이 사건 세금계산서는 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 사실과 다른 세금계산서에 해당하며, 원고는 이 사건 세금계산서의 수취에 있어 선의의 당사자로서 주의의무를 다하였다고 보기 어려움

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 7. 1. 원고에 대하여 한 2016년 제1기 부가가치세 67,359,190원, 2016년 제2기 부가가치세 68,304,840원, 2016년 법인세 16,246,680원의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 12. 21. 설립되어 비철금속 도ㆍ소매업, 폐비철금속 도ㆍ소매업 등을 영위하고 있는 법인이다.

나. 원고는 BBB 주식회사(이하 ‘BBB’이라 한다)로부터, 아래의 표 기재와 같이 2016년 제1기 4매 공급가액 합계 396,627,000원, 2016년 제2기 7매 공급가액 합계 415,705,000원 등 총 11매 812,334,000원의 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하고(을 제3, 4호증), 이를 2016년 부가가치세 신고시에 매입세액으로 공제하였다.

<표 생략>

다. ○○지방국세청장은 BBB의 매입처인 CCC(대표자 EEE, 이하 같다)과 BBB에 대하여 거래조사를 실시하여, 원고가 실물거래 없이 BBB으로부터 이 사건 세금계산서를 수취한 것으로 판단하고, 이와 같은 조사결과를 피고에게 과세자료로 통보하였다[다만 조사종결보고서에는 위와 같은 이 사건 세금계산서의 수취 내역을 백만 원 단위로 정리하여 ‘원고가 BBB으로부터 2016년에 총 11매 공급가액 합계 812,000,000원(= 제1기 4매 공급가액 합계 396,000,000원 + 제2기 7매 공급가액 합계 416,000,000원)의 세금계산서를 수취한 것’으로 보고되어 있다(을 제1호증)].

라. 이에 피고는 2020. 2. 24.부터 2020. 4. 29.까지 사이에 원고에 대하여 부가가치세 세목별 조사를 실시하였는데, 그 결과 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 판단하여, 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액 불공제 및 법인세법상 증명서류수취불성실 가산세를 적용하여 2020. 7. 1. 원고에게 2016년 제1기 67,359,190원, 2016년 제2기 부가가치세 68,304,840원, 2016년 법인세 16,246,680원 등 합계 151,910,710원을 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2020. 11. 26. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 11. 15. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 4, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

다음과 같은 이유로 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액 공제를 인정하지 않은 채 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1) 원고는 BBB으로부터 실제로 동 스크랩을 매입하고 이 사건 세금계산서를 수취하였으므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다.

2) 설령 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하더라도, 원고는 이 사건 세금계산서를 수취함에 있어 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부

가) 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제2호는, ‘세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니 한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 기재사항은 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭(제1호), 공급받는 자의 등록번호(다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호, 제2호), 공급가액과 부가가치세액 (제3호), 작성 연월일(제4호)’이다. 그리고 여기서 ‘사실과 다르다’의 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

한편 거래과정에서 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이나(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결 등 참조), 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결 등 참조).

나) 살피건대, 앞서 든 증거들, 갑 제3, 4호증, 을 제8호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실과 사정들을 종합하여 보면, 원고가 BBB으로부터 해당 거래의 목적물인 동 스크랩을 매입하였다고 볼 수 없는 사정이 상당한 정도로 증명되었다고 봄이 타당하므로, BBB을 공급하는 자로 하여 이 사건 세금계산서와 같은 거래가 실제로 이루어졌다는 점은 원고가 이를 증명할 필요가 있는데, 아래 ⑥의 사정 등 원고가 강조하는 점이나 제출한 증거들만으로는 이를 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이 사건 세금계산서는 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 이와 다른 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① BBB은 2013. 7. 26. ‘동 관련 및 합금 제조, 비철금속 제조 및 가공업’ 등을 주된 사업 목적으로 하여 설립된 법인이다(갑 제3호증). DDD(BBB 대표이사, 이하 같다)의 진술에 의하면, BBB은 2014년∼2015년에 동 빌렛트 제조ㆍ납품을 주로 하다가 제련을 통한 사업 운영이 어려워지면서 2016. 4. 이후 동 스크랩 도매로 전환하였다(을 제8호증).

