사실관계
정리된 사실관계가 없습니다.
판단 결과
정리된 판단 결과가 없습니다.
핵심 쟁점
- 2014. 1. 1. 개정 지방세법 부칙 제15조의 ‘종전의 규정’에 구 법인세법 및 구 조세특례제한법의 이월공제 규정이 포함되는지 여부
- 구 법인세법 제57조 제2항 및 구 조세특례제한법 제144조 제1항 등의 이월공제 효과가 2014·2015사업연도 법인지방소득세에도 미치는지 여부
- 구 지방세법 제89조 제1항, 제94조 제1항이 지방소득세 법인세분에 관한 조세감면 등을 명시한 규정인지 여부
- 지방세법 개정에 따른 부가세 방식에서 독립세 방식으로의 변경 이후 납세자의 신뢰보호를 이유로 종전 과세표준 및 세율을 적용할 수 있는지 여부
- 경정청구 거부처분의 위법 여부
판례 포인트
- 개정 지방세법 부칙의 일반적 경과조치에서 말하는 ‘종전의 규정’은 해당 개정의 대상이 된 구 지방세법 본칙으로 한정된다고 보았다.
- 구 법인세법 제57조 제2항과 구 조세특례제한법 제144조 제1항 등은 법인세 이월공제 규정일 뿐 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면 규정이 아니라고 판단하였다.
- 구 지방세법 제89조 제1항과 제94조 제1항은 지방소득세 법인세분의 산출방법을 정한 규정이지, 지방소득세 법인세분에 관한 조세감면을 직접 명시한 규정은 아니라고 보았다.
- 장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전 규정이 없는 경우에는 경과규정을 근거로 개정 전 과세표준 및 세율을 적용할 수 없다는 점을 확인하였다.
- 대법원은 1심·2심과 달리 원고의 경정청구 거부처분을 위법하다고 본 원심 판단에 법리오해가 있다고 보아 파기환송하였다.
자주 묻는 질문
2011~2013년에 발생한 투자비·외국법인세액 이월공제를 2014·2015년 법인지방소득세에도 적용할 수 있나요?
대법원은 이 사건에서 2014·2015 사업연도 법인지방소득세에 이월공제 효과를 적용할 수 없다고 보았습니다. 구 법인세법과 구 조세특례제한법의 이월공제 규정은 법인세에 관한 규정일 뿐, 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면을 직접 정한 규정이 아니라고 판단했습니다.
2014년 지방세법 개정 경과규정의 ‘종전의 규정’에는 구 법인세법과 구 조세특례제한법 이월공제 규정도 포함되나요?
대법원은 포함되지 않는다고 판단했습니다. 이 사건 경과규정은 지방세법 개정에 따른 신·구 법령의 적용관계를 정한 것이므로, ‘종전의 규정’은 개정 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 의미한다고 보았습니다.
구 지방세법 제89조와 제94조만으로 법인지방소득세 이월공제를 인정할 수 있나요?
대법원은 구 지방세법 제89조 제1항과 제94조 제1항이 지방소득세 법인세분의 산출방법을 정한 규정일 뿐이라고 보았습니다. 그 조항들에서 직접 지방소득세 법인세분에 관한 조세감면이나 이월공제를 명시했다고 볼 수 없다고 판단했습니다.
법인지방소득세 부과방식이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 바뀐 것이 이 사건에 어떤 영향을 미쳤나요?
2014년 지방세법 개정으로 내국법인의 지방세 과세체계는 법인세액을 과세표준으로 하던 부가세 방식에서 법인세 과세표준을 기준으로 하는 독립세 방식으로 바뀌었습니다. 원고는 개정 전 발생한 이월공제 효과가 2014·2015년 법인지방소득세에도 미친다고 주장했지만, 대법원은 경과규정만으로 구 지방세법의 과세표준과 세율을 적용할 수 없다고 보았습니다.
대법원 2023두43297 판결은 하급심 판단을 왜 파기했나요?
