과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 취소하여야 함

상세내용

주 문

1. 피고가 2020. 3. 23. 원고에게 한 별지 1 기재 각 처분의 각 ‘당초 세액’ 및 ‘당초금액’ 란 기재 금액 중 각 ‘정당세액’ 및 ‘정당금액’ 란 기재 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 피고는 2019. 3. 11. - 2019. 6. 22. 원고에 대한 법인세 통합조사(범칙조사)를 실시한 후, 2020. 3. 23. 원고에게 아래 표와 같이 2015년 제1기 - 2017년 제2기 부가가치세 합계 447,636,740원 및 2014 - 2017사업년도 법인세 합계 1,150,986,170원을 각 부과, 고지하고, 수입금액 누락액 등 합계 4,020,505,556원을 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다(이하 통칭하여 ‘이 사건 최초 처분’이라

한다).

나. 원고는 이에 불복하여 2020. 5. 8. 조세심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 “피고는 2020. 3. 23. 원고에 행한 처분을 원고가 2014. - 2017. 사업연도 동안 실제로 주식회사 BB(이하 ‘BB’라고만 한다), CC디자인, DD디자인, EEEEE, FFFFF 및 GGGG주방기기로부터 경영지원금 명목으로 지급받고 신고하지 아니한 금액 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 업무용승용차 중 롤스로이스 차량(차량번호 : 00마0000)에 대하여 계상한 2016년 및 2017사업연도 차량유지비 및 감가상각비 상당액 합계 334,414,424원 중 차량유지비 한도초과액은 중국고객인 HH 사장에 대한 기타소득으로, 감가상각비 상당액 한도초과액은 기타사외유출로 그 소득처분을 각각 경정하여 소득금액변동통지를 하라”는 결정을 하였다(이하 ‘이 사건 조세심판원결정’이라 한다).

다. 피고는 이 사건 조세심판원결정에 따라 법인세 과세표준 및 세액 등을 다시 조사하여 원고가 DD디자인, FFFFF, GGGG주방기기로부터 수수료를 수취하지 않았다고 보아 해당 부분을 제외하고, BB, CC디자인, EEEEE(이하 이를 통칭하는 경우 ‘BB 등’이라고 한다)에 대해서도 최초 처분 당시 수수료 금액 중 일부를 감액하여, 최종적으로 별지 1 기재 각 ‘당초 세액’ 및 ‘당초 금액’란 기재 금액으로 법인세, 부가가치세, 소득금액변동통지 금액이 감액되었다(이하 감액되고 남은 각 처분을 통칭하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

이 사건 각 처분에는 아래와 같은 하자가 있으므로, 이 사건 각 처분 중 청구취지 기재와 같은 부분의 취소를 구한다.

가. 절차상 하자

피고는 세무조사를 한 이후 이 사건 최초 처분을 하면서 국세기본법 제81조의12에 따른 세무조사의 결과 통지를 하지 않았고, 이 사건 조세심판결정에서 국세기본법 제65조 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정을 하였음에도 불구하고 재조사에 따른 처분을 하지 않고 이 사건 각 처분을 하여, 국세기본법 제80조 제2항을 위반하였다.

나. 실체상 하자

1) 이 사건 각 처분 중 원고가 BB로부터 합계 175,218,182원, CC디자인으로부터 합계 855,300,000원, EEEEE로부터 합계 319,823,471원을 경영지원금 명목으로 수수하였음(이하 BB 등이 경영지원금 명목으로 원고에게 지급한 돈을 ‘수수료’라고 지칭하기로 한다)을 전제로 한 부분(이하 ‘쟁점부분’이라 한다)은, 그 전제가 된 사실이 인정되지 않으므로 이 사건 각 처분 중 쟁점부분은 위법하다.

2) 피고 주장과 같이 BB 등이 원고 직원 KKK에게 수수료를 지급하였다고 하더라도, 이를 실제 전달받은 자는 LLL이므로, LLL에 대한 소득금액변동통지를 하여야 하고, 원고의 당시 대표자 JJJ을 대상자로 하는 소득금액변동통지는 위법하다.

