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판례 / 사업자의 ‘과세사업’과 관련된 지출에 대한 부가가치세액만이 공제되는 매입세액에 해당하고, 매입세액이 오로지 비과세 사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없음
판례 정보 서울고등법원 일반행정

사업자의 ‘과세사업’과 관련된 지출에 대한 부가가치세액만이 공제되는 매입세액에 해당하고, 매입세액이 오로지 비과세 사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없음

서울고등법원은 원고 주식회사 JJJJJJJJ가 YY세무서장을 상대로 제기한 부가가치세 부과처분 등 취소소송에서 원고의 항소를 기각하였다. 법원은 사업자의 과세사업과 관련된 지출에 대한 부가가치세액만 공제되는 매입세액에 해당하고, 매입세액이 오로지 비과세 사업과 관련되는 경우에는 매출세액에서 공제할 수 없다고 보았다. 원고는 OO사업과 OOOOO사업이 동일한 사업 또는 동일한 산업에 해당한다고 주장하였으나, 법원은 양 사업의 법적 근거와 주체, 한국표준산업분류상 분류가 다르다고 판단하였다. 또한 원고가 **기업들에게 직접 A/S 상담 용역 등을 제공한 것이 아니라 관리기관으로서 전문기관 선정·관리 및 전체 프로세스 감독 등 관리용역을 수행한 것으로 보아, **기업들이 납부한 부담금을 원고의 용역 대가로 볼 수 없다고 판단하였다.

서울고등법원-2024-누-57219 2025.05.28 마지막 업데이트 2026.05.27

기본 정보

법원
서울고등법원
사건번호
서울고등법원-2024-누-57219
사건구분
누
선고일
2025.05.28
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 과세사업과 관련된 매입세액만 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부
  • 오로지 비과세 사업과 관련된 매입세액을 공제할 수 있는지 여부
  • 원고의 OO사업과 OOOOO사업이 동일한 법적 근거와 주체에 의한 사업인지 여부
  • 원고의 OO사업과 OOOOO사업이 한국표준산업분류상 동일한 산업에 해당하는지 여부
  • **기업들이 납부한 부담금을 원고가 제공한 용역의 대가로 볼 수 있는지 여부
  • 원고가 **기업들에게 직접 A/S 상담 용역 등을 공급하였는지 여부
  • 대법원 2012두22485 전원합의체 판결의 법리를 이 사건에 원용할 수 있는지 여부

판례 포인트

  • 부가가치세 매입세액 공제는 사업자의 과세사업과 관련된 지출에 대한 세액에 한정된다.
  • 매입세액이 오로지 비과세 사업과 관련되는 경우에는 매출세액에서 공제할 수 없다.
  • 사업 구분에서 한국표준산업분류가 문제 되는 경우 산출물뿐 아니라 투입물과 생산공정 등을 함께 고려하여 산업활동을 분류한다.
  • 원고의 OO사업은 소매업, OOOOO사업은 전문 서비스업으로 보아 동일한 산업에 속하지 않는다고 판단하였다.
  • 원고가 계약 또는 업무협약의 당사자라는 사정만으로 **기업들에게 직접 전문 용역을 제공하였다고 볼 수 없다고 판단하였다.
  • 관리기관으로서 전문기관을 선정·관리하고 전체 프로세스를 감독한 경우, 참여기업이 납부한 부담금을 원고의 직접 용역 대가로 보기 어렵다고 보았다.
  • 신탁 관련 대법원 2012두22485 전원합의체 판결은 원고가 직접 A/S 상담 용역을 공급하지 않은 이 사건에 원용하기 적절하지 않다고 판단하였다.

자주 묻는 질문

Q 비과세 사업에만 관련된 매입세액을 부가가치세 매출세액에서 공제할 수 있나요?

A 서울고등법원은 사업자의 과세사업과 관련된 지출에 대한 부가가치세액만 공제되는 매입세액에 해당한다고 보았습니다. 매입세액이 오로지 비과세 사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없다고 판단했습니다. 이 사건에서는 원고의 항소가 기각되었습니다.

Q 서울고등법원 2024누57219 사건에서 원고의 부가가치세 부과처분 취소 청구는 받아들여졌나요?

A 서울고등법원은 2025년 5월 28일 원고의 항소를 기각했습니다. 제1심의 사실인정과 판단이 정당하다고 보아, 부가가치세 부과처분 취소 청구를 받아들이지 않았습니다. 항소비용도 원고가 부담하도록 했습니다.

Q 한국표준산업분류상 사업이 하나로 보이면 부가가치세 사업도 하나로 판단되나요?

