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판례 / 이 사건 각 공사비는 양도가액에서 공제할 필요경비라 인정할 수 없음
판례 정보 서울고등법원 일반행정

이 사건 각 공사비는 양도가액에서 공제할 필요경비라 인정할 수 없음

서울고등법원은 원고가 2020년 귀속 양도소득세 부과처분 취소를 구하며 항소한 사건에서 원고의 항소를 기각하였다. 원고는 이 사건 각 공사비용이 양도가액에서 공제할 필요경비라고 주장했으나, 법원은 원고가 제출한 공사내역서 등에 수정 흔적과 객관적 사실에 부합하지 않는 부분이 있어 필요경비임이 충분히 증명되지 않았다고 보았다. 또한 피고가 건물 취득가액에 환산취득가액을 적용했다는 사정만으로 토지 취득가액에도 환산취득가액을 적용해야 한다고 볼 수 없다고 판단하였다. 원고는 예정신고와 다른 처분을 위해 실지조사가 필요하고 이 사건 처분이 과세권 남용이라고 주장했으나, 법원은 일정한 과세자료에 기초한 처분으로 적법한 실지조사를 거친 것으로 보아 과세권 남용을 인정하지 않았다.

서울고등법원-2025-누-6056 2025.07.09 마지막 업데이트 2026.05.27

기본 정보

법원
서울고등법원
사건번호
서울고등법원-2025-누-6056
사건구분
누
선고일
2025.07.09
상단 광고
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목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 이 사건 각 공사비용을 양도가액에서 공제할 필요경비로 인정할 수 있는지
  • 2016년 2월 17일 이전 지출된 자본적 지출액의 증빙자료 범위와 증명력
  • 공사내역서 및 BBB 확인서가 필요경비 지출 사실을 증명할 수 있는지
  • 건물 취득가액에 환산취득가액을 적용한 경우 토지 취득가액에도 환산취득가액을 적용해야 하는지
  • 양도소득세 예정신고와 다른 경정처분을 하기 위해 필요한 실지조사의 범위
  • 경정청구 자료 등을 기초로 한 과세처분이 과세권 남용에 해당하는지

판례 포인트

  • 2016년 2월 17일 이전 지출된 자본적 지출액은 개정 전 소득세법 시행령 규정이 적용되어 세금계산서, 현금영수증, 신용카드매출전표 또는 금융거래 증명서류로만 증빙이 한정되지는 않는다.
  • 증빙자료의 형식적 제한이 완화되는 경우에도 제출 자료의 신빙성이나 증명력이 없으면 필요경비로 인정할 수 없다.
  • 공사내역서에 수정 흔적이 있고 공급자 사업자등록 이력이나 매출신고 내역과 부합하지 않으면 그 기재를 쉽게 믿기 어렵다.
  • 사후 작성된 확인서만으로는 대금 지급 시기와 금액이 구체적으로 특정되지 않는 경우 필요경비 지출 사실을 인정하기 어렵다.
  • 양도소득 필요경비는 취득가액, 자본적 지출액, 양도비 등 항목별 근거 규정에 따라 인정하고 계산해야 한다.
  • 토지 양도소득과 건물 양도소득은 별개의 양도소득이므로 건물 취득가액에 환산취득가액이 적용되었다는 이유만으로 토지 취득가액에도 이를 적용해야 하는 것은 아니다.
  • 소득세법상 과세표준 산정을 위한 실지조사는 특별한 방법 제한이 없고, 근거과세 원칙에 위배되지 않게 일정한 과세자료에 기초하면 적법한 실지조사 방법으로 볼 수 있다.

자주 묻는 질문

Q 양도소득세에서 공사비를 필요경비로 공제받으려면 어떤 증명이 필요하다고 보았나요?

A 서울고등법원은 2016년 2월 17일 이전에 지출된 자본적 지출액은 세금계산서, 현금영수증, 신용카드매출전표, 금융거래 증명서류로 증빙이 한정되지는 않는다고 보았습니다. 다만 제출된 증빙자료 자체의 신빙성이나 증명력이 부족하면 필요경비로 인정할 수 없다고 판단했습니다.

