이 사건 부가가치세액은 매수자가 오납한 세금이라 할 것이므로, 이 사건 부가가치세액에 관한 경정·환급을 청구할 수 있는 실체적인 권리를 가진 자도 매수자라고 보아야 함

상세내용

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 원고에게 한 2022. 3. 18.자 부가가치세경정 거부처분을 취소한다

1. 처분의 경위

가. 이 사건 부동산에 관한 신탁계약

1) 원고는 부동산임대 및 공급업 등을 목적으로 하는 회사로, 2010년경 ○○ ○구 ○○로 **(**동) 일원의 토지 합계 22,400㎡에 지하 2층, 지상 6층 연면적 합계 105,101.6㎡ 총 266호의 중고자동차매매단지(이하 위 토지와 건물 전체를 ‘이 사건 부동산’이라 하고, 위 건물은 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 신축하였다.

2) 원고는 2011. 6. 28. AAA캐피탈 주식회사(이하 ‘AAA캐피탈’이라 한다) 등으로부터 650억 원을 차용하면서 BB자산신탁 주식회사(BB신탁 주식회사에서 2014. 3. 20. 현재의 상호인 BB자산신탁 주식회사로 변경되었는바, 이하 변경전후를 통틀어 ‘BB자산신탁’이라 한다)와 사이에 위탁자를 원고로, 수탁자를 BB자산신탁으로, 우선 수익자를 AAA캐피탈 외 13개 금융기관 및 시공사 DD건설 주식회사(이하 ‘DD건설’이라 한다)로 하는 부동산담보신탁계약(이하 ‘이 사건 신탁계약’이라 한다)을 체결하고, 2011. 9. 1. BB자산신탁에게 이 사건 부동산에 관하여 2011. 8. 31.자 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

3) 이 사건 신탁계약상 시행사인 원고는 공동위탁자이자 수익자, 시공사인 DD건설은 공동위탁자이자 제2순위 우선수익자, AAA캐피탈 외 13개 금융기관은 공동 1순위 우선수익자의 지위에 있었다.

나. 이 사건 부동산에 관한 매매계약

1) BB자산신탁은 2016년경 이 사건 신탁계약상 우선수익자인 DD건설의 이 사건 부동산에 관한 매각요청에 따라 공개경쟁 입찰을 진행한 다음 유찰되자, 2016. 10. 17. CC자동차백화점과 사이에 이 사건 부동산을 매매대금 1,162억 원에 매매하는 내용의 수의계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다.

2) 이 사건 매매계약의 목적물 중 이 사건 건물에 대한 매매대금은 99,047,107,740원[= 공급가액 90,042,825,218원 + 부가가치세(별도 지급) 9,004,282,522원]이었다.

다. 이 사건 부가가치세 신고

원고는 2017. 1. 27. 2016년 제2기 부가가치세 확정신고 과정에서 이 사건 건물 매각에 관하여 위탁자인 원고를 공급자로, 매수자인 CC자동차백화점을 공급받는자로 하여 부가가치세 8,914,440,376원(이하 ‘이 사건 부가가치세’라 한다)을 신고하고, CC자동차백화점은 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것)제52조 제4항에 따라 원고를 대리하여 이 사건 부가가치세를 납부하였다.

라. 이 사건 처분 등

1) 원고는 2022. 1. 21. 이 사건 부가가치세 납세의무자가 원고가 아닌 수탁자인 BB자산신탁이라는 이유로 기납부한 이 사건 부가가치세 8,914,440,376원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2022. 3. 18. 원고의 경정청구에 대한 거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

2) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 20**. *. **. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 20**. **. **. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 11호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고주장의 요지

