쟁점 이자수익은 조세특례제한법 제121조의2에 따른 외국인 투자에 대한 법인세 감면대상 소득에 해당하지 아니함

상세내용

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 3. 17. [별지] 기재와 같이 원고에 대하여 한 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

1. 제1심판결의 인용

  이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 원고의 이 법원에서의 주장에 대하여 아래 제2항과 같은 판단을 추가하는 이외에는 제1심판결의 이유 부분 기재(별지를 포함 한다)와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 추가 판단

  가. 쟁점 이자수익이 감면대상소득에 해당한다는 주장에 관한 판단

    1) 원고는 특별법우선의 원칙에 따라 법인세법 기본통칙보다 조세특례제한법 기본통칙이 우선하여 적용되어야 하는데, 조세특례제한법 기본통칙에 의하면 이자수익이 감면소득에 포함되지 않는 경우만 열거하고 있으므로 여기에 열거되지 않는 쟁점 이자수익은 감면소득에 해당하고, 쟁점 이자수익은 감면대상 사업 운영에 필요한 자금 예치 과정에서 발생하였으므로, 필수적으로 요구되는 영업활동으로 인한 소득에 해당하는바, 이 사건 이자수익 중 감면사업의 매출액으로 안분한 금액을 감면사업 익금으로 구분하여야 한다고 주장한다.

    2) 살피건대, 제1심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 쟁점 이자수익은 법인세 감면 대상소득에 해당한다고 보기 어렵고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

      ① 조세특례제한법 기본통칙 6-0…2(감면대상소득의 범위)¹⁾에는 이자수익이 감면소득에 포함되지 않는 경우를 열거하고 있는데, 이는 조세특례제한법 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면), 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면), 제63조(수도권 밖으로 공장을 이전하는 기업에 대한 세액감면 등), 제64조(농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면), 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등), 제67조(영어조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등), 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) 등으로, 위 규정들은 특정 기업 또는 법인의 소득 중에서 “해당 사업에서 발생한 소득”, “해당 사업장에서 발생한 소득” 등으로 명시하고 있는바, 해당 사업의 영업활동 그 자체로 인한 소득에 관하여 감면대상이 된다는 것으로 해석함이 타당하고, 조세법령의 전체 체계에 비추어 보더라도 사업소득과 이자소득은 준별되고 있으므로, 비록 조세특례제한법 기본통칙에서 이자수익이 감면소득에 포함되지 않는 경우에 이 사건 규정(외국인투자에 대한 조세 감면)을 명시하고 있지는 않더라도, 조세법령의 유기적이고 통일적인 해석상 쟁점 이자수익 역시 조세특례제한법 제121조의2 제2항에서 ‘감면 대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득’에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.

      ② 원고는 7년간 이 사건 감면사업을 영위하면서 원재료의 가격 변동 및 환율변동에 대비하기 위한 안전자금과 설비투자 자금 등 명목으로 현금 자산을 금융기관의 단기 예금 등에 예치하였다는 것인데, 이로부터 발생한 이자수익을 원고의 영업활동과 직접 관련되어 그 사업을 보다 효율적ㆍ안정적으로 운영하고, 원고의 손실을 방지하기 위하여 필수적으로 요구되는 영업활동으로 인한 소득으로 보기 어려울 뿐만 아니라, 쟁점 이자수익을 이 사건 감면사업에서 직접 발생한 소득으로 보지 않아 감면사업의 소득에 해당되지 않는다고 하더라도 원고가 당연히 영업상 이익을 잠식당할 위험에 노출된다고 볼 수도 없다.

  나. 쟁점 이자소득을 구분경리하지 않아도 된다는 주장에 관한 판단

    1) 원고는 쟁점 이자수익은 감면사업 부분과 비감면사업 부분으로 구분할 수 없는 공통되는 익금이므로 법인세법 시행규칙 제75조에 의하여 구분경리하지 않아도 된다는 취지로도 주장한다.