3) 피고 주장과 같이 당시 원고의 이사였던 JJJ이 BB 등으로부터 수수료를 지급받았다고 하더라도, 원고는 BB 등과 거래관계가 없고(BB 등은 원고의 가맹점과 거래관계에 있다), JJJ이 돈을 지급받았다고 하여 원고의 순자산이 증가한 것이 아니므로 이는 법인세법 제15조 제1항에 따른 익금으로 볼 수 없고, 원고가 BB 등에게 재화 또는 용역을 공급한 바도 없으므로 부가가치세 부과처분의 과세대상이 존재하지 않는다.

4) 수수료가 부가가치세 부과처분 과세대상이 된다고 하더라도, 그 돈에는 부가가치세가 포함된 것이므로 과세표준은 받은 금액 자체가 아닌 받은 돈에 100/110을 곱한금액이 되어야 한다.

3. 관계법령

별지 2 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 절차상 하자 주장에 대한 판단

1) 을 제14 내지 16호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ◎◎세무서는 2019. 8. 13. 국세기본법 제81조의12 제1항에 따른 세무조사의 결과 내용을 송달한 사실이 인정되므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 갑 제2호증의 기재에 의하면, 이 사건 조세심판결정의 결정문에는 ‘원고가 BB 등을 포함한 협력업체로부터 경영지원금 명목의 수수료를 수취하였고 이를 수입금액 등으로 신고하지 아니하였음이 추정된다고 하면서도 피고가 수수료를 산정함에 있어 객관적인 근거에 의하여 산정하였다고 단정하기 어려우므로, BB 등 협력업체의 공사 (납품)계약서, 견적서 및 금융증빙 등을 근거로 실제로 신고누락한 경영지원금이 얼마인지에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다’는 취지의 기재가 있는 사실이 인정된다. 그러나 을 제1 내지 5, 17호증의 각 기재에 의하면, 피고가 이 사건 조세심판결정 이후 추가 조사를 한 다음 원고가 DD디자인, FFFFF, GGGG주방기기로부터 수수료를 수취하지 않았다고 보아 해당 부분을 제외한 사실, BB 등에 대해서도 아래표 기재와 같이 이 사건 최초 처분 당시 인정하였던 수수료 금액을 감액하여 인정함으로써 이 사건 최초 처분 당시 수수료 금액 중 일부를 감액하여 이 사건 각 처분을 한 사실이 인정된다. 위와 같은 사실에 의하면, 비록 피고가 이 사건 조세심판결정 이후 BB 등에 대한 객관적 금융자료를 확인하였다는 사정이 보이지 않고, 피고가 근거로 삼은 자료의 신빙성이 사후적으로 인정되지 않는다고 하더라도, 위와 같은 추가 조사를 반영하여 아래와 같은 과세 근거에 따라 재처분을 한 이상 이를 이 사건 조세심판결정의 기속력을 위반한 처분이라고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 역시 이유 없다.

나. 실체상 하자 주장에 대한 판단

1) 인정사실

가) 당사자의 지위

(1) MMM는 원고의 지분 100%를 보유하고 있는 주주로 개업시부터 2017. 2. 22.까지 원고의 대표이사로 재직하였고, JJJ은 MMM의 배우자로서 2017. 2. 22.부터 2022. 2. 9.까지 원고의 사내이사이자 대표이사로 재직하였다. 2022. 2. 9.부터 현재까지는 NNN이 대표이사로 재직 중이다.

(2) BB의 대표자는 OOO이고, CC디자인의 대표자는 PPP이며, EEEEE의 대표자는 QQQ이다.

나) 당사자들의 진술

(1) BB의 전 영업상무 RRR은 세무조사 단계의 진술에서, BB가 원고의 협력업체인데 원고 가맹점에 공산품을 납품하였고, 가맹점 매출분의 약 3% 정도를 원고에게 판매장려금으로 지급하였으며, 공식적인 판매장려금(세금계산서 발행분) 외에도 BB의 법인계좌에서 지인 SSS의 아들 TTT의 계좌로 이체 후 전액 현금으로 출금하여 원고의 직원 LLL에게 직접 전달하는 방법으로 추가 판매장려금을 지급하였다고 진술하였다.