대법원 판례의 변경(2017. 5. 18. 선고 2012두22485 판결)에 따라, 이 사건에서 부가가치세 납세의무자는 신탁자인 원고가 아니라 수탁자인 BB자산신탁으로 보아야 한다. 그리고 CC자동차백화점이 구 부가가치세법 제52조에 따른 대리납부신고를 통해 이 사건 부가가치세를 납부하긴 하였으나, 대리납부신고 제도는 ‘사업의 양도 혹은 사업의 양도로 해석될 여지가 있는 거래에서 그 사업 양수인이 양도인으로부터 부가가치세를 징수․납부할 수 있음을 명시한 규정’인데 이 사건 매매계약은 사업의 양도 혹은 사업의 양도로 해석될 여지가 전혀 없는 거래이므로, CC자동차백화점의 납부행위는 대리납부로서 유효한 행위라고 할 수 없고, 단지 원고의 부가가치세 납세의무 대행으로서 이루어진 것일 뿐이다. 따라서 CC자동차백화점이 대리납부신고의 형식을 빌려 이 사건 부가가치세를 납부했다고 하더라도 그 실질은 당시 납세의무자로 인정되던 원고의 부가가치세 납세의무를 대행한 것이며, 따라서 이 사건 부가가치세 환급권자는 원고라고 보아야 한다. 그럼에도 이 사건 부가가치세를 원고에게 환급하는 취지의 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 인정사실

1) 이 사건 신탁계약서에는 아래와 같은 내용이 있다.

2) 이 사건 매매계약서에는 아래와 같은 내용이 있다.

[인정근거] 다툼이 없는 사실, 앞서 든 증거들, 변론 전체의 취지

다. 판단

1) 이 사건 매매계약에 따른 부가가치세의 납세의무자에 관한 판단

가) 관련 법리

부가가치세는 재화나 용역이 생산․제공되거나 유통되는 모든 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하고 소비행위에 담세력을 인정하여 과세하는 소비세로서의 성격을 가지고 있지만, 부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 재화 또는 용역의 공급이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. 이와 같이 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다. 그리고 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급으로서 인도 또는 양도는 재화를 사용·소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하므로, 재화를 공급하는 자는 위탁매매나 대리와 같이 부가가치세법에서 별도의 규정을 두고 있지 않는 한 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자를 의미한다.

그런데 신탁법상의 신탁은 위탁자가 수탁자에게 특정한 재산권을 이전하거나 기타의 처분을 하여 수탁자로 하여금 신탁 목적을 위하여 그 재산권을 관리․처분하게 하는 것이다. 이는 위탁자가 금전채권을 담보하기 위하여 금전채권자를 우선수익자로, 위탁자를 수익자로 하여 위탁자 소유의 부동산을 신탁법에 따라 수탁자에게 이전하면서 채무불이행 시에는 신탁부동산을 처분하여 우선수익자의 채권 변제 등에 충당하고 나머지를 위탁자에게 반환하기로 하는 내용의 담보신탁을 체결한 경우에도 마찬가지이다.

따라서 수탁자가 위탁자로부터 이전받은 신탁재산을 관리․처분하면서 재화를 공급하는 경우 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로, 이때의 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 재화를 사용․소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 보아야 하고, 그 신탁재산의 관리․처분 등으로 발생한 이익과 비용이 거래상대방과 직접적인 법률관계를 형성한 바 없는 위탁자나 수익자에게 최종적으로 귀속된다는 사정만으로 달리 볼 것은 아니다. 그리고 세금계산서 발급․교부 등을 필수적으로 수반하는 다단계 거래세인 부가가치세의 특성을 고려할 때, 위와 같이 신탁재산 처분에 따른 공급의 주체 및 납세의무자를 수탁자로 보아야 신탁과 관련한 부가가치세법상 거래당사자를 쉽게 인식할 수 있고, 과세의 계기나 공급가액의 산정 등에서도 혼란을 방지할 수 있다(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 참조).

나) 구체적인 판단

앞서 든 증거들, 앞서 본 인정사실, 을 제4, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 이 사건 부동산을 사용․소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자는 수탁자인 BB자산신탁이라고 봄이 상당하다.