Q 공사내역서에 수정 흔적이 있으면 양도소득세 필요경비 증빙으로 인정되기 어려운가요?

A 이 사건에서 원고가 제출한 공사내역서에는 날짜, 수량, 공급가액, 손글씨 부분 등에 수정 흔적이 있었고, 객관적 사실과 맞지 않는 부분도 있었습니다. 법원은 이러한 사정을 들어 공사내역서의 기재를 그대로 믿기 어렵다고 보아 공사비를 필요경비로 인정하기 부족하다고 판단했습니다.

Q 공사업자가 해당 상호로 사업자등록을 하지 않았다면 공사비 필요경비 인정에 불리한가요?

A 법원은 공사내역서에 기재된 공급자가 해당 상호로 사업자등록을 한 이력이나 공사 무렵 토목·건설업 등록 이력이 확인되지 않는 점을 고려했습니다. 또한 해당 명의로 공사 매출신고를 한 내역도 발견되지 않아, 제출 자료의 신빙성을 낮게 보았습니다.

Q 사후에 작성된 공사대금 수령 확인서만으로 필요경비를 인정받을 수 있나요?

A 이 사건에서 원고는 공사대금을 현금과 수표 등으로 지급했다는 내용의 확인서를 제출했습니다. 그러나 법원은 그 확인서가 사후에 작성된 것이고, 대금 지급 시기나 금액을 구체적으로 특정할 수 없다고 보아 필요경비 인정의 충분한 증거로 보지 않았습니다.

Q 건물 취득가액에 환산취득가액을 적용하면 토지에도 같이 적용해야 하나요?

A 서울고등법원은 토지 양도소득과 건물 양도소득은 별개의 양도소득이라고 보았습니다. 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정해 환산취득가액을 적용할 수 있으므로, 건물에 환산취득가액을 적용했다고 해서 토지에도 당연히 적용해야 하는 것은 아니라고 판단했습니다.

Q 세무서가 예정신고와 다르게 양도소득세를 경정한 것이 과세권 남용인가요?

A 법원은 납세자의 예정신고 내용에 오류가 있는 경우 관할 세무서장이 양도소득과세표준과 세액을 경정할 수 있다고 보았습니다. 이 사건에서는 토지 취득가액 부분 등의 오류를 정정하기 위해 일정한 과세자료에 기초해 처분한 것으로 보아, 원고 주장만으로 과세권 남용이라고 할 수 없다고 판단했습니다.

Q 양도소득세 경정처분을 하려면 반드시 특정 방식의 실지조사가 필요한가요?

A 법원은 소득세법상 과세표준을 정하기 위한 실지조사에는 특별한 방법상 제한이 없다고 보았습니다. 근거과세 원칙에 어긋나지 않게 일정한 과세자료에 기초했다면 적법한 실지조사 방법이 될 수 있다고 판단했습니다.

Q 서울고등법원 2025누6056 사건에서 원고의 항소는 왜 기각됐나요?

A 서울고등법원은 원고가 제출한 증거만으로는 각 공사비용이 양도가액에서 공제할 필요경비라고 인정하기 부족하다고 보았습니다. 또한 건물에 환산취득가액을 적용했다고 해서 토지에도 적용해야 하는 것은 아니며, 처분이 과세권 남용에도 해당하지 않는다고 판단해 원고의 항소를 기각했습니다.

판결 내용

  • 양도
이 사건 각 공사비는 양도가액에서 공제할 필요경비라 인정할 수 없음 국승
  • 서울고등법원-2025-누-6056
  • 귀속년도 : 2020
  • 심급 : 2심
  • 등록일자 : 2025.12.02.
  • 생산일자 : 2025.07.09.
  • 진행상태 : 진행중
관련 법령
소득세법 제97조
요지 판결내용 상세내용