원심은 구 법인세법과 구 조세특례제한법의 이월공제 규정까지 경과규정의 ‘종전의 규정’에 포함된다고 보아 거부처분이 위법하다고 판단했습니다. 그러나 대법원은 지방세법 경과규정의 해석을 달리 보아, 원심이 법리를 오해해 판결에 영향을 미쳤다고 판단하고 사건을 대구고등법원으로 환송했습니다.
지방세법 개정 전 투자비 지출에 대한 납세자의 신뢰는 법인지방소득세에서 보호되나요?
대법원은 종전 규정에 장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 경우가 아니라면 단순한 기대만으로 보호되기 어렵다는 법리를 제시했습니다. 이 사건에서는 지방소득세 법인세분에 관한 조세감면을 명시한 종전 규정이 존재한다고 볼 수 없어, 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다.
외국법인세액 이월공제 규정은 지방소득세 법인세분 감면 규정으로 볼 수 있나요?
대법원은 구 법인세법 제57조 제2항이 법인세에 대한 이월공제 규정일 뿐이라고 보았습니다. 따라서 그 규정만으로 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면이나 이월공제를 정한 것으로 볼 수 없다고 판단했습니다.
판결 내용
이월공제(투자비 및 외국법인세액) 효과의 법인지방소득세 적용 여부
[대구고등법원 2023. 5. 12. 2022누4937 처분청 패소]
[대구지방법원 2022. 11. 3. 2021구합24539 처분청 패소]
■ 3심 2023두43297 (선고일자-20231214) 지방소득세
【판결요지】
) 이 사건 경과규정은 이 사건 개정에 따른 신·구 법령의 적용관계를 정한 것이므로, 여기서 말하는 ‘종전의 규정’은 이 사건 개정의 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 가리킨다고 보아야 한다. 따라서 구 지방세법 본칙에 있지 않고 이 사건 개정 대상이 되지도 않은 구 법인세법 제57조 제2항과 구 조특법 제144조 제1항 등은 위 ‘종전의 규정’에 해당한다고 볼 수 없다.
2) 또한 구 법인세법 제57조 제2항과 구 조특법 제144조 제1항 등은 법인세에 대한 이월공제 규정일 뿐 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면 등을 정한 규정도 아니다.
3) 구 지방세법 본칙에 있는 구 지방세법 제89조 제1항, 제94조 제1항은 이 사건 개정의 대상이 된 규정이기는 하나, 지방소득세 법인세분의 산출방법만 규정하였을 뿐 그 규정에서 직접 지방소득세 법인세분에 관한 조세감면 등을 명시하였다고 볼 수 없다.
4) 결국 이 사건에는 ‘장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정’이 존재한다고 볼 수 없으므로, 2014, 2015 사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수는 없다.
다. 그런데도 원심은 이 사건 경과규정을 근거로 원고에 대하여 구 지방세법을 적용하여야 한다는 전제에서 이 사건 거부처분이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 이 사건 경과규정의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
【전문】
【주문】
원심판결을 파기하고, 사건을 대구고등법원에 환송한다.
【이유】
▣이 유
상고이유를 판단한다.
1. 사안의 개요
원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
가. 원고는2011~2013사업연도에 구 조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12173호로 개정되기 전의 것)제5조,제10조,제24조,제144조 제1항(이하‘구 조특법 제144조 제1항 등’이라 한다)에 따른 법인세 세액공제 또는 이월공제 대상인 연구·인력개발비 등을 지출하였고,구 법인세법(2014. 12. 23.법률 제12850호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제57조에 따른 법인세 세액공제 또는 이월공제 대상인 외국법인세액을 납부하였다.그러나 원고는 최저한세 미달 또는 공제한도 초과 등으로 인하여 위 연구·인력개발비 등 지출액과 위 외국법인세액 납부액의 각 일부(이하‘이 사건 쟁점 금액’이라 한다)를 위 각 사업연도의 법인세에서 세액공제 또는 이월공제받지 못하였다.