① 앞서 본 법리에 의하면 부가가치세는 재화나 용역의 공급이라는 거래 자체를 과세대상으로 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 ‘거래행위’를 기준으로 판단하여야 한다. 다만 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급으로서 인도 또는 양도는 재화를 사용․소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하므로, 재화를 공급하는 자는 ‘계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자’이어야 한다. 따라서 부가가치세의 납세의무자는 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 재화를 사용․소비할 수 있는 권한을 이전하는 거래행위를 한 자라고 할 것이다.

② 이 사건 신탁계약은 원고의 우선수익자들에 대한 채무불이행시 이 사건 부동산을 환가 정산하기 위하여 위탁자인 원고, 수탁자인 BB자산신탁 등과 사이에 체결된 것으로(제1조), 원고는 이 사건 신탁계약 체결 즉시 이 사건 부동산의 소유권을 수탁자인 BB자산신탁에게 이전하였고(제8조), 이 사건 부동산의 처분권한이나 처분대금 정산권한 역시 원고가 아닌 수탁자인 BB자산신탁에게 있다(제19, 22조, 특약조건 제6, 14조).

그리고 BB자산신탁은 이 사건 신탁계약의 수익자인 DD건설로부터 이 사건 신탁계약상 사유로 이 사건 부동산의 처분을 요청받고, 이 사건 부동산에 관하여 공개 경쟁 입찰을 진행한 다음 유찰되자, 이 사건 신탁계약 제19조 제1항 단서에 따라 CC자동차백화점과 사이에 이 사건 부동산을 매도하는 내용의 이 사건 매매계약을 체결하였다. 이 사건 매매계약은 그 당사자가 ‘매도인: BB자산신탁’, ‘매수인: CC자동차백화점’, ‘확인인: DD건설’로, 원고는 이 사건 매매계약 체결에 아무런 관여를 하지 않은 것으로 보인다. 그리고 CC자동차백화점은 이 사건 매매계약에 따른 대금을 BB자산신탁의 계좌로 지급하였고, 이 사건 매매계약에 따른 매도인의 의무인 소유권 이전에 필요한 서류 이전 의무 역시 BB자산신탁에게 있었다.

결국 이 사건 신탁계약 및 매매계약에 비추어 보면, 수탁자인 BB자산신탁은 이 사건 신탁계약을 원인으로 위탁자인 원고로부터 신탁재산인 이 사건 부동산을 이전받은 다음 신탁재산의 관리ㆍ처분권한에 기초하여 이를 처분한 거래행위를 한 것이므로, 이 사건 부동산이 CC자동차백화점에 공급됨에 따라 발생하는 부가가치세 납세의무를 부담하여야 하는 자는 원칙적으로 수탁자인 BB자산신탁이다.

③ 이에 대하여 피고는, 이 사건 신탁계약상 BB자산신탁이 신탁부동산을 처분하는 경우 신탁자인 원고에게 이러한 처분과 관련된 제반 법적, 행정적 문제나 기타 민원 등에 대한 책임을 부담하도록 하고(특약사항 제6조), 원고에게 신탁부동산의 처분과 관련된 부가가치세의 세무처리를 담당할 의무를 부여하고 있는 점(특약사항 제12조), 이 사건 매매계약상 세금계산서 발급주체를 신탁재산의 실질적인 통제권을 보유한 매매부동산 신탁계약의 위탁자로 지정하도록 하고 있는 점(특약조건 제5조)을 근거로 하여, 이 사건 부동산에 관한 권리․의무의 귀속주체로서 매매계약의 직접 당사자(매도인)는 원고라고 주장한다.

