신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 관련 시행령 조항이 모법의 위임범위를 벗어난 것인지 여부

상세내용

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2023. 7. 25. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 157,786,618원의 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가.원고는 1988. 7. 8. 서울 ○○구 ○○동 1007-1 CCC아파트 ○동 1210호(이하 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)를 취득하였다.

  나. 이 사건 종전주택은 사업계획승인으로 재건축되어 2004. 12. 14. 준공되었다. 이로써 원고는 같은 동 1008-2 DDD ○동 2101호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 보유하게 되었다.

  다. 원고는 2017. 8. 9. 이 사건 주택을 26억 원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하고 2017. 9. 21. 이 사건 양도에 관하여 신축주택 취득일 이후 5년간 발생한 양도소득을 감면하도록 규정한 조세특례제한법 제99조의3 제1항과 이에 따른 감면대상 양도소득금액의 계산 등을 대통령령으로 위임한 같은 조 제4항(이하 통칭하여 ‘이 사건 법률 조항’이라 한다) 및 그 위임을 받은 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항 제2호(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)에서 정한 아래 계산식(이하 ‘이 사건 계산식’이라 한다)을 계산한 양도소득세

157,786,610원(농어촌특별세 11,472,140원 포함)을 신고·납부하였다(이하 이 사건 계산식의 분모 중 괄호 안의 ‘종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택’을 ‘재개발·재건축에 따른 신축주택’이라 하고, 그 외의 신축주택을 ‘일반적인 신축주택’이라 한다).

  라. 원고는 2023. 5. 31. 이 사건 계산식의 분모 중 양도 당시 기준시가에서 공제되는 항목은 ‘종전주택 취득 당시 기준시가’가 아니라 ‘신축주택 취득 당시 기준시가’가 되어야 하고 이에 따르면 양도소득금액 전액이 감면되어야 한다고 주장하면서, 기존에 신고·납부한 양도세 전액을 환급하여 달라는 취지(추후 농어촌특별세는 감면세액에 따라 별도 납부)의 경정청구를 하였다[제출된 경정청구서(갑 제5호증)에는 환급받을 세액이‘146,314,475원(농어촌특별세 납부 별도)’으로 기재되어 있고, 경정청구 처리 결과 통지서(갑 제1호증)에는 경정청구액이 ‘157,786,618원’(이는 양도소득세 146,314,475원과 농어촌특별세 11,472,143원을 합한 금액이다)으로 기재되어 있다].

  마. 피고는 2023. 7. 25. 당초의 양도소득세 신고가 이 사건 시행령 조항에 근거하여 적정하다는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

  [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장 요지

   이 사건 법률 조항은 신축주택 취득일 이후 5년간 발생한 양도소득을 감면하도록 규정하면서 일반적인 신축주택과 재개발·재건축에 따른 신축주택을 달리 취급하고 있지 않다. 대법원 2014. 12. 11. 선고 2014두4207 판결(이하 ‘이 사건 관련 판결’이라 한다) 역시 같은 취지로 판시한 바 있다. 그런데도 이 사건 시행령 조항은 합리적 근거없이 일반적인 신축주택과 재개발·재건축에 따른 신축주택을 구별하여, 후자의 경우 이 사건 계산식의 분모 중 양도 당시 기준시가에서 공제되는 항목을 일반적인 경우의 ‘신축주택 취득 당시 기준시가’가 아니라 ‘종전주택 취득 당시 기준시가’로 정함으로써 양도소득 감면의 범위를 축소하여 불리하게 취급하고 있다. 이는 헌법상 평등원칙에 위배되고 이 사건 관련 판결의 취지에 반하며 이 사건 법률 조항의 위임 범위를 벗어난 것으로서 조세법률주의에 반하여 위헌·무효이다. 따라서 위헌인 이 사건 시행령 조항에 근거하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

  나. 관계 법령

   별지 기재와 같다.

  다. 판단

   1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 참조).

   2) 다음 사정에 비추어 보면, 이 사건 시행령 조항을 위헌·무효라고 볼 수 없고, 이 사건 처분은 이 사건 법률 조항과 그 위임에 따른 이 사건 시행령 조항에 근거한 것으로서 적법하다.