나. 지방세법이2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되면서(이하‘이 사건 개정’이라 하고,이 개정 전 지방세법을‘구 지방세법’이라 한다),내국법인의 소득에 관한 지방세 과세체계가 종래‘법인세액’을 과세표준으로 하고‘10%’의 세율을 적용하는 부가세 방식(지방소득세 법인세분)에서‘법인세의 과세표준’을 과세표준으로 하고‘법인세율의10%’를 세율로 적용하는 독립세 방식(법인지방소득세)으로 변경되었다.이 사건 개정으로 개정된 지방세법 부칙 제1조 본문은‘이 법은2014. 1. 1.부터 시행한다’고 규정하고,부칙 제2조 단서는‘법인지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다’고 규정하는 한편,부칙 제15조는”이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.“라고 규정하였다(이하‘이 사건 경과규정’이라 한다).
다. 원고는 이 사건 쟁점 금액과 관련하여,구 법인세법 제57조 제2항 또는 구 조특법 제144조 제1항 등에 따른 이월공제를 적용하여2014, 2015사업연도의 법인세를 신고·납부하였으나,같은 기간의 법인지방소득세를 신고·납부할 때에는 독립세 방식으로 변경된 과세체계로 인하여 그러한 이월공제를 적용하지 않았다.
라. 그 후 원고는 이 사건 경과규정을 근거로,이 사건 쟁점 금액과 관련한2014, 2015사업연도 법인세 이월공제의 효과가 같은 기간 법인지방소득세에도 미친다고 주장하면서, 2020. 4. 29.당초 신고·납부한 법인지방소득세액의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였으나,피고는2020. 6. 22.이를 거부하였다(이하‘이 사건 거부처분’이라 한다).
2. 관련 법리
‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할…세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정한 개정 세법 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰 보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도,납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원2001. 5. 29.선고98두13713판결,대법원2013. 9. 12.선고2012두12662판결 등 참조).
3. 상고이유에 관한 판단
가. 원심은,지방소득세 법인세분의 산출방법에 관한 구 지방세법 제89조 제1항,제94조 제1항 외에도 구 법인세법 제57조 제2항 등 법인세액을 산출하는 법인세법 규정과 구 조특법 제144조 제1항 등과 같은 법인세 감면규정이 일체로서 이 사건 경과규정의‘종전의 규정’에 해당하고,구 법인세법 제57조 제2항과 구 조특법 제144조 제1항 등이 법인세뿐만 아니라 지방소득세 법인세분에 대하여도5년이라는 장래의 한정된 기간 동안 이월공제를 명시한 조세감면 등 규정에 해당한다는 이유로,위 구 지방세법과 구 법인세법,구 조특법 규정들에 대한 원고의 기득권 내지 신뢰 보호를 위해2014, 2015사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용하여야 한다고 판단하였다.
나. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.
1)이 사건 경과규정은 이 사건 개정에 따른 신·구 법령의 적용관계를 정한 것이므로,여기서 말하는‘종전의 규정’은 이 사건 개정의 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 가리킨다고 보아야 한다.따라서 구 지방세법 본칙에 있지 않고 이 사건 개정 대상이 되지도 않은 구 법인세법 제57조 제2항과 구 조특법 제144조 제1항 등은 위‘종전의 규정’에 해당한다고 볼 수 없다.
2)또한 구 법인세법 제57조 제2항과 구 조특법 제144조 제1항 등은 법인세에 대한 이월공제 규정일 뿐 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면 등을 정한 규정도 아니다.
3)구 지방세법 본칙에 있는 구 지방세법 제89조 제1항,제94조 제1항은 이 사건 개정의 대상이 된 규정이기는 하나,지방소득세 법인세분의 산출방법만 규정하였을 뿐 그 규정에서 직접 지방소득세 법인세분에 관한 조세감면 등을 명시하였다고 볼 수 없다.
4)결국 이 사건에는‘장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정’이 존재한다고 볼 수 없으므로, 2014, 2015사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수는 없다.