그러나 ㉠ 이 사건 매매계약서에는 매매계약의 당사자가 BB자산신탁과 CC자동차백화점 및 DD건설임이 명백하게 표시되어 있고, CC자동차백화점의 대표이사 황○○ 역시 이 사건 매매계약의 상대방을 BB자산신탁과 DD건설로 인식하고 있었던 점, ㉡ 원고는 이 사건 매매계약에 아무런 관여를 하지 않았던 것으로 보이고, 이 사건 매매계약상 주된 권리․의무는 모두 계약 당사자로 표시된 BB자산신탁과 CC자동차백화점에게 있었던 점, ㉢ 실제로 원고는 이 사건 매매계약 체결에 따른 어떠한 권리․의무도 부담하지 않았던 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 매매계약의 당사자는 BB자산신탁, CC자동차백화점 및 DD건설임이 명백해 보이고, 다만, 피고가 문제 삼는 조항은, 이 사건 계약 당시 변경되기 전 판례의 ‘신탁재산과 관련된 재화 또는 용역을 공급하는 때 수탁자가 아니라 위탁자에게 부가가치세를 납부할 의무가 있다고 보는 입장’에 따라 단순히 세금계산서의 발급주체 및 부가가치세의 납부의무만 위탁자인 원고에게 둔 것으로 보일 뿐, 위 각 조항만을 근거로 하여 이 사건 매매계약에 따른 재화를 사용․소비할 수 있는 권한을 이전하는 거래행위를 한 자를 원고라고 볼 수는 없다. 따라서 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

④ 피고는, 이 사건 신탁계약상 위탁자인 원고와 임차인 간에 체결한 임대차 계약이 있을 경우 그 임대차계약은 유효하며, 원고가 임대인의 지위를 계속 유지하는 것으로 한다고 정하고 있는 점(제10조), 이 사건 매매계약상 매수인이 잔금 지급시 임대보증금 6,875백만 원을 공제하고 지급한다고 명시하고 있으며(특약조건 제2조), 실제로 이 사건 부동산 양도일을 전후하여 CC자동차백화점에게 원고의 임대료 채권이 이전되었고, 동일한 임차인과 임대차계약이 유지된 점 등을 종합하면, 이 사건 매매계약은 사업의 양도에 해당하는데, 수탁자인 BB자산신탁은 임대차계약에 대한 아무런 권리․의무가 없으므로, BB자산신탁을 임대차계약이 포괄적으로 매수인에게 승계된 이 사건 매매계약의 거래 당사자로 볼 수는 없다고 주장한다.

그러나 이 사건 신탁계약으로 인하여 이 사건 부동산의 대내외적 소유권은 모두 BB자산신탁으로 이전되었다고 보아야 하고, 다만, 원고는 이 사건 신탁계약 이전에 체결된 임대차계약에 따른 기존의 사용․수익권을 유지할 뿐이므로, 피고가 지적하는 이 사건 신탁계약 및 매매계약상 관련 조항은 위와 같은 법리에 따른 당연한 것에 불과하다. 또한 이 사건 매매계약에 의하여 CC자동차백화점에게 원고의 임대료 채권이 이전되고, 동일한 임차인과 임대차계약이 유지된 것은 이 사건 신탁계약 특약사항 제14조 제4항의 규정에 의해 이 사건 부동산의 소유권이 매수인에게 이전될 경우 임대인의 지위 또한 매수인에게 이전되는 규정에 의한 것에 불과하고, 단지 위 조항만을 근거로 하여 이 사건 매매계약의 당사자가 BB자산신탁이 아닌 원고라고 볼 수는 없다.

⑤ 피고는 이 사건 매매계약의 매수인인 CC자동차백화점이 원고를 대리하여 이 사건 부가가치세를 납부하였으므로, CC자동차백화점도 이 사건 매매계약의 매도인을 원고로 인식하였고, 따라서 이 사건 매매계약의 매도인은 원고라는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 본 것처럼 CC자동차백화점의 대표이사는 이 사건 매매계약의 당사자를 원고가 아닌 BB자산신탁으로 인식하고 있었던 점에 비추어 보면, CC자동차백화점이 원고를 대리하여 이 사건 부가가치세를 대리납부한 이유는 이 사건 매매계약서상 세금계산서의 발급주체가 위탁자로 되어 있었고, 당시 판례의 입장도 위탁자를 부가가치세 납세의무자로 보고 있었던 점 때문으로 보이는바, 단지 이러한 이유만으로 이 사건 매매계약의 당사자를 원고로 볼 수는 없다.

