이 사건 공사비 등을 자본적 지출로 보아 양도소득세를 재경정하여야 하는지

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사 건	2022구합1180 조세심판원장의 결정에 대한 이의신청
원 고	AAA, BBB, CCC
피 고	aa세무서장
변 론 종 결	2023. 02. 23.
판 결 선 고	2023. 03. 30.

1. 원고 AAA,CCC의 소를 각하한다.

2. 원고 BBB의 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고들이 부담한다.

   피고가 2020. 12. 1. 원고 BBB에게 한 2019년 귀속 26,009,060원의 양도소득세 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고 BBB는 2005. 5. 16. 화성시 장안면 독정리 산***-** 임야 2088㎡(이하

‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 매매를 원인으로 소유권이전등기를 마친 뒤, 2019. 7.

29. 원고 CCC에게 매매를 원인으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.

나. 원고 BBB는 피고에게 양도소득세 신고를 하지 아니하였고, 피고는 2020. 12. 1.

이 사건 토지의 등기부기재가액인 2억 원을 양도가액으로, 취득가액은 환산가액으로,

필요경비는 개산공제액으로 하여 양도소득세 34,882,770원을 결정·고지하였다(이하

‘이 사건 원처분’이라 한다).

  다. 원고 BBB는 2021. 7. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2021.

12. 29. 이 사건 토지의 취득가액을 89,784,000원으로 하여 이 사건 원처분을 경정하라

는 취지의 결정을 하였다.

  라. 피고는 2022. 1. 6. 조세심판원의 결정에 따라 원고 BBB에게 2019년 귀속 양도

소득세를 26,009,060원으로 감액경정하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 대한 판단(원고 AAA, CCC)

가. 피고 주장의 요지

이 사건 처분은 원고 BBB에 대하여 이루어진 것으로, 원고 AAA, CCC는 전심절차를

거친 바 없다.

 나. 판단

1) 국세기본법 제55조 제1항 본문은 ‘이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는

부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한자는

이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 구하거나 필요한 처분을 청구할 수

있다’고 규정하고, 제56조 제2항 본문은 ‘제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송

은 행정소송법 제18조 제1항 본문, 제2항 및 제3항에도 불구하고 이 법에 따른 심사

청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다’고 규정하고

있다.

   2) 살피건대, 원고 AAA, CCC가 위 법에 따른 심사청구나 심판청구의 전심절차를

거쳤음을 확인할 수 있는 아무런 증거가 없다. 따라서 원고 AAA, CCC의 소는 국세기본법

에 따른 전심절차를 거치지 아니한 채 제기된 것으로서 부적법하다.

   3) 이를 지적하는 피고의 본안전 항변은 이유 있다.

2. 원고 BBB에 대한 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고 BBB(이하 2.항에서는 ‘원고’라고만 한다) 주장의 요지

다음과 같이 지출한 돈은 자본적 지출에 해당하므로, 전액 필요경비로 보아 양도가액

에서 공제되어야 한다.

   1) 2006년경 주식회사 KKK이라는 회사에 공사비 53,108,484원을 지급하고 공장

둘레길에 쌓은 흙담을 석재로 변경하고, 철조망 울타리를 설치하는 공사(이하‘①공사’라

한다)를 하였다.

   2) 2013년경 HHH에게 공사비 59,678,000원을 지급하고 축대보수공사 및 배수관

설치 공사(이하 ‘②공사’라 한다)를 하였다.

3) 이 사건 토지의 지목을 임야에서 공장용지로 변경하는 과정에서 DD시청에 대체

산림자원조성비 8,938,720원을 지급하였다.

 나. 관계 법령

   별지 기재와 같다.

다. 구체적 판단

   1) 관련 규정 및 법리

구 소득세법(2019. 12. 10. 법률 제16761호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조

제1항은 취득가액, 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 필요경비로 공제

한다고 규정하고 있다. 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30285호로 개정되기

전의 것, 이하 같다) 제163조 제3항은 “법 제97조 제1항 제2호에서 ’자본적지출액 등

으로서 대통령령으로 정하는 것‘이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그

지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실

이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.”고 규정하고, 제1호는 ’제67조

제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액‘을, 제3호는 ’양도자산의 용도변경ㆍ개량

또는 이용편의를 위하여 지출한 비용‘이라 정하고 있다. 구 소득세법 시행령 제67조

제2항은 "자본적 지출"이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나

해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 본래의 용도를

변경하기 위한 개조, 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치, 빌딩 등의 피난시설 등의 설치,

재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도

로의 이용가치가 없는 것의 복구, 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 위와 유사한 성질의 것에

해당하는 지출을 포함한다고 규정하고 있다.

