이 사건 토지 취득에 대해 이 사건 개정 후 경감규정을 적용한 이 사건 처분의 위법 여부

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【판결요지】

경감규정은 일몰기한이 정해져 있어 연장·수정·변경될 수 있음을 예상할 수 있으므로, 개정 전 경감규정을 믿고 과도한 비용을 지출하였던 것을 불의의 손해를 입었다고 보기어렵고, 납세의무자로서의 권리가 과도하게 제한된다고 보기도 어려움

【전문】

【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.

【이유】

▣이 유

「상고심절차에 관한 특례법」은 대법원이 법률심으로서의 기능을 효율적으로 수행하고 법률관계를 신속하게 확정하도록 제4조 제1항 각 호에서 원심판결에 중대한 법령위반에 관한 사항이 있는 경우 등으로 심리 사유를 한정하고,상고이유에 관한 주장이 각 호의 어느 하나의 사유를 포함하지 아니하거나 이를 포함하는 경우에도 같은 조 제3항 각 호에 해당할 때에는 판결로 상고를 기각한다고 규정한다.
이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나 상고인의 상고이유에 관한 주장은「상고심절차에 관한 특례법」제4조 제1항 각 호에서 정한 사유를 포함하지 아니하거나 같은 조 제3항 제2호에서 정한 원심판결에 영향을 미치지 아니하는 때에 해당한다.
「상고심절차에 관한 특례법」제5조에 따라 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여,관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【전문】

【주문】

 
1.  원고의 항소를 기각한다.
 
2.  항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

▣청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다.피고가2021. 2. 16.원고에 대하여 한 취득세 및 지방교육세 합계2,146,876,680원 중721,017,950원을 초과하는 부분의 경정거부처분을 취소한다.
▣이 유

 
1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고,제1심에서 제출된 증거에다가 이 법원에 추가로 제출된 증거를 보태어 살펴보더라도,제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다.따라서 이 법원의 판결이유는 아래 제2항과 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 이외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 별지와 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.
 
2. 고치거나 추가하는 부분

○제1심판결 제7면 제5행의“이 사건 토지의”부터 제8행의“성립한다.”까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.
「앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들 및 갑 제22호증,을 제2호증의 각 기재에 의하면,①원고는 한국농수산식품유통공사에 김포시 고촌읍679외2필지(이하‘이 사건 김포토지’라고 한다)와 그 지상에 재건축 비축기지를 건축하여 기부채납하고 이 사건 토지 등 재산을 양여받기로 하되,기부채납재산과 이 사건 토지를 포함한 양여대상 재산가액을 평가하여 차액이 발생할 경우 현금으로 정산하기로 하였고,②2016. 7. 25.위 변경협약에 따라 교환예정 재산가액과 정산금액을 결정한 결과 이 사건 토지 등 양여재산은160,886,050,000원,이 사건 김포토지와 재건축 비축기지를 포함한 기부채납재산은71,931,790,580원으로 각 평가된 사실,③원고가2016. 7. 29.그 차액인88,954,259,420원을 지급하고 이 사건 토지를 양여받은 사실이 각 인정된다.
위 인정사실에 의하면 이 사건 토지의 사실상 잔금지급일은 원고가 재건축 비축기지와 이 사건 토지 등의 차액을 정산ㆍ납부한2016. 7. 29.이라고 볼 수 있으므로 이 사건 토지에 관한 원고의 취득세 납부의무는2016. 7. 29.에 성립한다.」

○제1심판결 제9면 제1행의“김포시 소재 토지”를“이 사건 김포토지”로 고쳐 쓰고,제8행의“되기는”부터 제11행의“작성되었다)”까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.
「되었고 이 사건 김포토지를 이 사건 개정 전 경감규정의 적용시한이 지나기 전인2014. 6. 5.경 취득하기는 하였으나,①이 사건 김포토지의 취득가액은41,019,957,000원으로 이 사건 토지 등 평가가액의 약25.4%정도였고,②재건축 비축기지의 착공은 이 사건 개정 전 경감규정의 적용시한이 지난 이후인2015. 5. 27.경에야 이루어졌으며,갑 제21호증(비축기지 건축물대장)제2/3면 참조③재건축 비축기지가 완공된 이후 이를 포함한 기부채납재산의 평가금액은 양여재산의 평가금액의44.71%에 불과하였다.따라서 원고가 이 사건 변경협약을 체결하거나 위 협약에 따라 재건축 비축기지를 신축하였다고 하더라도 차액정산금액을 납부하지 않았다면 이 사건 토지를 취득할 수 없었다고 보이고,실제로 이 사건 토지에 관한 양여계약서는 재건축 비축기지가 완공되고 상호 재산 일체에 대한 감정평가까지 마쳐져 그 대금이 확정된2016. 7. 29.경 작성되었다)」