다. 그런데도 원심은 이 사건 경과규정을 근거로 원고에 대하여 구 지방세법을 적용하여야 한다는 전제에서 이 사건 거부처분이 위법하다고 판단하였다.이러한 원심의 판단에는 이 사건 경과규정의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
4. 결론
원심판결을 파기하고,사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여,관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
■ 2심 2022누4937 (선고일자-20230512) 지방소득세
【판결요지】
① 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되어 법인지방소득세 부과방식이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 변경되었다고 하더라도, 신뢰보호를 위한 개정 지방세법 부칙 제15조에서 정한 ‘종전의 규정’에는, 중소기업 투자비, 연구·인력개발비, 생산성향상시설 투자비의 이월 세액공제에 관한 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제5조, 제10조, 제24조, 제144조 제1항 등과 외국 납부 법인세액의 이월 세액공제에 관한 구 법인세법(2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항, 제2항도 포함되고, ② 개정 전 법령에 따른 중소기업 투자비, 연구·인력개발비, 생산성향상시설 투자비 및 외국 납부 법인세액의 이월공제에 대한 원고의 신뢰를 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당하므로, 2011 사업연도부터 2013 사업연도까지의 위 중소기업 투자비 등에 대하여 이월 세액공제를 적용한 원고의 법인지방소득세 환급 경정청구를 받아들이지 않은 이 사건 각 거부처분은 위법하다.“라는 취지의 제1심 사실인정과 판단은 정당하다.
【전문】
【주문】
1. 피고의 항소를 모두 기각한다.
2. 항소비용은 피고가 부담한다.
【이유】
▣청구취지 및 항소취지
1. 청구취지
피고가2020. 6. 22.원고에게 한2014사업연도 법인지방소득세102,459,670원, 2015사업연도 법인지방소득세37,630,612원에 대한 각 경정거부처분(이하‘이 사건 각 거부처분’이라 한다)을 취소한다.
2. 항소취지
제1심판결을 취소한다.원고의 청구를 모두 기각한다.
▣이 유
1. 제1심판결의 인용
피고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고,제1심에서 제출된 증거들에다가 당심에서 제출된 증거들(을 제1내지4호증의 각 기재)을 보태어 다시 살펴보더라도, “①지방세법이2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되어 법인지방소득세 부과방식이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 변경되었다고 하더라도,신뢰보호를 위한 개정 지방세법 부칙 제15조에서 정한‘종전의 규정’에는,중소기업 투자비,연구·인력개발비,생산성향상시설 투자비의 이월 세액공제에 관한 구 조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12173호로 개정되기 전의 것)제5조,제10조,제24조,제144조 제1항 등과 외국 납부 법인세액의 이월 세액공제에 관한 구 법인세법(2014. 12. 23.법률 제12850호로 개정되기 전의 것)제57조 제1항,제2항도 포함되고,②개정 전 법령에 따른 중소기업 투자비,연구·인력개발비,생산성향상시설 투자비 및 외국 납부 법인세액의 이월공제에 대한 원고의 신뢰를 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당하므로, 2011사업연도부터2013사업연도까지의 위 중소기업 투자비 등에 대하여 이월 세액공제를 적용한 원고의 법인지방소득세 환급 경정청구를 받아들이지 않은 이 사건 각 거부처분은 위법하다.“라는 취지의 제1심 사실인정과 판단은 정당하다.
따라서 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는,제1심판결문 제3면 제7행,제16행,제21행,제8면 제9행,제13행,제19행,제9면 제1행,제4행,제8행의 각‘이 사건 투자비’를‘이 사건 투자비 및 외국법인세액’으로 고치는 외에는,제1심판결의 이유 부분 기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 결론
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하여야 한다.제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
■ 1심 2021구합24539 (선고일자-20221103) 지방소득세
【판결요지】
개정 전 법령에 의한 이 사건 투자비에 관한 이월공제에 대한 원고의 신뢰는 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당한다고 봄이 타당하므로, 개정 지방세법 시행 이후에 납세의무가 성립한 원고의 2014, 2015 사업연도 법인지방소득세에 대하여는 종전 규정인 개정 전 구 지방세법 제85조, 제89조, 구 법인세법 제13조, 제55조, 구 조세특례제한법 제5조, 제10조, 제24조, 제132조, 제144조에 따라 이 사건 투자비가 이월공제되어야 하는바, 이에 반하는 이 사건 처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.
【전문】
【주문】
1. 피고가 2020. 6. 22. 원고에게 한 2014 사업연도 법인지방소득세 102,459,670원, 2015 사업연도 법인지방소득세 37,630,612원의 각 경정거부처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】
▣청 구 취 지
주문과 같다(원고는2014, 2015각 사업연도의 법인지방소득세 합계액140,090,290원에 대한 경정거부처분의 취소를 구하고 있으나,이는 오기로 보인다).
