법률 제9270호 부칙 제14조에 따라 해당기간에 취득한 자산은 일반세율은 적용하나 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택은 장기보유특별공제는 배제됨

상세내용

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2024. 2. 2. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 127,xxx,xxx원 경정청구 거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

 가. 이 사건 아파트 취득 및 양도

   1) 원고는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○아파트 제○○동 제○○호(이하 “이 사건 아파트”이라고 한다)를 1,3xx,xxx,xxx원에 매수하고 2009. 5. 12. 그 소유권이전등기를 마쳤다.

   2) 원고는 이 사건 아파트를 2021. 1. 2. 김aa, 김bb에게 2,xxx,xxx,xxx원에 매도하는 계약을 체결하고 2021. 3. 5. 그 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

 나. 원고의 양도소득세 신고‧납부

   1) 이 사건 아파트의 양도 당시 원고는 구 소득세법(2021. 3. 16. 법률 제17925호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 소득세법”이라고만 한다) 제104조 제7항 제1호에서 규정한 1세대 2주택자에 해당하였다.

   2) 원고는 2021. 3.경 이 사건 아파트의 양도와 관련하여 구 소득세법(2021. 3. 16.법률 제17925호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 소득세법”이라고만 한다) 제95조 제2항의 규정에 따라 장기보유 특별공제를 적용하지 아니하여 양도소득세 과세표준금액을 1,352,xxx,xxx원으로 하고 여기에 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것¹⁾ 제104조 제7항에 따른 중과세율(최고구간 세율 55%)을 적용한 다음 피고에게 양도소득세 678,xxx,xxx원을 신고‧납부하였다.

 다. 원고의 경정청구 및 피고의 거부처분

  1) 원고는 2023. 12. 8.경 피고에게 이 사건 아파트의 양도와 관련하여도 장기보유특별공제(22%)를 적용하여 양도소득세 과세표준금액을 1,05x,xxx,xx원으로 하고 여기에 일반 양도소득세율(최고구간 세율 45%)을 적용하면 정당세액이 409,xxx,xxx원이라주장하면서 그 차액인 26x,xxx,xxx원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

  2) 피고는 2024. 2. 2. 원고의 경정청구에 대하여 장기보유특별공제를 적용하지는 않고 양도소득세 과세표준금액 1,352,xxx,xxx원에 대하여 일반 양도소득세율을 적용하여 정당세액을 54x,xxx,xxx원으로 산정한 다음 차액 13x,xxx,xxx원을 환급하고 원고의 나머지 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 이 부분 거부처분을 “이 사건 경정거부처분”이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4 내지 6호증, 을 제1호증의 각 기재

2. 이 사건 경정거부처분의 위법 여부

 가. 원고의 주장²⁾

  1) 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호) 제14조(이하 “이 사건 부칙규정”이라고 한다)는 본래 제1항에서 2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지 취득한 주택에 대하여는 다주택자라고 하더라도 중과세율을 적용하지 않고 일반 양도소득세율을 적용하도록 정하고 있었고 제2항에서는 해당 주택을 양도하는 경우 장기보유 특별공제를 적용하지 않는다고 규정하고 있었다. 그런데 위 부칙이 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되면서 장기보유 특별공제를 배제하는 제14조 제2항 규정이 삭제되었는바, 결국 위 기간 동안 취득한 주택에 대하여는 이 사건 부칙규정의 취지에 따라 다주택자라고 하더라도 장기보유 특별공제가 적용되는 것으로 해석하여야 한다.

  2) 구 소득세법 제95조 제2항은 “제104조 제7항 각호에 따른 자산”을 장기보유 특별공제 적용대상에서 제외하고 있는바, 위 기간 동안 취득한 주택에 대하여는 다주택자라고 하더라도 이 사건 부칙규정 제1항에 따라 중과세율이 적용되지 않으므로 “제104조 제7항 각호에 따른 자산”에 해당하지 않는다고 볼 수 있고, 이 사건 아파트의 양도에 대하여는 장기보유 특별공제가 적용되어야 한다.

