납세의무 성립 당시 감면배제요건인 벤처기업확인 취소처분의 효력이 일시정지 되었다고 하더라도, 본안판결로 벤처기업확인 취소처분이 종국적으로 취소되지 않은 경우에는 세액감면이 배제

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사 건	2023누47574 법인세경정거부처분취소
원 고	AAA 주식회사
피 고	○○세무서장
변 론 종 결	2023. 10. 13.
판 결 선 고	2023. 11. 24.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 1. 11. 원고에 대하여 한 2018 사업연도 귀속 법

인세 24,848,515,960원의 경정청구거부처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래와 같이 고치거나 추가하는 것 외에

는 제1심 판결서 이유 중 해당 부분의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민

사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 인용한다.

○ 제1심판결서 제5면 제7행부터 제7면 제11행까지를 아래와 같이 고친다.

『1) 1주장에 관한 판단

가) 조세특례제한법 제6조 제2항은 “벤처기업법 제2조 제1항에 따른 벤처기

업(이하 ‘벤처기업’이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에

같은 법 제25조에 따라 2021년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 ‘창업

벤처중소기업’이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세

연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업

에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다

음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소

득에 대한 소득세 또는 법인세 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.”고 규정하여

창업벤처중소기업에 대하여 소득세 또는 법인세 감면 혜택을 부여하되, 단서 조항에서

감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소되거나 벤처기업법 제25조 제2항에 따른 벤처기업

확인서의 유효기간이 만료된 경우 그 취소일 또는 유효기간 만료일이 속하는 과세연도

부터 감면을 적용하지 않도록 정하고 있다. 한편, 조세특례제한법 제6조 제3항 제10호

는 뉴스제공업을 제외한 정보서비스업을 경영하는 중소기업은 창업벤처중소기업에 포

함된다고 규정하고 있다가, 2018. 12. 24. 법률 제16009호로 정보서비스업 중 ‘블록체

인 기반 암호화자산 매매 및 중개업’을 경영하는 중소기업도 창업벤처중소기업에서 제

외하도록 규정하였고, 이러한 개정 규정은 2019. 1. 1. 시행되어 그 무렵부터 적용되었

다.

나) 1주장의 취지는, 위 개정 규정이 2019. 1. 1.부터 적용되는 이상 2018

사업연도 당시 조세특례제한법 제6조 제3항 제10호에 따른 정보서비스업에 포함되는

‘블록체인 기반 암호화 자산 매매 및 중개업’을 경영하는 중소기업인 원고는 여전히 창

업벤처중소기업에 해당하므로 조세특례제한법에 따른 법인세 감면을 받아야 한다는 것

이다. 그러나 조세특례제한법 제6조 제2항 단서는 감면기간 중 벤처기업확인이 취소된

경우 그 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 배제하도록 하고 있는바, 2018. 12. 20.

원고의 벤처기업확인이 취소된 이상, 2018 사업연도에 원고가 조세특례제한법 제6조

제3항 제10호의 창업벤처중소기업에 해당하는지와 무관하게 같은 조 제2항에 따른 세

액감면을 적용할 수 없다. 원고의 1주장은 받아들일 수 없다.

2) 2주장에 관한 판단

가) 2주장의 취지는, 조세특례제한법 제6조 제2항에 따른 법인세 감면대상

인지 여부는 법인세에 대한 납세의무 성립일인 사업연도 종료일을 기준으로 판단해야

하는데, 이 사건 벤처기업확인 취소처분에 대한 취소 청구를 기각하는 선행판결이 확

정되었다고 하더라도 이 사건 임시효력정지결정의 효력은 장래를 향하여 소멸할 뿐 소

급적으로 소멸하지 않으므로, 이 사건 임시효력정지결정 기간인 2018. 12. 31.부터

2019. 1. 18.까지는 이 사건 벤처기업확인 취소처분의 효력이 없었던 상태가 되어, 원

고의 2018 사업연도 법인세 납세의무 성립일인 2018. 12. 31.에는 조세특례제한법 제6

조 제2항에 따른 감면요건을 충족한다는 것이다.