A 원고는 자신이 영위한 사업들이 한국표준산업분류상 하나의 경영컨설팅업에 해당하므로 부가가치세법상 하나의 사업이라고 주장했습니다. 그러나 법원은 OO사업은 소매업, OOOOO사업은 전문 서비스업에 해당한다고 보아 동일한 산업에 속한다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 따라서 원고의 단일 사업 주장은 받아들여지지 않았습니다.

Q 위탁받아 수행한 사업과 직접 수행한 사업은 부가가치세 판단에서 같은 사업 주체로 볼 수 있나요?

A 원고는 두 사업의 법적 근거와 주체가 다르지 않다고 주장했습니다. 그러나 법원은 OO사업은 원고가 직접 수행 주체가 되어 한 사업이고, OOOOO사업은 장관이 주체가 되어 할 수 있는 사업을 원고에게 위탁한 것이라고 보았습니다. 이에 따라 두 사업의 법적 근거와 주체가 동일하다는 주장은 받아들이지 않았습니다.

Q 기업들이 납부한 부담금을 원고가 제공한 용역의 대가로 볼 수 있나요?

A 법원은 업무협약서가 사업 지원내용과 참여기업의 협조 의무 등을 정한 것일 뿐, 원고가 기업들에게 용역을 제공한다는 계약으로 보기 어렵다고 판단했습니다. 실제 콜 상담 등 전문 용역은 원고가 선정한 전문기관이 제공했고, 원고는 관리기관으로서 전문기관 선정과 업무 수행 관리 등을 담당한 것으로 보았습니다. 따라서 기업들이 납부한 부담금을 원고의 용역 대가로 볼 수 없다고 판단했습니다.

Q 부가가치세가 거래의 외형에 부과된다는 이유만으로 원고에게 과세할 수 있나요?

A 원고는 부가가치세가 거래의 외형에 부과되는 거래세라는 점을 들어 자신과 기업들 사이의 계약에 과세되어야 한다고 주장했습니다. 그러나 법원은 원고가 기업들에게 직접 A/S 상담 용역을 공급한 사안이 아니므로, 원고가 원용한 대법원 판결을 그대로 적용하기 어렵다고 보았습니다. 이 판단은 구체적인 거래 구조와 용역 제공 주체를 함께 본 것입니다.

판결 내용

  • 부가
사업자의 ‘과세사업’과 관련된 지출에 대한 부가가치세액만이 공제되는 매입세액에 해당하고, 매입세액이 오로지 비과세 사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없음 국승
  • 서울고등법원-2024-누-57219
  • 귀속년도 : 2015
  • 심급 : 2심
  • 등록일자 : 2025.06.25.
  • 생산일자 : 2025.05.28.
  • 진행상태 : 완료
관련 법령
부가가치세법 제39조 제1항 제7호
요지 판결내용 상세내용

요지

사업자의 ‘과세사업’과 관련된 지출에 대한 부가가치세액만이 공제되는 매입세액에 해당하고, 매입세액이 오로지 비과세 사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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[세 목]

부가

[판결유형]

국승

[사건번호]

서울고등법원-2024-누-57219(2025.5.28.)

[직전소송사건번호]

서울행정법원-2023-구합-51991(2024.7.26)

[제 목]

  사업자의 ‘과세사업’과 관련된 지출에 대한 부가가치세액만이 공제되는 매입세액에 해당하고, 매입세액이 오로지 비과세 사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없음

[요 지]

  사업자의 ‘과세사업’과 관련된 지출에 대한 부가가치세액만이 공제되는 매입세액에 해당하고, 매입세액이 오로지 비과세 사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없음

[판결내용]

판결 내용은 붙임과 같습니다.

[관련법령]

부가가치세법 제12조【용역 공급의 특례】, 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

국세법령정보시스템

사 건

2024누57219 부가가치세부과처분등취소

원 고

주식회사 JJJJJJJJ

피 고

YY세무서장

판 결 선 고

2025. 5. 28.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

  원고가 항소하면서 당심에서 주장하는 사유는 제1심에서 원고가 주장한 내용과 크게 다르지 않고, 제1심 및 당심에 제출된 증거를 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어 및 별지2 관계 법령을 포함하여 이를 그대로 인용한다.

  ○ 제1심판결문 5쪽 5행 아래에 다음과 같은 법리를 추가하고, 6행의 “2)”를 “3)”으로, 8쪽 15행의 “3)”을 “4)”로 각 고쳐 쓴다.