▣이 유
1. 처분의 경위
가. 원고는 전자제품 제조 판매업 등을 영위하는 주식회사로서, 2011내지2013사업연도에 구 조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12173호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제5조의 중소기업 투자비,같은 법 제10조의 연구·인력개발비,같은 법 제24조의 생산성향상시설 투자비(이하‘이 사건 투자비’라고 한다)를 각 지출하고,구 법인세법(2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되기 전의 것)제57조에 규정하고 있는 외국법인세액을 납부하였다.
나. 원고는 이 사건 투자비 및 외국법인세액이 구 조세특례제한법 제5조,제10조,제24조 및 구 법인세법 제57조에 따라2011내지2013과세연도의 법인세 세액공제 대상에 해당하나 구 조세특례제한법 제132조 제1항에서 정하고 있는 최저한 세액 및 구 법인세법 제57조에서 정하고 있는 공제한도액의 제한으로 해당 부분의 세액공제를 받지 못하였다.
다. 한편 지방세법이2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되면서(이하 법률 제12153호로 개정되기 전 지방세법을‘개정 전 지방세법’,개정된 후 지방세법을‘개정 지방세법’이라 한다) ‘법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액’을 과세표준으로 하는 부가세(10%)방식이던 지방소득세 법인세분은‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’(법인세의 과세표준)을 과세표준으로 하여 독자적인 누진세율을 적용한 돈을 법인지방소득세로 하는 독립세 방식으로 개정되었다.
라. 원고는 피고에게 개정 지방세법이 정하는 독립세 방식에 따라 법인세 과세표준을 과세표준으로 적용하여 법인지방소득세를 산출하여2014사업연도120,411,770원, 2015사업연도163,326,673원, 2016사업연도149,525,917원, 2017년 사업연도35,190,010원 합계468,454,370원을 신고·납부하였고,이 사건 투자비 및 외국법인세액에 대한 개정 전 지방세법에 따른 세액공제를 적용하지 않았다.
마. 한편,원고는2020. 4. 29.이 사건 투자비에 대하여 개정 전 지방세법의 부가세 방식으로 이월세액 공제를 적용할 것과,법인세 과세표준에 포함된 외국납부세액을 지방소득세 과세표준에서 제외할 것을 주장하며 지방소득세281,965,150원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나,피고는2020. 6. 22.원고의 경정청구를 거부하였다.
바. 원고는 피고의 거부처분에 불복하여2020. 9. 16.조세심판원에 심판청구를 하였는데,피고는 위 심판 진행 중인2020. 9. 25.직권으로 외국납부세액을 과세표준에서 제외하여 지방세과세표준을 경정하고 원고에게141,874,860원을 환급[이하 피고가 직권으로 취소하고 남은140,090,290(10원 미만 올림)의 경정거부처분을‘이 사건 처분’이라 한다]하였으며,원고는 위 부분 심판청구를 취하하였다.조세심판원은2021. 7. 22.위 취하된 부분을 제외한 이 사건 투자비 이월세액 공제에 관한 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.(조심2020지3842)
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지9호증(각 가지번호 포함),변론 전체의 취지
3. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
원고는 지방세법 개정 전에 이 사건 투자비를 지출함으로써 그 원인행위를 완료하하여 개정 전 지방세법 시행 당시에 일정한 법적지위 또는 법률관계를 형성하였다고 할 것이므로,원고의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 개정 지방세법 부칙 제15조(이하‘이 사건 경과규정’이라 한다)에 따라 그 원인행위 시점에 시행 중이던 구 법인세법 제57조 제2항,구 조세특례제한법 제144조 제1항의 이월세액공제에 관한 규정이 적용되어 법인지방소득세는 환급되어야 한다.따라서 이에 반하는 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계 법령
[별지]관계 법령 기재와 같다.
