양도소득세 신고시 납세자가 제출한 매매계약서상 취득가액은 특별한 사정이 없는 한 실지거래가액으로 인정해야 한다

상세내용

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2021. 12. 1. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 1,254,387,760원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분 경위

 가. 임야 취득 및 일부 양도

  1) 원고는 ① 1987. 1. 17. 김☆☆, 조□□ 소유이던 △△시 북구 ◎동 산○ 임야 ○ ㎡(이하 ‘제1임야’라 한다)에 관하여 같은 날 매매를 원인으로 한 소유권이전 등기를 마치고, ② 1987. 3. 10. 허▲▲ 소유이던 △△시 북구 ◎동 산○○ 임야 ○㎡(이하 ‘제2임야’라 하고, 제1임야와 함께 ‘이 사건 각 임야’라 한다)에 관하여 1987.3. 9. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

  2) 원고는 ① 1994. 6. 15. ※※종합건설 주식회사(이하 ‘※※종합건설’이라 한다) 제1임야 중 ○○ 지분, 제2임야 중 ○○ 지분에 관하여 각 1994. 5. 3.매매를 원인으로 한, ② 1995. 6. 28. ※※종합건설에 제2임야 중 ○○ 지분에 관하여 1995. 4. 7. 매매를 원인으로 한 각 소유권이전등기를 마쳐주었다.

  3) 제1임야는 1995. 6. 28. △△시 ○구 ◎동 산○○ 임야 ○○㎡(이하 ‘분할 후 제1임야’라 한다)와 같은 동 산○○ 임야 ○○㎡로 분할되었고, 공유물분할을 원인으로 분할 후 제1임야는 원고의 단독 소유, 위 산○○ 임야는 ※※종합건설의 단독 소유가 되었다.

     제2임야는 1995. 5. 18. △△시 ○구 ◎동 산○○ 임야 ○○㎡와 같은 동 산○○ 임야 ○○㎡로 분할되었고, 공유물분할을 원인으로 위 산○○ 임야는 원고의 단독소유, 위 산○○임야는 ※※종합건설의 단독 소유가 되었다.

     위 산○○ 임야 ○○㎡는 1995. 11. 13. △△시 ○구 ◎동 산○○ 임야 ○○㎡(이하 ‘분할 후 제2임야’라 한다)와 같은 동 산○○ 임야 ○○㎡로 분할되었고, △△시는 1997. 8. 13. 위 산○○ 임야에 관하여 1997. 8. 11. 공공용지 협의취득을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

 나. 분할 후 제1, 2임야 양도

   원고는 2020. 5. 22. 주식회사 ○○홀딩스에 분할 후 제1, 2임야를 9,784,000,000원에 매도하고, 2021. 1. 29. 주식회사 ○○홀딩스에 소유권이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).

 다. 양도소득세 신고납부 및 피고의 부과처분

  1) 원고는 2021. 3. 31. 피고에게 이 사건 양도에 관하여 양도가액을 9,784,000,000원, 취득가액을 2,844,440,505원으로 하여 양도소득세를 신고․납부하였다.

  2) 피고는 ○○지방국세청의 세무조사를 거쳐 이 사건 각 임야 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없다는 이유로 원고가 신고한 취득가액 2,844,440,505원을 부인하고 환산가액 401,334,950원을 취득가액으로 하여 2021. 12. 1. 원고에 대하여 2021년 귀속 양도소득세 1,254,387,760원(가산세 포함)을 경정․고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

     원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. ○. ○○. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. ○○. ○○. 원고의 심판청구를 기각하였다.