 나. 판단

  1) 이 사건 부칙규정의 해석상 2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지 취득한 주택에대하여는 양도시점을 불문하고 장기보유 특별공제가 적용되는 것으로 보아야 하는지

   가) 구 소득세법 제95조 제1항은 ‘양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고, 같은 조 제2항은 양도차익에서 공제할 ‘장기보유 특별공제액’을 규정하면서 그 본문에서 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하여, 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산을 장기보유특별공제 대상에서 제외하고 있다. 이 사건 부동산이 구 소득세법 제104조 제7항 제1호에서 규정하고 있는 조정대상지역 내 1세대 2주택에 해당하는 주택이므로, 이 사건 아파트의 양도에 관하여는 원칙적으로 장기보유 특별공제가 적용되지 않는다.

   나) 원고는 이 사건 부칙규정이 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되면서 장기보유 특별공제의 배제를 규정한 제2항이 삭제되었으므로, 이 사건 부칙규정 제1항에 규정된 시기에 취득한 주택에 대하여는 양도시점을 불문하고 장기보유 특별공제를 적용한다는 취지로 해석되어야 한다고 주장하나, 원고의 이러한 주장은 받아들일 수 없다. 그 근거는 다음과 같다.

     ① 이 사건 부칙규정 제1항은 여러 차례 소득세법의 개정을 거치면서도 삭제되거나 적용범위가 제한되는 등의 조치가 없었으므로 ‘2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 적용한다’는 조항은 계속 그 효력을 유지한다. 반면 이 사건 부칙규정 제2항은 삭제되었으므로 부칙규정 제1항의 기간 동안 취득한 주택의 장기보유 특별공제와 관련하여서는 아무런 규율이 없는 상태라고 봄이 상당하고, 이를 두고 ‘부칙규정 제1항에 규정된 부동산에 대하여는 제95조에 따른 장기보유 특별공제를 적용한다’는 부칙규정이 유효하게 존재하는 경우와 같이 해석할 수는 없다.

    ② 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도 시기를 기준으로 판단하여야 하고, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석 할 수는 없다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 참조).

     ③ 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 이 사건 부칙규정 제2항이 삭제된 것은 위 개정 당시 소득세법 제95조 제2항에서 다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여도 장기보유 특별공제를 적용하도록 하였기 때문에 그 개정 취지에 따르기 위한 것으로 보인다. 그렇다면 이 사건 부칙규정 제2항이 삭제된 것을 두고 해당 기간 내에 취득한 주택에 대하여는 향후 소득세법의 개정과 무관하게 장기보유 특별공제를 계속 적용하겠다고 정하는 취지였다고 보기는 어렵다.④ 소득세법이 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되면서 소득세법 제95조 제2항의 장기보유 특별공제와 관련하여 ‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’은 그 적용 대상에서 제외되게 되었다. 개정 소득세법의 시행과 관련하여 부칙 제1조, 제2조 제2항은 ‘양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행일인 2018. 1. 1. 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용하고, 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문의 개정규정은 2018. 4. 1.부터 시행한다’라고 규정하였을 뿐 그 적용대상을 달리 정한 바가 없다.

  2) 구 소득세법 제95조 제2항의 해석에 의할 때 제104조 제7항에 따른 중과세율을 적용받는 경우에만 장기보유 특별공제 대상에서 제외되는 것으로 보아야 하는지 원고는 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호에서 장기보유 특별공제 대상에서 제외되어 있는 “제104조 제7항 각 호에 따른 자산”은 “제104조 제7항에 따른 중과세율을 적용받는 자산”을 의미하는 것으로 해석하여야 한다고 주장한다.

    살피건대 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장 또는 유추해석하는 것은 허용할 수 없는바(대법원 2009. 8. 20. 선고2008두11372 판결 등 참조), 1세대 다주택인 주택이 양도소득세 중과세율 대상에서 제외된다고 하여 장기보유 특별공제를 적용해야 하는 필연적인 연관성이 있다고 인정하기 어렵고, 원고의 위 주장은 “구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산”을 명확한 근거 없이 한정적으로 축소하여 해석하는 것으로서 규정의 문언에 명백히 반하여

받아들일 수 없다.

   3) 소결

이 사건 부동산의 양도에 대하여 장기보유 특별공제가 적용되어야 한다는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

1)소득세법 부칙(제17477호, 2020. 8. 18.) 제1조에 의해 제104조 제7항의 개정규정은 2021. 6. 1.부터 시행됨