(2) CC디자인의 대표이사인 PPP은 세무조사 단계의 진술에서, 2014. - 2015. 경영지원금 명목으로 공급가액의 20%인 857,730,000원을 지급하였고 2016. 4. 1.에 지정업체계약을 체결하기 전에는 별도로 지정업체계약서를 작성하진 않았으며 다만 구두로 가맹점 인테리어공사 시공면적 평당 320,000원을 지급하는 것으로 계약하였고, 자신 및 배우자 UUU의 계좌에서 출금한 현금과 가맹점 인테리어공사 대금 중 일부를 현금으로 수취하여 JJJ에게 직접 전달하였다고 진술하였다.

(3) EEEEE 대표자가 QQQ가 세무당국에 제출한 진술서에 의하면, QQQ는 2014. - 2015.에 원고에게 경영지원금 명목으로 519,000,000원을 현금으로 지급하였으나 세금계산서를 수취하지 않았다고 하였고, LLL과 통화 과정에서 19억 정도를 경영지원금 명목으로 지급하였다는 취지로 진술한 바 있다.

(4) 한편 위 RRR, PPP, QQQ는 세무조사 과정에서 위와 같이 진술한 이후 위와 같은 진술내용과 달리 원고에게 현금으로 돈을 지급한 사실이 없다는 취지의 진술서를 원고에게 작성해 주었다.

다) 관련 금융자료 등

(1) 2012. 6. 8. 개설된 TTT의 계좌(BB 직원 RRR이 사용하였다는 계좌이다)로 2014. 10. 10.경부터 2017. 12. 15.경까지 BB의 법인계좌 및 BB 대표 OOO 계좌로부터 1,045,000,000원이 입금되었는데(을 제6호증의 2), 2014. 10. 10.경부터 2015. 12. 31.까지의 위 입금내역 및 위 2014. 10. 10.경 이후 위 계좌에서 현금으로 출금된 돈 중 하루에 100만 원 이상인 경우(‘CD출금’ 및 ‘점외제휴CD’라고 기재된 내용이다. 은행수수료로 보이는 천원 단위 이하는 버림)는 아래 표와 같다.

(2) CC디자인의 2014년 2기부터 2015년 2기까지의 원고의 가맹점4)에 대한 공사매출액은 아래 표와 같다.

(3) CC디자인의 대표자인 PPP의 계좌번호 290302-04-050257 계좌에서 2014. 1. 1.부터 2017. 12. 31.까지 합계 273,000,000원이, UUU의 계좌번호 290302-04-021677 및 300102-04-144864 계좌에서 2014. 1. 1.부터 2017. 12. 31.까지 합계 294,000,000원이 출금되었다. 위 금액 중 2014. - 2015. 기간 동안의 금액은 PPP 계좌에서 211,000,000원, UUU의 계좌에서 245,000,000원이다.

(4) EEEEE의 2014년 1기부터 2015년 2기까지의 전체 매출액은 아래 표와 같다.

라) 이 사건 각 처분 중 쟁점부분

피고가 파악한 원고가 BB 등으로부터 수수료를 지급받았다는 내역은 아래와 같다. 이 부분은 원고의 추가 소득에 해당하여, 이 사건 각 처분 중 쟁점부분, 즉 해당 부분에 대한 법인세, 부가가치세, 소득금액 변동통지의 당부를 판단하는 전제가 된다.

[인정근거] 앞서 인정한 증거들, 갑 제5 내지 9호증, 을 제6 내지 13, 18 내지 26호증의 각 기재, 2022. 8. 18.자, 2022. 8. 22.자 각 과세정보회신결과, 2022. 11. 15.자 금융거래정보회신결과 및 변론 전체의 취지

2) 원고가 BB 등으로부터 수수료를 지급받았는지 여부에 대한 판단

가) 조세부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실의 입증책임은 과세권자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2009두5022 판결 등 참조).

나) 살피건대, 앞서 인정한 사실 및 증거들에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 원고가 2014. - 2015.경 BB 등으로부터 경영지원금 명목으로 수수료를 수령한 것으로 보이기는 하다.

