이 사건 계약이 적법하게 취소되어 그에 기한 취득세 과세처분이 위법하다고 볼 수 있는지 여부

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【판결요지】

계약 체결 후 세제 혜택이 없음을 알게 되어 상호 계약 취소 통지를 하였으나, 이는 실질적으로 이미 성립한 조세채권(취득세 등)에 영향을 미칠 수 없는 합의해제에 불과

【전문】

【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.

【이유】

▣이 유

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나 상고인의 상고이유에 관한 주장은「상고심절차에 관한 특례법」제4조 제1항 각 호에서 정한 사유를 포함하지 아니하거나 원심판결에 영향을 미치지 아니하는 때에 해당한다.
그러므로「상고심절차에 관한 특례법」제5조에 따라 상고를 기각하기로 하여,관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【전문】

【주문】

 
1.  제1심판결을 취소한다.
 
2.  원고의 청구를 기각한다.
 
3.  소송 총비용은 원고가 부담한다.

【이유】

▣청구취지 및 항소취지

 
1. 청구취지

주위적으로,피고가2022. 3. 7.원고에 대하여 한[별지1] ‘2022. 3. 7.자 부과처분’중‘최종 부과처분’란 기재 취득세,지방교육세 및 농어촌특별세(각 가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.예비적으로,피고가2022. 4. 27.원고에 대하여 한[별지2] ‘2022. 4. 27.자 경정거부처분’기재 경정거부처분 및2022. 3. 7.원고에 대하여 한[별지1] ‘2022. 3. 7.부과처분’중‘증액분 고지세액’란 기재 취득세,지방교육세 및 농어촌특별세(각 가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.
 
2. 항소취지

주문과 같다.
▣이 유

 
1. 기초사실 및 원고 주장의 요지

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심판결 이유 중 해당 부분(제1, 2항)기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.
 
2. 주위적 청구에 관한 판단

 
가. 관련 법리 및 인정사실

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심판결 이유 중 해당 부분(제3의 가.,나.항)기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어와[별지3]을 포함하여 이를 그대로 인용한다.
 
다. 이 사건 증액부과처분의 적법 여부에 관한 판단

1)이 사건 신고납부와 이 사건 증액부과처분의 관계

과세표준과 세액을 증액하는 증액경정처분은 당초 납세의무자가 신고하거나 과세관청이 결정한 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라 당초신고나 결정에서 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로,당초신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 오직 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되는 점,증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 증액경정처분의 위법 여부는 그 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 하고 당초신고에 관한 과다신고사유나 과세관청의 증액경정사유는 증액경정처분의 위법성을 뒷받침하는 개개의 위법사유에 불과한 점,경정청구나 부과처분에 대한 항고소송은 모두 정당한 과세표준과 세액의 존부를 정하고자 하는 동일한 목적을 가진 불복수단으로서 납세의무자로 하여금 과다신고사유에 대하여는 경정청구로써,과세관청의 증액경정사유에 대하여는 항고소송으로써 각각 다투게 하는 것은 납세의무자의 권익보호나 소송경제에도 부합하지 않는 점 등에 비추어 보면,납세의무자는 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 과세관청의 증액경정사유뿐만 아니라 당초신고에 관한 과다신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다(대법원2013. 4. 18.선고2010두11733전원합의체 판결 등 참조).
따라서 원고는 이 사건 증액경정처분의 취소를 구하면서 이 사건 신고납부에 따른 세액 부분의 납세의무에 관하여도 함께 주장하여 다툴 수 있으므로,이 사건 증액부과처분의 적법성 여부를 원고가 이 사건 각 부동산의 취득과 관련하여 취득세 등의 납부의무를 부담하는지의 관점에서 판단한다.
2)이 사건 계약이 민법 제109조 제1항에 따라 적법하게 취소되었는지 여부

가)앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면,원고와○○○는‘원고가 중소기업기본법상 중소기업에 해당하므로,이 사건 계약에 따른 이행과정에서 조세특례제한법 제31조 및 지방세특례제한법 제57조의2제3항 제5호 등이 적용되어,원고에 대하여는 취득세 등이 감면되고,○○○에 대하여도 양도소득세가 이월과세되는 것으로 착오한 것으로 보인다.
나아가 이 사건 계약의 대상이 된 이 사건 각 부동산의 가액 및 원고가 발행하여○○○에게 교부한 신주의 가액,이 사건 거래가 취득세 등 감면 대상이 아닐 경우 원고와○○○에게 각 부과될 세액의 규모 등을 고려하면,원고와○○○로서는 위와 같은 착오를 일으키지 않았더라면 이 사건 계약을 체결하지 않았거나 적어도 동일한 내용의 계약을 체결하지 않았을 것으로 볼 여지가 크므로,위와 같은 착오는 계약 내용의 중요 부분에 관한 것에 해당한다고 보이고,이는 동기의 착오로서 이 사건 계약 당시 계약 내용에 편입되어 상대방에게 표시되어 법률행위의 중요한 내용이 된 것으로 보이기는 한다.
나)그러나 한편 앞서 든 증거,갑 제11호증,을 제8, 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면,위와 같은 원고와○○○의 과실은 이 사건 각 부동산과 같은 고액의 부동산을 매매할 뿐만 아니라 그에 수반되는 세제해택까지 의욕한 자에게 요구되는 통상의 주의 정도를 현저하게 결여한 것으로 중대한 과실에 해당한다고 봄이 상당하다.그렇다면 원고와○○○로서는 민법 제109조 제1항에 따라 이 사건 계약을 취소할 수 없으므로,원고와○○○가 앞서 본 것처럼 상대방에 대하여 민법 제109조 제1항에 따라 이 사건 계약을 취소한다는 취지의 의사표시를 하였다고 하더라도 이로써 이 사건 증액부과처분 당시 이 사건 계약이 적법하게 취소되었다고 볼 수 없고,아래에서 보는 것과 같이 그 실질은 합의해제로 판단될 뿐이다.따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.
(1)원고가 중소기업기본법상 중소기업에 해당하는지 여부

