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판례 / 조세감면을 위하여 하나의 거래를 두 개의 거래로 나누어 2번의 조세감면을 받은 사건에 대해 실질과세원칙을 적용하여 부과한 당초 처분은 정당함
판례 정보 수원고등법원 일반행정

조세감면을 위하여 하나의 거래를 두 개의 거래로 나누어 2번의 조세감면을 받은 사건에 대해 실질과세원칙을 적용하여 부과한 당초 처분은 정당함

원고는 동일 매수인에게 토지를 양도하면서 당초 하나의 매매계약을 합의해제한 뒤, 같은 토지를 1,000㎡와 970㎡로 나누어 잔금일을 2019년과 2020년으로 달리한 두 개의 매매계약을 체결하였다. 원고는 이를 통해 조세특례제한법 제69조에 따른 자경농지 양도소득세 감면한도를 2019년과 2020년에 각각 적용하여 신고하였으나, 피고는 실질과세원칙에 따라 하나의 거래로 보아 2020년 귀속 양도소득세를 부과하였다. 법원은 토지 분할과 계약 분리의 합리적 이유가 원고의 양도소득세 경감 목적 외에는 확인되지 않는다고 보아, 국세기본법 제14조 제3항에 근거한 처분이 정당하다고 판단하였다. 개정 조세특례제한법 제133조 제2항 및 부칙 제34조에 관한 원고의 주장도 이 사건 처분의 근거가 개정 조항이 아니라 실질과세원칙이라는 이유로 배척되었고, 원고의 항소는 기각되었다.

수원고등법원-2024-누-13077 2025.04.18 마지막 업데이트 2026.05.28

기본 정보

법원
수원고등법원
사건번호
수원고등법원-2024-누-13077
사건구분
누
선고일
2025.04.18
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 동일 토지를 동일 매수인에게 단기간 내 분할 양도한 형식을 실질과세원칙에 따라 하나의 거래로 볼 수 있는지
  • 원고가 조세특례제한법 제69조의 연간 감면한도를 2개 과세연도에 각각 적용받기 위해 거래형식을 분리한 것인지
  • 국세기본법 제14조 제3항이 양도소득세 과세기간 및 양도시기와 관련하여 납세자가 선택한 거래형식을 부인하고 거래를 재구성할 근거가 되는지
  • 개정 조세특례제한법 제133조 제2항 및 부칙 제34조가 이 사건 처분의 위법 사유가 되는지
  • 피고의 2020년 귀속 양도소득세 부과처분이 적법한지

판례 포인트

  • 납세자가 선택한 거래형식은 원칙적으로 존중되지만, 오로지 세법상 혜택을 받을 목적으로 형식과 외관을 작출한 경우 국세기본법 제14조 제3항에 따라 실질에 맞게 과세할 수 있다고 보았다.
  • 동일 매수인, 동일 매매목적물, 동일 총매매대금, 단기간의 잔금일 차이, 분할 후 재합병 사정은 하나의 거래를 형식상 나눈 정황으로 평가되었다.
  • 토지 분할과 계약 분리의 합리적 이유가 확인되지 않고 양도소득세 감면한도 중복 적용 효과만 확인되는 경우 조세회피 목적이 인정될 수 있다.
  • 개정 조세특례제한법 제133조 제2항이 신설되기 전의 처분이라도, 그 처분이 국세기본법 제14조 제3항의 실질과세원칙에 근거한 경우 개정 조항의 부칙을 이유로 위법하다고 볼 수 없다고 판단하였다.
  • 항소심은 제1심 판결을 일부 고쳐 쓰면서도 피고 처분의 적법성과 원고 항소 기각 결론을 유지하였다.

자주 묻는 질문

Q 토지를 같은 매수인에게 나누어 팔아 양도소득세 감면을 두 번 받은 경우 실질과세원칙이 적용될 수 있나요?

A 수원고등법원은 원고가 같은 토지를 같은 매수인에게 매도하면서 형식상 두 개의 계약으로 나누고 잔금일만 2019년과 2020년으로 달리한 것으로 보았습니다. 법원은 조세특례제한법상 감면한도를 두 번 적용받기 위한 조세회피 목적이 있다고 판단해, 국세기본법 제14조 제3항의 실질과세원칙에 따른 과세처분이 정당하다고 보았습니다.