나) 그러나 아래에서 보는 바와 같은 조세특례제한법 제6조 제2항의 입법취

지 및 집행정지에 관한 법리 등에 비추어 볼 때, 조세특례제한법 제6조 제2항 단서에

의한 세액감면 배제 사유는 납세의무 성립 당시를 기준으로 판단할 것이 아니다.

(1) 조세특례제한법 제6조 제2항은 창업 후 3년이 지나지 않은 벤처중소

기업에 대하여 최초로 소득이 발생한 경우 최대 5년간 소득세 또는 법인세를 감면함으

로써 역량 있는 벤처중소기업의 성장을 지원하고자 하는 데 그 목적이 있다. 한편, 같

은 항 단서에 의하면 본문에 따른 세액감면 혜택을 받고 있었다고 하더라도 감면기간

중 벤처기업확인이 취소된 경우와 벤처기업확인서의 유효기간이 만료된 경우에는 그

취소일 또는 유효기간 만료일이 속하는 과세연도부터 세액감면 대상에서 제외하도록

하고 있는바, 이와 같이 과세연도 내에 벤처기업 확인의 효력이 얼마나 존속하였는지

와 무관하게 과세연도 전체에 대해 세액감면을 배제하도록 하고 있는 이상, 조세특례

제한법 제6조 제2항 단서는 그 세액감면 배제 요건이 해당 과세연도 내에 역사적으로

존재하기만 하면 적용되는 규정이라고 해석해야 하고, 이는 법인세 납세의무 성립 당

시 효력정지결정 등으로 인하여 벤처기업확인 취소처분의 효력이 정지되어 있다고 하

더라도 마찬가지이다. 즉, 벤처기업확인이 취소된 경우 그 자체로 당해 과세연도부터

세액감면 배제의 효과가 발생하는 것이고, 다만 본안소송의 결과 벤처기업확인 취소처

분이 종국적으로 취소된 경우 납세의무자가 세액감면의 효과를 소급하여 주장할 수 있

다고 보아야 한다.

원고가 납세의무 성립 당시를 기준으로 세액감면 요건 충족 여부를 판

단하여야 한다고 주장하며 들고 있는 헌법재판소 결정례(헌법재판소 2008. 5. 29.자 선

고 2006헌바99 결정)는, 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기

전의 것) 제7조에 따른 세액감면 대상 여부 및 감면율을 사업연도 종료일 현재 본점

소재지를 기준으로 결정한다는 것으로, 해당 규정에서 단순히 사업장의 소재지에 따라

세액 감면비율을 정하고 있을 뿐 소재지의 판단시기에 대한 아무런 정함이 없어 그 판

단시기를 납세의무 성립 시점으로 판단한 것에 불과하고, 그 내용도 세액감면 ‘배제’

요건에 관한 것이 아니어서 이를 그대로 원용할 수 없다.

