원고가 이 사건 주택에 2년 이상 거주하여 장기보유특별공제율 적용 가능한지 여부

상세내용

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2022. 6. xx. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 2xx,xxx,xxx원의 경정거부처분을 취소한다

 가. 원고(19xx. 1. x.생)의 배우자 망 정OO은 19xx. xx. xx. 서울 xx구 xx동 xx 소재 xxxx아파트 5xx동 xxx호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)에 관하여 19xx. xx. xx. 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 망 정OO(이하 ‘망인’이라 한다)은 19xx. 1. xx. 사망하였고, 원고는 19xx. 4. 19. 이 사건 주택에 관하여 19xx. 1. 30. 재산상속을 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 20xx. xx. xx. 이 사건 주택을 김xx, 조xx에게 xx억 원에 매도하고, 20xx. xx. xx. 김xx, 조xx에게 이 사건 주택에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).

라. 원고는 20xx. 2. 8. 이 사건 양도에 관한 양도소득세 신고를 하면서 1세대 1주택 비과세를 적용하여 9억 원 초과분만 과세대상 양도차익으로 보고 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항 본문에서 정한 30%의 장기보유특별공제율을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 3xx,4xx,8xx원을 예정신고ㆍ납부하였다.

마. 원고는 20xx. xx. xx. 피고에게 원고가 이 사건 주택에서 2년 이상 거주하여 이 사건 양도에 대하여 구 소득세법 제95조 제2항 단서에서 정한 80%의 장기보유특별공제율이 적용되어야 한다는 이유로 신고ㆍ납부한 양도소득세 2xx,xxx,xxx원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

바. 피고는 20xx. xx. xx. 원고에게 ‘거주자 요건 및 2년 거주 요건 미비’를 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 20xx.xx. xx. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 20xx. x. xx. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 11, 17호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고는 거주자로서 이 사건 주택을 10년 이상 보유하고 이 사건 주택에서 19xx. x. xx.부터 19xx. x. xx.까지 거주하였으므로 이 사건 양도에 대하여 구 소득세법 제95조 제2항 단서에 따른 80%의 장기보유특별공제율이 적용되어야 한다. 그럼에도 원고가 거주자가 아니고 이 사건 주택에서 2년 이상 거주하지 않았다는 전제에서 피고가 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 인정사실

1) 원고의 가족관계

원고와 망인 사이의 자녀로 장녀 정AA(19xx. 3. xx.생), 장남 정BB(19xx. 5. 1.생), 차남 정CC(19xx. xx. 17.생), 삼남 정DD(1956. 9. 14.생), 사남 정EE(1958. 8. 11.생)가 있다.

2) 원고의 국적 변동내역 및 출입국 내역

원고는 19xx. xx. xx. 대한민국 국적을 상실하고 미합중국 국적을 취득하였다가, 20xx. xx. xx. 대한민국의 국적을 다시 취득하였다. 원고의 출생 이후 19xx년까지 대한민국 출입국 내역은 다음 표 기재와 같다.

(표 생략)

3) 원고 및 원고 가족의 주민등록 변동내역

원고 및 원고 가족의 주민등록 변동내역 중 이 사건과 관련된 부분은 다음 표 기재와 같다.1)

(표 생략)

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 5 내지 12호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

1) 관련 규정 및 법리

구 소득세법 제95조 제1항은 ‘양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 ’양도차익‘이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.’라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항 본문은 ‘제1항에서 장기보유 특별공제액이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.’라고 규정하고 있으며, 같은 항 단서는 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.’라고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제159조의3은 ‘법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.’라고 규정하고 있다(이하 구 소득세법 제95조 제2항 단서에서 정한 장기보유 특별공제에 관한 규정을 ‘이 사건 특례규정’이라 한다). 따라서 원고가 이 사건 양도에 대하여 이 사건 특례규정을 적용받기 위해서는 원고의 세대가 이 사건 주택에 2년 이상 거주하였음이 전제되어야 한다.

그리고 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

위 인정사실과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 주택에 전입신고를 한 바 없고, 원고의 주민등록은 19xx.xx.xx. 이민출국으로 말소된 점, ② 원고는 19xx. x. xx. 이 사건 주택에 관하여 19xx. x. xx. 재산상속을 원인으로 하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마치면서 원고의 주소를 ‘xxxxxx주 xxxxxx xxxx애브 28xx’이라고 기재한 점, ③ 원고가 19xx년부터 19xx년까지 국내에서 체류한 일수는 19xx년 3xx일, 19xx년 1xx일, 19xx년 1xx일, 19xx년 3xx일, 1989년 1xx일, 19xx년 1xx일이나, 원고가 국내에서 체류한 기간에 이 사건 주택에서 거주하였다고 볼 만한 객관적인 증거를 찾을 수 없는 점, ④ 망인은 19xx. 2. x. 이 사건 주택에 전입신고를 한 후 약 11개월 후인 19xx. 1. xx. 사망한 점, ⑤ 정CC가 19xx. 2. xx. 이 사건 주택에 전입신고를 하였다가, 19xx. x. xx. 무단전출로 그 주민등록이 직권으로 말소되었고, 정EE가 19xx. x. xx. 이 사건 주택에 전입신고를 하였다가, 19xx. x. xx. ‘xx xx구xxx동 xxx xx아파트 xxx’에 전입신고를 한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 위와 같이 전입신고가 되어 있던 기간에 정CC는 30세 이상이었고, 정EE도 26~28세였으며, 원고가 정CC 또는 정EE와 동일한 생활자금으로 생활하였다고 인정할 만한 증거가 없는 점 등을 고려하면, 원고와 정CC 또는 정EE가 이 사건 특례규정과 관련하여 ‘생계를 같이하는 가족’으로서 동일 세대를 구성하였다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 원고의 세대가 이 사건 주택에 2년 이상 거주하였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.