①중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호(나)목에 따라 자산총액이5천억 원 이상인 법인이 주식등의100분의30이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업은 중소기업기본법상 중소기업에 해당하지 않는다.그런데 앞서 본 것처럼 원고의 발행주식 전부를 주식회사○○(이하’○○‘이라 한다)이 보유하고 있고,○○은2018년 및2019년말 기준 자산총액이5,000억 원을 초과하므로,원고는 설립 당시부터 중소기업법상 중소기업에 해당하지 않는다.
②또한 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호(다)목에 의하면,관계기업1)에 속하는 기업의 경우에는 같은 시행령 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이[별표1]의 기준에 맞지 아니하는 기업 역시 중소기업에 해당하지 않는데,이러한 경우 지배기업과 종속기업 중 평균매출액등이 큰 기업의 주된 업종을 지배기업과 종속기업의 주된 업종으로 본다(같은 시행령 제4조 제2항).
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주1)「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」제4조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 의미한다(중소기업기본법 시행령 제2조 제3호).
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○○은「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」제4조,같은 법 시행령 제5조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업으로 원고의 설립 시부터 원고의 주식100%를 직접 보유하고 있어 중소기업기본법 시행령 제2조 제3호에 따른 관계기업에 해당한다.이러한 경우 원고의 평균매출액등을 산정함에 있어서는 중소기업기본법 시행령 제7조의4제1항 및[별표2]의 기준에 따라 지배기업인○○의 평균매출액등에 종속기업인 원고의 평균매출액등을 합산하여야 하는데,○○의 기업 규모(2022년 말 기준 자본금 및 매출액이 각3,000여억 원에 달한다)등을 고려해 볼 때 원고는 설립 당시부터 이 사건 계약 체결일까지 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제1호(가)목의 요건 역시 구비하지 못한 것으로도 보인다.
③이에 관하여 원고는,원고가 중소기업 요건을 충족하지 않게 되었다고 하더라도 중소기업기본법 제2조 제3항에 따른 유예기간2)이 적용되는 것으로 볼 수도 있는 상황이었다는 취지로도 주장하나,위 조항은 그 문언상‘중소기업기본법상 중소기업에 해당하였던 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’에 국한되어 적용된다고 봄이 타당하고,이 사건의 경우처럼 설립 당시부터 중소기업의 요건을 갖추지 못한 경우에도 유예기간이 적용된다고 해석할 수는 없다.3)

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주2)이 사건 계약 체결 당시 적용되던 구 중소기업기본법(2024. 2. 20.법률 제20344호로 개정되기 전의 것)제2조 제3항 본문에 의하면,중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터3년간은 중소기업으로 본다.
주3)만약 설립 당시부터 중소기업기본법상 중소기업에 해당하지 않는 경우에도 중소기업기본법 제2조 제3항에 따른 유예기간이 부여된다고 한다면,대기업이 별도 기업을 설립하여 중소기업시책을 적용받는 것을 막을 수 없는 결과가 되고,이는 창의적이고 자주적인 중소기업의 성장을 지원하고 나아가 산업 구조를 고도화하고 국민경제를 균형 있게 발전시키는 것을 목적으로 하는 중소기업기본법의 입법 취지를 잠탈하는 결과를 초래하게 된다.
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(2)원고와○○○가 이 사건 계약 체결 당시 원고가 중소기업기본법상 중소기업에 해당한다고 착오한 것에 중대한 과실이 존재하는지 여부