⑥ 피고는 이 사건 부동산의 이전은 원고와 태경회계법인 사이의 위탁매매에 의한 것이므로, 구 부가가치세법 제10조 제7항에 따라 위탁자인 원고가 납세의무자가 된다는 취지로도 주장한다. 그러나 이 사건 부동산은 이 사건 신탁계약에 따른 담보권의 실행으로써 수탁자인 BB자산신탁에서 CC자동차백화점으로 그 소유권이 이전된 것이므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

2) 원고에게 이 사건 부가가치세의 환급청구권이 있는지에 관한 판단

앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, CC자동차백화점의 이 사건 부가가치세의 납부는 구 부가가치세법 제52조 제4항에 따른 대리납부 행위로 보아야 하고, 위와 같은 CC자동차백화점의 대리납부는 납세의무자가 아닌 자를 납세의무자로 한 잘못된 납부에 해당하므로, 이에 대한 경정․환급을 구할 권리는 원고가 아닌 이 사건 부가가치세를 대리납부한 CC자동차백화점에 있다고 보아야 함이 상당하다.

가) CC자동차백화점의 이 사건 부가가치세 대리납부의 문제

① 구 부가가치세법은 원칙적으로 사업의 포괄양도에 해당하는 거래에 대해서는 부가가치세 과세대상이 아니라고 규정하고 있다(구 부가가치세법 제10조 제8항 제2호). 하지만 거래당사자들이 해당 거래가 포괄양도에 해당하는지 여부를 명확히 알 수 없을 때 부가가치세법 및 그 시행령은 양수자가 대가 지급 시 그 대가의 일정액을 부가가치세로 징수하여 납부하는 대리납부제도(구 부가가치세법 제52조 제4항, 부가가치세법 시행령 제95조 제5항)를 정하고 있다. 이는 사업의 양도 여부가 분명하지 않은 경우 등에 양수인의 부가가치세 대리납부를 허용함으로써 설령 당해 거래가 나중에 과세대상으로 확정되더라도 미납세액이 발생하여 양수인이 불이익을 당하지 않도록 하고, 나아가 이러한 대리납부가 이루어지면 양수인이 자신이 납부한 부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수도 있게 함으로써 거래당사자 및 과세관청 간의 법률관계를 명확하게 정리할 수 있도록 하였다.

위와 같은 대리납부 제도는 부가가치세법령에 근거한 적법한 납세 방식으로, 양수인은 부가가치세법 시행령 제95조 제1항, 부가가치세법 시행규칙 [별지 제37호] 서식에서 정한 부가가치세 대리납부신고서에 따라 거래내용과 세액을 신고하고 이를 납부하는 방식으로 한다. 이러한 부가가치세 대리납부신고서에는 용역공급자, 대가지급연월일, 공급받은 금액, 부가가치세액을 기재하는 란이 별도로 있는바 과세표준신고서에 기재되어야 할 과세표준 및 세액을 모두 포함하고 있으므로, 이는 국세기본법 제2조 제15호의 과세표준신고서에 포함된다고 할 것이다.

② CC자동차백화점은 이 사건 매매계약이 사업의 양도에 해당할 수 있다고 판단하여 위 부가가치세 대리납부 제도를 이용하여 원고를 납세의무자로 하여 이 사건 부가가치세를 직접 납부하였다. 그리고 이러한 CC자동차백화점의 이 사건 부가가치세 대리납부는 이 사건 매매계약의 당사자들과의 합의를 통한 것일 뿐만 아니라, 원고역시 이 사건 대리납부가 유효하다는 것을 전제로 하여 당시 원고가 납부하여야 할 2016년 제2기 부가가치세 9,089,256,058원 중 이 사건 부가가치세 8,914,440,375원을 공제한 174,815,683원(= 9,089,256,058원 –8,914,440,375원)만을 피고에게 납부하였다.