Q 수원고등법원 2024누13077 사건에서 토지 분할 매매가 하나의 거래로 판단된 이유는 무엇인가요?

A 법원은 분할 전후 매매목적물이 같은 토지이고 전체 매매대금도 12억 9,000만 원으로 동일하며, 잔금 지급일만 달라졌다는 점을 중시했습니다. 또 두 계약의 잔금일 간격이 26일에 불과하고, 매수인이 토지를 분할할 실질적 이유나 이익이 없었다고 보았습니다. 이러한 사정을 종합해 양도소득세 감면을 두 번 받기 위한 형식적 분할이라고 판단했습니다.

Q 자경농지 양도소득세 감면 한도를 피하려고 과세연도를 나눈 계약은 인정되나요?

A 이 사건에서 원고는 한 번의 거래였다면 한 번만 적용될 조세특례제한법 제69조의 연간 감면한도 1억 원을 2019년과 2020년에 각각 적용해 신고했습니다. 법원은 거래를 둘로 나눌 합리적 이유가 부족하고 양도소득세 경감 목적이 인정된다고 보아, 이를 하나의 거래로 보아 감면 일부를 부인한 처분을 정당하다고 판단했습니다.

Q 매수인의 자금 사정 때문에 토지 매매계약을 둘로 나누었다는 주장은 받아들여졌나요?

A 원고는 매수인의 잔금 지급 문제 때문에 기존 계약을 해제하고 두 계약으로 나누었다고 주장했습니다. 그러나 법원은 매수인의 다른 토지 매매대금 지급일, 대출 가능성, 재계약 경위와 분할 과정 등을 보아 자금 사정을 배려한 것으로 보기 어렵다고 판단했습니다. 오히려 원고의 양도소득세 경감 목적에서 계약을 나눈 것으로 보았습니다.

Q 국세기본법 제14조 제3항은 양도소득세 거래 재구성의 근거가 될 수 있나요?

A 법원은 납세자가 선택한 거래 형식은 원칙적으로 존중되어야 하지만, 세법상 혜택만을 목적으로 형식을 남용하는 경우까지 허용하면 조세형평에 반한다고 설명했습니다. 국세기본법 제14조 제3항은 일정한 요건 아래 경제적 실질에 따라 거래를 재구성할 수 있는 근거가 된다고 보았습니다. 이 사건에서는 그 규정에 따라 두 계약을 실질상 하나의 양도거래로 보았습니다.

Q 2024년 개정 조세특례제한법 제133조 제2항이 시행 전 양도에 적용되지 않으면 실질과세도 배제되나요?

A 원고는 2024년 개정 조세특례제한법 제133조 제2항과 부칙을 근거로 이 사건 처분이 위법하다고 주장했습니다. 그러나 법원은 이 처분이 개정 조세특례제한법이 아니라 국세기본법 제14조 제3항의 실질과세원칙에 근거한 것이라고 보았습니다. 또한 개정 조세특례제한법과 부칙이 국세기본법상 실질과세원칙의 적용을 배제하지 않는다고 판단했습니다.

Q 수원고등법원 2024누13077 사건의 항소심 결론은 무엇인가요?

A 수원고등법원은 2025년 4월 18일 원고의 항소를 기각했습니다. 피고 AA세무서장이 2022년 8월 8일 원고에게 한 2020년 귀속 양도소득세 170,284,130원의 부과처분을 취소해 달라는 청구는 받아들여지지 않았습니다. 법원은 제1심 판결이 정당하다고 보았습니다.

판결 내용

  • 양도
조세감면을 위하여 하나의 거래를 두 개의 거래로 나누어 2번의 조세감면을 받은 사건에 대해 실질과세원칙을 적용하여 부과한 당초 처분은 정당함 국승
  • 수원고등법원-2024-누-13077
  • 귀속년도 : 2020
  • 심급 : 2심
  • 등록일자 : 2025.11.11.
  • 생산일자 : 2025.04.18.
  • 진행상태 : 진행중
관련 주제어
실질과세 자경농지에 대한 양도소득세의 감면 양도소득세 감면의 종합한도
관련 법령
국세기본법 제14조 조세특례제한법 제69조 조세특례제한법 제133조
요지 판결내용 상세내용

요지

조세감면을 부당하게 받기 위하여 형식상 두 개의 거래로 나누어 두 과세연도에 걸쳐 거래한 사건에 관하여 실질과세원칙을 적용하여 실제 하나의 거래로 보고 조세감면을 일부 부인한 당초 처분은 정당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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사 건

2024누13077 양도소득세부과처분취소

원 고

조A

피 고

AA세무서장

변 론 종 결

2025.3.21.