① BB 등이 원고에게 2014. - 2015.경 경영지원금 명목으로 현금을 지급하였다는 RRR, PPP, QQQ의 진술은 모두 원고의 협력업체로 원고에 대해 불리한 진술을 할 특별한 이유가 있다고 보기 어렵고, 그 지급방법 등의 내용이 구체적인바, 그 진술의 신빙성이 인정된다. 이들과 원고의 관계에 비추어 사후적으로 이들이 진술을 번복하는 취지의 진술서를 작성하였다고 하여 위와 같은 진술의 신빙성이 부정된다고 보기 어렵다.

② 원고 역시 2016.경 이후에 BB 등과 경영지원계약을 체결하고 그에 따라 수수료를 지급받은 사실은 인정하고 있으면서도(BB에 대해서는 2016년 1기에 현금으로 수수료를 지급받은 사실을 부인하고 있다), 2014., 2015.은 사업 초기라 경영지원금을 받을 상황이 아니었다는 취지로도 주장하나, 원고는 2014., 2015. VV정보텍 주식회사로부터 현금으로 경영지원금을 지급받은 것으로 보이는바(을 제26호증 참조), 위와 같은 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

③ 앞서 본 바와 같이 BB의 차명계좌로 보이는 TTT 명의 계좌에서는 지속적으로 다액의 현금이 출금되었고, 특히 2015. 2.경 이후부터는 매월 중순경에 12,000,000원 이상의 돈이 출금되고 있다. BB는 원고의 가맹점에 식자재를 공급하는 회사로 매출이 지속적, 정기적일 것인 점을 고려하면, 위 출금 내역은 매출액의 일정비율을 수수료로 지급하였다는 RRR의 진술에 부합한다. 이에 대해 원고는 2016.경 이후에는 BB와 정식으로 경영지원계약을 체결하고 수수료를 지급받고 세금계산서를 발급하였으므로 위 차명계좌에 돈을 입금할 필요가 없음에도 오히려 2016.경 이후 입금되는 돈이 증가하였다고 주장하나, 위 계좌의 입출금 내역에 의하면 다른 제3자에 의한 입금 내지 출금도 이루어지고 있어 단일한 용도로만 사용된 것은 아닌 것으로 보이므로, 그 주장과 같은 사정만으로 RRR 진술의 신빙성을 뒤집기 부족하다(피고는 위 계좌의 입금액 또는 현금출금액 전액을 수수료로 인정한 것이 아니다).

④ 원고는 수수료를 지급받은 것은 LLL 개인이므로 이를 원고가 지급받은 것으로 볼 수 없다는 취지로도 주장하나, LLL은 원고의 직원 자격으로 수수료를 지급받은 것이므로, 위 주장을 받아들일 수 없다.

다) 그러나 앞서 인정한 사실 및 증거에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 피고가 제출한 증거들만으로는 원고가 BB 등으로부터 현금으로 지급받은 수수료의 액수가 피고 주장 액수와 같다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

① 피고는 BB 등이 원고에 대한 매출자료에 관련자들이 진술한 수수료율을 곱하여 그 액수를 산출한 것으로 보이는데(을 제1호증, 2023. 3. 10.자 피고 준비서면 등 참조), 피고는 BB 등의 원고에 대한 구체적 매출 자료를 제출하지 않았다.

② 피고는 EEEEE가 원고에 지급한 현금의 액수에 관하여 당초 조사하였던 매출액에 20%의 수수료율을 곱하였다고 밝혔다(답변서 15쪽, 갑 제2호증 16쪽 참조). 그러나 EEEEE의 대표자 QQQ는 2016.경 수수료율이 10%라고 진술하였을 뿐 2014. - 2015.경 수수료율에 대해서는 명시적으로 진술한 바가 없다(을 제8호증의1 참조). 이에 대하여 피고는 2015. 5. 2.자 EEEEE 명의의 실행원가계산서(공사명 ‘ㅇㅇㅇㅇ 범계점’, 을 제24호증)상 ‘본사운영지원금’이 실제 공사비의 20%였다는 점을 그 근거로 제시하나, EEEEE의 대표자 QQQ의 진술서(갑 제9호증)에 의하면 QQQ는 그 실행원가계산서에 관하여 알지 못한다는 입장이고, 실행원가계산서상 공사비 총액(부가세 포함 약 234,300,000원)과 매출명세서상 공사비 총액(부가세 포함 275,000,000원, 2022. 8. 22.자 과세정보회신 중 2015년 1기 매출명세서의 ‘ㅇㅇㅇㅇ 평촌범계점’ 부분) 사이에 차이가 존재하여7), 위 실행원가계산서의 기재만으로 피고가 주장하는 바와 같은 수수료율을 인정하기는 어렵다.