③ 이에 대하여 원고는 이 사건에는 ‘사업의 양도에 해당하는지 여부가 분명하지 아니한 경우’에도 대리납부가 가능하도록 개정된 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정된 법률) 제52조 제4항이 적용되는 것이 아니라 ‘사업의 양도’의 경우에만 사업을 양수한 자가 부가가치세를 대리납부 할 수 있게 정하고 있는 구 부가가치세법 제52조 제4항이 적용되므로, 사업의 양도가 아닌 이 사건 매매계약의 경우에 는 CC자동차백화점이 이 사건 부가가치세를 대리납부할 수 없고, 그렇다면 위와 같은 대리납부행위 자체가 무효이며, CC자동차백화점이 한 이 사건 부가가치세 납부는 원고를 대행하여 또는 제3자의 납부로써 원고가 직접 이 사건 부가가치세를 납부한 것과 같은 효과를 가진다는 취지로 주장한다. 그러나 대리납부 제도는 양수인의 입장에서 양수한 매매목적물이 사업의 양도인지 여부가 불분명할 때 대리납부 제도를 이용하여 부가가치세를 납부하도록 허용함으로써 설령 당해 거래가 나중에 과세대상으로 확정되더라도 미납세액이 발생하여 양수인이 불이익을 당하지 않도록 하는 제도로써, 위 제도의 취지상 ‘사업의 양도에 해당하는지 여부가 분명하지 아니한 경우’도 사업의 양도에 포함된다고 부가가치세법을 개정한 것은 이미 실무상 당연한 내용을 더 구체적으로 규정한 것에 불과한 것으로 보이므로, 구 부가가치세법 시행 당시의 거래가 사업의 양도가 아니라는 이유만으로 양수인이 구 부가가치세법 제52조 제4항에 따른 대리납부 행위를 할 수 없다거나 이미 한 대리납부 행위가 무효가 된다고 볼 수는 없다. CC자동차백화점의 이 사건 부가가치세 대리납부로 인하여 오히려 대리납부 규정의 취지대 로 이 사건 매매계약에 따른 대금이 과세대상으로 확정되어 미납세액이 발생하지 않게 되었고, 나아가 CC자동차백화점이 자신이 납부한 부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 있게 되었다. 따라서 이 사건 매매계약이 사업의 양도에 해당하지 않는다 하더라도, CC자동차백화점이 부가가치세법상 대리납부 제도를 이용하여 이 사건 부가가치세를 납부한 것이 분명한 이상 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

나) 이 사건 부가가치세의 환급청구권자가 누구인지의 문제

① 앞서 살펴본 것과 같이 이 사건 부가가치세의 납세의무자는 원고가 아니라 BB자산신탁이므로, CC자동차백화점의 이 사건 부가가치세 납부는 법적 원인이 없는 납부가 된다고 할 것이고, 이론적으로 위와 같이 잘못 납부된 부가가치세는 환급청구의 대상이 된다고 할 것이다.

② 국세기본법 제45조의2 제1항은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이

지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.”라고 규정하고, 제1호로 ‘과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’, 제2호로 ‘과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때’라고 정하여 원칙적으로 당해 과세표준 및 세액에 관한 과세표준신고서를 제출한 자를 경정청구권자로 보고 있다. 즉, 감액경정청구는 당초 ‘과다 신고한 세액’에 따른 법률효과 변경을 요구하는 것이므로 ‘과세표준신고서로써 당해 세액을 신고한 당사자가 경정청구권자’라고 규정되어 있는 것이다.