판 결 선 고

2025.4.18.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2022. 8. 8. 원고에게 한 2020년 귀속 양도소득세170,284,130원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심 판결의 인용

이 법원의 판결 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심 판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고쳐 쓰는 부분

○ 제1심 판결문 제2쪽 4행의 “2019. 6. 15.“

『 2019. 6. 25. 』

○ 제1심 판결문 제2쪽 10행과 12 내지 13행의 각 “2020. 1. 16.”

『 2020. 1. 15. 』

○ 제1심 판결문 제2쪽 아래에서 5행의 “12,683,340원”

『 12,583,340원 』

○ 제1심 판결문 제4쪽 아래에서 4행부터 제7쪽 12행까지 부분

『 2) 구체적 판단

가) 관련 법리에 앞서 든 증거 및 갑 제8호증, 을 제3, 4호증의 각 기재, 이 법원의 증인 두씨의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고는 실질적으로 이 사건 토지를 두씨에게 양도하는 하나의 거래를 하는 것임에도 불구하고, 조세특례제한법 제69조에 따른 양도소득세의 감면을 받고자 조세회피를 목적으로 이 사건 토지를 분할하여 매도하였다고 보는 것이 타당하다.

① 납세의무자가 선택한 거래형식은 원칙적으로 세법상 존중되어야 하고, 실질과세의 원칙만을 내세워 납세의무자가 선택한 거래형식을 부인하는 경우 납세의무자의 예측가능성, 법적 안정성이 침해되고, 나아가 조세법률주의에 반하는 결과를 가져오게 된다. 그러나 다른 한편 오로지 세법상 혜택을 받을 목적으로 거래형식 선택의 자유를 남용하는 납세의무자의 조세회피행위를 모두 허용한다면 조세형평에 반하는 결과가 될 뿐만 아니라 나아가 조세법률주의의 형해화를 가져오게 된다.

② 국세기본법 제14조 제3항은 이와 같은 이유에서 실질과세의 원칙을 적용하여 제한적으로나마 경제적 실질에 의한 거래의 재구성을 인정하는 근거를 마련함으로써 점차 고도화․전문화되는 조세회피행위에 대응하기 위하여 마련된 규정이라고 할 것이므로, 위 조항은 개별 세법을 적용함에 있어 일정한 요건을 갖춘 경우 납세의무자가 선택한 거래형식을 부인하고 그 거래를 재구성할 수 있는 근거 규정으로서 규범력을 가진다고 보는 것이 타당하다. 즉 국세기본법 제14조 제3항은 마치 별도의 양도계약이 체결된 것과 같은 형식과 외관을 작출하여 소득세법 제5조와 제98조가 규정하는 과세기간 및 양도시기에 따라 각 거래의 귀속연도가 다르게 됨으로써 결과적으로 하나의 거래에 의하여 양도하였을 경우와 비교하여 조세의 부담을 회피하는 행위를 방지하고자 납세자가 작출한 형식과 외관이 아닌 그 실질에 맞게 양도소득세를 부과하는데 그 취지가 있다.

③ 원고는 000 부동산 컨설팅 공인중개사 임씨의 중개로 2019. 6. 25. 두씨와 사이에 이 사건 토지에 관하여 매매대금 12억 9,000만 원, 계약금 1억 원은 계약시, 중도금 1억 원은 2019. 7. 1., 잔금 10억 9,000만 원은 2019. 11. 15. 각 지급하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였다. 매수인 두씨는 2019. 3. 13. 토지전문공인중개사사무소 공인중개사 조B의 중개로 두씨 소유의 EE시 CC동 00-0 등 토지를 매도하는 매매계약을 체결하고 그 매매대금 10억 2,000만 원을 2019. 9. 10.까지 지급받아 이 사건 토지의 매매대금 잔금을 지급할 예정이었으나, 위 토지의 잔금지급일이 건물의 준공 지연을 이유로 2019. 12. 9.로 연기됨으로써 이 사건 토지의 잔금지급일인 2019. 11. 15. 잔금을 지급하지 못하게 되자 2019. 11. 14. 원고에게 잔금지급일의 연기를 요청하였으나, 원고로부터 ‘하루도 연기하여 줄 수 없다.’는 답변을 받았다.