(2) 집행정지결정의 효력은 결정 주문에서 정한 기간까지 존속하다가 그

기간이 만료되면 장래에 향하여 소멸한다. 집행정지결정은 처분의 집행으로 회복하기

어려운 손해를 예방하기 위하여 긴급한 필요가 있고 달리 공공복리에 중대한 영향을

미치지 않을 것을 요건으로 하여 본안판결이 있을 때까지 해당 처분의 집행을 잠정적

으로 정지함으로써 위와 같은 손해를 예방하는 데 취지가 있으므로, 항고소송을 제기

한 원고가 본안소송에서 패소확정판결을 받았더라도 집행정지결정의 효력이 소급하여

소멸하지 않는다. 그러나 집행정지는 행정쟁송절차에서 실효적 권리구제를 확보하기

위한 잠정적 조치일 뿐이므로, 본안 확정판결로 해당 제재처분이 적법하다는 점이 확

인되었다면 제재처분의 상대방이 잠정적 집행정지를 통해 집행정지가 이루어지지 않은

경우와 비교하여 제재를 덜 받게 되는 결과가 초래되도록 해서는 안 된다(대법원

2020. 9. 3. 선고 2020두34070 판결 참조). 그러한 결과가 발생한다면 본안소송의 확정

전 처분이 집행됨에 따라 돌이킬 수 없는 불이익이 발생하는 것을 방지하기 위한 가구

제 수단에 불과한 집행정지의 본질적인 목적에 반하게 되므로, 집행정지의 효력이 문

제가 되는 사안에서는 개별 법령을 해석함에 있어 관련 법령의 체계와 입법취지를 고

려하여 집행정지의 법리와 조화롭게 해석하여야 할 필요성이 있고, 세액감면에 관한

조세법규를 해석함에 있어서도 그러한 해석이 확장해석이나 유추해석에 해당하지 않는

한 마찬가지라고 할 것이다.

만약 이 사건 임시효력정지결정으로 인해 법인세 납세의무 성립 당시를

기준으로 벤처기업확인이 유효하다고 하여 조세특례제한법 제6조 제2항 단서에 따른

벤처기업확인 취소가 존재함에도 세액을 감면할 수 있다고 한다면, 원고는 벤처기업확

인 취소처분이 적법함에도 불구하고 임시효력정지결정이 없었다면 결코 받을 수 없었

던 약 248억 원에 이르는 거액의 법인세 감면 혜택을 향유하게 되는바, 이러한 해석은

본안소송 승소에 따른 원고의 권리구제를 잠정적으로 확보하는 것에 그쳐야 할 임시효

력정지의 본질적인 목적에 반하여 허용될 수 없다. 결국 납세의무 성립 당시 벤처기업

확인 취소처분의 효력이 일시정지 되었다고 하더라도, 본안판결로 벤처기업확인 취소

처분이 종국적으로 취소되지 않은 경우에는 조세특례제한법 제6조 제2항 단서에 따라

세액감면이 배제된다고 해석하는 것이 집행정지 제도의 취지에도 부합한다.

(3) 원고는, 이 사건 벤처기업확인 취소처분으로 인해 법인세 감면이 배

제될 수 있음을 주장하면서 임시효력정지 신청을 하였고 이에 법원도 원고에 대한 법

인세 감면을 유지하기 위하여 이 사건 임시효력결정을 하였다거나, 이 사건 임시효력

정지의 피신청인인 한국벤처캐피탈협회장이 이 사건 임시효력정지결정에 대하여 항고

및 재항고를 하면서 이 사건 임시효력정지결정으로 인해 본안소송에서 원고가 패소하

더라도 여전히 법인세 감면 혜택을 누리게 되므로 이 사건 임시효력정지결정을 취소해

야 한다고 주장하는 등 이 사건 임시효력정지결정 당시 법원 및 당사자들 모두 이 사

건 임시효력정지결정에 의해 2018 사업연도 귀속 법인세가 감면된다는 점에 대해 이

견이 없었다는 취지로 주장한다.

살피건대, 이 사건 임시효력정지결정 당시 원고와 한국벤처캐피탈협회장이 이

사건 임시효력정지결정으로 인해 원고의 2018 사업연도 법인세가 감면된다는 주장을

하였다고 하더라도, 위 사건과 소송의 대상도 다르고 당사자도 다른 이 사건을 심리하

는 법원이 그와 같은 주장에 구속될 하등의 이유가 없으므로, 위와 같은 사정은 조세

특례제한법 제6조 제2항의 해석에 아무런 영향을 미치지 않는다. 또한 이 사건 임시효

력정지결정을 한 법원이 그 이유에 “신청의 심리 및 종국 결정에 필요한 기간 동안 잠

정적으로” 이 사건 벤처기업확인 취소처분의 집행을 일시 정지하는 것임을 명시하였다

가 2019. 1. 18. 집행정지 신청을 기각한 점에 비추어 보면, 위 법원이 원고의 법인세

감면을 유지할 의도로 이 사건 임시효력정지결정을 하였다고 볼 수도 없다. 원고의 위

주장은 받아들일 수 없다.