     피고는 2024. 6. 26. 이 사건 처분 중 부정무신고 가산세 부과분을 부정과소신고가산세로 정정하여 세액을 경정하였다.¹⁾

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 12, 13, 17호증, 을 제1, 10, 11, 14호증(가 지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

  별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고 주장

   1) 원고가 양도소득세 신고 당시 제출한 이 사건 각 임야에 관한 매매계약서는 실제로 취득 당시 작성된 매매계약서임이 분명하다. 따라서 이 사건 양도에 관한 취득가액은 실지거래가액 2,844,440,505원으로 인정되어야 하는바, 취득가액을 환산가액으로인정한 이 사건 처분은 위법하다. 가산세율과 부정과소신고 가산세율이 동일하여 세액(1,254,387,760원)은 변동되지 않았다.

   2) 설령 취득가액을 환산가액으로 할 수 있다고 하더라도, 피고가 계산한 환산가액 401,334,950원은 이 사건 각 임야의 토지등급을 취득시점인 1987년 등급이 아닌1985년 등급으로 적용한 잘못이 있으므로, 이를 기초로 한 이 사건 처분은 위법하다.

   3) 원고는 양도소득세 신고를 하면서 보관하고 있던 이 사건 각 임야의 매매계약서를 증빙자료로 제출하였을 뿐 적극적으로 조세를 포탈할 목적으로 부정행위를 하지 않았으므로, 이 사건 처분 중 부정과소신고 가산세 부분은 취소되어야 한다.

 나. 관련 법리

  1) 소득세법 제97조 제1항 제1호에서는 토지의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 취득가액은 자산 취득에 든 실지거래가액으로 한다고 정하고 있다. 다만, 같은 법 제114조 제7항에서는 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 정하고 있고, 같은 법 시행령 제176조의2 제1항에서는 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 ’양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우(1호)‘, ’장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우(2호)‘를 규정하고 있다.

  2) 양도소득의 산정에 있어 납세의무자가 실지거래가액에 관한 증빙서류로서 취득에 관한 매매계약서 등을 제출하였다면, 과세관청으로서는 매매계약서 등이 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 매매계약서상의 실지거래가액에 의하여양도차익을 산정하여야 하고, 이 경우 그러한 특별한 사정이 있다는 점은 과세관청이이를 증명하여야 한다(대법원 1996. 6. 25. 선고 95누3183 판결 등 참조).

 다. 인정사실

  1) ○○지방국세청장은 원고의 양도소득세 신고내용을 검토한 뒤 2021. 7. 29. 원고에게 다음과 같은 해명자료 제출을 요구하였다.

  2) 원고는 2021. 8. 12. ○○지방국세청장에게 이 사건 각 임야 매매계약서 원본등 해명자료를 제출하였다.

제1임야에 관한 1987. 1. 5.자 매매계약서(이하 ’제1매매계약서‘라 한다)에는 ’매도인 김** 외 1명의 대리인 김BB, 매수인 원고, 소개인 MM부동산 김BB, 매매대금 3,780,000,000원(계약금 400,000,000원, 잔액금 3,380,000,000원), 명도는 1987. 1.17. 명도하기로 함‘이라고 기재되어 있고, 특약사항으로 ’공동명의자 조□□의 거래이전에 관한 모든 서류절차는 김**과 대리인인 김BB가 책임지는 것으로 하고, 절차가 이행되지 않을 시에는 위 2인이 민사상, 형사상의 모든 책임을 지는 것으로 한다.‘는 내용이 기재되어 있다.

     제2임야에 관한 1987. 2. 12.자 매매계약서(이하 ’제2매매계약서‘라 한다)에는 ’매도인 허CC, 매수인 원고, 소개인 MM부동산 김BB, 매매대금 1,110,000,000원(계약금 120,000,000원, 잔액금 990,000,000원), 명도는 1987. 3. 10. 명도하기로 함‘이라고 기재되어 있고, 특약사항으로 ’소유자 허CC와의 거래이전에 따르는 모든 절차는 MM부동산 김BB가 책임진다. 만약 거래상의 문제가 생길 시에는 모든 민사상·형사상 책임은 김BB가 진다. 계약일 후 아파트 사업이 진행되면 명의를 다른 사람으로 바꿀 수 있도록 한다.‘는 내용이 기재되어 있다.

