주택재건축사업의 경우 사업시행인가일 기준으로 소유여부를 판단하여야 함

상세내용

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 5. 18. 원고 김AA에 대하여, 2023. 5. 22. 원고 최BB에 대하여 한 각 2017년 귀속 양도소득세 191,061,028원의 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다.

이 유

1.처분의경위

가. 원고들은 ○○ ○○구 ○○동 ○-○ ○○○아파트 ○동 ○○○호(이하 ‘기존주택’이라한다)를 매수하여, 재건축사업에 따라 신축된 ○○○○○○○ ○○○동 ○○○○호(이하 ‘신축주택’이라 한다)를 취득한 후, 이를 양도하였는데, 이와 관련한 주요 내역은 다음과 같다.

◦ 2005. 5. 19. 기존주택 최초 사업시행인가

◦ 2006. 12. 15. 원고들 기존주택의 지분 각 1/2씩 취득

◦ 2010. 8. 24. 관리처분계획인가

◦ 2016. 8. 30. 신축주택 사용승인

 ◦2017. 9. 29. 원고들 신축주택의 지분 각 1/2씩 양도

나. 원고들은 2017. 11.경 신축주택의 양도와 관련하여, 기존주택의 취득일(2006. 12.15.)부터 신축주택의 양도일(2017. 9. 29.)까지 10년 이상의 보유기간이 인정됨을 전제로 1세대 1주택 양도에 대한 장기보유 특별공제를 적용하여 각 양도소득세 10,745,196원을 신고ㆍ납부하였다.

다. 피고는, 원고들이 사업시행인가일 이후에 기존주택을 취득하였으므로 조합원입주권을 승계취득한 것이고, 신축주택을 사용승인일(2016. 8. 30.)부터 보유한 것이어서, 최소 보유기간 3년을 충족하지 못하여 장기보유 특별공제를 적용을 부인한 다음,2023. 5. 18. 원고 김AA에 대하여, 2023. 5. 22. 원고 최BB에 대하여 각 2017년 귀속 양도소득세 191,061,028원의 부과처분(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고들은 2023. 7. 11. 각 이 사건 처분에 불복하여 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2023. 10. 18. 원고들의 심사청구를 모두 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 5, 6, 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.이사건 처분의적법여부

가. 원고의 주장

기존주택의 조합원분양권 변환 시기는 도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라 한다)에 따라 판단되어야 하므로 관리처분계획인가일이 되어야 하는 점, 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 일부개정되어, 2009. 12. 31. 법률 제9897호로 일부개정되기 전의 것)에 의하더라도 그 변환 시기를 관리처분계획인가일로 보는 것이 타당한 점, 구 소득세법 시행령(2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 일부개정되기 전의것) 제155조 제16항은 2016. 12. 20. 소득세법이 개정되면서 법률로 상향 입법되으므로 위 시행령 조항은 적용할 수 없는 점 등을 종합하면, 원고들이 취득한 기존주택의법적 성격은 여전히 주택일 뿐 조합원입주권이라고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

또한 원고들은 다른 부동산을 소유하고 있지만, 민간임대주택사업자들이므로 관련법규정에 따르면 1세대 1주택자로 보아야 하고, 원고들이 양도한 신축주택은 장기보유특별공제 적용대상에도 해당한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단
1) 이 사건 처분의 근거법령의 확정

