구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 추단할 수 있는 사실이 밝혀진 경우에는 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다는 등의 반대사실을 입증하지 못하는 한 당해 과세처분을 과세요건이 흠결된 위법한 처분이라고 단정할 수 없음

상세내용

1. 제1심판결 중 당심에서 감축된 부분에 대한 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 대한 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용 중 10%는 원고가, 90%는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

  피고가 2021. 7. 1. 원고에 대하여 한 2016년 1기분 부가가치세 **,694,590원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다(원고는 당심에서 이루어진 피고의 감액 경정처분에 따라 위와 같이 청구취지를 감축하였다).

2. 항소취지

  주문 제1항과 같다(피고의 감액 경정처분과 이에 따른 원고의 청구취지 감축에 따라 피고의 항소취지도 감축한 것으로 본다).

1. 이 법원의 심판범위

  피고의 위 감액 경정처분은 당초 처분의 일부 취소에 해당하는바, 원고는 피고의 감액 경정처분에 따라 당심에서 위와 같이 청구취지를 감축(일부취하)하였으므로, 그 감축된 부분은 처음부터 소송계속이 없어지게 되어 그 부분에 관한 제1심판결 및 피고의 항소는 실효되고 항소심의 심판대상에서 제외된다(대법원 2006. 3. 9. 선고 2003두2861 판결 등 참조). 따라서 피고의 원고에 대한 부가가치세 부과처분과 관련된 이 법원의 심판범위는 위와 같이 감액되고 남은 부가가치세 부과처분의 취소청구부분에 한정된다.

2. 제1심판결의 인용

  이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 판결의 이유는, 아래와 같이 고치거나 추가하고 제3항에서 추가로 판단하는 것을 제외하고는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제3면 제5행 아래에 다음 내용을 추가한다.

『바. 서울지방국세청은 원고에 대한 세무조사를 재개하여 진행한 결과 2024. 5.경 원고 금융계좌에서 BBBBB에 지급된 것으로 확인되는 *,***,050,821원을 배양비 지출액으로 확정하였고, 그 금액을 기준으로 2016년 제2기부터 2020년 제2기까지의 원고에 대한 부가가치세와 소득세의 과세표준과 세액을 경정하였다. 이에 따라 피고는 이 사건 처분에 관하여도 면역세포 배양비용으로 ***,887,775원을 인정하여 감액경정한바, 이 사건 처분은 당초 **,286,850원에서 **,592,260원이 감액되어 최종 남은 세액은 **,694,590원이 되었다.1)』

○ 제1심판결 제3면 제6~7행 “[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 6호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지”를 “[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 6, 14, 18호증, 을 제1, 18호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지”로 고친다.

○ 제1심판결 제10면 제9행에 증거로 “을 제21, 22호증의 각 기재”를 추가하고, 제19행 “다.”와 “따라서” 사이에 “원고가 이 사건 차명계좌 사용에 대한 조세범처벌법위반(제3조)과 관련하여 서울지방국세청 조세범칙심의위원회로부터 무혐의 결정을 받기는 하였으나(갑 제16, 17호증), 이는 조세범처벌법위반의 범칙 증빙이 불명확하다는 조세범칙심의위원회의 판단에 따른 것일 뿐이고, 형사사건과 행정사건에서의 입증의 정도나 방법이 다른 이상 이러한 점만으로 부당과소신고가산세의 요건이 충족되지 않았다고 보기는 어렵다.”를 추가한다.

○ 제1심판결 제10면 마지막 행부터 제11면 제19행까지 부분을 삭제한다.

3. 추가 판단

  가. 원고의 주장

    1) 원고가 환자들에게 제공한 면역세포 치료용역의 공급시기는 환자들이 약정한 고농도로 배양된 면역세포 주사체가 현실적으로 주사되어 제공 완료된 때라고 할 것인데, 피고가 그 공급시기를 원고와 환자들이 면역세포 치료용역의 대금을 1회당 500만원으로 약정하고 그 치료대금을 먼저 환자들로부터 수령한 시점으로 확정한 것은 위법하다.

    2) 서울지방국세청이 원고의 금융거래내역 조사결과를 바탕으로 원고가 BBBBB에 지급한 2016년 제1기분 면역세포 배양비용을 ***,887,775원으로 확정하였는데, 배양비 지급을 위해 환전수수료 등이 지출되고 원고 외에 원고 배우자, 직원들도 계좌로 돈을 이체받아 환전하였으므로, 배양비 지출액으로 **,471,122원이 추가로 인정되어야 한다.

  나. 판단

    1) 첫째 주장에 관하여

      일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세관청에게 있지만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 추단할 수 있는 사실이 밝혀진 경우에는 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다는 등의 반대사실을 입증하지 못하는 한 당해 과세처분을 과세요건이 흠결된 위법한 처분이라고 단정할 수 없다. 앞서 본 것처럼 이 사건 용역의 기본적인 운용방식은 원고가 암환자들의 혈액을 채취하여 BBBBB에 전달하고, BBBBB는 해당 혈액에 면역세포를 배양한 후 배양 혈액을 원고에게 전달하고, 원고는 이를 암환자들에게 수혈하는 것인데, 을 제20, 21호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 환자들은 이 사건 용역을 신청하면서 회당 500만 원의 비용을 입금하고 2주간의 배양기간을 거쳐 면역세포가 배양되면 원고가 이를 수령하여 곧바로 환자에게 투여하는 사실, 원고는 계좌로 송금받은 대가를 신청서로만 관리하고 별도의 장부관리를 하지 않은 사실이 인정되고, 이 사건 용역을 신청하는 환자들의 급박한 사정이나 면역세포 배양주사의 유효기간이 짧아 전달된 후 바로 수혈이 진행된 점 등을 감안하면 이 사건 용역대금의 수령시점과 면역세포 배양주사 투여시점의 간격이 크지 않을 것으로 보이고(갑 제3호증의 1, 제4호증의 각 기재에 의하면 환자의 용역 신청일로부터 최종(3회차) 주사일까지 한 달 내에 완료되고 있다), 나아가 이 사건 처분에 있어 이 사건 용역의 공급시기가 잘못 확정되어 위법하다고 단정할 것은 아니다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

    2) 둘째 주장에 관하여

      원고가 2016년 제1기 배양비 지출액으로 추가 인정 되어야 한다고 주장하는 **,471,122원의 구체적인 거래내역은 2016. 1. 6.자 **,896,822원, 2016. 1. 6.자 **,294,300원 및 2016. 6. 27.자 **,280,000원인데, 을 제19, 23호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 피고는 이 사건 차명계좌에서 환전을 위해 인출된 금액을 면역세포 배양비용으로 인정하면서 이미 위 2016. 1. 6.자 **,896,822원 및 **,294,300원을 면역세포배양비용으로 포함하여 감액경정처분에 반영한 것으로 보이고, 위 2016. 6. 27.자 **,280,000원의 경우에는 해당 일자에 원고의 계좌에서 JJJ의 계좌로 이체된 사실 외에 배양비 명목으로 지출되었음을 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

  그렇다면 당심에서 감축된 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심판결 중 당심에서 감축된 청구 부분에 관한 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 소송 총비용은 원고가 당심에서 일부취하에 이르게 된 경위, 그 소송목적의 값 등을 참작하여 주문과 같이 판결한다.