○제1심판결 제10면 제4행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.
「또 원고는 대법원1998. 11. 13.선고97누201판결을 들어 이 사건 토지의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위가 이 사건 개정 전 경감규정이 시행되던 시기에 있었던 이상 신뢰보호원칙에 따라 개정 후 경감규정이 아니라 개정 전 경감규정이 적용되어야 한다고 주장하나,위 대법원97누201판결은 매수인이1995. 2. 27.부동산을 매수한 후1995. 10. 27.매매대금을 지급한 사안에서,개정 전 관련 법령에서1997. 12. 31.이전에 취득한 부동산에 대한 취득세 면제를 예정하고 있었다면 위 매매대금을 완납하기 전인1995. 8. 21.위 관련 법령이 개정되어 해당 부동산이 취득세 면제대상에서 제외되었다고 하더라도,개정 전 관련 법령에 의하여 취득세를 면제받을 것이라는 매수인의 신뢰는 보호되어야 한다는 취지이므로,이 사건과 사안을 달리하여 위 판결에서 설시한 법리를 이 사건에 그대로 적용하기는 어렵다.」

 
3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다.제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【전문】

【주문】

 
1.  원고의 청구를 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

▣청 구 취 지

피고가2021. 2. 16.원고에 대하여 한 취득세 및 지방교육세 합계2,146,876,680원 중721,017,950원을 초과하는 부분의 경정거부처분을 취소한다.
▣이 유

 
1. 처분의 경위

 
가. 원고는 서울 동작구○○○동13-8외9필지 토지 지상에 수산물 도매시장용 건축물을 신축하는’○○○수산물도매시장 현대화사업‘(이하’이 사건 사업‘이라고 한다)의 사업시행자이다.
 
나. 아래 표 기재6필지 토지(이하’이 사건 토지‘라고 한다)등은 이 사건 사업 부지에 포함되는 토지이나,당시 한국농수산식품유통공사가 농산물비축기지로 사용하고 있던 국유재산(소관청:농림축산식품부)이었다.

구분	소재지	지목	면적(㎡)	비고
1	서울 동작구 ○○○동 13-6	대	20,773	2013. 1. 7. 398㎡가 같은 동 13-24로 분할
2	서울 동작구 ○○○동 13-21	도로	456
3	서울 동작구 ○○○동 13-20	도로	24
4	서울 동작구 ○○○동 19-2	잡종지	473
5	서울 동작구 ○○○동 18-8	잡종지	96
6	서울 동작구 ○○○동 17-5	잡종지	324
합계			22,146

 
다. 원고는2012. 7. 31.한국○○○○○유통공사와 사이에,원고가 농산물비축기지를 재건축한 후 해당 농산물비축기지와 이 사건 토지 등 일체를‘상호 교환’또는‘기부 대 양여’하기로 하는 내용의‘○○○수산물도매시장 현대화사업 및 농산물비축기지 재건축을 위한 협약’(이하‘이 사건 협약’이라고 한다)을 체결하였고, 2013. 12. 16.에는 그 변경협약(이하‘이 사건 변경협약’이라고 한다)을 체결하였다.위 각 협약의 주요 내용은 별지1, 2각 기재와 같다.
 
라. 원고는 이 사건 사업에 따라2014. 4. 7.수산물 도매시장용 제1건축물을 신축하여 취득한 후, 2014. 6. 9.취득가액51,404,593,455원을 과세표준으로 하고 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31.법률 제12955호로 개정되기 전의 것)제14조 제1항(이하‘이 사건 개정 전 경감규정’이라고 한다)에 따른 취득세 경감률50%를 적용하여 취득세,지방교육세 및 농어촌특별세 합계812,192,560원을 신고·납부하였다.
 