①민법 제109조 제1항은 법률행위 내용의 중요 부분에 착오가 있는 때에는 그 의사표시를 취소할 수 있다고 규정하면서,같은 항 단서에서 그 착오가 표의자의 중대한 과실로 인한 때에는 취소하지 못한다고 규정하고 있다.여기서‘중대한 과실’이란 표의자의 직업,행위의 종류,목적 등에 비추어 보통 요구되는 주의를 현저히 결여한 것을 의미한다(대법원2023. 4. 27.선고2017다227264판결 등 참조).
②이 사건 계약 체결 당시 원고의 자본금은22억 원이고, 2021년도 기준 원고의 매출액은 약32억 원,영업이익은 약2억8,000만 원이다(원고의2024. 12. 3.자 참고서면에 첨부된 원고의2021사업연도 재무제표 참고).그런데 이 사건 계약은 취득가액만204억여 원에 달하는 거래일뿐만 아니라,세제 감면 혜택을 받지 못할 경우 원고가 납부하여야 할 취득세 등의 규모도10억 원을 초과하는 거액이다.
또한 원고는 이 사건 계약에 따라2,016,920주의 신주를 발행하여 이를○○○에게 이전하여야 한다.그런데 이 사건 계약 체결 이전까지 원고의 발행주식440,000주 전부를○○이 보유하고 있었던 점을 고려할 때,이 사건 계약은 원고의 지배구조에도 직접적인 영향을 미치는 내용의 거래에 해당한다.
③원고는 자연인이 아닌 법인이고,위②항에서 본 것과 같이 이 사건 계약의 규모 및 이 사건 계약 체결이 원고에게 미치는 영향 등 사정을 고려하면,원고로서는 이 사건 계약과 같은 중요한 계약을 체결하기 이전에 계약 체결의 필수적인 전제가 된 사실인‘원고가 중소기업기본법상 중소기업에 해당하는지’에 관하여 내부 검토 또는 외부 전문가의 조언을 듣거나,소관기관인 중소벤처기업부에 유권해석을 문의하는 등의 절차를 거치는 것이 통상적일 것으로 보이고,위와 같은 절차를 거치는 것에 큰 어려움이 있다고는 보이지 않으므로,원고에게 이러한 조치를 기대하는 것이 법인인 원고에게 보통 요구되는 주의를 초과하는 것으로 보이지는 않는다.그럼에도 원고는 이 사건 계약 체결 이전에 이러한 사전 검토 절차를 거치지 않은 것으로 보이고,달리 기록상 원고가 위와 같은 절차를 거치는 것이 현저히 곤란하였다고 볼만한 사정도 찾아볼 수 없다.
④원고는 중소기업기본법 등에 따른 중소기업 해당 여부에 관한 판단은 그 요건이 매우 다양하고 복잡하여 고난도의 법률적 지식을 요구하므로,법률 전문가가 아닌 원고의 입장에서는 섣불리 스스로 이를 판단하여 의사결정을 할 수 없을 뿐만 아니라,원고는 이미2020. 10. 7.중소기업 확인서를 발급받아 원고가 중소기업에 해당한다는 공적 확인을 받은 상태였으므로,위와 같은 중소기업 확인서를 신뢰하여 이 사건 계약 체결에 나아간 것에 중대한 과실이 있다고 볼 수는 없다는 취지로 주장한다.
그러나 비록○○이 원고의 지분100%를 보유하고 있는 관계로,원고가 자신이 중소기업기본법상 중소기업에 해당하는지를 판단함에 있어 중소기업기본법령상 원고에게 요구되는 요건 외에도○○의 자산총액 규모나 평균매출액 등의 추가적 요건까지 검토하였어야 할 의무가 추가로 발생하기는 하였으나,이는 어디까지나 원고가 국가가 잠정적·시혜적으로 부여한 세제상의 특례를 받기 위한 것이었으므로 위와 같은 사정만을 들어 원고의 주의의무가 경감된다고 볼 수는 없을 뿐만 아니라,원고가 중소기업에 해당하는지 여부에 관한 판단이 법률 전문가에게도 매우 어려운 것이라고 보기는 어렵다.4)

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주4)아래에서 보는 것처럼 원고는 이 사건 계약 체결 이후에○○회계법인에 원고가 중소기업기본법상 중소기업에 해당하는지에 관하여 문의하였고,○○회계법인은 원고가 중소기업에 해당한다는 취지로 잘못된 회신을 하기는 하였다.그러나○○회계법인 역시 원고가 중소기업기본법령상 중소기업 요건을 갖추지 못하였음을 전제로 하면서도,다만 중소기업기본법 제2조 제3항에 따른 유예기간은 창업시부터 중소기업 요건을 불충족하는 경우에도 적용된다고 오인하여 원고가 중소기업에 해당한다고 회신한 것으로 보인다.
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또한 중소기업기본법 시행령 제3조의3제1항에 따르면,중소기업 여부의 적용 기간은‘직전 사업연도 말일에서3개월이 경과한 날부터1년간’이고,원고가 발급받은 위 중소기업 확인서에도 유효기간이‘2020. 4. 1.부터2021. 3. 31.까지’로 특정되어 있다.따라서 원고와○○○가 위 중소기업 확인서의 유효기간이 지난2021. 10. 27.이 사건 계약을 체결하면서 단순히 위 중소기업 확인서만을 근거로 원고가 중소기업에 해당한다고 신뢰하였다면,이는 이 사건 계약의 체결 과정에서 계약 당사자들에게 요구되는 주의의무를 현저히 결여한 것으로 봄이 상당하다.
⑤원고는 위 중소기업 확인서를 중소벤처기업부가 운영하는 중소기업현황정보시스템을 통해 발급받은 것으로 보인다.5)그런데 위 중소기업현황정보시스템에 따르면 중소벤처기업부 장관은 원고를 비롯한 신청인들이 제출한 자료를 근거로 중소기업 여부를 확인하게 되어 있고,여기에는‘자산총액5천억 원 이상인 법인의 피출자기업 여부’, ‘지배·종속기업에 해당하는지 여부’에 관한 사항도 포함되어 있다.
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주5)중소기업기본법 시행령 제10조,중소기업 범위 및 확인에 관한 규정(중소벤처기업부고시 제2021-46호)제6조 제1항에 의하면,중소벤처기업부 장관은 중소기업확인서 발급 신청을 받은 경우 기준을 충족한 신청기업에 한하여 중소기업현황정보시스템을 통해 중소기업 확인서를 발급하도록 규정하고 있다.
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원고가 위와 같이 중소기업 확인서를 발급받을 당시 원고가 위와 같은 요건에 해당하는지는 비교적 간단하게 확인할 수 있는 것으로 보임에도,원고는 위 중소기업확인서를 신청·발급받을 당시 원고가 자산총액5천억 원 이상인○○의 피출자기업으로서 지배·종속관계에 해당하는 사실을 알리지 않아 이에 관한 서류를 누락한 채 중소기업확인서를 발급받은 것으로 보인다.그렇다면 비록 원고가2020. 10. 7.중소기업 확인서를 발급받기는 하였으나 이는 전적으로 원고의 귀책사유에 따른 것으로 보일 뿐이고,달리 그 과정에서 중소기업벤처부로부터 원고가 중소기업에 해당한다는 신뢰를 부여받은 것으로 볼만한 사정도 찾아볼 수 없다.
⑥원고는2021. 11.경○○회계법인에 원고가 중소기업기본법상 중소기업에 해당하는지 여부를 문의하여 원고가 중소기업에 해당한다는 회신(갑 제11호증)을 받은 사실 역시 원고가 중소기업에 해당한다고 믿은 주요 근거 중에 하나로 들고 있다.
그러나 위와 같은 회계법인의 회신은 원고가 이 사건 계약의 체결에 따라 이 사건 각 부동산에 관한 사실상의 취득행위가 존재하게 된 이후인2021. 11. 16.경에서야 비로소 카카오톡 문자형식으로 이루어진 것이므로,이를 근거로 원고가 이 사건 계약 체결 당시 자신이 중소기업기본법상 중소기업에 해당한다고 믿은 것을 정당화하기는 어렵다.
⑦ ○○○역시 이 사건 계약 체결 직전인2021. 8. 20.경까지○○의 대표이사 지위에 있었던 사람이자○○의 주요 주주로서,6)위와 같은○○○의 직업 및○○의 규모,이 사건 거래 가액 및 그에 따라 부과될 양도소득세의 규모 및○○○와 원고 대표이사와의 관계 등을 고려할 때 만연히 원고가 제시한 중소기업확인서만을 신뢰할 것이 아니라,실제로 원고가 이 사건 계약 체결 당시 중소기업기본법상 중소기업에 해당하는지를 확인하여야 할 것으로 보이고,원고와 마찬가지로○○○역시 이러한 확인 절차를 거치는 것이 현저히 곤란하였다고 볼만한 사정은 찾아볼 수 없다.
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주6)○○에 대한○○회계법인의2024. 3. 21.자 감사보고서에 따르면,○○○는2023년 말 기준○○의 주식73.35%를 보유하고 있는 주주이다.
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(3)원고와○○○가 한 각 계약 취소 통지의 실질적 의미

