토지·건물 일괄 양도한 경우 부가가치세 계산의 적부

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2023. 3. 3. 원고에 대하여 한 2020년 제1기분 부가가치세 746,064,870원의 부과처분 중 25,354,690원의 부가처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 원고 소유의 C시 D동 000-0 대 2180.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)

및 그 지상 건물 7102.27㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 이 사건 건물을 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)에서 ‘E관광호텔’이라는 상호로 관광호텔 경영업을 영위하였다.

나. 원고는 2019. 3. 29. F 외 1인(이하 ‘F 등’이라 한다)에 이 사건 각 부동산을 매매대금 137억 원(= 이 사건 토지 136억 9,000만 원 + 이 사건 건물 1,000만원)에 매도하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 매매계약 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다.

다. 원고는 2020. 2. 5. 이 사건 각 부동산에 관하여 GG 주식회사 명의의 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

라. 원고는 2020. 4. 22. 이 사건 건물의 양도가액을 이 사건 매매계약에서 정한1,000만 원으로 하여, 이를 2020년 제1기분 부가가치세 과세표준금액에 포함시켜 위 관광호텔 경영업과 관련된 2020년 제1기분 부가가치세 신고를 하였다.

마. 피고는 원고가 실지거래가액으로 구분한 이 사건 건물의 가액 1,000만 원이 관련 법령에 따라 안분계산한 금액과 30/100 이상 차이가 난다는 이유로, 구 부가가치세법(2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항 단서 제2호, 구 부가가치세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1호에 따라 이 사건 건물의 공급가액을 아래와 같이 안분계산한 5,178,977,748원으로 보아, 2023. 3. 3. 원고에게 2020년 제1기 부가가치세 746,064,870원을 결정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 5. 30. 조세심판원에 심판청구를 제기하고 결정의 통지를 받지 못한 상태에서 2023. 11. 15. 이 사건 소제기를 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제3호증의 1, 을 제2, 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

CC 등은 이 사건 건물을 철거할 계획을 가지고 있었다. 원고와 CC 등은 이러한 사정을 반영하여 이 사건 건물의 경제적 가치를 1,000만 원으로 평가하고, 이 사건 각 부동산의 매매대금을 부가세를 포함하여 총 137억 100만 원으로 합의하였다. 따라서 계약 당사자들의 의사에 따라 위 부가가치세를 포함한 총 금액의 범위 내에서 이 사건 건물의 공급가액을 안분 계산하여야 하고, 부가가치세법의 규정에 따라 계산된 이 사건 각 부동산의 가액과 부가가치세 합계액이 137억 100만 원을 초과하여서는 안 된다. 이를 전제로 원고들이 납부할 2020년 제1기 부가가치세액을 아래와 같이 다시 산정하면, 이 사건 건물의 공급가액은 4,990,693,789원이고, 원고들이 납부할 2020년 제1기 부가가치세액은 가산세를 포함하여 720,710,184원이 된다. 결국 이 사건 처분 중 25,354,690원(= 746,064,870원 – 720,710,184원) 부분의 부가가치세 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

원고는 피고가 이 사건 건물에 대한 실지거래가액 1,000만 원이 관련 법령에 따라안분계산한 금액과 30/100 이상 차이가 난다는 이유로 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호를 적용하는 것 자체에 대해서는 다투지 아니하고, 다만 이 사건 각 부동산의 구분거래가액은 부가가치세를 포함한 총 137억 100만 원의 범위 내에서 산출되어야 하는데, 피고가 이 사건 각 부동산의 총 실지거래가액 합계를 부가가치세를 제외하고 137억 원으로 보아 각 구분거래가액을 산출한 것을 문제 삼고 있다.

그러나 원고와 CC 등이 이 사건 매매계약 체결 시점에 이 사건 각 부동산의 매매가액을 합계 137억 원으로 하고, 토지분 매매가액을 136억 9,000만 원, 건물분 매매가액을 1,000만 원으로 하며, 건물분 부가가치세를 매매가액과 별도인 것으로 사전에 약정하였고, 이를 이 사건 매매계약서에 명시한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고와 CC 등은 양도차익의 기준이 되는 이 사건 각 부동산의 매매가액을 합계 137억 원으로 정하였음이 명백하고, 여기에 이 사건 건물에 대한 부가가치세는 포함하지 아니하기로 한 것이라고 봄이 타당하다.

따라서 피고가 관련 법령에 따라 이 사건 각 부동산의 총 실지거래가액인 137억원을 이 사건 토지와 건물의 기준시가로 안분하여 이 사건 토지와 건물의 각 양도가액(이 사건 건물의 공급가액)을 산정한 것은 적법하고, 이와 달리 총 137억 100만 원의 범위 내에서 부가가치세를 포함하여 이 사건 각 부동산의 구분거래가액을 산정한 뒤 부가가치세를 산출하여야 한다는 원고의 주장은 아무런 법령상 근거가 없는 것으로서 받아들일 수 없다. 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.