3) ○○지방국세청장은 원고 제출자료를 검토한 뒤 2021. 9. 8. 원고에게 다음과 같이 추가 해명자료 제출을 요구하였다.

  4) ○○지방국세청장은 원고의 자료제출과 해명에도 불구하고 이 사건 양도에 관한 실지취득가액을 확인할 수 없다는 이유로 원고가 신고한 취득가액 2,844,440,505원을 부인하고 환산가액 401,334,950원을 취득가액으로 하여 양도소득세를 경정하여 피고에게 통보하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 8 내지 11, 14, 16호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

 라. 구체적 판단

    앞서 든 증거, 을 제4, 5, 18호증의 각 기재 및 영상, 제1심법원 감정인 진KK의 감정결과(이하 ’법원감정결과‘라 한다)에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거만으로는 제1, 2매매계약서가 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정을 인정할 수 없으므로, 이 사건 양도는 위 각 매매계약서상의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 한다. 그럼에도 피고는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없다는 이유로 기준시가를 적용하여 환산한 금액을 취득가액으로 하여 양도차익을 산정하였는바, 이 사건 처분은 위법하다(원고의 이 부분 주장을 받아들이는 이상 원고의 나머지 주장에 대하여는 더 나아가 판단하지 않는다).

  1) 이 사건 각 임야 매매계약의 소개인 김BB(2024. 3. 10. 사망)는 2021. 8. 9. ’이 사건 각 임야 매매계약을 중개하고 거래한 사실과 거래금액도 실제 거래금액임을 확인한다.‘는 내용의 부동산거래 사실확인서와 ’중개인으로 정식 등록을 한 것은 아니나 이장, 새마을지도자로 활동하며 △△시내 전역의 아파트 사업 부지를 전문적으로 취급하여 왔다. 원고에게 이 사건 각 임야를 소개한 경위는 여러 부동산업자들과 공동작업 중 아파트 부지로 팔릴 땅이라서 투자를 권유하여 매수하게끔 하였다. ※※종합건설의 사업이 지연되어 몇 년 더 걸린 것으로 알지만 당시에는 바로 고층아파트를 건축할 계획이 있었다. 거래 내용은 추호의 이상이 없음을 재차 확인하고 경위를 밝힌다.‘는 내용의 경위서를 작성하였다. 김BB는 이 사건 각 임야 매매계약에 있어 소개인일 뿐만 아니라 제1임야 매도인의 대리인이기도 한 점, 달리 매수인인 원고와 특별한 이해관계가 있어 허위의 매매계약서나 사실확인서, 경위서를 작성하였다고 볼 만한사정을 찾아볼 수 없는 점에 비추어 위 사실확인서나 경위서의 신빙성을 쉽게 배척할 수 없다.

  2) 피고는 이 사건 각 매매계약서의 진정성립을 인정할 수 없는 근거로 ○○지방국세청 첨단탈세방지담당관이 작성한 문서감정서(을 제2호증)를 들고 있다. 위 문서감정서에 의하면 제1매매계약서 원본과 양도소득세 신고 당시 제출된 사본의 외관검사 결과 양자의 상태와 글자의 선명도에서 차이점이 관찰되고, 원본 앞뒷면의 자외선 형광반응과 얼룩진 형태에서 차이점이 관찰되어 제1매매계약서(원본)는자연스러운 노후화가 진행된 문서가 아닐 가능성이 높다는 것인 점, 그런데 제1매매계약서 원본과 사본의 선명도의 차이는 원고 주장과 같이 사본 제출을 위한 복사 과정에서 비롯된 것으로 볼 수 있고, 종이의 형광증백제 성분은 시간이 지나면 자연히 분해되어 오래된 종이에서는 자외선에 의한 발광 정도가 전체적으로 균일하고 흐릿하게 관

찰되는 것이 정상이라는 일반론만으로 다른 특별한 사정이나 근거 없이 제1매매계약서의 진정성립을 부정하기에는 부족한 점, 법원감정결과에 의하면 제1, 2매매계약서의 작성 시기를 논단하는 것은 불가능하고, 위 문서감정서에 의하더라도 제2매매계약서는감정이 불가능하다고 되어 있는 점에 비추어 볼 때, 위 문서감정서의 기재만으로는 제1, 2매매계약서가 진정하게 성립되지 않았다거나 이 사건 각 임야 취득 후 소급하여 작성된 것이라고 인정할 수 없다.