구 소득세법 시행령(2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ‘2005년 개정 전 시행령’이라 한다) 제155조 제16항에 의하면, 도시정비법에 의한 정비사업의 경우에 주택재개발사업의 경우에는 관리처분계획의 인가일을 기준으로 하고, 주택재건축사업의 경우에는 사업시행인가일을 기준으로 하여 그 기준일 또는 그전에 주택을 소유하는 자에 대하여 조합원에 대한 1세대 1주택의 특례를 적용하도록 규정하였다. 이후 위 조항이 개정되어, 구 소득세법 시행령(2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로일부개정되어, 2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ‘2005년 개정 시행령’이라 한다) 제155조 제16항에 의하면, 도시정비법에 의한 정비사업의경우에 주택재개발사업과 주택재건축사업 모두 동일하게 관리처분계획의 인가일을 기준으로 주택을 소유하는 자에 대하여 조합원에 대한 1세대 1주택의 특례를 적용하도록하였다. 그리고 부칙<제18850호, 2005.5.31.> 제1항에서 위 시행령은 공포한 날부터 시행하도록 하면서, 제4항에서 위 시행령 시행 전에 도시정비법에 의하여 사업시행인가 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용에 관하여는 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의하도록 하였다. 앞서 본 바와 같이, 기존주택이 2005년 개정 시행령 시행일 이전인 2005. 5. 19.도시정비법에 의한 사업시행인가를 받았으므로, 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항이 적용되어야 하고, 원고들은 기존주택의 주택재건축사업의 사업시행인가일에 위주택을 소유하고 있지 않았으므로, 1세대 1주택 특례규정이 적용될 수 없다. 따라서 신축주택을 사용승인일(2016. 8. 30.)부터 보유한 것으로 보아 최소 보유기간 3년을 충족하지 못하여 장기보유 특별공제를 적용을 부인한 이 사건 처분은 적법하고, 이에 반하는 원고들의 주장은 이유 없다(원고들은 이 부분 주장이 받아들여짐을 전제로, 1세대1주택자에 해당하고, 양도한 신축주택이 장기보유 특별공제 적용대상에도 해당한다고주장한다. 그러나 원고들의 이 부분 주장을 받아들이지 않으므로, 나머지 주장에 대하여는 따로 판단하지 아니한다).

2) 원고들의 주장 근거에 대한 판단

가) 원고들은 2003. 7. 1.부터 시행된 도시정비법에서는 조합원입주권 취득시기를

‘관리처분계획인가일’로 규정하고 있고, 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 일부개정되어, 2009. 12. 31. 법률 제9897호로 일부개정되기 전의 것) 제89조 제2항에서도 ‘관리처분계획인가일’에 조합원입주권을 취득한다고 규정하고 있으므로, 1세대 1주택 비과세혜택 적용대상자를 결정하는 기준일도 동일하게 해석하여야 한다고 주장한다. 그러나 소득세법 시행령 부칙<제18850호, 2005.5.31.> 제4항에서 ‘주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익 산정에 관한 경과조치’라는 제목으로, 2005년 개정 시행령이 시행(2005. 5. 31.)되기 전에 이미 사업시행인가를 받은주택재건축사업 조합원에 대하여는 2005년 개정 전 시행령을 적용한다고 명시적으로규정하고 있으므로, 그 문언에 반하여 해석할 수는 없다.

나) 원고들은 이 사건 처분의 근거법령인 시행령 및 부칙 조항이 실효되었거나, 소

득세법이 개정되면서 위 법에 위반되는 시행령 등을 적용할 수 없다고 주장한다.

2005년 개정 시행령 제155조 제16항은 2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 다시

개정되었는데, 그 내용은 그대로 유지하면서 제155조 제17항으로 조문의 위치만 이동되었다. 이후 소득세법이 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되면서 비과세 양도소득의 유형으로 제89조 제1항 제4호가 신설되었다. 이는 2005년 개정 시행령 제155조 제16항과 같이 ‘관리처분계획인가일’을 기준으로 그 이전부터 보유하고 있는 조합원입주권은 주택으로 보아 이를 양도하더라도 1세대 1주택의 비과세혜택을 부여하겠다는 것이어서, 2005년 개정 시행령 제155조 제16항이 문구 등을 일부 수정하여 법률로 상향입법된 것으로 볼 수 있다.

그러나 개정 법률이 전부 개정된 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을

개정하는 것과 마찬가지이어서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로보아야 하므로 종전 법률 부칙의 경과규정도 모두 실효되는 것이 원칙이나, 법률을 개정하면서 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니다(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두27919 판결의 취지 참조). 그런데 이사건 처분의 근거법령과 부칙조항이 다시 개정되거나 삭제되는 등의 명시적인 조치가취해진 바 없으므로, 위 조항들이 실효되었다고 볼 수 없다.또한 2005년 개정 시행령 제155조 제16항과 실질적으로 동일한 내용이 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제89조 제1항 제4호로 입법되었고,이후 소득세법에서 ‘조합원입주권’에 관한 내용을 추가로 규정하였다고 하더라도, 이는소득세법 시행령 부칙<제18850호, 2005.5.31.>에 따른 경과규정 기간이 모두 지난 후도시정비법에 따라 재건축사업이 진행되는 사안에 관한 것으로 봄이 타당하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.