마. 원고는2015. 10. 23.수산물 도매시장용 제2건축물(이하‘이 사건 건물’이라고 한다)을 신축하여 취득한 후, 2015. 12. 21.경 취득가액132,456,306,593원을 과세표준으로 하고 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29.법률 제13637호로 개정되기 전의 것)제14조 제1항(이하‘이 사건 개정 후 경감규정’이라고 한다)에 따른 취득세 경감률25%를 적용하여 산출한 취득세,지방교육세 및 농어촌특별세를 신고·납부하는 등으로2016년까지 취득세,지방교육세 및 농어촌특별세 합계3,279,300,270원을 신고·납부하였다.
 
바. 원고는2016. 7. 27.김포시 고촌읍○○리679외2필지(원고가2014. 6. 5.매매에 기하여 그 소유권을 취득하였다)지상에 농산물비축기지(이하‘재건축 비축기지’라고 한다)를 건축하여 이를 국가에 기부채납하고, 2016. 7. 29.재건축 비축기지와 이 사건 토지 등의 차액을 정산·납부하는 등으로 이 사건 토지를 양여받았다.
 
사. 원고는2016. 9. 23.경 이 사건 토지에 관하여 취득가액170,939,630,038원을 과세표준으로 하고 이 사건 개정 후 경감규정에 따른 취득세 경감률25%를 적용하여 산출한 취득세,지방교육세 및 농어촌특별세를 신고·납부하는 등2018년경까지 이 사건 토지에 관하여 취득세5,541,349,980원,지방교육세554,134,980원,농어촌특별세277,067,480원 합계6,372,552,440원을 신고·납부하였다.
 
아. 원고는2020. 12. 18.피고를 상대로, ‘이 사건 건물과 이 사건 토지에 대하여 이 사건 개정 후 경감규정에 따른 취득세 경감률25%가 아니라,이 사건 개정 전 경감규정에 따른 취득세 경감률50%를 적용하여야 한다’고 주장하면서 이 사건 건물에 대한 취득세 및 지방교육세를3,044,193,510원에서2,323,175,560원(차액721,017,950원)으로,이 사건 토지에 대한 취득세 및 지방교육세를6,095,484,990원에서4,669,626,260원(차액1,425,858,730원)으로 각 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
 
자. 피고는2021. 2. 16.경 원고의 위와 같은 경정청구를 거부하였고(이하‘이 사건 거부처분’이라 한다),원고는 이에 불복하여2021. 5. 14.서울특별시에 이의신청을 하였으나2021. 10. 7.이의신청이 기각되자2021. 12. 28.조세심판원에 심판청구를 하였다.
 
차. 조세심판원은2023. 4. 6.이 사건 건물의 경우에는 착공할 당시의 규정인 이 사건 개정 전 경감규정에 따라 취득세 경감률50%를 적용하여 과제표준 및 세액을 경정하도록 하였으나,이 사건 토지에 대하여는 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지16호증,을 제1호증의1, 2의 각 기재,변론 전체의 취지

 
2. 처분의 적법 여부

 
가. 원고의 주장 요지

이 사건 개정 후 경감조항은2014. 12. 31.법률 제12955호로 개정된 것이나,그 지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31.)제14조는 일반적 경과조치로‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다’는 규정을 두고 있다.이는 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하는 특별규정이다.
원고는 이 사건 사업의 시행자로서 이 사건 개정 전 경감규정에 따라 이 사건 토지 역시 취득세50%의 감경혜택을 받을 것으로 신뢰하고 이 사건 토지의 관리기관인 한국○○○○○유통공사와 사이에2012. 7. 31.이 사건 협약을, 2013. 12. 16.그 변경협약을 각 체결하는 등으로 이 사건 개정 전 경감규정 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아갔으며,이러한 원고의 신뢰는 마땅히 보호할 정도에 이르렀으므로,이 사건 토지 취득에 관하여는 위 각 협약 당시 시행되었던 이 사건 개정 전 경감규정에 따라50%의 취득세 경감률이 적용되어야 한다.따라서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 거부처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
 
나. 관계법령

별지3기재와 같다.
 
