사립학교법상 ‘학교교육에 직접 사용되는 재산’에 대한 법리

상세내용

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 이 사건 소를 각하한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

제1심판결을 취소한다. 피고가 2020. 2. 18. 원고에 대하여 한, 2018년 귀속 양도소득세 133,737,500원의 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 이 사건 주택의 양도 및 양도소득세 신고·납부

1) 원고는 2009. 5. 12. ○○시 ○○구 ○○동 705 ○○아파트 제105동 303호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하여, 2018. 11. 20. 이를 9억 6,500만 원에 양도하였다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다). 원고는 2019. 1. 31. ○○세무서장에게 이 사건 양도에 따른 양도차익 전부에 대하여 장기보유 특별공제 및 일반세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 134,210,300원을 신고·납부하였다.

2) 이 사건 양도 당시, 원고는 이 사건 주택 외에 2017. 8. 8. 취득한 ○○시 ○○동 ○○ 아파트 제1011동 제904호(이하 ‘●●시 주택’이라 한다)를 소유하고 있었다.

3) 한편, 원고와 동일 세대원인 원고의 배우자 신AA(이하 원고와 그 배우자를 함께 ‘원고 세대’라 한다)은, 2011. 3. 2. 유치원 운영을 위해 ○○시 ○○구 ○○읍 ○리 584-50 외 1필지와 그 지상 유치원 건물을 포함하여 그 운영권 일체를 인수하였다. 신AA이 취득한 위 토지 위에는 ① 가동(3층, 용도: 유치원), ② 나동(연와구조 스라브·스레트 지붕 2층 주택 및 변소), ③ 다동 단층, 용도: 노유자시설(유치원) 등 3채의 건물이 위치해 있었고, 그 중 ‘가동’과 ‘다동’ 건물만 유치원 교육시설로 인가 받았을 뿐, ‘나동’ 건물(이하 □□읍 주택’이라 한다)은 유치원 교육시설 인가대상에서 제외되어 있었다.

4) □□읍 주택은 지방자치법 제3조 제4항에 따른 읍 지역에 소재한 주택으로, 이 사건 양도 당시 주택 및 부수토지의 기준시가 합계액이 3억 원 이하인 주택이었다.

나. 원고의 양도소득세 환급신청 및 이에 대한 거부처분

1) 원고는 2019. 12. 10. 피고에게, ‘□□읍 주택은 유치원 교지에 포함되어 있어 재산권 행사가 불가능한 주택이므로 이 사건 양도 당시 원고 세대가 보유한 주택에서 제외되어야 하고, 따라서 이 사건 양도는 일시적 1세대 2주택자의 양도에 해당한다’는 이유로 신고·납부한 양도소득세 중 133,737,500원(양도가액 중 9억 원을 초과하는 양도차익에 대한 양도소득세 부분 제외)의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

2) 이에 대하여 피고는, ‘□□읍 주택은 이BB 외 7인이 임대차계약을 체결하여 거주하는 등 주거용으로 사용되고 있고, 관할 관청인 ○○교육지원청도 □□읍 주택을 유치원의 교육시설로 관리하고 있지 않아 유치원 건물(원사)로 볼 수 없으므로, 이 사건 양도 당시 원고는 일시적 1세대 2주택자가 아니다’라는 이유로, 2020. 2. 18. 원고의 양도소득세 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

3) 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2020. 3. 17. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2020. 9. 2. 원고의 청구를 기각하였다. 이에 원고는 2020. 11. 30. 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다.

다. 피고의 양도소득세 경정처분

1) 한편, 피고는, 2020. 7. 2.부터 2020. 9. 22.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시한 다음, 이 사건 양도를 조정대상지역 내 1세대 2주택의 양도로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 일반세율에 10%를 더한 중과세율을 적용하여, 2020. 10. 7. 원고에게 아래와 같이 산출된 2018년 귀속 양도소득세 144,322,460원(가산세 포함, 원 미만 버림)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 경정처분’이라 한다).

2) 원고는 이 사건 경정처분의 취소를 구하는 행정소송(수원지방법원 0000구단00000)을 제기하였고, 위 법원은 2022. 10. 21. 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의10 제1항의 ‘(1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다)’(이하 ’이 사건 괄호 규정‘이라 한다) 부분은 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호에도 적용되므로, 이 사건 주택의 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제1호에서 정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’에 해당하지 않는다는 이유로 이 사건 경정처분을 취소하는 판결을 선고하였다. 이에 대하여 피고가 항소하였으나(수원고등법원 0000누00000), 항소심법원은 2023. 8. 11. 피고의 항소를 기각하는 판결을 선고하였고, 위 판결은 2023. 8. 30. 그대로 확정되었다(이하 ‘이 사건 관련소송’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함), 변

론 전체의 취지

2. 이 사건 소의 적법 여부에 관한 판단

직권으로 이 사건 소의 적법 여부에 관하여 본다.

