 주장을 받아들였나요?

A 법원은 세무서장의 주장을 받아들이지 않았습니다. 일부 증언에는 매도인이 세금을 부담한 것처럼 보이는 표현이 있었지만, 전체 증언의 취지와 계좌내역 등을 종합하면 매수인인 법인이 양도소득세 등을 부담하기로 하고 그 세금 상당액을 반영해 매매대금을 정한 것으로 보았습니다. 또한 증언은 약 15년 이상 지난 뒤 이루어진 것이어서 일부 기억의 혼동 가능성도 고려했습니다.

Q 이 사건에서 기안서와 자금집행승인서 등 사후 제출 자료의 신빙성은 어떻게 판단되었나요?

A 피고는 기안서, 자금집행승인서, 보통예금 계정별원장이 소 제기 후 제출되었고 원고가 임의로 작성할 수 있는 문서라며 신빙성을 다투었습니다. 그러나 법원은 처분이 회사 폐업 후 뒤늦게 이루어져 원고가 자료를 수집하고 확보하는 데 어려움이 있었던 점을 고려했습니다. 또 해당 서증들이 과세정보제출명령 결과 등 다른 증거와 대체로 부합하고, 진정성립이나 신빙성을 부정할 뚜렷한 자료가 없다고 보아 피고의 주장을 배척했습니다.

Q 대표자 상여처분의 적법성에 대한 증명책임은 누구에게 있나요?

A 법원은 처분의 적법성에 대한 주장·증명책임은 처분청인 피고에게 있다고 보았습니다. 이 사건에서는 피고가 제출한 증거만으로 주임종단기대여금 중 쟁점금액이 원고에게 유출되거나 지급되었다고 인정하기 부족하다고 판단했습니다. 따라서 이를 대표자 상여로 보아 종합소득세를 부과한 처분은 유지되기 어렵다고 보았습니다.

Q 주임종단기대여금 금액이 대납한 세금보다 적으면 대납 사실이 부정되나요?

A 법원은 주임종단기대여금 금액이 대납한 세금보다 작다는 사정만으로 대납 사실을 부정하지 않았습니다. 이 사건 법인이 양도소득세 및 주민세 대납을 위해 쟁점금액을 초과하는 578,291,410원을 부담한 사실이 인정된다고 보았습니다. 또한 사업을 위해 부담한 양도소득세 등의 지급 재원이 모두 주임종단기대여금으로 계상되지 않았을 가능성도 배제하기 어렵다고 판단했습니다.

판결 내용

  • 종소
주임종단기대여금 계정에 계상된 금액이 법인의 사업과 관련하여 사용한 것(아파트 신축을 위해 토지를 매입하며 양도소득세를 대납한 비용)임이 인정되므로, 대표자 상여처분은 부적법함 국패
  • 서울고등법원-2025-누-3578
  • 귀속년도 : 2017
  • 심급 : 2심
  • 등록일자 : 2025.12.30.
  • 생산일자 : 2025.07.11.
  • 진행상태 : 완료
관련 법령
소득세법 시행령 제106조
요지 판결내용 상세내용

요지

(1심 판결과 같음) 아파트 신축을 위해 토지를 매입하며 원소유주들의 양도소득세를 대납한 비용을 주임종단기대여금으로 계상하였음이 원장, 계좌내역, 확인서 등에 따라 확인되므로, 법인 폐업 시 확인되는 주임종단기대여금을 가지급금으로 보아 대표자에게 종합소득세를 부과한 것은 부적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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사 건

2025누3578 종합소득세부과처분취소

원 고

유AA

피 고

BB세무서장 

변 론 종 결

2025. 5. 16.

판 결 선 고

2025. 7. 11.

주 문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

[청구취지]

피고가 2021. 1. 13. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 종합소득세 41,909,665원 부과처분을 취소한다.

[항소취지]

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

피고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 피고의 제1심에서의 주장을 다시 살펴보더라도 제1심에서의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 따라서 이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 아래 제2항과 같이 일부 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

○ 제1심판결 제2면 ‘이유’ 아래 제6행의 “사내이사이다.”를 “사내이사였다.”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제4면 제9행의 “이 법원의”를 “제1심법원의”로 고쳐 쓰고, 이하의 부분에서도 위와 같이 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제4면 제12행의 “인정된다.”를 “인정된다[이에 대하여 피고는 갑 제10호증의 1(기안서), 갑 제10호증의 2(자금집행승인서), 갑 제13호증(보통예금 계정별원장)은 이 사건 소 제기 후 제출된 것으로 원고가 이를 임의로 작성할 수 있는 문서들이어서 이를 신빙할 수 없다는 취지로 다툰다. 그러나 원고가 위 서증들을 제1심법원 단계에서 제출하기는 하였지만 이는 이 사건 처분이 이 사건 회사 폐업 후인 2021. 1. 13.에서야 뒤늦게 이루어짐에 따라 원고가 관련 자료를 수집․확보하기에 어려움이 있었던 것에 기인한다고 보이는 점, 위 각 서증의 기재는 제1심법원의 ○○세무서장, ○○세무서장에 대한 각 과세정보제출명령 결과를 비롯한 나머지 증거들의 기재와 대체로 부합하는 점, 달리 원고가 제출한 위 서증들의 진정성립이나 그 신빙성을 부정할 만한 뚜렷한 자료도 찾아볼 수 없는 점 등을 종합하면, 피고의 위 주장은 받아들이기 어렵다].”

○ 제1심판결 제5면 제12행의 “2007. 2. 27.”을 “2007. 2. 27. 내지 2007. 2. 28.”로 고

쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제13면 마지막 행 다음에 아래의 내용을 추가한다.