다. 판단

1)관련 법리

조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전·후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이다.다만 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할…세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고,납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면,이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로,납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다.그러나 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로,원칙으로 돌아가 종전 규정이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다(대법원2015. 9. 24.선고2015두42152판결 등 참조).
조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고,합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며,특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원2009. 8. 20.선고2008두11372판결 참조).
2)구체적 판단

앞서 인정한 사실에다가 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 관계 법령과 그 개정 경위 등에 비추어 보면,원고의 이 사건 토지 취득에 관하여는 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 시행 중이던 이 사건 개정 후 경감규정에 따라 취득세 경감률이 정해진다고 봄이 타당하므로,피고가 원고의 경정청구를 거부한 것이 위법하다고 볼 수 없다.
가)지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31.)제1조 본문은‘이 법은2015. 1. 1.부터 시행한다’고,제3조 제1항은‘이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다’고 각 규정하고 있다.한편 구 지방세기본법(2016. 12. 27.법률 제14474호로 전부개정되기 전의 것)제34조 제1항 제1호는‘취득세 납세의무의 성립시기는 과세물건을 취득하는 때’라고 규정하고 있고,구 지방세법(2019. 12. 31.법률 제16855호로 개정되기 전의 것)제10조 제5항 제1호,제7항,구 지방세법 시행령(2016. 12. 30.대통령령 제27710호로 개정되기 전의 것)제20조 제2항 제1호는 국가로부터의 유상승계취득한 경우의 취득시기를‘사실상의 잔금지급일’로 규정하고 있다.이 사건 토지의 사실상 잔금지급일은 원고가 재건축 비축기지와 이 사건 토지 등의 차액을 정산·납부한2016. 7. 29.이라고 볼 수 있으므로,이 사건 토지에 관한 원고의 취득세 납세의무는2016. 7. 29.에 성립한다.그렇다면 그 취득세에 관하여는 이 사건 개정 전 경감규정이 아니라 이 사건 개정 후 경감규정을 적용하는 것이 원칙이다.
나)그럼에도 원고의 주장은 이 사건 개정 전 경감규정 시행 당시 이 사건 토지의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위가 이루어졌으므로 원고의 기득권 내지 신뢰를 마땅히 보호하여야 한다는 취지이다.
이 사건 개정 전 경감규정에서는 원고가 구매·판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서 취득세의50%를 경감하도록 규정하였으나,이후 이 사건 개정 후 경감규정으로 개정되면서 취득세의25%를 경감하는 것으로 원고에게 불리하게 개정된 사실,이 사건 개정 후 경감규정 시행 이전에 원고가 이 사건 토지 취득과 관련하여 한국○○○○○유통공사와 사이에 이 사건 협약 및 변경협약을 체결하고 그 이행을 위하여 재건축 비축기지 부지 구입 등을 하였던 사실은 앞서 본 바와 같다.
그러나 원고가 이 사건 토지를2015. 1. 1.이후에 취득하여도 취득세의50%가 경감될 것이라고 기대하였더라도 이를 마땅히 보호받을 만한 기득권 내지 신뢰라고 보기는 어렵다.그 이유는 다음과 같다.