② ㉮ ○○지방국세청장의 BBB에 대한 거래조사 과정에서, DDD은 동스크랩의 매출과 매입의 각 거래에 관하여 구체적인 내용이나 경위를 진술하지 못하였고, 오히려 ‘세금계산서 등으로 일부 정상 거래로 보이려고 하였으나 실제로 동 스크랩을 매입한 사실이 없고, 매입처에서 구입한 동 스크랩을 대부분 BBB에서 하차하거나 계량한 사실이 없다. 은행권 대출상환 압박으로 기존에 하던 동 제련 사업으로는 한계가 있어 매출 신장 및 영업이익을 올려보고자 동종 업계 지인들과 자금 거래를 통하여 실질거래로 위장한 것이다. 자세한 사항은 진술하기 힘들다. 원고와 사이의 이 사건 세금계산서 발행 내역은 가공 거래임을 인정한다’는 취지로 진술하였다(을 제8호증). ㉯ 이러한 DDD의 동 스크랩 거래에 관한 진술은 직접 경험하지 않으면 알 수 없을 정도로 구체적이고, BBB의 동 스크랩 주요 매입처인 CCC에 대한 거래조사결과 등에도 부합하는 점, 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성 받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 점(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조) 등에 비추어 보면, 위와 같은 DDD의 진술은 충분히 신빙성이 있다고 볼 수 있다. ㉰ 이로 미루어 볼 때, DDD이 원고의 이 사건 처분에 관한 조세불복 과정에서 작성해 준 ‘이 사건 세금계산서가 실제 거래에 의한 것’이라는 취지의 사실확인서(갑 제14호증)는 그대로 믿기 어렵고, 뒤에서 살펴보는 바와 같이 BBB과 DDD이 원고에 대하여 사실과 다르게 이 사건 세금계산서를 발급하였다는 것으로 인한 조세범처벌법위반 혐의에 관하여 혐의없음(증거불충분) 처분을 받은 점만으로 이와 달리 보기 어렵다.

③ ㉮ BBB은 동 스크랩 거래와 관련하여 주로 CCC로부터 매입 세금계산서를 수취하였는데, ○○지방국세청장의 CCC에 대한 거래조사 결과, CCC이 BBB에 발급한 동 스크랩 매출 세금계산서 대부분이 가공 거래로 인한 허위 세금계산서로 판단되었다(을 제7호증). ㉯ 그리고 CCC은 동 스크랩과 관련하여 BBB 등 매출처들에 대하여 가공 세금계산서를 발급하였다는 것으로 인한 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 혐의에 관하여 혐의없음(증거불충분)처분을 받은 다음, 피고를 상대로 그 가공 세금계산서에 따른 부가가치세 부과 처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였으나 패소판결을 받아 그 판결이 그대로 확정되었다[수원지방법원 2019구합○○○(2023. 1. 6.자 피고 준비서면 첨부서류)].

④ ○○지방국세청장의 CCC 및 BBB에 대한 각 거래조사에서 확인된 금융거래내역에 의하면, 원고가 BBB에 송금한 동 스크랩 거래대금은 곧바로 CCC 등으로 이체되었다가 현금으로 출금되거나 소위 폭탄업체에 이제되는 등의 형태를 보인다(을 제2, 3, 7호증).

⑤ ㉮ 실제 거래가 없는 가공거래, 실제 거래는 있으나 거래당사자가 다른 위장거래 등의 경우에도 부가가치세 신고 등을 위하여 필요한 거래당사자들의 각 사업자등록, 세금계산서와 대금의 이체 내역 등 거래의 외관을 만드는 데 필요한 형식적인 서류와 자료들은 존재하는 것이 보통이다. 그러므로 이 사건 세금계산서에 있어서도 사실과 다른 세금계산서인지 여부를 확인하기 위하여는 그와 같은 형식적인 서류와 자료들의 존재뿐만 아니라 그에 부합하는 실제의 거래가 있었는지 여부를 확인할 필요가 있다. 그런데, ㉯ 앞서 본 이 사건 세금계산서 수취 내역 표 기재와 같이 11매의 이 사건 세금계산서 중 2016. 7. 26.부터 2016. 7. 27.까지 사이의 5매(순번 7∼11)에 대하여는 BBB이 해당 동 스크랩을 매입한 매입 세금계산서가 존재하나, 나머지 6매(순번 1∼6)의 세금계산서에 대하여는 BBB이 해당 동 스크랩을 매입한 자료가 확인되지 않는다(을 제3, 4호증). ㉰ ⅰ) 해당 운송 차량(차량번호 ○○로○○○○)의 자동차등록증 및 차량등록원부상 소유자가 CCC의 대표 EEE의 동생으로 되어 있는 점, ⅱ)위 차량의 실제 운전자 FFF도 BBB이 고용하거나 운송을 위탁한 사람이 아닐 뿐만 아니라 BBB이 운송비를 지급한 상대방도 아닌 점, ⅲ) 원고의 사업장과 BBB의 사업장 사이의 거리(약 38㎞) 및 원고의 사업장과 CCC의 사업장 사이의 거리(약 7.4㎞)에 비추어, 계량확인서에서 확인되는 화물의 상ㆍ하차 시간으로 확인되는 운송 시간도 CCC 또는 BBB의 사업장으로부터 원고 사업장까지 이동하는 시간으로 보기 어려운 점1) 등으로 볼 때(을 제1, 3, 4, 7호증), 원고가 계량확인서(갑제13호증)는 이 사건 세금계산서상의 거래에 관한 것으로 보기 어렵다. ㉱ 이와 같은 사정들은 이 사건 세금계산서상의 거래의 실제 공급자가 BBB이 아니라는 점에 상당한 정도로 부합하는 것이다.

