토지에 대응되는 비용에 해당하는지 여부

청 구 취 지

피고가 2022. 4. 15. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 78,711,140원(가산세포함) 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. OO시 OO읍 OO리 643 대 810㎡(이하 ‘이 사건 모토지’라 한다)에 관하여 1985. 5. 16. 원고 명의의 소유권보존등기가 마쳐졌는데, 이 사건 모토지로부터 2013. 6. 12. 위 OO리 643-1 대 173㎡가 분할되었고, 이후 2016. 5. 17. 분할되고 남은 위 OO리 643 대 637㎡가 위 OO리 643 대 366㎡(이하 ‘이 사건 1토지’라 한다), 위 OO리 643-2 대 189㎡(이하 ‘이 사건 2토지’라 하고, 위 1, 2토지를 통칭하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다), 위 OO리 643-3 대 82㎡로 분할되었다.

나. 전AA은 이 사건 모토지 상 이 사건 1토지인 별지3 도면 표시 ㈀부분 366㎡에 관하여 원고와 임대차계약을 체결하고 별지2 목록 제1항 기재 건물(이하 ‘이 사건 1건물’이라 한다)을 신축하여 1999. 6. 23. 소유권보존등기를 마쳤고, 정BB은 이 사건 모 토지 상 이 사건 2토지인 별지3 도면 표시 ㈁부분 189㎡에 관하여 원고와 임대차계약을 체결하고 별지2 목록 제2항 기재 건물(이하 ‘이 사건 2건물’이라 하고, 위 1, 2건물을 통칭하여 ‘이 사건 각 건물’이라 한다)을 신축하여 2011. 4. 6. 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 원고는 2013. 6. 14. OO지방법원 OO지원 201O가합OOOOO호로 전AA, 정BB 등 토지임차인들을 상대로 건물철거 및 토지인도 등을 구하는 소송(이하 ‘이 사건 소송’이라 한다)을 제기하였고, 2015. 7. 2. 전AA, 정BB과 사이에 아래와 같은 내용의 화해권고결정(이하 ‘이 사건 화해권고결정’이라 한다)이 내려져 2015. 8. 11. 확정되었다.

라. 원고는 2016. 3. 8. 전AA과 이 사건 1토지에 관하여 매매대금을 277,794,000원으로 하는 매매계약을 체결하면서 계약금 3,000만 원은 계약 당일, 잔금 247,794,000원은 2016. 4. 22. 지급받되, 이 사건 화해권고결정에 따라 원고가 전AA에게 지급하여야 하는 건물 매수대금 등 127,914,000원을 공제한 나머지 119,880,000원을 전AA이 지급하면 잔금지급이 완결되는 것으로 약정하였다(이하 ‘이 사건 1매매계약’이라 한다).

원고는 2016. 3. 8. 정BB과 이 사건 2토지에 관하여 매매대금을 134,190,000원으로 하는 매매계약을 체결하면서 계약금 2,000만 원은 계약 당일, 잔금 114,190,000원은 2016. 4. 22. 지급받되, 이 사건 화해권고결정에 따라 원고가 정BB에게 지급하여야 하는 건물 매수대금 등 50,960,000원을 공제한 나머지 63,230,000원을 정BB이 지급하면 잔금지급이 완결되는 것으로 약정하였다(이하 ‘이 사건 2매매계약’이라 하고, 위 1, 2매매계약을 통칭하여 ‘이 사건 각 매매계약’이라 한다). 또한 원고와 전AA, 정BB은 이 사건 화해권고결정에 따른 임료 상당액은 위 각 매매계약과 별도로 원고에게 지급하기로 약정하였다.

마. 이후 2016. 5. 17. 이 사건 모토지가 이 사건 1, 2토지 및 위 OO리 643-3 대 82㎡로 분할되어 각 2016. 5. 8.자 매매를 원인으로 2016. 6. 13. 이 사건 1토지 중 각 1/2 지분에 관하여 전AA의 자녀인 전CC, 전DD 명의로(이 사건 1매매계약 이후 전CC, 전DD 명의의 새로운 매매계약서가 작성되었다), 이 사건 2토지에 관하여 정BB 명의로 소유권이전등기가 마쳐졌다.

바. 원고는 2016. 8. 1. 이 사건 화해권고결정에 따라 원고가 전AA 및 정BB에게 지급할 이 사건 각 건물의 취득가액 178,874,000원(이 사건 소송절차에서 감정된 금액, 이하, ‘이 사건 각 건물의 취득비용’이라 한다)을 이 사건 각 토지 양도소득의 필요경비로 계상하여 양도소득세 39,623,390원을 신고․납부하였다.