요지

【1심 판결 인용 및 추가판단】이 사건 각 공사비용이 이 사건 양도의 양도가액에서 공제할 필요경비라고 인정하기 부족하고, 일정한 과세자료에 기초하여 피고가 이 사건 처분을 한 이상 적법한 실지조사를 거쳤다고 봄이 타당한 점 등을 고려하면, 원고가 주장하는 사정만으로는 이 사건 처분이 과세권 남용에 해당한다고 할 수 없음.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 201x. x. x. 원고에게 한 202x년 양도소득세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 정당한 제1심 판결 인용과 추가 등

  원고 항소이유는 제1심에서 한 주장과 크게 다르지 아니하고, 이 사건 변론에 제출된 모든 증거와 소송자료를 원고 주장을 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단(원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 각 공사비용이 이 사건 양도의 양도가액에서 공제할 필요경비임이 충분히 증명되지 아니하였고, 피고가 이 사건 건물의 취득가액에 대하여 환산취득가액을 적용하였다고 하여 이 사건 토지의 취득가액에 대하여도 환산 취득가액을 적용하여야 한다고 볼 수 없으며, 이 사건 처분이 과세권 남용에 해당하지 않는다는 판단)은 정당한 것으로 인정된다.

  이에 항소심인 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 원고가 이 법원에서 강조

하거나 추가하는 주장 등에 관하여 제1심 판결 이유 중 해당 부분을 아래 제2항 기재

와 같이 일부 고쳐 쓰거나 추가하고, 아래 제3항 기재 판단을 추가하는 것 외에는 제1

심 판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본

문에 따라 약어, 별지를 포함하여 이를 인용한다.

2. 일부 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

 ○ 제1심 판결문 제3면 제7행부터 8행까지 부분{“원고에게 … 하였다”}을 다음과 같이 고쳐 쓴다.

 『원고에게 202x년 귀속 양도소득세를 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)으로 경정하여 부과처분을 하였다』

 ○ 제1심 판결문 제4면 제15행과 제16행 사이에 다음 내용을 추가한다.

 『가) 구 소득세법(2020. 6. 9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제97조 제1항 제2호는 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제163조 제3항 제3호는 위 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’의 하나로 ‘양도자산의 용도변경.개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’을 규정하고 있었다.

   그런데 위 시행령 제163조 제3항 제3호는 2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 “법 제97조 제1항 제2호에서 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’이란 ‘양도자산의 용도변경.개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’ 등 다음 각 호의 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류(소득세법 제163조 및 법인세법 제121조에 따른 계산서, 부가가치세법 제32조에 따른 세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증)를 수취.보관한 경우를 말한다”는 내용으로 개정되었고, 위 규정은 다시 2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 “법 제97조 제1항 제2호에서 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’이란 ‘양도자산의 용도변경.개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’ 등 다음 각 호의 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류(소득세법 제163조 및 법인세법 제121조에 따른 계산서, 부가가치세법 제32조에 따른 세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증)를 수취.보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다”는 내용으로 개정되었다. 그러나 위 대통령령 제26982호 부칙 제11조 (양도자산의 필요경비에 관한 적용례)는 ‘제163조 제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 지출하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있고, 위 대통령령 제28637호 부칙 제19조(양도 자산의 필요경비에 관한 적용례)는 ‘제163조 제3항의 개정규정은 2018. 4. 1. 이후 양도하는 분부터 적용한다’고 하면서도, ‘다만 자본적 지출액 등으로서 2016년 2월 16일 이전에 지출한 분은 대통령령 제26982호 소득세법 시행령 일부개정령 부칙 제24조(이 영 시행 전의 자본적지출액 등에 대해서는 제163조 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다)를 적용한다’고 규정하고 있다.』

 ○ 제1심 판결문 제4면 제16행의 “과세처분의” 앞에 “나)”를 추가한다.

 ○ 제1심 판결문 제5면 제19행의 “이 사건 토목공사나” 앞에 “항소심인 이 법원에 이르기까지”를 추가한다.

 ○ 제1심 판결문 제6면 제1행부터 제9행까지 부분{“나) 원고가 … 발견되지 않는다”} 을 다음과 같이 고쳐 쓴다.