    가) 이 사건 법률조항은, 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(제1항 제1호) 또는 자기가 건설한 신축주택(도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택 포함, 제1항 제2호)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 각 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다고 규정하면서, 감면대상 양도소득금액의 계산에 대하여는 대통령령으로 정한다(제4항)고 규정한다.

    그 위임을 받은 이 사건 시행령 조항은 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 양도소득금액의 계산에 관하여, (i) 일반적인 신축주택의 경우에는 계산식의 분모 공제항목을 ‘신축주택 취득 당시 기준시가’로 규정하여, 양도소득금액에 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’(신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 –신축주택 취득 당시 기준시가)이 ‘신축주택의 취득일부터 양도 당시까지의 기준시가 상승분’(양도 당시 기준시가 –신축주택 취득 당시 기준시가)에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하도록 하면서, (ii) 재개발·재건축에 따른 신축주택의 경우에는 계산식의 분모 공제항목을 ‘종전주택 취득 당시 기준시가’로 규정하여, 양도소득금액에 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’(신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 –신축주택 취득 당시 기준시가)이 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택의 양도 당시까지의 기준시가 상승분’(양도 당시 기준시가 –종전주택 취득 당시 기준시가)에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하도록 한다.

    나) 이 사건 법률 조항은 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 입법 취지를 갖고 있다(2001. 8. 14. 법률 제6501호로 개정된 조세특례제한법의 개정이유 및 이 사건 관련 판결 참조). 또한 이 사건 법률 조항은 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 각 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼도록 규정하여, 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 ‘신축주택을 취득한 날’로 제한한다. 한편, 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항은 신축주택 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 마찬가지로 양도소득 발생 기산일을 ‘신축주택의 취득일’로 제한하면서도, 5년 이내에 양도하는 경우에는 ‘5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’이라고 규정하여 발생 기산일을 제한하는 내용을 규정하지 않았으나 2015. 12. 15. 개정으로 위와 같이 발생 기산일을 신축주택을 취득한 날로 명시하였다. 이러한 개정 과정에 비추어도 이 사건 법률 조항은 신축주택 취득일 이후 일정 기간(5년 이내 양도 시에는 양도 시까지의 기간, 5년 후 양도 시에는 5년) 동안 발생한 양도소득금액을 감면대상으로 정하고 있다고 볼 수

있다. 그런데 재개발·재건축을 통하여 취득하는 주택의 경우에는 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 발생할 수 있고 이는 신축주택에 대한 수요 진작이나 부동산경기 활성화와는 무관하기 때문에 일반적인 신축주택과 동일하게 볼 수 없다. 더욱이 이 사건 계산식은 감면대상 양도소득금액을 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액으로서 종전주택 취득 시와 신축주택 양도 시 사이의 양도차익을 기준으로 일정 비율을 곱하여 산정하도록 규정하고 있기 때문에, 일반적인 신축주택과 동일하게 재건축·재개발의 경우에도 ‘소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 –신축주택 취득 당시 기준시가 / (양도 당시 기준시가 –신축주택 취득 당시 기준시가)’로 계산할 경우에는 감면대상 양도소득금액이 과다하게 산정될 수 있다. 따라서 이 사건 시행령 조항이 일반적인 신축주택과 재개발·재건축에 따른 신축주택을 달리 취급하는 것은 그 차별을 정당화할 합리적인 이유가 있다고 할 것이므로, 이 사건 시행령 조항이 헌법 제11조 제1항의 평등원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

    다) 이 사건 법률 조항은 ‘신축주택’에 ‘도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택을 포함’한다고 규정하고, 원고는 이를 근거로 이 사건 법률조항이 일반적인 신축주택과 재개발·재건축에 따른 신축주택을 똑같이 취급하도록 규정하고 있음에도, 이 사건 시행령 조항이 이 사건 법률 조항의 구체적 위임을 받지 못하거나 위임 한계를 벗어나 위법하다고 주장한다.