③ 부가가치세 대리납부의 경우 납부의무자는 대리납부신고서 이외 별도의 서류를 제출하지 않으므로 부가가치세 대리납부자가 그 세액에 관하여 경정 사유가 있을 경우 대리납부신고서를 과세표준신고서로 보아 경정청구가 허용되지 않는다면 세법상 달리 그 세액을 다툴 방법이 없고, 경정청구 제도란 납세자의 권리구제를 목적으로 하는 제도인바 이를 축소해석하는 것은 입법취지에도 반한다고 보이므로, 대리납부신고서는 앞서 본 것과 같이 국세기본법의 과세표준신고서에 해당하고, 그렇다면 CC자동차백화점은 이 사건 매매와 관련하여 이 사건 부가가치세 8,914,440,375원에 관한 과세표준신고서를 제출한 자에 해당하여 이 사건 부가가치세에 대한 경정청구를 할 수 있는 권한을 가진다고 봄이 상당하다.

한편, 원고는 이 사건 매매계약을 포함시켜 2016년 제2기 부가가치세 확정신고서를 제출하면서 ｢사업양수자의 대리납부 기납부세액｣란에 CC자동차백화점이 이미 납부한 이 사건 부가가치세액을 기재하지 아니하고, ｢차감하여 납부할 세액｣을 9,089,256,058원으로 기재하였지만, 이는 대리납부의 실질을 반영하지 않은 잘못된 신고서라 봄이 상당하다. 따라서 실질과세의 원칙상 원고가 실제로 신고한 세액은 위 9,089,256,058원에서 CC자동차백화점이 이미 대리납부한 이 사건 부가가치세 8,914,440,375원을 차감한 174,815,683원(원고가 실제로 납부한 금액)으로 봄이 상당하므로, 결국 원고가 이 사건 부동산 거래와 관련하여 국세기본법 제45조의2에 따라 원고가 세액의 경정을 구할 수 있는 부분은 없다고 보아야 한다.

④ 원고는 이에 대하여 이 사건 부가가치세는 사실상 원고가 납부한 것이므로, 환급청구권은 원고에게 있다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 본 것과 같이 이 사건 부가가치세는 CC자동차백화점이 부가가치세법상 대리납부 제도를 이용하여 납부한 것으로서 그 대리납부행위 자체로 유효하고, 위 대리납부의 실질이 CC자동차백화점이 원고를 대행하거나 제3자의 납부행위라고 볼 만한 아무런 증거가 없으므로, 이러한 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

⑤ CC자동차백화점은 대리납부신고서를 통해 이 사건 부가가치세를 직접 납부하고, 그 세액만큼 매입세액 공제를 받은 반면, 원고는 이 사건 매매에 관한 부가가치세를 징수하여 납부해야 할 의무를 면제받는 법률효과를 누렸다. 이를 볼 때 CC자동차백화점은 부가가치세법상 ‘대리납부’를 통하여 피고와 사이에 직접적인 조세법률관계를 형성한 것으로 봄이 상당하다.

앞서 본 것과 같이 이 사건 매매계약에 관한 부가가치세 납세의무자가 원고가 아니라면, 그것을 전제로 한 CC자동차백화점의 대리납부와 그에 따라 CC자동차백화점이 매입세액을 공제받을 수 있는 권리 역시 없었고, 원고가 CC자동차백화점의 대리납부세액을 기납부세액으로 하여 2016년 제2기 납부할 부가가치세에서 이를 공제받을 수도 없었다. 결국 CC자동차백화점의 이 사건 부가가치세의 대리납부는 부가가치세법령에 따른 자신의 납세의무의 이행으로서 이루어진 것으로 보아야 하고, 위와 같이 이 사건 부가가치세액은 CC자동차백화점이 오납한 세금이라 할 것이므로, 이 사건 부가가치세액에 관한 경정․환급을 청구할 수 있는 실체적인 권리를 가진 자도 CC자동차백화점이라고 보아야하며, 이 사건 부가가치세를 납부하지 않은 원고에게 그 권리가 있다고 보는 것은 부당한 것으로 보인다.

3) 소결

따라서 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.