앞서 본 것처럼○○○가2022. 2. 4.원고에 대하여,원고가2022. 2. 8.○○○에 대하여 각 이 사건 계약을 민법 제109조 제1항에 따라 취소한다는 취지의 내용증명우편을 발송하였고,이후 이 사건 각 부동산에 관하여 마쳐진 원고 명의의 소유권이전등기가2022. 2. 18.자 계약 취소를 원인으로 하여 말소되기는 하였다.
그러나①피고는2021. 12. 23.부산지방중소벤처기업청장에 대하여 원고가 중소기업기본법상 중소기업에 해당하는지에 관한 확인을 요청하였고,부산지방중소벤처기업청장은2021. 12. 29.피고에게“자산총액이5천억 원 이상인 법인이 주식 등을30%이상 직·간접 소유하고,최다출자자인 경우 해당 기업의 규모와 관계없이 중소기업에 해당하지 않는다”는 취지로 회신하였고,원고와○○○역시 이 무렵 또는 늦어도 위 각 내용증명을 보낸 시점 이전에 이러한 사실을 인지하게 된 것으로 보이는 점,②이에 따라 원고는 이 사건 계약에 따른 추가 취득세 등의 납부의무가,○○○역시 이월과세 혜택을 받은 양도소득세를 추가로 납부하여야 한다는 사정을 인식한 상태에서 위와 같은 각 내용증명우편을 발송하였는데,적어도 이 사건 계약의 효력을 소급적으로 상실시켜야 한다는 점에서는 원고와○○○의 이해관계가 일치한다고 보이는 점,③원고의 대표이사는○○○의 자녀인데 위 각 내용증명우편의 형식이나 내용 등에 비추어 보면 원고와○○○는 위 각 내용증명우편을 발송하기 이전에 충분한 협의를 거친 것으로도 보이는 점 등을 종합하여 보면,비록 위와 같은 원고와○○○의 이 사건 계약에 관한 취소의 의사표시가 이 사건 증액부과처분 이전에 이루어지기는 하였으나,그 실질은 이미 부과될 것이 확정적으로 예상되는 이 사건 증액처분에 따른 취득세 등 및 양도소득세의 납부를 회피하기 위한 것으로서 합의해제로 봄이 타당하다.따라서 위와 같은 원고와○○○의 각 취소 통지 및 이에 따른 이 사건 각 부동산에 관하여 마쳐진 원고 명의의 각 소유권이전등기 말소가 이 사건 계약에 따라 이미 성립한 취득세 등의 과세 요건에 영향을 미친다고 볼 수 없다.
 
3. 예비적 청구에 관한 판단

이 사건 주위적 청구와 예비적 청구는 주장하는 위법사유가 동일하나,당초 원고의 취득세 등 신고·납부와 경정처분의 법률관계를 어떻게 파악하느냐에 따라 취소를 구하는 처분의 내용이 달라진 것에 불과하다.즉,이 사건 주위적 청구는 당초 원고의 취득세 등 신고·납부가 이 사건 증액경정처분에 흡수되어 소멸함을 전제로 이 사건 증액부과처분의 취소만을 구하는 것이고,예비적 청구는 당초 신고·납부가 증액경정처분에 흡수되지 않음을 전제로 이 사건 거부처분 및 이 사건 증액부과처분 중 당초 신고납부 세액과의 차액 고지 부분의 취소를 구하는 것이다.
앞서 본 법리에 따르면 증액경정처분은 당초신고나 결정에서 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이어서 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되는 점에 비추어 보면,주위적 청구가 타당하다.
따라서 원고의 주위적 청구에 대하여 판단하는 이상 주위적 청구와 실질적으로 동일한 예비적 청구에 관하여 추가로 판단할 필요가 없고,주문에서도 따로 판단하지 않기로 한다.
 