    특정 사안과 관련하여 법률에서 하위 법령에 위임을 한 경우에 모법의 위임범위를 확정하거나 하위 법령이 위임의 한계를 준수하고 있는지 여부를 판단할 때에는, 하위 법령이 규정한 내용이 입법자가 형식적 법률로 스스로 규율하여야 하는 본질적 사항으로서 의회유보의 원칙이 지켜져야 할 영역인지와 함께, 당해 법률 규정의 입법 목적과 규정 내용, 규정의 체계, 다른 규정과의 관계 등을 종합적으로 고려하여야 하고, 위임 규정 자체에서 의미 내용을 정확하게 알 수 있는 용어를 사용하여 위임의 한계를 분명히 하고 있는데도 문언적 의미의 한계를 벗어났는지 여부나 하위 법령의 내용이 모법 자체로부터 위임된 내용의 대강을 예측할 수 있는 범위 내에 속한 것인지, 수권 규정에서 사용하고 있는 용어의 의미를 넘어 범위를 확장하거나 축소하여서 위임 내용을 구체화하는 단계를 벗어나 새로운 입법을 한 것으로 평가할 수 있는지 등을 구체적으로 따져 보아야 한다(대법원 2015. 8. 20. 선고 2012두23808 전원합의체 판결 참조). 법률의 시행령은 그 법률에 의한 위임이 없으면 개인의 권리·의무에 관한 내용을 변경·보충하거나 법률에 규정되지 아니한 새로운 내용을 정할 수는 없지만, 시행령의 내용이 모법의 입법 취지와 관련 조항 전체를 유기적·체계적으로 살펴보아 모법의 해석상 가능한 것을 명시한 것에 지나지 아니하거나 모법 조항의 취지에 근거하여 이를 구체화하기 위한 것인 때에는 모법의 규율 범위를 벗어난 것으로 볼 수 없으므로, 모법에 이에 관하여 직접 위임하는 규정을 두지 않았다고 하더라도 이를 무효라고 볼 수 없다(대법원 2009. 6. 11. 선고 2008두13637 판결, 대법원 2016. 12. 1. 선고 2014두8650 판결 등 참조). 어느 시행령 규정이 모법에 저촉되는지 여부가 명백하지 아니한 경우에는 모법과 시행령의 다른 규정들, 그리고 그 입법 취지나 연혁 등을 종합적으로 판단하여 모법에 합치된다는 해석이 가능하다면 그 규정이 모법 위반으로서 무효라는 선언은 신중하여야 한다(대법원 1999. 12. 16. 선고 97누9864 전원합의체 판결, 대법원 2010. 7. 15. 선고 2008두9270 판결 등 참조).

    살피건대 앞서 인정한 사실과 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래의 사정, 즉 이 사건 법률 조항은 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 ‘신축주택을 취득한 날’로 제한하고 있는 점, 재개발·재건축을 통하여 취득하는 주택의 경우에는 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 발생할 수 있는 점, 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 이 사건 법률조항은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 발생하는 양도소득세를 ‘면제’하고, 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득세를 ‘감면’하던 종전 방식에서 위 두 경우 모두 신축주택 취득일부터 양도일까지 또는 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상금액에서 빼는 ‘감면’ 방식으로 개정되었는바, 그 내용이 개정 전후 모두 일반적인 신축주택과 재개발·재건축에 따른 신축주택을 동일하게 취급하도록 하는 취지로 볼 수는 없는 점 등을 이 사건 법률 조항 및 이 사건 법률 조항이 감면대상이 되는 양도소득금액의 구체적인 계산방법을 정하지 않고 위임한 이 사건 시행령 조항의 내용과 그 규정의 체계적 지위 등에 비추어 보면, 이 사건 시행령 조항이 상위법령인 이 사건 법률 조항으로부터 예측가능한범위를 일탈하거나 그 위임내용을 구체화하는 단계를 벗어나 새로운 입법을 한 것으로 평가할 수는 없으므로, 모법의 적법한 위임을 받아 그 위임 범위 내에서 규정되어 있다고 보는 것이 타당하다.