①농·수산업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 취득세를 경감하는 제도는1981. 12. 31.법률 제3488호로 개정된 지방세법 제110조의3제2항 제25호에서 신설되어‘고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 재산에 대하여 취득세50%를 경감하도록’한 이후부터2014. 12. 31.법률 제12955호로 지방세특례제한법1)이 개정되어 취득세 경감률을25%로 변경할 때까지 상당 기간 원고가 구매·판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대한 취득세 경감률이50%로 유지되어 온 것은 사실이다.
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주1) 2010. 3. 31.법률 제10220호로 지방세특례제한법이 제정되고 같은 날 법률 제10221호로 지방세법이 전부 개정되면서 지방세법이 아닌 지방세특례제한법에서 위와 같은 취지의 취득세 경감규정을 두게 되었다.
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그러나 한편 위와 같은 취득세 경감제도는 줄곧 제도의 시행 만료일(일몰기한)이 정해져 있는 한시법령 형태로 규정되어 왔다.즉1981. 12. 31.지방세법 제110조의3제2항 제25호에서 신설될 당시에도 부칙에서 적용시한을1986. 12. 31.까지로 정하였고,그 개정 과정에서도 순차로 적용시한을 연장해 왔을 뿐이다(이 사건 개정 전 경감규정 역시 적용시한이2014. 12. 31.까지로 되어 있으며,이 사건 개정 후 경감규정 역시 적용시한이2016. 12. 31.까지로 되어 있다).결국 원고가 보호를 주장하는 신뢰는 원고가 이 사건 토지를 취득할 때까지 이 사건 개정 전 경감규정이 유지되리라는 것이 아니라,입법자가 법령을 개정하여 종전과 같은 경감률로 그 기간을 연장해주리라는 것에 불과하다.
②원고의 이 사건 토지 취득은,원고가 재건축 비축기지를 건축한 후 이를 국가에 기부채납하고 해당 재건축 비축기지와 이 사건 토지 등 상호 재산 일체의 가액을 평가하여 그 차액을 정산·납부함으로써 비로소 이루어지는 것이다.
이 사건 협약 및 변경협약은 위와 같은 사항들을 합의하고 그에 대한 기본사항 등을 정하는 내용으로서,원고가 이 사건 개정 전 경감규정 시행 중 위와 같은 협약을 체결하였다거나 재건축 비축기지로 이용할 김포시 소재 토지를 취득하였다는 등의 사정만으로 원고가 이 사건 개정 전 경감조항 시행 당시 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위에 나아갔다고 보기는 어렵다(이 사건 협약 당시에는 이 사건 토지의 취득방법이‘교환’인지‘기부 대 양여’인지조차 분명하지 않았고, ‘교환’내지‘기부 대 양여’의 대상이 될 재건축 비축기지도 명확하지 않았다.이후 이 사건 변경협약에서 이 사건 토지의 취득방법이‘기부 대 양여’로 확정되고,재건축 비축기지 부지가 김포시 고촌읍○○리679, 680, 681소재 토지로 변경되는 등 그 내용이 보다 구체화되기는 하였으나,그 재건축 비축기지의 착공은 이 사건 개정 전 경감규정의 적용시한이 지난 이후인2015. 1. 12.경에야 이루어졌으며,이 사건 토지에 관한 양여계약서는 재건축 비축기지가 완공되고 상호 재산 일체에 대한 감정평가까지 마쳐져 그 대금이 확정된2016. 7. 29.작성되었다).
③앞서 본 바와 같이 이 사건 개정 전 경감규정에는 일몰기한이 정해져 있었고,원고는2014. 12. 31.까지라는 기한을 통해 지방재정 여건,사회적 환경의 변화,정책적 필요 등에 따라 향후 어느 시점에 이르러서는 위 경감규정에 따른 취득세 경감제도가 더 이상 연장되지 않을 수 있거나 연장되더라도 그 내용이 수정·변경될 수 있다는 점을 충분히 예상할 수 있었다.법률의 개정으로 인해50%취득세 경감률이 계속 유지 또는 연장되지 않았더라도,원고가 이 사건 개정 전 경감규정을 믿고 이 사건 사업을 위해 과도한 비용을 지출하는 등으로 불의의 손해를 입었다거나 납세의무자로서의 권리가 과도하게 제한된다고 보기도 어렵다.
원고가 주된 근거로 원용하고 있는 대법원1987. 5. 12.선고87누88판결은 비록 적용시한이 정해져 있는 조세에 관한 조례가 적용시한 도과 후 납세의무자에게 불리하게 개정된 사안에 관한 것이기는 하나,재개발사업시행인가일로부터 재개발사업시행이 완료되는 연도분까지 매년 부과되는 재산세 등을 면제하도록 되어 있던 조례 개정에 관한 것으로서 납세의무자가 종전 규정 시행 당시 재개발사업시행인가를 받아 종전 규정상 재산세 등의 면제요건을 충족하였다는 점에서 이 사건과 사안을 달리한다.
 
3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.