4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다.제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로,피고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여,주문과 같이 판결한다.

※ 본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【전문】

【주문】

 
1.  피고가 2022. 3. 7. 원고에 대하여 한 [별지1] ‘2022. 3. 7.자 부과처분’ 중 ‘최종 부과처분’란 기재 취득세, 지방교육세 및 농어촌특별세(각 가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.
 
2.  소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

▣청 구 취 지

주위적으로,주문 제1항과 같다.예비적으로,피고가2022. 4. 27.원고에 대하여 한[별지2] ‘2022. 4. 27.자 경정거부처분’(이하‘별지2표’라 함)기재 처분 및2022. 3. 7.원고에 대하여 한[별지1] ‘2022. 3. 7.부과처분’(이하‘별지1표’라 함)중‘증액분 고지세액’란 기재 취득세,지방교육세 및 농어촌특별세(각 가산세 포함)의 각 부과처분을 각 취소한다.
▣이 유

 
1. 기초사실

 
가. 당사자의 지위

(1)○○○는‘부산 동래구○○동’(이하‘○○동’이라 줄여 씀) 3-2대538㎡,○○동3-4대442.7㎡,○○동3-10대393.2㎡및 위 각 토지상 지하4층,지상9층 건물(이하 위 각 토지 및 건물을 통틀어‘이 사건 각 부동산’이라 함)에 관하여2007. 7. 30.소유권이전등기를 마치고,위 건물에서‘○○빌딩’이라는 상호로 부동산임대업(이하‘이 사건 사업’이라 함)을 영위하였다.
(2)원고는 온라인·오프라인 쇼핑몰업,가정용품 제조 및 도소매업,전자상거래업 등의 영위를 목적으로2019. 3. 21.에 설립된 주식회사이다.
 
나. ○○○와 원고 사이의 계약

(1)○○○와 원고는2021. 10. 27.○○○가 원고에게 이 사건 각 부동산을 포함한 이 사건 사업 일체를 현물출자하고 원고가 발행하는 신주를 인수하는 내용의‘포괄적 현물출자에 의한 중소기업간 통합계약’(이하‘이 사건 계약’이라 함)을 체결하였는데,그 주요 내용은 아래와 같다.

제1조(목적)본 계약은 ○○○1)가 운영하고 있는 이 사건 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 원고에게 포괄적 현물출자에 의한 중소기업간 통합함으로써 부가가치세법 제10조 제9항 제2호의 규정에 의한 사업 양도를 하고, 조세특례제한법 제31조에 의한 양도소득세 이월과세 조세특례와 지방세특례제한법 제57조 제3항 제5호에 의한 취득세 면제를 받는 중소기업 간 통합에 따른 현물출자를 함에 그 목적이 있다. 제2조(사업의 포괄승계)현물출자에 의한 중소기업간 통합 기준일 현재 ○○○가 운영 중인 사업은 이 사건 각 부동산 임대차 계약에 따른 임대사업으로 원고가 이를 포괄승계하기로 한다. 제3조(현물출자에 의한 중소기업간 통합 기준일)○○○는 2021. 10. 31.을 현물출자에 의한 중소기업간 통합 기준일로 하여 동일 현재 이 사건 사업의 자산 총액에서 부채 총액을 차감한 순자산 가액을 현물출자하기로 한다. 제4조(현물출자 가액)현물출자 가액은 제3조의 자산총액에서 부채총액을 차감한 잔액 범위 내에서 공인회계사의 감사보고서상의 금액으로 하되 자산총액과 부채총액은 장부가액에 불구하고 다음과 같이 수정 평가한다. ① 토지, 건물은 감정평가법인 2곳의 평균 감정가액으로 수정 평가한다. ② 위 1항을 제외한 자산과 부채는 공인회계사의 감사보고서상 금액으로 수정 평가한다. 제5조(현물출자에 대하여 교부할 주식의 종류와 수)원고는 제4조에서 정한 방법에 의하여 계산된 금액에 상당하는 보통주식을 ○○○에게 교부하기로 한다. 단, 신주의 발행가액은 원고의 이사회에서 결정한 금액으로 한다. 제6조(계약의 효력) 본 계약은 2021. 10. 31.에 효력이 발생한다. 따라서 ○○○는 법원 인가 후 현물출자를 폐업사유로 하는 폐업신고를 하여야 한다. 다만 법원 인가를 받지 못하는 경우에는 본 계약은 효력이 없다. 제7조(포괄 양도양수)○○○ 명의의 임대사업자 지위를 원고가 포괄적으로 양도·양수한다.

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주1)이 사건 계약서에는 당사자가‘갑’과‘을’로 표기되어 있고,갑에는‘A빌딩 대표자○○○’,을에는 원고가 각 기재되어 있다.계약서 원문상‘갑’으로 기재된 부분을 맥락에 따라○○○또는 이 사건 사업으로 바꾸어 기재하였다.
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(2)○○○는 이 사건 계약에 따라2021. 12. 22.이 사건 각 부동산에 관하여2021. 10. 27.자 현물출자를 원인으로 하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 각 마쳐주었다.
(3)원고는2021. 12. 22.피고에게 이 사건 각 부동산 취득과 관련하여 취득가액을20,463,140,319원으로 신고하고,지방세특례제한법 제57조의2제3항 제5호에 따라 세액의100분의75를 경감해 줄 것을 신청하는 한편,이를 전제로 산정한 취득세248,115,950원 및 이에 따른 농어촌특별세125,767,720원,지방교육세24,811,590원 합계398,695,260원을 신고·납부하였다(이하 취득세,농어촌특별세 및 지방교육세를 통틀어‘취득세 등’이라 하고,위 취득세 등 신고 및 납부를‘이 사건 신고납부’라 한다).
 