다. 판단
1)조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서“이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할…세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로,여기서‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나,비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고,이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원1994. 5. 24.선고93누5666전원합의체 판결,대법원2001. 5. 29.선고98두13713판결,대법원2015. 10. 15.선고2015두36652판결 등 참조)
2)개정 전 지방세법 제85조 제1호는‘소득분’이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것이라고 규정하고 있고,같은 조 제2호는‘법인세분’이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세라고 규정하고 있으며,같은 법 제89조 제1항은 법인세분의 표준세율은 법인세액의100분의10으로 규정하고 있고,구 법인세법(2014. 12. 23.법률 제12850호로 개정되기 전의 것)제55조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 소득의 범위에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 소정의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하고 있다.
구 조세특례제한법 제5조 제1항은 대통령령으로 정하는 중소기업을 경영하는 내국인이 각 호 소정의 자산에2015. 12. 31.까지 투자하는 경우에는 그 투자금액의100분의3에 상당하는 금액을 법인세 등에서 공제한다고 규정하고 있고,같은 법 제10조 제1항은 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우 각 호 소정의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제한다(제1호 및 제2호는2015년12월31일까지 발생한 해당 연구·인력인력개발비에 대해서만 적용)고 규정하고 있으며,같은 법 제24조 제1항은 내국인이 생산성 향상을 위하여 각 호 중 어느 하나에 해당하는 시설에2014년12월31일까지 투자하는 경우에는 그 투자금액의100분의3(중소기업의 경우에는100분의7)에 상당하는 금액을 법인세에 공제한다고 규정하고 있다.한편 같은 법 제132조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 법인세를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준에100분의16[과세표준이100억원 초과1천억원 이하 부분은100분의12,과세표준이100억원 이하 부분은100분의10,중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는100분의7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터3년 이내에 끝나는 과세연도에는100분의8,그 다음2년 이내에 끝나는 과세연도에는100분의9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하‘법인세 최저한세액’이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다고 규정하면서 제3호에서‘제5조,제7조의2,제8조의3,제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다.이하 이 조에서 같다),제11조,제12조 제2항,제24조,제25조,제25조의2부터 제25조의4까지,제26조,제29조의2,제30조의2,제30조의4,제31조 제6항,제32조 제4항,제94조,제104조의8,제104조의14,제104조의15,제104조의18,제104조의22및 제104조의25에 따른 세액공제금액을 규정하고 있으며,같은 법 제144조 제1항은 제132조에 따른 법인세 최저한세액 등에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다고 규정하고 있다.
그러나 개정 지방세법 제85조 제2호는‘법인지방소득’이란 법인세법 제4조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득이라고 규정하고 있고,같은 법 제103조의19는 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준과 동일한 금액이라고 규정하고 있으며,같은 법 제103조의21제1항은 법인지방소득세는 위 과세표준에 제103조의20에 따른 소정의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하‘법인지방소득세 산출세액’이라 한다)을 그 세액으로 한다고 규정하고 있고,같은 법 제103조의22제1항은 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하되 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액에서 공제하는 것으로 규정하고 있다.한편 개정 지방세법 부칙 제2조 본문에서는‘이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다’고 규정하면서도,이 사건 경과규정에서는‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있다.
이에 의하면,개정 전 지방세법에 의하여 지방소득세 법인세분을 산정할 때에는 법인세의 과세표준에 소정의 세율을 적용한 산출세액에 구 법인세법,구 조세특례제한법상의 세액감면·공제를 한 금액을 그 과세표준으로 하게 되므로 결과적으로 위와 같은 세액감면,세액공제 등이 지방소득세 법인세분 산정에도 적용될 수 있었으나,개정 지방세법은 법인지방소득세의 과세표준을‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’으로 하여 구 법인세법,구 조세특례제한법상의 세액감면,세액공제 등은 법인지방소득세의 산정에 더 이상 영향을 미치지 못하게 되었으며,세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 하면서 법인지방소득세에 대한 세액 공제·감면 규정을 지방세특례제한법에 따로 두지 않았다.