 『나) 원고가 제출한 위 각 공사내역서(갑 제xx호증의 x 내지 x, 갑 제xx호증)는 기재 내용 일부가 수정된 것으로 보이고, 객관적인 사실과 부합하지 않는 부분이 있어 그 기재 모두를 그대로 쉽게 믿기 어렵다.

   (1) 위 각 공사내역서의 날짜, 수량.공급가액 중 일부, ‘실행하였습니다’ 손글씨 부분 등에 수정액 또는 수정테이프로 수정이 이뤄진 흔적이 확인된다.

   (2) 원고가 제출한 위 각 공사내역서의 공급자란에는 ‘상호: bbbb, 성명: BBB, 사업장: □□시 □□구 □□동 x-xxx’이라고 기재되어 있으나, BBB이 ‘bbbb’이라는 상호로 사업자등록을 한 이력이나 이 사건 각 공사 무렵 토목.건설업에 관한 사업자등록을 한 이력은 확인되지 않고, 198x. xx. xx.부터 199x. xx. xx.까지 상호를 ‘cccc’, 사업장소재지를 ‘□□시 □□구 □□동 x-xxx’, 업종을 ‘운송’으로 하여 사업자등록을 한 이력 및 199x. x. xx.부터 201x. x. xx.까지 상호를 ‘dddd’, 사업장소재지를 ‘□□시 △△구 △△동’, 업종을 ‘건설/기계대여’로 하여 사업자등록을 한 이력이 확인될 뿐이다.

   (3) BBB이 ‘bbbb’이나 ‘dddd’ 명의로 이 사건 각 공사에 대하여 매출신고를 한 내역도 발견되지 않는다.』

 ○ 제1심 판결문 제6면 제16행의 “267,109,580원은” 뒤에 다음 내용을 추가한다.

 『원고가 주장하는 이 사건 공사비 합계 xxx,xxx,xxx원에 못 미치는 액수일 뿐만 아니라』

 ○ 제1심 판결문 제6면 제18행의 “기재되어 있다” 뒤에 다음 내용을 추가한다.

 『. 또한, 원고로부터 현금과 수표 등으로 공사대금을 수령하였다는 내용이 포함된 BBB 확인서는 사후에 작성된 것에 불과하고, 위 확인서의 기재에 의하더라도 대금 지급 시기나 금액을 구체적으로 특정할 수 없다』

 ○ 제1심 판결문 제7면 제6행의 “합리적이다” 뒤에 다음 괄호를 추가한다.

 『(이 사건의 경우 원고가 제출한 필요경비의 증명자료를 그대로 믿기 어렵고, 경험칙상 필요경비의 발생이 명백한 소득이라고 할 수 없으므로, 원고가 들고 있는 대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결, 대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두7776 판결에 따르더라도 원고에 대하여 필요경비에 관한 증명책임을 부담하게 하는 것이 타당하다)』

 ○ 제1심 판결문 제7면 제7행과 제8행 사이에 다음 내용을 추가한다.

 『마) 원고 주장에 의하면 이 사건 각 공사비용은 200x년경 지출되었으므로, 개정된 소득세법 시행령에도 불구하고, 2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 소득세법 시행령 규정이 적용되어야 한다. 따라서 그 지출 사실이 세금계산서나 현금영수증, 신용카드매출전표 또는 금융거래 증명서류에 의해 확인되지 않더라도 필요경비로 인정될 수 있다. 다만, 2016. 2. 17. 이전에 지출된 자본적 지출액 등이어서 증빙자료가 소득세법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류로 한정되지 않는 경우에도 제출된 증빙자료의 신빙성이나 증명력이 없는 경우까지 필요경비를 인정할 수는 없다.』

 ○ 제1심 판결문 제7면 제15행의 “규정하고 있다.” 뒤에 다음 내용을 추가한다.

 『또한, 제97조 제1항 단서에서는 ‘제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액을 적용한다’고 규정하고 있다.』

 ○ 제1심 판결문 제7면 제16행부터 제19행까지 부분을 다음과 같이 고쳐 쓴다.