다. 이 사건 계약의 취소 및 원상회복

(1)○○○는2022. 2. 4.원고에게 이 사건 각 부동산의 양도와 관련하여 조세특례제한법 제31조에 따른 양도소득세 이월과세 혜택이 적용되지 않음을 이유로,민법 제109조 제1항에 따라 이 사건 계약을 취소한다는 취지의 내용증명우편을 발송하였고,위 내용증명우편은2022. 2. 7.원고에게 송달되었다.
(2)원고도2022. 2. 8.○○○에게 이 사건 각 부동산의 취득과 관련하여 지방세특례제한법 제57조의2제3항 제5호에 따른 취득세 감면이 적용되지 않음을 이유로 민법 제109조 제1항에 따라 이 사건 계약을 취소한다는 취지의 내용증명우편을 발송하였고,위 내용증명우편은2022. 2. 9.○○○에게 송달되었다.
(3)앞에서 본 바와 같은 경위로 이 사건 각 부동산에 관하여 마쳐진 원고 명의의 각 소유권이전등기는2022. 2. 18.같은 일자 계약 취소를 원인으로 하여 각 말소되었다.
 
라. 원고의 취득세 등 경정청구와 그 이후의 경과

(1)원고는2022. 3. 4.피고에게 이 사건 계약이 취소되었음을 이유로 이 사건 신고납부에 따라 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였다(이하‘이 사건 경정청구’라 함).
(2)그런데,피고는2022. 3. 7.원고의 이 사건 각 부동산 취득과 관련하여 지방세특례제한법 제57조의2제3항 제5호가 적용되지 않음을 전제로,이 사건 신고납부 당시 감면된 세액을 증액하는 취지로 별지1표 기재와 같이 취득세 등을 부과하였다(이하‘이 사건 증액부과처분’이라 한다).
(3)그리고,피고는2022. 4. 27. ‘이 사건 신고납부에 의하여 취득세 등 납세의무가 구체적으로 확정된 이상,위 신고납부가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효인 경우를 제외하고는 취득세 부과처분에 영향을 미치지 않고,이 사건 각 부동산에 관하여 소유권이전등기까지 완료한 이상 이미 신고납부한 취득세를 환급하는 것은 법령에 근거가 없다’는 이유로 별지2표 기재와 같이 이 사건 경정청구를 거부하였다(이하‘이 사건 거부처분’이라 한다).
(4)원고는 이 사건 증액부과처분 및 이 사건 거부처분(이하에서 통틀어서‘이 사건 각 처분’이라 함)에 불복하여2022. 6. 2.조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나,조세심판원은2023. 6. 15.청구를 기각하는 결정을 내렸다.
(5)이 사건 신고납부 및 이 사건 각 처분 관련 법령은[별지3]기재와 같다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑제1호증 내지 갑제5호증,갑제7호증 내지 갑제10호증,을제2호증,을제7호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함,이하 같음)의 각 기재,변론 전체의 취지

 
2. 원고 주장의 요지

이 사건 각 부동산의 양도와 관련하여○○○에게 조세특례제한법 제31조에 따른 양도소득세 이월과세 혜택이 적용되고,이 사건 각 부동산의 취득에 관하여 원고에 지방세특례제한법 제57조의2제3항 제5호에 따른 취득세 감면이 적용된다고 본 것은 이 사건 계약 체결의 동기로서 위 계약 체결 당시 명백히 표시된 것이고,○○○와 원고 모두 이 사건 각 부동산의 양도와 관련하여 위 각 규정이 적용되지 않음을 알았더라면 이 사건 계약을 체결하지 않았을 것이다.
그렇다면○○○와 원고에게는 이 사건 계약을 체결함에 있어 그 내용의 중요부분에 관한 착오가 있었고,이를 이유로 쌍방이 이 사건 계약을 취소한다는 의사표시를 한 이상 처음부터 취득세 등 과세대상이 되는 취득 행위가 있었다고 볼 수 없다.
따라서 피고는 원고의 청구에 따라 취득세 등 세액을 경정하였어야 함에도 불구하고 이와 달리 이 사건 각 처분을 하였으므로,이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
이에 원고는①이 사건 증액부과처분에 이 사건 신고납부세액이 흡수되었음을 전제로 주위적으로는 이 사건 증액부과처분 전체의 취소를 구하고,②이 사건 신고납부세액과 이 사건 증액부과처분에 따른 증액분이 병존함을 전제로 예비적으로는 이 사건 거부처분 및 이 사건 증액부과처분 중 별지1표‘증액분 고지세액’란 부분의 취소를 구한다.
 