『3) 이에 대하여 피고는, 제1심 증인 이FF, 박EE의 각 증언에 따르면 양도인 이FF, 박EE 본인이 양도소득세 및 주민세를 각 부담한 것으로 보이고, 이FF은 토지매매대금으로 약 13억 원을 받았다는 취지로 증언하였는데 이는 신고된 토지 거래가액 1,540,000,000원에 미치지 못하는 점, 만약 이 사건 회사가 위 양도소득세 등 대납액을 주임종단기대여금 계정에 계상하였다면 주임종단기대여금이 양도소득세 등 대납액보다 같거나 커야 할 것임에도 위 대납액보다 작은 금액에 불과한 점 등에 비추어 이 사건 회사가 이FF, 박EE의 양도소득세 등을 대납하였다고 볼 수는 없다는 취지로 주장한다.

   살피건대, 이FF은 제1심법원에 증인으로 출석하여 ‘제가 땅을 팔고 받은 돈에서 세금을 다 공제하고 나머지를 준 것이니까 제 돈으로 낸 것이다’라는 취지로 증언하였고, 박EE도 제1심법원에 증인으로 출석하여 ‘잘 기억나지는 않지만 그 자리에서 계산할 거 다 하고 뺄 거 빼고 나머지를 주었다’는 취지로 증언하였으나, 당시 이FF은 ‘양도소득세는 이 사건 회사(당시 회사 명칭 ’cc시티건설‘)가 부담했고, 납부영수증도 다 받았다. 매매대금 약 18억 원 중 약 8억 원을 원고에게 반환했고, 원고는 여기에서 세금을 공제하고 약 3억 원을 다시 주었다’는 취지로 상세히 증언하였으며, 박EE도 제1심법원에 증인으로 출석하여 ‘매매대금 중 양도소득세 등을 그 자리에서 계산해서 제하고 나머지 돈을 지급받았으며, 양도소득세 등 세금은 매수자 측에서 납부해 주었다’는 취지로 증언한 점, 여기에 위 각 증언의 내용과 취지 및 전체적인 맥락, 기타 제반 사정을 종합하면 당시 매수인인 이 사건 회사가 양도소득세 등을 부담하기로 하여,매매대금에 양도소득세 등 매도인 측이 부담할 세금 상당액을 보태어 전체 매매대금으로 정한 다음, 양도소득세 등 매수인 측이 부담할 세금 액수를 제외한 금액을 이FF, 박EE에게 지급한 것으로 봄이 상당하다.

   한편 이FF의 위 증언 내용은 당시 위 양도소득세 등 공제를 거쳐 이 사건 회사로부터 지급받은 돈이 1,874,378,000원임을 전제로 한 것으로 보이는데, 갑 제13호증의 기재에 의하면 이 사건 회사는 이FF에게 2007. 3. 30.경 154,000,000원을 먼저 지급한 다음 2007. 5. 21.경 1,874,378,000원을 지급하였고, 그날 다시 이FF으로부터 853,378,000원을 반환받은 뒤 같은 날 345,000,000원과 20,000,000원을 이FF 측에 입금한 사실이 인정되므로, 결국 이 사건 회사가 양도소득세 등 세금을 대납하는 방식으로 이FF에게 지급한 금액은 총 1,540,000,000원이라고 봄이 상당하고, 이는 이FF 명의로 처리된 양도소득세 신고 당시의 양도가액과도 일치함을 알 수 있다(○○세무서장의 2024. 5. 23.자 과세정보회신 참조).

    나아가 이FF, 박EE이 이 사건 회사와 토지 매매계약을 체결하고 대금을 지급받은 시기는 2007년경이었으므로, 그로부터 약 15년 이상 경과한 후 이루어진 위 각 증언에는 사실관계를 일부 혼동하거나 시간의 경과에 따라 기억이 흐려짐으로써 일부 부정확한 부분이 포함되어 있을 수 있음을 감안하면, 이 사건 회사가 박EE, 이FF의 양도소득세 및 주민세(다만 박EE에 관하여는 193-15 토지 지분 관련분에 한정된다는 점은 앞서 본 바와 같다) 578,291,410원을 대납한 사실은 앞서 든 증거에 비추어 충분히 인정된다고 봄이 타당하다. 한편 이 사건 처분은 이 사건 회사의 2012년 기준 주임종단기대여금 중 이 사건 쟁점금액(149,543,356원)이 회수되지 않은 가지급금으로 보아 그 인정이자와 함께 원고에게 상여 처분된 후 이를 원고의 소득으로 보아 원고에게 종합소득세를 부과 처분한 것인데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 회사는 박EE, 이FF의 양도소득세 및 주민세 대납을 위하여 이 사건 쟁점금액을 초과하는 위 578,291,410원을 부담하였음이 확인되고, 이 사건 회사가 이 사건 사업을 위하여 부담한 양도소득세 등의 지급 재원이 모두 주임종단기대여금으로 계상되지 않았을 가능성도 배제하기 어

렵다. 무엇보다 처분의 적법성에 대한 주장증명책임은 처분청인 피고에게 있는 것인데(대법원 1983. 9. 13. 선고 83누288 판결 등 참조), 이 사건에서 피고가 제출한 증거만으로는 이 사건 쟁점금액이 원고에게 유출 또는 지급되었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.』

3. 결론

 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

국세법령정보시스템

관련 법령

소득세법 시행령 제106조 행정소송법 제8조 제2항 민사소송법 제420조 대법원 1983. 9. 13. 선고 83누288 판결 ○○세무서장의 2024. 5. 23.자 과세정보회신 갑 제10호증의 1 기안서 갑 제10호증의 2 자금집행승인서 갑 제13호증 보통예금 계정별원장

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