사. 이에 피고는 이 사건 각 토지에 대한 양도소득세 계산시 이 사건 각 건물의 취득비용을 필요경비로 공제한 것이 수익비용대응의 원칙에 부합하지 않는다고 보아, 이 사건 각 건물의 취득비용을 필요경비에서 제외하여 2022. 4. 15. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 78,711,140원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

아. 원고는 이에 불복하여 2022. 7. 9. 이의를 신청하였으나 2022. 8. 23. 기각되었고, 2022. 12. 20. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2023. 6. 28. 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 12호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 이 사건 모토지와 인접토지 등 지상의 건물을 모두 철거하여 이 사건 모토지 등을 제3자에게 매도하려 하였는데, 이 사건 화해권고결정에 따른 이 사건 각 건물의 취득비용뿐 아니라 위 각 건물의 철거비용, 지적복구 비용 등을 부담해야 할 상황에서 전AA, 정BB의 요청에 따라 이 사건 각 건물의 취득비용을 제외한 나머지 금액만 지급받고 이 사건 각 토지 및 위 각 건물의 소유권을 넘긴 것이다.

따라서 철거대상인 이 사건 각 건물의 취득비용 178,874,000원은 이 사건 각 토지를 위한 자본적 지출에 해당하므로, 이 사건 각 토지의 양도차익에서 공제되어야 하고, 나아가 원고는 이 사건 각 토지의 감정가 411,984,000원에서 전AA, 정BB에게 지급하여야 할 건물대금 합계 178,874,000원을 제외한 나머지 233,110,000원만을 실제 지급받았으므로, 이 사건 각 토지의 실지 양도가액은 233,110,000원으로 보아야 한다. 그렇다면 이 사건 처분은 위법하므로, 취소되어야 한다.

3. 관련법령

별지1 관련법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 인정사실

당사자 사이 다툼이 없거나 갑 제2, 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음의 각 사실을 인정할 수 있다.

1) 이 사건 소송절차에서 이 사건 각 건물에 대한 감정평가가 진행되어 아래 표와 같은 감정결과가 회신되었다.

2) 이 사건 소송절차에서 이 사건 각 토지에 대한 감정평가가 진행되어 아래 표와 같은 감정결과가 회신되었다.

3) 전AA과 정BB은 2022. 8. 4. 원고에게 ‘이 사건 각 매매계약의 매매대금에는 이 사건 각 토지 및 이 사건 각 건물 대금이 포함된 금액이고, 여기서 원고로부터 받아야 할 이 사건 화해권고결정에 따른 건물 평가금을 제외한 나머지만 원고에게 지급하고 매수하였다’는 취지의 확인서를 작성하여 주었다.

4) 이 사건 각 토지의 양도 당시인 2016. 1. 1.을 기준으로 국토교통부에서 고시한 개별공시지가는 1㎡당 600,400원으로, 이를 기준으로 위 각 토지의 개별공시지가를 산정하면, 333,222,000원이다.

나. 관련법리

소득세법 제97조 제1항에 의하면, 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비는 그에 대응하는 당해 토지와 관련된 취득가액 등이므로 토지와는 별개인 건물의 취득가액 등은 원칙적으로 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 않는다. 다만 예외적으로, 토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하는 경우, 철거된 건물의 취득가액과 철거비용 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입하기 위하여는, 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에 한한다(대법원 1990. 1. 25. 선고 89누53 판결 참조). 이는 토지와 그 지상의 기존건물을 취득하는 사람의 목적은 토지를 취득하여 이용하려는 데에 있는데 그 지상에 기존건물이 있어 이를 철거하지 않으면 안되는 것이어서 철거를 전제로 토지와 함께 기존건물을 매수하는 것이고, 기존건물을 철거하여야 그 토지를 목적하는 용도에 이용할 수 있는 것이므로, 이와 같은 경우 기존건물의 매수비용이나 철거비용은 그 토지의 취득가액이나 경우에 따라서는 개량비나 자본적 지출에 해당한다고 보는 것이 상당하다(대법원 1992. 9. 8. 선고 92누7399 판결 참조).