  【2) 관련 법리

  한국표준산업분류는 산업 관련 통계자료의 정확성과 비교성을 확보하기 위하여 생산단위가 주로 수행하는 산업활동을 그 유사성에 따라 체계적으로 유형화한 것으로서, 이를 적용할 때는 그 산출물(생산된 재화 또는 제공된 서비스)뿐만 아니라 투입물과 생산공정 등을 함께 고려하여 각 생산단위의 산업활동을 가장 정확하게 설명하고 있는 항목에 분류하여야 하고, 수수료 또는 계약에 의하여 활동을 수행하는 단위는 자기 계정과 자기책임하에서 생산하는 단위와 동일항목에 분류하며, 자기가 직접 실질적인 생산활동은 하지 않고 다른 계약업자에 의뢰하여 재화 또는 서비스를 자기 계정으로 생산하게 하고 이를 자기 명의로 자기책임하에서 판매하는 단위는 이들 재화나 서비스 자체를 직접 생산하는 단위와 동일한 산업으로 분류하는 것이 원칙이다(대법원 2013. 1. 16. 선고 2011두12856 판결 등 참조).】

  ○ 제1심판결문 9쪽 3행 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.

  【이에 대하여 원고는, OOOOO사업은 OOOOOO법 제00조 제0항, OOOOOO법 시행령 제00조 제0항 제0호에 따라 원고가 그 수행주체가 되어 행하는 사업으로 볼 수 있고, OO사업도 원고가 *******장관으로부터 위탁받아 OOOO법 제00조 제0항 제0호에 따라 행하는 사업으로 볼 수 있는바, 양자의 법적 근거 및 주체가 다르다고 볼 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 살펴본 관련 법령에 비추어 보더라도, OO사업은 원고가 직접 사업의 수행 주체가 되어 행하는 사업이고, OOOOO사업은 *******장관이 그 주체가 되어 행할 수 있는 사업이며, 다만 원고에 대하여 그 사업을 위탁함에 따라 원고가 OOOOO사업을 영위하게 된 것임이 명백하므로, 양 사업의 법적 근거 및 주체가 동일하다고 볼 수 없다. 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.】

  ○ 제1심판결문 9쪽 13행 아래에 다음과 같은 내용을 추가하고, 14행의 “마)”를“바)”로 고쳐 쓴다.

  【마) 원고는, 부가가치세법상 사업 구분은 한국표준산업분류에 따라야 하고, 원고가 영위하는 ‘OOOO OO사업’은 하나의 생산단위에서 이루어지는 산업 활동으로서 한국표준산업분류상 ‘경영컨설팅업’에 해당하는 단일한 산업에 해당하므로, 원고는 부가가치세법상 하나의 사업을 영위하는 것이라는 취지로 주장한다.

    부가가치세법 시행령 제4조 제1항은 “재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다.”고 규정하고 있다.

    한국표준산업분류(통계청고시 제2017-13호, 이하 ‘이 사건 고시’라고 한다. 갑 제6호증)는 소매업(자동차 제외)(47)의 소분류로서 ‘단일주체가 일반대중을 대상으로 직접 판매할 수 있는 매장을 개설하고 각종 상품을 종합적으로 소매하는 산업활동’을 ‘종합소매업(471)’으로 분류하고, 이에 대한 세분류로 ‘대형 종합 소매업(4711)’을, 세세분류로 ‘백화점(47111)’을 정하고 있다. 또한, 이 사건 고시는 소매업(자동차제외)(47)의 소분류로서 ‘일반대중을 상대로 상품을 직접 판매할 수 있는 일정매장을 개설하지 않고, 통신판매, 배달판매 또는 이동판매 및 기타 비매장식 판매방법에 의하여 각종 상품을 소매하는 활동’을 ‘무점포 소매업(479)’으로 분류하면서, 이에 대한 세분류로 ‘통신 판매업(4791)’을, 세세분류로 ‘전자상거래 소매업(47912)’, ‘기타 통신 판매업(47919)’을 정하고 있다. 원고가 영위한 OO사업은 크게 OOO 사업, OOO OOO 사업, OOO 사업으로 구성되어 있는바, 이는 이 사건 고시에 따른 분류상 ‘소매업(자동차제외)(47)’에 해당한다.