3. 주위적 청구에 관한 판단

 
가. 관련 법리

취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용·수익·처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세대상으로 하는 것이고,지방세법 제7조 제2항은 취득세의 과세대상이 되는 부동산 취득에 관하여 민법 기타 관계 법령에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에 취득한 것으로 보도록 규정하고 있으므로,부동산에 관한 사실상의 취득행위가 존재하게 되면 그에 대한 조세채권이 당연히 성립하고,취득의 원인이 된 계약으로 인하여 납세의무자가 일단 부동산을 적법하게 취득한 다음에는 그 후 합의에 의하여 계약을 해제하고 그 부동산을 반환하는 경우에도 이미 성립한 조세채권의 행사에 영향을 줄 수 없다.
그런데 취득의 원인이 된 계약이 무효이거나 취소된 경우에는 처음부터 취득세의 과세대상이 되는 사실상의 취득행위가 있다고 할 수 없으나,조세소송에서 과세처분의 위법 여부를 판단하는 기준시기는 그 처분 당시라 할 것이어서 착오를 이유로 취득의 원인이 된 계약의 취소가 이루어졌다고 하더라도 그 착오의 내용이나 증여 의사표시를 취소하는 목적 등에 비추어 볼 때 사실상 과세처분이 이루어진 이후의 사정에 근거한 것으로서 그 실질에 있어서는 과세처분 후 계약을 합의해제하는 것에 불과한 경우에는 그 취소로 인한 취득세 과세처분의 효력에 대하여도 합의해제에 관한 위 법리가 그대로 적용된다고 할 것이다(대법원2013. 6. 28.선고2013두2778판결 등 참조).
 
나. 인정사실

앞서 든 증거들,갑제6호증,을제1호증,을제3호증 내지 을제6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면 아래의 사실을 인정할 수 있다.
(1)중소벤처기업부장관은2020. 10. 7.원고가 중소기업기본법 제2조에 의한 중소기업(소기업)에 해당한다는 내용으로,원고에게 유효기간2020. 4. 1.부터2021. 3. 31.까지로 되어 있는 확인서(이하‘이 사건 확인서’라 함)를 발급해 주었다.
(2)이 사건 계약에 따른 원고의 신주발행과 관련하여, 2021. 12. 9.상법 제422조에 따라 조사보고서에 대한 인가가 이루어졌다(부산지방법원2021비합35호).○○○는 같은 날 원고 발행 신주2,016,920주(주당 액면금액5,000원)를 인수하였다.
(3)피고는 원고가 이 사건 각 부동산에 관한 소유권이전등기를 마친 다음날인2021. 12. 23.부산지방중소벤처기업청에 원고가 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업에 해당하는지 여부의 확인을 요청하였다.이에 대하여 부산지방중소벤처기업청장은2021. 12. 29.피고에게‘중소기업기본법 제2조 및 같은 법 시행령 제3조 제1항 제1호 및 제2호에 따라 자산총액이5천억 원 이상인 법인이 주식 등을30%이상 직·간접 소유하고,최다 출자자인 경우 해당기업의 규모와 관계없이 중소기업에 해당하지 않는다’는 취지로 회신하였다.
(4)피고는2022. 2. 7.원고에 대하여 원고가 중소기업에 해당하지 않아 이 사건 각 부동산 취득과 관련하여 지방세특례제한법 제57조의2제3항 제5호가 적용될 수 없음을 이유로,이 사건 신고납부 당시 감면된 취득세 및 지방교육세 본세 및 이에 대한 과소신고가산세와 납부지연가산세 등을 추징할 것임을 예고하였다.
 