다. 이 사건의 경우

1) 앞서 본 바와 같이 이 사건 소송에서 원고로부터 전AA은 107,368,000원을, 정BB은 43,387,000원을 지급받음과 동시에 원고에게 이 사건 각 건물에 관한 소유권이 전등기절차를 이행하고, 이 사건 각 토지 및 이 사건 각 건물을 인도한다는 위 화해권고결정이 확정된 사실은 인정되나, 앞서 인정한 사실에다가 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 이 사건 화해권고결정에 이의를 하지 아니하여 위 화해권고결정이 확정된 점, ② 이 사건 각 건물은 양도자산인 이 사건 각 토지와 독립하여 경제적 가치가 있는바, 위 각 건물의 취득비용이 이 사건 각 토지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출된 비용이거나 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용이라고 볼 수 없는 점, ③ 원고는 이 사건 화해권고결정에 따라 전AA, 정BB으로부터 이 사건 각 건물을 취득하였다가 이 사건 각 토지와 함께 다시 양도한 것으로 볼 수 있는데, 그렇다면 위 각 건물의 취득비용을 위 각 토지의 양도가액에서 공제해야 할 필요비용이라고 보기 어려울 뿐만 아니라 원고가 전AA, 정BB에게 지급하여야 할 이 사건 각 건물의 취득비용은 전AA, 정BB이 원고로부터 이 사건 각 건물을 다시 양수함에 따른 양수대금과 상계된 것으로 보아야 하는 점, ④ 이 사건 각 매매계약에서 정한 매매대금은 이 사건 소송절차에서 이루어진 이 사건 각 토지의 감정가액 411,666,000원(이 사건 1토지 275,964,000원 ＋이 사건 2토지 135,702,000원)과 비슷한 합계 411,984,000원(이 사건 1토지 277,794,000원＋이 사건 2토지 134,190,000원)인 점, ⑤ 원고와 전AA, 정BB의 합의로 위 매매대금에서 이 사건 각 건물의 취득비용을 공제한 나머지 233,110,000원만 실제 지급되었다고 하더라도 위 각 토지에 관한 매매대금이 위 실제 수령금액으로 변경 되었다고 볼 수 없는 점, ⑥ 전AA과 정BB은 이 사건 각 토지를 양수한 이후에 여전히 이 사건 각 건물에 거주하고 있는 것으로 보이는바, 그렇다면 전AA, 정BB은 애초 이 사건 각 건물을 철거하고 이 사건 각 토지만 이용할 생각으로 이 사건 각 매매계약을 체결하였다고 볼 수 없고, 이 사건 각 토지의 양도 이전과 같이 합계 178,874,000원 상당의 이 사건 각 건물을 여전히 소유하고 있다고 보아야 할 것이어서 이 사건 각 건물의 취득비용을 이 사건 각 토지의 매매대금에서 공제할 것은 아닌 점, ⑦ 한편 원고가 이 사건 각 토지의 매매대금에서 이 사건 각 건물의 취득비용을 공제한 금액만 수령하였으므로, 원고는 여전히 이 사건 각 건물에 대한 소유권이전등기청구권을 보유하고 있다고 해석할 수도 있는 점, ⑧ 원고가 이 사건 각 토지에 관한 매매대금에서 공제한 이 사건 각 건물의 취득비용 합계 178,874,000원(이 사건 1토지127,914,000원＋이 사건 2토지 50,960,000원)은 이 사건 화해권고결정에 따른 취득비용 합계 150,755,000원(이 사건 1토지 107,368,000원＋이 사건 2토지 43,387,000원)보다 28,119,000원(178,874,000원-150,755,000원)이 많은 점, ⑨ 이 사건 각 토지에 관한 매매대금 중 원고가 실제 수령한 금액은 개별공시지가인 333,222,000원에도 미치지 못하는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 각 건물을 매수하도록 한 이 사건 화해권고결정을 받아들여 위 각 건물을 취득한 것(실제로는 위 각 건물의 취득비용을 이 사건 각 토지의 매매대금에서 공제)이 ‘토지와 건물을 함께 취득한 경우로서 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 경우’에 해당한다고 보기 어렵고, 원고가 전AA, 정BB으로부터 이 사건 각 토지의 매매대금 중 합계 233,110,000만 수령하였다고 하더라도 위 금액을 이 사건 각 매매계약에서 정한 매매대금이라고 보기도 어렵다.

2) 결국 이 사건 각 건물의 취득비용은 이 사건 각 토지의 양도가액에서 공제할 수 없으므로, 이 사건 처분은 적법하고 원고의 주장은 이유 없다.

5. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판

결한다.