이에 원고와 두씨는 2019. 11. 15. 000 부동산 컨설팅 공인중개사 박씨이 입회한 가운데 두씨가 지급한 계약금 1억 원을 포기하고, 원고가 두씨에게 두씨가 지급한 중도금 1억 원을 반환하기로 하면서 이 사건 1차 계약을 합의해제 하였다.

④ 그런데 원고는 그로부터 불과 2~3일 후에 토지전문공인중개사사무소 공인중개사 조B을 통하여 두씨에게 ‘이 사건 토지를 분할하여 2개로 나누어서 매매계약을 체결하고, 1차 매매계약의 매매대금 잔금은 2019년 12월에, 2차 매매계약의 매매대금 잔금은 2020년 1월에 각 지급하는 것으로 하면 계약금을 몰취당하지 않고 이 사건 토지를 다시 매수할 수 있다. 그렇게 하지 않으면 매매가 성립되지 않는다. 매매대금 잔금 대출을 2차 매매계약의 잔금 지급일에 받으면 이자도 이득이다.’라는 취지로 제안하여 두씨의 동의를 받았다. 그에 따라 원고는 위 합의해제 5일 후인 2019. 11. 20. 조B의 중개로 두씨와 사이에 이 사건 토지를 분할하여 매매하기로 하면서 그 중 1,000㎡에 관하여 매매대금 6억 5,500만 원, 계약금 6,500만 원은 계약 당일, 중도금 6,500만 원은 2019. 11. 25., 잔금 5억 2,500만 원은 2019. 12. 20. 각 지급하는 내용으로, 나머지 970㎡에 관하여 매매대금 6억 3,500만 원, 계약금 3,500만 원은 계약 당일, 중도금 3,500만 원은 2019. 11. 25., 잔금 5억 6,500만 원은 2020. 1. 15. 각 지급하는 내용으로 각 매매계약을 체결하였는데, 나머지 970㎡에 관한 매매계약서에는 특약사항으로 ‘본 토지를 이전하는 날 약속을 지키지 아니할 때는 1,000㎡ 이전한 토지도 무효로 하고 소유권을 원고로 다시 돌려주기로 한다.’고 기재하였다. 이를 이 사건 1차 계약과 비교하면 매매목적물도 이 사건 토지로 동일하고, 매매대금도 12억 9,000만 원으로 동일하며, 다만 잔금지급일자만 변경되었을 뿐이다.

⑤ 이 사건 토지는 2019. 12. 17. 이 사건 분할 후 1, 2토지로 분할되었는데, 원고 측이 그 분할 과정을 주도적으로 진행한 것으로 보이고, 두씨는 그 분할 과정에 관여하지 않았다. 두씨는 2021. 1. 20. 이 사건 분할 후 1, 2토지를 다시 합병하여 이 사건 토지로 되돌려 놓았다. 결국 두씨로서는 이 사건 토지를 분할하여야 할 실질적인 이유나 이익이 없었다.

⑥ 원고 측의 위와 같은 제안에 따라 매매계약을 2개로 나누어 체결하고 이 사건 분할 후 2토지에 관한 계약의 잔금 지급일을 이듬해인 2020년으로 정함으로써 각 매매계약의 과세연도가 달려졌는데, 이 사건 분할 후 1, 2토지의 각 잔금 지급일 사이의 간격은 26일에 불과하다. 원고는 이에 따라 한 번에 매매계약을 체결하였으면 한 번만 적용되는 조세특례제한법 제69조에 따른 연간 감면한도 1억 원을 2019년 및 2020년에 각 한 번 씩, 총 두 번 적용하여 양도소득세를 신고하였다.