다. 원고의 취득세 등 납부의무 유무

과세표준과 세액을 증액하는 증액경정처분은 당초 납세의무자가 신고하거나 과세관청이 결정한 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라 당초신고나 결정에서 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로,원고는 이 사건 증액부과처분에 대하여 다투면서 이 사건 신고납부에 따른 세액 부분의 납세의무에 관해서도 함께 다툴 수 있다고 볼 것이다(대법원2013. 4. 18.선고2010두11733전원합의체 판결 등 참조).
이에 따라 이 사건 증액부과처분의 적법성 여부를,원고가 애초에 이 사건 각 부동산의 취득과 관련하여 취득세 등 납부의무를 부담하는지 여부의 관점에서 판단한다.
위 인정사실들과 앞서 든 증거들에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 관련 법리에 비추어 종합하면,이 사건 계약은 민법 제109조에 의하여 적법하게 취소되었다고 판단되고,그 실질이 사실상 과세처분 후 계약을 합의해제하는 것에 불과하다고 보이지도 않는다.따라서 취득세 등 과세대상이 되는 사실상의 취득행위가 있다고 할 수 없어 원고에게 취득세 등의 납부의무가 성립할 수 없다.
따라서 이 사건 증액부과처분은 이와 전제를 달리한 것으로서 위법하여 취소되어야 한다.
(1)○○○가 원고에 이 사건 각 부동산을 현물출자 함에 있어 조세특례제한법 제31조 및 지방세특례제한법 제57조의2제3항 제5호 등이 적용되어○○○에 대한 양도소득세가 이월과세되고 원고에 대한 취득세 등이 감경된다는 점은,○○○와 원고가 이 사건 계약을 체결한 동기로서 이 사건 계약 전문 및 제1조 등에 따라 위 계약의 내용의 중요부분으로 편입되었다고 볼 것이다.
이 사건 각 부동산의 가액과 원고가 그 대가로 인수한 신주의 가액 및 이 사건 증액부과처분의 세액,이 사건 계약의 내용과 목적 등 제반 사정을 종합하면,위와 같은 동기가 없었다면○○○와 원고는 이 사건 계약을 체결하지 않았을 것으로 보이고,이는 이 사건 계약 체결 당시의 사정에 관한 것으로서 피고의 주장처럼 이 사건 계약 체결 당시 당사자들이 예측 내지 기대한 바가 나중에 실현되지 않은 것에 그친다고 보기는 어렵다.
결국○○○와 원고는 이 사건 계약을 체결함에 있어 법률행위의 중요부분에 착오가 있었다고 판단된다.
(2)이 사건 확인서 발급과 관련하여 원고 측에서 허위 자료 제출이나 그 밖에 부정한 행위 등이 있었다고 볼 만한 자료가 없다.중소기업기본법 제2조 및 같은 법 시행령 제3조가 정한 중소기업에 해당하는지 여부의 판단이 법률상·사실상 간단해 보이지만은 않고,원고의 중소기업 해당 여부와 관련하여 원고의 모회사인 주식회사○○(이하‘○○’이라 함)의 자산총액이5천억 원 이상인지 여부가 문제되었다는 점을 고려하면 더욱 그러하다.
게다가 같은 법 제2조 제3항에 따라 기업 규모 확대로 더 이상 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에도3년간 중소기업에 해당하여,이 사건 계약 체결 당시 이 사건 확인서의 유효기간이 종료하였다 하더라도,원고가 계속하여 중소기업에 해당하는 것으로 인식하였을 여지도 상당해 보인다.
이러한 점들에 비추어,이 사건 계약 체결에 앞서○○○나 원고가 원고의 중소기업 해당 여부에 관하여 제대로 확인하지 못한 것이 중대한 과실로 인한 것이라고 보기는 어렵다.
(3)앞서 본 바와 같이○○○와 원고가 비슷한 시기에 서로에 대하여 이 사건 계약 취소 통지를 하였고,이 사건 각 부동산에 관한 원고 명의의 각 소유권이전등기에 대한 말소등기 또한○○○와 원고 간 소송 등 별도의 분쟁 없이 신청에 의하여 이루어졌던 것으로 보이기는 한다.
또한 이 사건 계약 체결 전까지 원고의 발행주식440,000전부를○○이 보유하고 있었고,○○○는○○의 주요 주주에 해당한다.그러나 이러한 점들을 감안하더라도,다음과 같은 점들에 비추어 이 사건 계약의 취소가 사실상 과세처분 후 계약을 합의해제하는 것에 불과하다고 볼 수는 없다.
① ○○○외○○의 주주의 존재 등에 비추어 이 사건 계약의 체결 및 취소와 관련하여○○○와 원고 사이에 이해관계가 온전히 일치한다고 볼 수만은 없다.
②이 사건 계약 체결과 관련하여 착오의 대상이 원고의 중소기업 해당 여부였다는 점에서는 동일하나,그에 따른 효과로서○○○에게는 이 사건 각 부동산 양도에 따른 양도소득세가,원고에 대하여는 취득세 등이 각 문제되었다.이 점에서,○○○와 원고가 각자의 이익을 위하여 이 사건 계약에 대한 취소 의사표시를 별도로 하였을 만한 수긍할 만한 사정이 있었다고 보인다.
③ ○○○는 피고의 이 사건 증액부과처분에 대한 과세예고에 앞서 원고에 이 사건 계약 취소를 통지하였고,원고 역시 위 과세예고 바로 다음날○○○에게 위 계약 취소를 통지하였다.앞서 본 바와 같이 원고의 중소기업 해당 여부가 이 사건 계약 체결 당시부터 계약의 유지 및 이행에 중요한 요소였던 것으로 보이고,이 사건 계약의 체결·이행의 경위 및 원고의 중소기업 해당 여부에 관한 부산지방중소벤처기업청장의 피고에 대한 회신 시점 등을 감안하면,위 각 취소 통지가 단지 실질적인 합의해제에 그친다고 보기는 어렵다.계약 취소의 원인이 된 착오의 대상이 과세처분의 원인과 직결된다는 점에서도,이 사건 계약의 취소가 앞서 본 대법원2013. 6. 28.선고2013두2778판결에서 설시된, ‘사실상 과세처분이 이루어진 이후의 사정에 근거한 것으로서 그 실질에 있어서는 과세처분 후 계약을 합의해제하는 것에 불과한 경우’에 해당한다고 단정할 수는 없다(위 판결 사안에서는 취소의 원인이 된 착오의 대상이 과세처분의 원인과 직접적으로 관련된 것은 아니었던 것으로 보인다).
(4)피고는 원고가 이 사건 각 부동산에 관하여 소유권이전등기까지 마침으로써 이를 취득한 이상 지방세법 시행령 제20조 제2항 제1호 등에 비추어 이미 성립된 납세의무에 아무런 영향이 없다는 취지로 다툰다(위 제20조 제2항 단서의 반대해석상 이미 등기까지 마친 원고의 사실상 취득 자체를 부정할 수 없다는 취지로 이해된다).그러나 위 규정은 계약 해제와 관련하여 사실상 취득을 부정할 예외적인 사유를 정한 것으로서,계약이 취소된 경우에 관한 이 사건에 위 규정이 직접적으로 관련된 것으로 보이지는 않는다.
피고는 지방세기본법 제30조 제2호가2011. 12. 31.법률 제11136호로 개정되면서 해제권 행사에 의한 계약 해제는 후발적 경정청구 사유에서 제외되었다는 점 역시 이 사건 증액부과처분의 근거로 들고 있다.그러나 계약 체결 후의 사정에 따라 해제권이 발생하여 계약이 해제되는 경우와 계약 체결 당시 당사자의 의사표시 하자로 계약 자체가 취소되는 경우를 동일하게 보기는 어려워,피고의 위 주장 역시 받아들이지 않는다.
 
라. 소결론

그렇다면,이 사건 신고납부세액 부분을 포함한 이 사건 증액부과처분은 위법하여 취소되어야 하므로 원고의 주위적 청구는 이유 있고,나아가 원고의 주위적 청구를 전부 받아들이는 이상 예비적 청구는 더 나아가 살피지 않는다.
 
4. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하여,주문과 같이 판결한다.