 『근거 조세법령에 의하면 양도소득의 필요경비를 취득가액, 자본적지출액 등, 양도비 등으로 구분한 다음 그 계산 등을 규정하고 있고, 위와 같이 3개의 항목별로 구분되는 각 필요경비 등의 인정과 계산은 위와 같이 구분된 조세법령에 따라야 하므로, 이 사건 쟁점인 이 사건 각 공사비용도 위와 같이 각 항목별로 그 근거 규정에 의하여 인정하고 계산하여야 한다. 그리고 이 사건 토지의 양도로 인한 양도소득과 이 사건 건물의 양도로 인한 양도소득이 별도의 양도소득이고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 환산취득가액을 적용할 수 있는 이상, 피고가 이 사건 건물의 취득가액에 대하여 환산취득가액을 적용하였다고 하여 이 사건 토지의 취득가액에 대하여도 환산취득가액을 적용하여야 한다고 볼 수 없으므로, 원고의 제2 주장도 받아들일 수 없다.』

3. 추가 판단

 가. 원고 주장 요지

  원고의 양도소득세 예정신고는 국세기본법 제81조의3 규정에 의해 진실한 것으로 추정되므로, 피고가 원고의 양도소득세 예정신고와 다른 결정을 하기 위해서는 국세기본법 제81조의6 규정에 따라 실지조사를 하여야 함에도 이러한 조사 없이 원고가 경정 청구 시 제출한 자료를 이용하여 원고에게 불리한 이 사건 처분을 하였고, 이는 과세권 남용에 해당한다.

 나. 근거 법령 및 법리

  1) 국세기본법 제81조의3은 ‘세무공무원은 납세자가 제81조의6 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등 이 진실한 것으로 추정하여야 한다.’고 규정하고 있고, 동법 제81조의6 제3항은 ‘납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성.교부.제출, 지급명세서의 작성.제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우, 무자료거래, 위장.가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우, 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우, 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 세무공무원은 정기선정에 의한 조사 외에 세무조사를 할 수 있다’고 규정하고 있다.

  2) 소득세법 제114조 제2항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.’고 규정하고 있다.

  3) 한편, 소득세법상 과세표준을 정하기 위한 실지조사는 특별한 방법상의 제한이 없으므로, 근거과세의 원칙에 위배되지 않게 일정한 과세자료에 기초하였다면 적법한 실지조사 방법이라고 볼 수 있다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 등 참조).

 다. 판단

  갑 제x, x, xx호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사실 내지 사정 즉, ① 원고가 한 202x년 귀속 양도소득세 예정신고 중 이 사건 각 부동산 취득가액 부분이 이 사건 토지의 낙찰금액과 달랐던 점, ② 납세지 관할 세무서장은 납세자의 예정신고 내용에 오류가 있는 경우 양도소득과세표준과 세액을 경정할 수 있고, 피고가 이에 따라 이 사건 토지 취득가액 부분 등의 오류를 정정하고자 원고에게 이 사건 처분을 한 것으로 보이는 점, ④ 원고가 경정청구를 하면서 제출한 자료 등 일정한 과세자료에 기초하여 피고가 이 사건 처분을 한 이상 적법한 실지조사를 거쳤다고 봄이 타당한 점 등을 고려하면, 원고가 주장하는 사정만으로는 이 사건 처분이 과세권 남용에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

4. 결론

  원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 하고, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하다. 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관련 법령

소득세법 제97조 구 소득세법 제97조 제1항 제2호 구 소득세법 시행령 제163조 제3항 제3호 소득세법 제160조의2 제2항 소득세법 제163조 법인세법 제121조 부가가치세법 제32조 대통령령 제26982호 소득세법 시행령 일부개정령 부칙 제11조 대통령령 제26982호 소득세법 시행령 일부개정령 부칙 제24조 대통령령 제28637호 부칙 제19조 소득세법 제97조 제1항 단서 소득세법 제94조 제1항 국세기본법 제81조의3 국세기본법 제81조의6 국세기본법 제81조의6 제3항 소득세법 제114조 제2항 소득세법 제114조 제3항 소득세법 제105조 소득세법 제110조 행정소송법 제8조 제2항 민사소송법 제420조 대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두7776 판결 대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결

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