    한편, 이 사건 고시는 ‘전문 서비스업(71)’의 소분류로서 ‘사업전략 및 조직기획, 예산, 마케팅, 인사 등과 같은 경영관련 계획 수립, 자문 및 컨설팅을 제공하는 산업활동’을 ‘회사 본부, 경영컨설팅 서비스업(715)’으로 분류하고, 이에 대한 세분류로 ’경영컨설팅 및 공공관계 서비스업(7153)‘, 세세분류로 ’경영컨설팅업(71531)‘을 정하고 있다. 원고가 영위한 OOOOO사업은 **기업에 대한 시장성 조사, 주요 매체 홍보, 공동상표 개발 등 **기업의 마케팅에 관하여 자문 및 지원을 그 사업내용으로 하므로, 이는 이 사건 고시에 따른 분류상 ’전문 서비스업(71)‘에 해당한다.

    결국 원고가 영위한 OO사업과 OOOOO사업은 이 사건 고시에 비추어 보더라도 동일한 산업에 속한다고 볼 수 없는바, 원고의 이 부분 주장을 받아들일 수 없다.】

  ○ 제1심판결문 11쪽 17행 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.

  【이에 대하여 원고는, 원고와 **기업들 사이에는 용역계약이 체결된 반면 **기업들과 전문기관 사이에는 아무런 용역계약이 체결되지 않으므로 **기업들이 납부한 부담금을 전문기관이 **기업들에 제공한 용역에 대한 대가로는 볼 수 없다는 취지로 주장한다.「**기업 공동 OOOO 사업」 참여기업 업무 협약서(갑 제22호증의 1, 갑 제23호증의 1)는 **기업 OOOOO사업 관리지침에 따라 체결된 것으로, 그 내용은 사업의 지원내용과 사업 지원이 확정된 **기업의 협조 의무가 있는 일반적인 사항을 정하고 있을 뿐이고, 이를 원고가 **기업들에게 용역을 제공한다는 내용의 용역계약으로 볼 수 없다. 「**기업 공동 OOOO 사업」 상담서비스 대행 계약서(갑 제22호증의 2, 갑 제23호증의 2)는 위 업무 협약서 제4조에 따라 체결된 것으로, 원고는 ① 공동 A/S 콜상담 전문기관 선정·운영·관리, ② A/S 전담 매니저 위탁운영전문기관 선정·관리, ③ 참여기업, 상담원, A/S처리기사 대상 교육 개최 등 **기업 공동 OOOO 사업을 전반적으로 관리하는 역할을 담당하였을 뿐이고, 해당 사업에 참여한 **기업들에게 직접 콜 상담 용역을 제공한 것은 전문적 상담 체계, 콜 처리 노하우, 콜 좌석과 자체 솔루션 개발 및 시스템 유지보수 인력을 보유한 기관으로서 원고가 선정한 공동 A/S 상담 대행 전문기관인바, 원고와 **기업들 사이에 상담서비스 대행 계약이 체결되었다는 사정만으로 원고가 **기업들에게 직접 콜 상담업무 등과 관련한 용역을 제공하였다고 볼 수 없다. 결국 원고는 ’관리기관‘으로서 ’전문기관‘ 선정 및 그 업무 수행을 관리하고, 전체 프로세스를 감독하는 등 ’관리용역‘을 수행하였다고 볼 수 있고, **기업들에게 OOOOO과 관련한 전문적인 용역을 제공한 주체는 원고가 아닌 원고가 선정한 ’전문기관‘인바, **기업들이 납부한 부담금을 위와 같은 원고의 용역에 대한 대가로 볼 수는 없다.

    원고는 대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결을 원용하면서 부가가치세는 거래의 외형에 대하여 부과되는 거래세인 이상 원고와 **기업들 사이에 업무협약 내지 상담서비스 대행계약서 등이 체결되었으므로 이에 대하여 부과되어야 한다는 취지로도 주장한다. 그러나 위 대법원 판결의 사안은 대외적인 처분권한을 가진 수탁자가 공급행위를 한 경우에, 부가가치세가 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있음을 전제로, 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로 계약당사자가 되어 신탁 업무를 처리한 것이므로 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 그 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자가 부가가치세의 납세의무자라는 것일 따름이어서, 원고가 **기업들에게 직접 A/S상담 용역의 공급이라는 거래행위를 하지 않은 이 사건에 원용하기에는 적절하지 아니하다.】

○ 제1심판결문 11쪽 18행부터 20행까지를 삭제한다.

2. 결론

  원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

국세법령정보시스템

관련 법령

부가가치세법 제12조 부가가치세법 제39조 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 부가가치세법 시행령 제4조 제1항 행정소송법 제8조 제2항 민사소송법 제420조 한국표준산업분류 통계청고시 제2017-13호 대법원 2013. 1. 16. 선고 2011두12856 판결 대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 서울행정법원 2023구합51991 판결

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