따라서 납세의무자는 구 조세특례제한법상 중소기업 투자,연구인력개발비 투자,생산성향상시설 투자금을 지출하는 경우 법인세 최저한세액의 제한으로 당해 과세연도에 지방소득세 법인세분에서 이를 공제받지 못한 부분에 대하여 개정 전 지방세법에 따르면 이월공제를 받을 수 있었으나 개정 지방세법 하의 법인지방소득세에서는 더 이상 이월공제를 받지 못하게 되었는바,이러한 경우는 법령이 지방세의 납세의무자에게 불리하게 변경된 경우라 할 수 있다.
3)앞서 본 대로 개정 전 지방세법은 지방소득세 법인세분에 관하여 그 과세표준을‘법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세액’으로 규정하여 법인세의 부가세 방식을 취하고 있었고,법인세법의 과세표준,구 법인세법 또는 구 조세제한특례법상의 세액감면이나 세액공제 규정 등을 유기적으로 결합하여 적용하여야 지방소득세 법인세분의 최종적인 세액을 확정할 수 있었는바,지방소득세 법인세분의 과세표준인 법인세액의 산정에 관한 구 법인세법 제13조,제55조뿐만 아니라 산출세액의 공제에 관한 구 법인세법 제57조,조세제한특례법 제5조,제10조,제24조 및 제144조 등도 개정 전 지방세법 관련 조항들과 일체로서 지방소득세 법인세분의 부과 또는 감면에 관한 규정에 해당한다고 할 것이므로,위 규정들은 이 사건 경과규정의‘종전규정’에 해당한다고 봄이 상당하다.
4)원고는 지방세법이 개정되기 이전인2011내지2013사업연도에 이 사건 투자비를 지출하였는데 당시 시행 중이던 개정 전 지방세법에 의하면 지방소득세 법인세분은 법인세액을 과세표준으로 하고 있었던 점,납세의무자인 원고로서는 개정 전 지방세법 하에서 당해 사업연도에 구 조세특례제한법 제5조,제10조,제24조에서 정한 이 사건 투자비를 지출하면서 법인세 최저한 세액의 제한으로 당장 공제받지 못한다고 하더라도,구 법인세법 제57조 제2항,구 조세특례제한법 제144조 제1항에 의하여 추후 이를 공제받을 수 있다고 믿고 이를 지출하였을 것으로 보이는 점,위와 같이 세액공제의 대상이 되는 비용을 지출하는 납세의무자의 입장에서는 향후 일정한 기간 동안 이월공제가 이루어질 것이라는 신뢰는 법인세의 경우와 지방소득세 법인세분에 대한 것이 본질적으로 다르다고 보이지 않는 점,개정 전 지방세법 시행 중에 이미 법인세액에서 공제할 대상인 이 사건 투자비의 지출이라는 원인행위가 있었고 법인세에서 공제할 금액이 산정되었으며 법인세의 최저한 세액을 초과하는 부분에 대하여 이월공제를 허용하는 규정에 따라 장래 이월공제가 이루어질 것이 이미 확정되어 있었다는 점 등을 종합하면,종전 지방소득세 법인세분에 적용되었던 이 사건 투자비에 대한 이월세액 공제에 대한 원고의 신뢰는 보호할 만한 가치가 있는 신뢰에 해당한다고 봄이 상당하고,이를 단순한 기대 또는 반사이익에 불과하다고 할 수 없다.
따라서 개정 전 법령에 의한 이 사건 투자비에 관한 이월공제에 대한 원고의 신뢰는 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당한다고 봄이 타당하므로,개정 지방세법 시행 이후에 납세의무가 성립한 원고의2014, 2015사업연도 법인지방소득세에 대하여는 종전 규정인 개정 전 구 지방세법 제85조,제89조,구 법인세법 제13조,제55조,구 조세특례제한법 제5조,제10조,제24조,제132조,제144조에 따라 이 사건 투자비가 이월공제되어야 하는바,이에 반하는 이 사건 처분은 위법하고,이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.
4. 결론
원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여,주문과 같이 판결한다.
[별지]
관계 법령
▣구 지방세법(2020. 12. 29.법률 제17769호로 개정되기 전의 것)
제85조(정의)
①지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. "법인지방소득"이란「법인세법」제4조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득을 말한다.
제94조(세액공제 및 세액감면)
종합소득 또는 퇴직소득에 대한 개인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다.다만,종합소득 또는 퇴직소득에 대한 개인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다
제103조의19(과세표준)
내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.