소득세 과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청

에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비

의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한

것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역

안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의

곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이

합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합

한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

2) 위 법리에 비추어 살피건대, 원고가 그 비용을 지출한 사실을 인정할 증거가 없는

점에 더하여 아래와 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지의 필요

경비에 산입되어야 하는 자본적 지출액으로 그 주장과 같은 비용들을 지출하였다고 보기

어렵다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

가) 인정사실

   (1) 이 사건 토지는 화성시 장안면 독정리 **-*에 위치한 YY주식회사의 주차장

및 출입구로 사용되는 부속토지이다.

   (2) 원고의 모친 AAA는 2005년경 YY주식회사를 대금 38억 원에 양수하였다.

   (3) 이 사건 토지에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기가 마쳐진 이후부터 2019.

7. 29. CCC 앞으로 소유권이전등기가 마쳐질 당시까지 지목은 ’임야‘이다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 나) ①공사비 관련 주장에 대한 판단

   갑 제2호증의 기재에 의하면, 주식회사 KKK[변경 후 KKK주식회사]이 2005. 5.경

YY주식회사의 건물과 펜스 공사를 수행하고, 2006. 1.경 공사대금 53,108,000원을 수령한

사실이 인정되기는 하나, 한편 을 제3호증의 기재에 변론전체의 취지에 의하여 인정되는

사정, 즉 ㉠ 주식회사 KKK은 2005년 1기 부가가치세 과세기간에 YY주식회사에게 공급

가액 48,280,000원, 부가가치세액 4,828,000원의 세금계산서를 발행하였고, YY주식회사

는 위 세금계산서를 매입세금계산서로 신고하여 매입세액 공제를 받았으며, YY주식회사

는 2015 사업연도 법인세 신고 과정에서 위 비용을 필요경비로 신고한 것으로 보이는 점,

㉡ ①공사비는 YY주식회사의 공장 둘레길에 쌓은 흙담을 석재로 변경하고, 철조망 울타리

를 설치하였다는 것이므로 YY주식회사 소유 공장의 가치가 증가함은 별론으로 하고,

이 사건 토지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비로 보기는 어려운 점

등을 종합하면, 위 공사비가 이 사건 토지의 자본적 지출액에 해당한다거나 원고가 이를

실제로 부담하였다고 볼 수 없다.

다) ②공사비 관련 주장에 대한 판단

   을 제4호증의 기재에 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 사정, 즉 ㉠ 2013년경

공사를 하였다는 HHH는 2006년경부터 현재까지 일반음식점 등을 운영하고 있을 뿐

건설업과 관련한 사업이력을 확인할 자료가 제출되지 않은 점, ㉡ HHH의 확인서와

공사현장 사진 이외에 달리 자본적 지출액으로 인정받기 위한 구 소득세법 제160조의2

제2항에 따른 증명서류, 즉 법인세법 또는 부가가치세법에 따른 (세금)계산서, 신용카드

매출전표, 현금영수증 등을 수취·보관하거나 금융거래 증명서류가 수수된 사실을 인정

할 증거가 없는 점, ㉢ 이에 따라 실제로 그 비용이 지출되었는지 여부를 알기 어려운

점, ㉣ 위 공사 중 배수로공사, 차량출입문공사는 청대주식회사 소유 공장의 가치를

증대시키기 위한 것으로 보일 뿐, 이 사건 토지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해

지출한 수선비로 보기 어려운 점 등을 종합하면, 위 공사비가 이 사건 토지의 자본적

지출액에 해당한다거나 원고가 이를 실제로 부담하였다고 볼 수 없다.

라) 대체산림자원조성비 주장에 대한 판단

갑 제4호증의 기재에 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 사정, 즉 ㉠ 대체산림자원

조성비는 DD시장이 JJ 주식회사(YY주식회사의 변경 후 상호로 보인다)에게 부과한 것인

점, ㉡ 대체산림자원조성비의 부과시점이 원고가 CCC에게 소유권이전등기를 마쳐주기

전인지 후인지 확인할 자료는 없는 점 등을 종합하면, 원고가 위 대체산림자원조성비를

실제로 부담하였다고 볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 원고 AAA, CCC 부분은 부적법하므로 이를 각하하기로 하고, 원고 BBB의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.