    2) 구 조세특례제한법 제143조 제1항은 내국인이 같은 법에 따라 세액감면을 적용 받는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제136조 제1항은 위 구분경리에 관하여는 구 법인세법(2021. 12. 21. 법률 제18590호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제113조의 규정을 준용한다고 규정하며, 같은 법 제113조 제1항 내지 제6항은 비영리법인 등의 구분경리에 대해 규정하고, 같은 조 제7항은 위 규정에 따른 구분경리의 방법 등의 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고, 구 법인세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32418호로 일부 개정되기 전의 것) 제156조 제1항은 위 구분경리에 대한 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리 하여야 하며, 구 법인세법 시행규칙 제75조 제1항은 위 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 하나, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다고 규정하고, 같은 조 제2항은 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 위 제1항 등의 규정을 준용하여 구분경리 하여야 한다고 규정한다.

    3) 구분경리라 함은 자산ㆍ부채 및 손익을 사업별로 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하는 것을 말하고, 그와 같이 사업별로 별개의 회계로 구분하여 경리하고 있다고 보기 위해서는 자산․부채 및 손익을 그 용도나 발생원천 등에 따라 귀속되는 해당 사업을 명백히 하고, 그에 따라 독립된 계정과목으로 구분하여 기장하는 등의 방법에 의해 특정 사업에 관련된 자산․부채 및 손익이 그 밖의 다른 사업과 명확히 구별되어 인식할 수 있을 정도에 이르러야 한다(대법원 2002. 12. 10. 선고 2000두568 판결 참조).

    4) 살피건대, 제1심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 사업소득과 이자소득은 준별되며 이자소득은 사업소득에 포함되지 않는다고 봄이 상당한 점, ② 금전의 성질상 투자금, 투자사업에서 발생한 매출액, 매출에서 발생한 현금수입 등 수입이자가 발생한 자금의 원천을 구분하는 것이 가능하므로, 자금의 원천에 따라 구분경리하는 것이 불가능해 보이지 않는 점, ③ 그럼에도 원고는 2014년 사업연도부터 2020년 사업연도까지 7년간 이 사건 감면사업을 영위하면서, 감면사업과 비감면사업에서 발생한 현금을 공통의 계좌에서 관리하면서 수입이자에 관하여 구분경리를 하지 않은 점 등을 종합하여 보면, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금에 해당하여 구분경리할 수 없는 경우에 해당한다고 보기 어렵다.

  다. 신뢰보호 원칙 위반 주장에 관한 판단

    1) 원고는 국세청이 국세법령정보센터에 공개한「외국법인 및 외국인투자기업 납세안내」책자에서는 2001년부터 2022년까지 매년 수입이자를 공통익금으로 보아 매출액 비율로 안분하여 감면세액을 계산하였으므로, 이에 반하는 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장한다.

    2) 행정기본법 제12조는 ‘행정청은 공익 또는 제3자의 이익을 현저히 해칠 우려가 있는 경우를 제외하고는 행정에 대한 국민의 정당하고 합리적인 신뢰를 보호하여야 한다’고 규정하고 있다(제1항). 이와 같이 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책 사유가 없어야 하며, 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 행정청이 그 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 그 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다(대법원 2020. 7. 23. 선고 2020두33824 판결 참조).

    3) 이 사건에 관하여 보건대,「외국법인 및 외국인투자기업 납세안내」책자(2023년 개정 전)에 소개된 사례는 세액의 계산방법을 예시한 것에 불과하여 이 사건에 직접 적용가능한 실무례라고 보기 어렵고, 위 책자의 말미에는 ‘이 책자에 실린 내용을 실무에 적용할 때에는 반드시 관련 세법령 및 해석사례 등의 원본을 찾아 확인하시기 바랍니다’라고 기재되어 있는바, 이를 두고 피고가 공적인 견해를 표명하였다고 할 수 없고 원고에게 그에 대한 신뢰가 형성되었다고 할 수도 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.