⑥ ㉮ 이 사건 세금계산서상 공급자인 BBB과 BBB의 매출처인 CCC이 동 스크랩 거래와 관련하여 허위 세금계산서를 발급ㆍ수취하였다는 사실로 인한 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 또는 조세범처벌법위반혐의에 관하여 혐의없음(증거불충분) 처분을 받기는 하였다. 그러나 행정재판이나 민사재판은 반드시 검사의 무혐의불기소처분사실에 대하여 구속받는 것은 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있으므로(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조), 위 ① 내지 ⑤의 각 사정에 비추어 보면, 그와 같은 혐의없음(증거불충분) 처분만으로 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 단정할 수 없다(실제로 행정소송에서 CCC이 동 스크랩 거래와 관련하여 BBB에 발급한 매출 세금계산서가 가공 또는 허위의 세금계산서로 인정된 것은 앞서 본 바와 같다). ㉯ 또한 앞서 본 바와 같이 가공 거래나 위장 거래 등의 경우에도 부가가치세 등 과세 신고를 위해서는 거래의 외관을 만드는 데 필요한 형식적인 서류와 자료들은 구비될 수 있는 것인바, 이 사건 세금거래서상의 거래가 실제로 원고와 BBB 사이에 이루어졌다고 볼만한 객관적인 근거나 자료가 확인되지 않는 이상 사업자등록증, 법인 인감증명서, 납세증명서, 거래통장(사본), 재무상태표, 부가가치세 신고서 등과 같이 BBB이 실제로 존재하는 법인이고 일부 정상적인 거래를 하고 있음을 알 수 있는 자료들이 있으며, 이를 원고가 확인하였다는 것만으로 이 사건 세금거래서상의 거래의 실제 공급자가 BBB이라고 할 수 없다.

2) 원고가 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였는지 여부

가) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 참조).

나) 살피건대, 위 ‘1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부’ 부분에서 살펴본 ① 내지 ⑥의 각 사정에, 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들까지 함께 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로 이 사건 세금계산서의 수취에 있어 선의의 당사자로서 주의의무를 다하였다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

① 폐동 스크랩은 무자료 거래를 하는 미등록 사업자인 영세고물상으로부터 유통이 시작되어 유통 과정에서 부가가치세를 전가하기 위한 소위 폭탄업체나 도관업체가 개입되는 경우가 많이 있는데, 원고는 약 20년간 비철금속 및 폐비철금속의 도ㆍ소매업을 영위해 온 법인으로 이러한 폐동 스크랩의 공급구조, 유통경로 등의 실태와 위험성을 충분히 알 수 있었을 것으로 보인다.

② 원고는 2016. 5. 31. 거래를 위한 현장 확인 목적으로 BBB을 직접 방문하였다고 하나(갑 제9호증), 이는 이미 원고가 BBB과 거래를 시작한 2017. 5. 27. 이후에 이루어진 것이다.

③ 앞서 살펴본 운송 차량의 운전자가 BBB이 고용하거나 운송을 위탁한 사람이 아닌 점, 계량확인서상의 상․하차 시간으로 확인되는 운송시간이 각각의 거래별로 상당한 차이가 있는 점 등에 비추어 보면, 원고는 이 사건 세금계산서상의 거래로 인한 동 스크랩을 입고 받을 때 그 운송 차량이나 운전자 등이 실제로 BBB으로부터 온 것인지 여부를 구체적으로 확인하지 않았던 것으로 보인다.

④ 원고는 BBB의 매입처와 매입금액을 몰랐기 때문에 BBB에 ㎏당 20원의 마진을 주고 동 스크랩 매입한 것이고, 그 매입처를 알았다면 원고가 직접 매입을 하였을 것이라고도 주장하나(원고의 소장 참조), 원고는 BBB으로부터 이 사건 세금계산서를 수취하였던 2016년 제2기에 BBB의 매입처인 CCC로부터 4매 공급가액 합계 74,000,000원의 매입 세금계산서를 수취한 사실이 있으므로(을 제1호증), 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

3) 소결론

결국 이 사건 처분에 원고가 주장하는 위법이 있다고 볼 수 없고, 달리 어떠한 하자가 있다고 할 수 없으므로, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

별지

관계 법령

■ 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것)

제32조(세금계산서 등)

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한

다)하는 경우에는 다음 각호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을

받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경

우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제38조(공제하는 매입세액)

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에

대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대

한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출

세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제

한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

① 제38조에도 불구하고 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는

수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요

적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조(가산세)

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그

세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)의 2퍼센트를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로

재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세

금계산서등을 발급받은 경우