다) 앞서 인정한 사실들을 위 법리에 비추어보면, 원고에 대한 벤처기업확

인이 2018. 12. 20. 취소되었고, 이 사건 임시효력정지결정의 효력이 결정일인 2018.

12. 31. 이전으로 소급하여 발생한다고 볼 수도 없는 이상, 그 취소일이 속하는 과세연

도인 2018 사업연도 귀속 법인세에 관하여 조세특례제한법 제6조 제2항 단서에 따른

세액감면 배제 요건이 충족되었다고 할 것이다. 원고의 2주장 역시 받아들일 수 없

다.』

○ 제1심판결서 제7면 제12행의 “2)”를 “3)”으로 고친다.

○ 제1심판결서 제8면 제10행 말미에 아래 내용을 추가한다.

『원고는 벤처기업확인기관과 과세관청이 형식적으로 다르더라도 세법에서 유관기관의

확인이나 지정을 과세요건이나 감면요건으로 규정하는 경우에는 유관기관의 공적 견해

표명을 과세관청의 그것과 동일하게 보아야 한다는 취지로 주장한다. 신뢰보호원칙이

인정되기 위해서는 행정청의 공적 견해표명이 있고 그 후에 행정청이 그에 반하는 처

분을 하여야 하므로 견해를 표명한 행정청과 처분을 행한 행정청이 동일하여야 하는

것은 논리적으로 당연하다.

설령 원고의 주장과 같이 공적 견해표명을 한 행정청과 처분을 할 행정청이 형

식적으로 다르지만 공적 견해표명과 처분 사이의 관계에 비추어 실질적으로 동일한 것

으로 볼 수 있는 경우에는 신뢰보호원칙을 적용할 수 있다고 하더라도, 벤처기업법 제

25조 제1항에 의하면 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업

해당 여부에 관하여 벤처기업확인기관의 장에게 확인을 요청할 수 있다고 규정하고 있

는 점, 조세특례제한법 제6조 제2항은 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 대상의 범위

를 특정하기 위한 방편으로 벤처기업법 제25조 소정의 확인을 받은 벤처기업을 규정하

고 있는 것에 불과한 점에 비추어 볼 때, 벤처기업확인기관이 벤처기업확인이라는 공

적 견해표명을 한 것은 벤처기업법에 따른 지원을 받을 수 있는 대상임을 확인하는 의

미일 뿐, 이를 넘어 별개의 법률인 조세특례제한법에 따른 세액감면 혜택을 받을 수

있을 것이라는 신뢰를 부여하는 공적 견해표명을 하였다고 볼 수는 없다. 따라서 과세

관청이 벤처기업확인 취소를 이유로 세액감면을 배제하고 과세처분을 한 것은 벤처기

업확인기관의 공적 견해표명과는 무관한 처분으로, 벤처기업확인기관과 과세관청을 공

적 견해표명에 있어 실질적으로 동일한 행정청이라고 평가할 수 없으므로, 원고의 이

부분 주장은 받아들일 수 없다.』

○ 제1심판결서 제10면 제2행과 제3행 사이에 아래 내용을 추가한다.

■ 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것)

제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)

① 중소기업중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2005년 12월 31일 이전에 종료하

는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을

적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권정비계획

법 제2조제1호의 규정에 의한 수도권(이하 "수도권"이라 한다)안에 소재하는 경우에는 모든 사업장

이 수도권안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

2. 감면비율

가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동

차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 영위하는 사업장 : 100분의 10

나. 소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는

사업장 : 100분의 20

다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영

위하는 사업장 : 100분의 30

라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권외의 지역에서 도매업

등을 영위하는 사업장 : 100분의 5

마. 중기업의 사업장으로서 수도권안에서 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 사업장 :

100분의 10

바. 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영

위하는 사업장 : 100분의 15

2. 결 론

그렇다면 제1심판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.