    라) 이 사건 관련 판결은 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 관하여 “‘전체 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 － 신축주택 취득 당시의 기준시가) / (신축주택 양도 당시의 기준시가 － 신축주택 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 따라 계산하여야 한다.”라고 설시하기는 하였다. 그러나 이 사건 관련 판결은 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항, 제4항의 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항이 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하여 감면대상 양도소득금액을 제40조 제1항이 구조조정대상부동산의 양도소득세 감면에 관하여 정하는 산식인 ‘양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 –취득 당시 기준시가) / (양도 당시 기준시가 – 취득 당시 기준시가)’에 의하도록 하고 있어, 위 산식의 해석에 관하여 위와 같이 설시한 것일 뿐이다.

    이후 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항, 제4항은 이 사건 법률 조항과 같이 개정되었고, 그 위임을 받은 조세특례제한법 시행령 역시 이 사건 시행령 조항과 같이 개정되었다. 그 개정에 따른 이 사건 계산식은 위 구 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항이 규정한 산식과 명백히 다르고, 명시적으로 이 사건 계산식의 분모 중 양도 당시 기준시가에서 공제되는 항목을 ‘신축주택 취득 당시 기준시가’가 아니라 ‘종전주택 취득 당시 기준시가’로 정하고 있다.

    따라서 신축주택의 취득자에 대하여 감면할 양도소득금액과는 그 취지와 성질을 전혀 달리하는 구조조정대상 부동산의 취득자에 대하여 감면할 양도소득금액 계산식을 그대로 원용함에 따른 오류를 바로잡는 해석이라고 보는 것이 타당한 이 사건 관련 판결을 이 사건에 그대로 원용할 수 없다.

    마) 행정청이 위헌이거나 위법하여 무효인 시행령을 적용한 행정처분이 당연무효로 되려면 그 규정이 행정처분의 중요한 부분에 관한 것이어서 결과적으로 그에 따른 행정처분의 중요한 부분에 하자가 있는 것으로 귀착되고, 또한 그 규정의 위헌성 또는 위법성이 객관적으로 명백하여 그에 따른 행정처분의 하자도 객관적으로 명백하여야 한다. 그런데 일반적으로 시행령이 헌법이나 법률에 위반된다는 사정은 그 시행령의 규정을 위헌 또는 위법하여 무효라고 선언한 대법원의 판결이 선고되지 아니한 상태에서는 그 시행령 규정의 위헌 내지 위법 여부가 해석상 다툼의 여지가 없을 정도로 명백하였다고 인정되지 아니하는 이상 객관적으로 명백한 것이라 할 수 없으므로, 이러한 시행령에 근거한 행정처분의 하자는 취소사유에 해당할 뿐 무효사유가 된다고 볼 수는 없다(시행령의 위헌 또는 위법에 관한 대법원 2007. 6. 14. 선고 2004두619 판결, 대법원 2018. 10. 25. 선고 2015두38856 판결의 취지 참조).

    이 사건 법률 조항의 경우 앞서 본 것처럼 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우에 있어 감면대상 양도소득금액을 2015. 12. 15. 개정 전에는 ‘5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’이라고 규정하였다가 개정 후에는 ‘신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’으로 규정하여 발생 기산일을 달리 규정하는 반면, 신축주택 취득일부터 5년 후에 양도한 경우에 있어서는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에서 ‘신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 개정되어 개정 전후 내용에 차이가 없다. 그렇다 하더라도 이 사건 관련 판결은 5년 후 양도 시 감면대상 양도소득금액의 구체적인 계산 방법을 대통령령에 위임할 수 있음을 전제로 판단하면서 다만 당시 적용되던 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항상 위와 같이 해석하는 것이 타당하다고 판단하고 있을 뿐이다. 따라서 이 사건 시행령 조항이 이 사건 관련 판결의 취지에 반하여 이를 우회하기 위하여 개정되었는지 여부가 객관적으로 명백하지 아니하여 이를 근거로 한 이 사건 처분은 위법하다고 볼 수도 없다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각한다.