  3) 원고가 ○○지방국세청장에게 제출한 제1매매계약서 원본에는 소개인란에 무인이 있는 반면 양도소득세 신고 시 제출한 사본에는 위 무인이 없다. 양도소득세 신고후 사실확인서와 경위서를 작성하는 과정에서 김BB가 무인을 날인하였다는 것이 원고의 주장이고, 위 무인을 제외하고는 제1매매계약서 원본과 사본의 외형상 동일성이 인정되므로 원고 주장과 같은 경위로 제1매매계약서 원본에 무인이 추가된 것으로 볼수 있다.

  4) 피고는, 제1, 2매매계약서에 명시된 ’별지 제8호서식‘의 출처나 근거를 확인할 수 없고, 위 각 매매계약서가 당시에 일반적으로 사용하던 매매계약서의 형상과 완전히 다르며 정부 수입인지가 첨부되어 있지 않은 점에 비추어 보면 위 각 매매계약서를 신빙할 수 없다고 주장한다. 그러나 법원감정결과에 의하면 제1, 2매매계약서의 기재 내용과 형식이 감정인이 보관하고 있는 1989년도에 실제 사용되던 부동산매매계약서와 유사하다는 내용이 확인되고, 정부 수입인지가 첨부되어 있지 않은 점만으로는 이 사건 각 매매계약서의 진정성립을 인정하는 데 방해가 되지 않는다.

  5) 피고는, 이 사건 각 임야는 원고가 취득할 당시 야산에 불과하고 개발가능성이 없었으며, 원고의 취득가액은 1990년 기준 개별공시지가의 7~8배에 이르고 주변 시세에 비해서도 이례적으로 높으므로, 원고가 신고한 취득 당시의 실지거래가액은 믿을 수 없다고 주장한다.

     살피건대, 제2매매계약서에는 ’계약일 후 아파트 사업이 진행되면 명의를 다른사람으로 바꿀 수 있도록 한다.‘는 특약사항이 기재되어 있고, 소개인 김BB도 이 사건 각 임야가 아파트 부지로 팔릴 땅이라서 원고에게 소개하게 되었다는 내용의 경위서를 작성한 점, 원고는 1994. 6. 15. 및 1995. 6. 28. 공동주택 건축사업을 추진하던 ※※주택건설에 제1, 2임야 중 7,240㎡를 매도하였고, 실제로 위 매도 임야를 비롯하여 △△시 ◎동 일대에 다수의 공동주택이 건축된 점, 제1임야의 개별공시지가가 1991년 33,000원/㎡에서 1992년 300,000원/㎡으로 급등하기도 한 점, 분할 후 제1임야의 양도 당시 개별공시지가는 89,200원/㎡이고, 분할 후 제2임야의 양도 당시 개별공시지가는 100,000원/㎡인데, 분할 후 제1, 2임야의 제곱미터 당 평균양도가액은 약 907,438원[= 9,784,000,000원 ÷ (6,916㎡ + 3,866㎡)]으로서 양도가액도 개별공시지가의 9~10배에 이르는 점 등을 종합하여 보면, 취득 당시 이 사건 각 임야 매매대금이 이례적이라고 단정할 수 없다.

  6) 달리 제1, 2매매계약서의 중요한 부분이 미비되었다거나 위 각 매매계약서가 거짓임이 명백하다고 볼 증거가 없다.

4. 결론

  원고의 청구는 이유 있어 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.