제103조의20(세율)
①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.
제103조의21(세액계산)
①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세는 제103조의19에 따라 계산한 과세표준에 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액,「조세특례제한법」제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인지방소득세 세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다.이하“법인지방소득세 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.
제103조의22(세액공제 및 세액감면)①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다.이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득,「조세특례제한법」제100조의32제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다.이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.
부칙(제12153호, 2014. 1. 1.)
제1조(시행일)
이 법은2014년1월1일부터 시행한다.다만,제92조제2항,제103조의3제4항 및 제103조의20제2항의 개정규정은2017년1월1일부터 시행하고 제123조의 개정규정은 공포 후3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례)
이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.다만,제8장 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제15조(일반적 경과조치)
이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
▣구 지방세법(2014. 1. 1.법률 제12153호로 전부 개정되기 전의 것)
제85조(정의)지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "소득분"이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것을 말한다.
3. "소득세분"이란「소득세법」에 따라 납부하여야 하는 소득세액(소득세 과세표준 예정신고자 또는 확정신고자로서 해당 신고세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 데 대한 납부불성실가산세는 제외한다)을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
4. "법인세분"이란「법인세법」에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
제89조(세율)①소득분의 표준세율은 다음과 같다.
제94조(소득분의 계산방법)
①소득분은「소득세법」과「법인세법」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조제1항의 세율을 적용하여 계산한다.다만,제87조제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.
▣구 법인세법(2014. 12. 23.법률 제12850호로 개정되기 전의 것)
제13조(과세표준)내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.
1. 각 사업연도의 개시일 전10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액.이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나,「국세기본법」제45조에 따라 수정 신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.
2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득
3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액
제55조(세율)
①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 다음 표의 세율을 적용하여 계산한 금액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다.이하"산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.
제57조(외국 납부 세액공제 등)
①내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서"외국법인세액"이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.
1. 제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외한다)에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(「조세특례제한법」이나 그 밖의 법률에 따라 면제되거나 세액 감면을 적용받는 경우에는 대통령령으로 정하는 비율)을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 이 조에서"공제한도"라 한다)로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법
2. 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법
②외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위에서 공제받을 수 있다.
▣구 조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12173호로 개정되기 전의 것)
제5조(중소기업 투자 세액공제)
①대통령령으로 정하는 중소기업(이하“중소기업”이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에2015년12월31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의100분의3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득(「소득세법」제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다.제122조의3,제126조의2,제126조의6및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다]또는 법인세에서 공제한다. (이하 생략)
제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제)
①내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다)또는 법인세에서 공제한다.이 경우 제1호 및 제2호는2015년12월31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다. (이하 생략)
제24조(생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제)
①내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에2014년12월31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의100분의3(중소기업의 경우에는100분의7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다)또는 법인세에서 공제한다.
제132조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제)
①내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과「법인세법」제91조제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(「법인세법」제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액,가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며,대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며,이하 이 조에서"과세표준"이라 한다)에100분의16[과세표준이100억원 초과1천억원 이하 부분은100분의12,과세표준이100억원 이하 부분은100분의10,중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는100분의7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터3년 이내에 끝나는 과세연도에는100분의8,그 다음2년 이내에 끝나는 과세연도에는100분의9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하"법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.
3. 제5조,제7조의2,제8조의3,제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다.이하 이 조에서 같다),제11조,제12조제2항,제24조,제25조,제25조의2부터 제25조의4까지,제26조,제29조의2,제30조의2,제30조의4,제31조제6항,제32조제4항,제94조,제104조의8,제104조의14,제104조의15,제104조의18,제104조의22및 제104조의25에 따른 세액공제금액
제144조(세액공제액의 이월공제)
①제5조,제7조의2,제8조의3,제10조,제11조,제12조제2항,제24조,제25조,제25조의2부터 제25조의4까지,제26조,제29조의2,제30조의2,제30조의4,제94조,제104조의5,제104조의8,제104조의14,제104조의15,제104조의18,제104조의22,제104조의25,제126조의6및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는「소득세법」제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다]또는 법인세에서 공제한다.끝.