가. 관련 법리

과세표준과 세액을 증액하는 경정처분은 당초 처분을 그대로 둔 채 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가로 확정하는 것이 아니라 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초 신고나 처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 그 증액경정처분만이 항고소송의 대상이 된다. 이는 증액경정 시 당초 결정분과의 차액만을 추가로 고지한 경우에도 동일하다(대법원 1999. 5. 28. 선고 97누16329 판결, 대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 등 참조).

그리고 납세자가 감액경정청구 거부처분에 대한 취소소송을 제기한 후 증액경정처분이 이루어져서 그 증액경정처분에 대하여도 취소소송을 제기한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 동일한 납세의무의 확정에 관한 심리의 중복과 판단의 저촉을 피하기 위하여 감액경정청구 거부처분의 취소를 구하는 소는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다(대법원 2005. 10. 14. 선고 2004두8972 판결 참조).

나. 판단

1) 피고가 이 사건 거부처분 이후인 2020. 10. 7. 원고에게 2018년 귀속 양도소득세를 증액경정하는 이 사건 경정처분을 한 사실, 원고는 피고를 상대로 이 사건 경정처분의 취소를 구하는 이 사건 관련소송을 제기하여 위 경정처분을 취소하는 취지의 판결을 선고받고 그 판결이 확정된 사실은 앞서 인정한 바와 같다. 따라서 이 사건 거부 처분은 이 사건 경정처분에 흡수되어 소멸하였고, 원고는 별소로써 위 경정처분을 다투어 이를 취소하는 판결을 선고받았으므로, 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 이 사건 소는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다.

2) 다만, 이 사건 관련소송에서는 원고가 이 사건 소에서 이 사건 거부처분의 취소 사유로 주장하는 내용, 즉 □□읍 주택이 사립학교법에 의해 매도·처분이 금지되는 재산으로서 양도소득세 계산에 있어 원고 세대가 보유한 주택에서 제외되어야 하는지 여부에 대하여는 특별히 판단하지 않은 것으로 보이므로, 아래에서 이에 대하여 보충적으로 살펴본다.

사립학교법 제28조 제2항, 제51조, 사립학교법 시행령 제12조 제1항에서 규정하고 있는 ‘학교교육에 직접 사용되는 사립학교경영자의 재산으로서 매도하거나 담보에 제공할 수 없는 재산’ 중 교지·교사·체육장은, 사립유치원의 경우 유치원 설립인가를 받을 당시의 원지·원사·유원장으로서 실제로 유치원 교육에 직접 사용되는 것 또는 설립 인가 이후에 원지·원사·유원장의 변경인가를 받은 경우에는 그 변경인가를 받은 원지·원사·유원장으로서 실제로 유치원 교육에 직접 사용되는 것을 의미한다고 볼 것이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008다12279 판결, 대법원 2004. 12. 10. 선고 2004도6261 판결 등 참조). 따라서 사립유치원이 종전에 원사로 사용하던 건물 중 일부를 유치원의 교육시설에서 제외시키는 것으로 변경인가를 받았다면 변경인가에서 제외된 건물 부분은 유치권 교육에 직접 사용하는 재산에서 제외되었다고 봄이 타당하고, 그 후 설령 유치원경영자가 변경인가 이후에도 제외된 건물 일부를 강당 등 유치원의 교육장소로 간헐적으로 사용했다 하더라도 그러한 일시적 사용만을 가지고 제외된 건물 일부를 사립학교법이 정한 ‘매도하거나 담보에 제공할 수 없는 학교교육에 직접 사용되는 재산’이라고 할 수는 없다.

앞서 본 바에 따르면, □□읍 주택은 유치원 부지 안에 위치해 있긴 하나 관할 교육청으로부터 정식으로 유치원 교육시설로 인가받은 건물에 속하지 않고 그 동안 다수의 세입자가 원고측과 임대차계약을 체결하여 거주해 오기도 한 사실을 인정할 수 있다. 이에 비추어 보면 □□읍 주택은 주거용 건물일 뿐 실제로 유치원 교육에 직접 사용되는 재산이 아니므로, 이는 사립학교법상 매도 등 처분이 금지되는 ‘학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산’에 해당한다고 볼 수 없고, 원고가 주장하는 나머지 사정만으로 □□읍 주택이 양도소득세 산정에 있어 원고 세대가 보유하는 주택에서 제외되어야 한다고 볼 수 없다.

3. 결 론

이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하여야 한다. 이와 결론을 달리하는 제1심판결은 부당하므로, 제1심판결을 취소하고 주문과 같이 판결한다.