③ 한편 앞서 본 바와 같이 피고는 EEEEE가 2014년 1기에 3,549,818원을 지급한 사실을 인정하였으나, 2022. 8. 22.자 과세정보회신결과에 의하면 2014년 1기에 그 전제가 되는 원고에 대한 매출이 발생하였는지 여부를 확인할 수 없고, 나머지 기간 역시 위 회신결과에 따른 매출액과의 관련성이 불명확하다.

④ CC디자인의 대표자 PPP은 앞서 본 바와 같이 2014., 2015. 합계 857,730,000원을 원고에게 현금으로 지급하였다고 진술하였고, 이에 관하여 구체적인 시공 내용과 그에 대한 수수료를 기재한 바 있는데(을 제7호증의 1 4, 5쪽 참조), 이는 당시 CC디자인의 발행 세금계산서 내용과 일치하지 않는 것으로 보인다(2022. 8. 18. 자 과세정보회신결과 참조). 피고는 2014년 1기 매출액이 누락되어 그와 같은 차이가 발생하였다고 주장하나, 이 법원의 석명준비명령 이후 피고가 제출한 CC디자인의 2014년 1기 부가가치세 신고서(을 제30호증) 기재에 따르더라도, 2014년 및 2015년도의 공급가액 합계는 3,637,681,817원이고 그 20%는 727,536,363원인데, 피고가 주장하는 수수료 액수 857,730,000원과 상당한 차이(매출액 기준 약 6억 5천만 원, 수수료 기준 약 1억 3천만 원)가 존재하는 것은 마찬가지이다. 피고는 이에 대해 PPP의 자인액을 우선으로 하였다고도 주장하나 자인액과 객관적 자료에 의한 액수 사이의 차이가 지나치게 커서 그대로 받아들이기 어렵다. 경찰 또한 이 부분은 BB, CC디자인과 달리 조세범처벌법위반과 관련하여 기소 의견으로 송치하지 않았다.

⑤ 피고는 2020. 2.경 “MMM, JJJ이 BB 등 8개 협력업체로부터 경영지원금 명목으로 약 36억 5천만 원을 현금으로 수취하고 세금계산서를 미발급하였다”는 등의 혐의로 원고 등 관계자를 경찰에 고발하였고, 경찰은 이를 조세범처벌법위반, 배임수재 등 기소의견으로 송치하였던 것으로 보인다. 그러나 검사는 2023. 2. 17. “JJJ이 MMM, LLL 등과 공모하여 2012. 10. 30.경부터 2016. 1.경까지 BB, EEEEE, CC디자인을 포함한 협력업체 8곳으로부터 경영지원금 명목으로 현금 합계 3,450,175,231원을 수수하여(이 사건 각 처분 중 쟁점부분이 모두 포함되어 있다) 배임수재하였다”는 피의사실에 대하여, JJJ과 협력업체 대표들이 현금 교부 사실을 부인하고 그 외에 피의사실을 인정할 만한 뚜렷한 증거가 없다는 이유로 불기소처분을 하였다.

라) 과세처분취소소송에 있어서 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 사실심 변론 종결 당시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 한다(대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결 등 참조). 원고가 BB 등으로부터 수수료를 받았다는 부분을 제외하여 산정한 이 사건 각 처분의 정당세액에 관하여 살피건대, 을 제21 내지 23호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 정당세액은 별지 1 각 ‘정당세액’ 내지 ‘정당금액’란 기재와 같다.

3) 소결론

따라서 원고의 나머지 주장에 대해 더 나아가 살필 필요 없이 이 사건 각 처분 중 별지 1 각 ‘인정세액’ 내지 ‘인정금액’란 기재 금액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.