이 사건 전산시스템의 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않음

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 7. 1. 원고에게 한 2013 사업연도 법인세 O원, 2014 사업연도 법인세O원, 2015 사업연도 법인세 O원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고와 원고의 자회사인 주식회사 BB(이하 ‘BB’이라고 한다)은 2011년 내지 2012년경 IT기반 서비스 차별화, 사용자 편의성 강화, 시스템 유연성 확보 등을 통하여 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위한 차세대 전산시스템(이하 ‘이 사건 전산시스템’이라고 한다)의 개발을 CC 주식회사, 주식회사 DD 등(이하 ‘수탁업체’라고 한다)에 위탁하였다.

나. 원고는 2012 사업연도부터 BB을 연결자법인으로 하는 연결납세방식을 적용하여 법인세를 신고․납부하였다.

다. 원고는 2019. 4. 30. 피고에게 이 사건 전산시스템 개발 과정에서 지출한 위탁개발비용 (이하 ‘쟁점 비용’이라고 한다)이 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라고 한다) 제10조 제1항에 따른 연구・인력개발비 세액공제(이하 연구・인력개발비에 대한 세액공제를 ‘쟁점 세액공제’라고 한다)의 적용대상에 해당한다고 주장하면서 2013 내지 2015 사업연도 각 법인세의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2019. 7. 1. 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 사안의 쟁점

구 조특법 제10조 제1항은 ’내국인이 각 과세연도에 연구․인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다‘고 규정하여 쟁점 세액공제 등에 관하여 정하고 있고, 같은 법 제9조 제2항 제1호는 ’연구․인력개발비‘의 의미를 ’연구개발 및 인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용‘으로 규정하고 있으며, 제9조 제5항은 “연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(이하 ’과학기술활동‘이라고 한다)과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동(이하 ’서비스활동‘이라고 한다)을 말하고, 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고 있다.

그런데 원고는 이 사건 전산시스템을 수탁업체에 ’위탁‘하여 개발하였으므로 이 사건 전산시스템의 위탁개발이 ’과학기술활동‘에 해당하는 경우에 한하여 쟁점비용에 대한 세액공제를 적용받을 수 있다(앞서 보았듯이 구 조특법 제9조 제2항 제1호는 서비스활동의 연구개발비는 ’자체‘ 연구개발에 필요한 비용만 쟁점 세액공제의 적용대상이 된다고 규정하고 있다). 따라서 이 사건의 쟁점은 ’이 사건 전산시스템의 위탁개발이 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하는지 여부‘이다.

나. 구체적 판단

구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학기술활동’은 ‘과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야(자연과학 및 그 적용 기술)의 진전을 이루기 위한 활동’을 의미하므로, 과학기술활동에 해당하는지 여부는 해당 연구개발활동의 목표와 결과 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두56510 판결 등 참조).

그런데 앞서 든 증거들 및 갑 제6 내지 15호증, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 전산시스템은 IT기반 서비스 차별화, 사용자 편의성 강화, 시스템 유연성 확보 등을 통하여 기존의 업무를 효율적으로 운영하여 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위하여 이미 개발되어 있는 정보기술 등을 응용 또는 개선하는 방식으로 개발한 것으로 보일 뿐이고, 달리 이 사건 전산시스템의 위탁개발이 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동에 해당한다고 볼 만한 증거가 없다.

그렇다면 이 사건 전산시스템의 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않으므로, 쟁점 비용이 쟁점 세액공제의 대상이 아니라고 판단한 이 사건 처분에 위법이 있다고 볼 수 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.