⑦ 원고는, 두씨가 이 사건 토지의 잔금을 지급하지 못하여 이에 따라 이 사건 1차 계약을 해제하고 두씨 소유인 EE시 CC동 00-0 등 토지의 잔금지급에 맞추어 위와 같이 매매계약을 2개로 나누어 체결하게 된 것이라고 주장하나, 두씨 소유인 EE시 CC동 00-0 등 토지의 변경된 잔금지급일이 2019. 12. 9.이었던 점, 두씨는 2020. 1. 15. 이 사건 분할 후 1, 2토지를 담보로 수원농업협동조합으로부터 대출을 받아 이 사건 분할 후 2토지의 매매대금 잔금을 지급한 후 이 사건 분할 후 2토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤는데, 이 사건 분할 후 1, 2토지의 잔금지급일을 2019. 12. 20.로 정하였더라도 두씨로서는 위와 같은 방법으로 이 사건 분할 후 1, 2토지의 잔금을 지급할 수 있었던 것으로 보이는 점, 앞서 살펴본 이 사건 분할 후 1, 2토지의 재계약 경위나 분할 과정 등에 비추어 보면, 원고가 두씨의 자금 사정을 감안하여 매매계약을 2개로 나누어 체결하였다고 볼 수 없고, 원고의 양도소득세 경감 목적으로 매매계약을 2개로 나누어 체결한 것으로 판단된다.

⑧ 위와 같이 이 사건 토지를 동일 매수인에게 매도하면서 이를 분할하고 단기간의 간격을 두어 2개의 매매계약을 체결한 것에 대해 원고의 양도소득세 경감 목적 외에는 납득할 만한 합리적인 이유를 찾아볼 수 없다.

나) 원고는, 2023. 12. 31. 법률 제19936호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘개정 조세특례제한법’이라 한다)은 양도소득세에 관하여 ‘토지를 분할하여 그 일부를 양도하거나 토지의 지분을 양도한 후 그 양도한 날로부터 2년 이내에 나머지 토지나 그 지분의 전부 또는 일부를 동일인이나 그 배우자에게 양도하는 경우에는 1개 과세기간에 해당 양도가 모두 이루어진 것으로 본다.’는 취지의 규정(제133조 제2항)을 신설하였고, 같은법 부칙 제34조는 ‘제133조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 토지의 일부 또는 토지의 지분을 양도하는 경우부터 적용한다. 이 경우 이 법 시행 전에 이루어진 양도는 같은 개정규정에 따라 1개 과세기간에 이루어진 것으로 보는 양도에 포함하지 아니한다.’고 규정하고 있는데, 이 사건 분할 후 1, 2토지에 대한 재계약은 개정 조세특례제한법 시행일인 2024. 1. 1. 전에 이루어져, 같은 법 부칙 제34조에 따라 1개 과세기간에 이루어진 것으로 보는 양도에 포함되지 않으므로, 위 각 양도를 1개 과세기간에 이루어진 것으로 본 이 사건 처분은 개정 조세특례제한법을 위반하여 위법하다는 취지로도 주장한다.

그러나 이 사건 처분은 개정 조세특례제한법 제133조 제2항이 2023. 12. 31. 신설되기 전에 이루어진 처분으로서, 개정 조세특례제한법 제133조 제2항에 근거한 것이 아니라 국세기본법 제14조 제3항의 실질과세 원칙에 근거하여 이루어진 처분이고, 개정 조세특례제한법 제133조 제2항, 같은 법 부칙 제34조가 국세기본법 제14조 제3항의 적용을 배제하는 것은 아니므로, 이 사건 처분이 개정 조세특례제한법 제133조 제2항, 같은 법 부칙 제34조 위반으로 위법하다고 볼 수 없다.

이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

다) 따라서 이 사건 양도는 원고가 조세감면을 부당하게 받기 위한 목적에서 하나의 거래를 형식상 2개로 나눈 것에 불과하므로, 원고의 이 사건 토지 거래는 하나의 계약으로 보아야 하므로 피고가 그 실질에 따라 이 사건 처분을 한 것은 정당하고, 이와 전제를 달리하는 원고의 주장은 이유 없다. 』

3. 결론

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소를 기각한다.

관련 법령

국세기본법 제14조 국세기본법 제14조 제3항 조세특례제한법 제69조 조세특례제한법 제133조 조세특례제한법 제133조 제2항 조세특례제한법 부칙 제34조 소득세법 제5조 소득세법 제98조 행정소송법 제8조 제2항 민사소송법 제420조

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