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판례 / 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것은 법인세법상 적격분할일 경우에만 가능함
판례 정보 서울고등법원 일반행정

분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것은 법인세법상 적격분할일 경우에만 가능함

서울고등법원은 원고가 2021. 1. 4.자 법인세 부과처분과 2021. 2. 1.자 증권거래세 부과처분의 취소를 구했으나, 제1심과 같이 청구를 받아들이지 않고 항소를 기각하였다. 원고는 이 사건 세무조사가 종전 감사 및 양도소득세조사에 이은 재조사에 해당하고, 인적분할된 분할신설법인의 사업개시일은 비적격분할인지 여부와 관계없이 분할법인의 사업개시일부터 기산해야 한다고 주장하였다. 법원은 종전 감사와 양도소득세조사는 원고에 대한 금지된 재조사로 보기 어렵다고 판단하였고, 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항 제2호의 개정 전후 문언과 개정 취지 등을 고려할 때 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것은 법인세법상 적격분할의 경우에만 가능하다고 보았다. 또한 2017. 2. 7. 개정으로 추가된 관련 문구는 창설적 규정이 아니라 확인적 규정이라고 판단하였다.

서울고등법원-2025-누-5894 2025.12.12 마지막 업데이트 2026.05.24

기본 정보

법원
서울고등법원
사건번호
서울고등법원-2025-누-5894
사건구분
누
선고일
2025.12.12
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 종전 지방국세청 감사 및 양도소득세조사가 구 국세기본법 제81조의4 제2항상 금지되는 재조사에 해당하는지 여부
  • 비적격분할된 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산할 수 있는지 여부
  • 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항 제2호와 2017. 2. 7. 개정 추가조항의 의미 및 적용범위

판례 포인트

  • 분할신설법인의 사업개시일은 해당 법인의 사업개시일부터 기산하는 것이 원칙이고, 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산하는 것은 적격분할의 경우에만 허용된다고 보았다.
  • 2017. 2. 7. 개정으로 추가된 '적격분할 또는 적격물적분할' 관련 문구는 새로운 예외를 창설한 것이 아니라 기존 해석을 확인한 규정으로 판단되었다.
  • 지방국세청의 세무서 감사나 제3자에 대한 양도소득세조사는 그 대상, 방식, 납세의무자 및 세목이 다르면 곧바로 원고에 대한 금지된 재조사로 볼 수 없다고 판단하였다.
  • 원고가 원용한 상법 조항, 구 법인세법 조항 및 예규만으로 비적격분할의 경우까지 분할법인의 사업개시일을 승계한다고 해석할 수 없다고 보았다.

자주 묻는 질문

Q 비적격분할된 분할신설법인도 분할법인의 사업개시일부터 사업기간을 계산할 수 있나요?

A 이 판결은 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산할 수 있는 경우를 법인세법상 적격분할로 한정했습니다. 법원은 비적격분할된 경우까지 그렇게 해석할 수는 없다고 보았습니다. 따라서 비적격분할에서는 신설법인의 사업개시일을 해당 법인의 사업개시일부터 보는 것이 원칙이라는 취지입니다.

Q 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호의 2017년 개정 조항은 새로운 규정인가요?

A 서울고등법원은 2017. 2. 7. 개정으로 추가된 조항을 창설적 규정이 아니라 확인적 규정으로 보는 것이 타당하다고 판단했습니다. 판결은 개정 전후 문언과 개정 취지를 함께 고려했습니다. 즉 적격분할의 경우에만 분할 전 사업개시일부터 기산된다는 해석을 분명히 한 조항으로 본 것입니다.

Q 분할신설법인의 비상장주식 1주당 가액 산정에서 사업개시 후 3년 미만 여부는 어떻게 판단됐나요?

A 원고는 BBBBBBB의 사업영위기간을 1986. 10. 1.부터 계산해야 한다고 주장했지만, 법원은 이를 받아들이지 않았습니다. 법원은 비적격분할의 경우 분할법인의 사업개시일부터 기산할 수 없다고 보았습니다. 그 전제에서 원고가 주장한 제54조 제1항 적용 주장은 이유 없다고 판단했습니다.

Q 상법이나 구 법인세법 제46조를 근거로 비적격분할 신설법인의 사업개시일을 소급할 수 있나요?

A 법원은 상법 제530조의10이나 구 법인세법 제46조 제1항에 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산한다는 내용이 직접 들어 있지 않다고 봤습니다. 또 기존 예규도 적격분할을 전제로 적용된 것으로 보이거나, 과세관청의 공적인 견해표명으로 보기 어렵다고 판단했습니다. 그래서 이런 조항이나 예규만으로 비적격분할의 사업개시일을 소급할 수 없다고 보았습니다.

Q 이 사건 세무조사가 금지된 재조사에 해당한다는 주장은 받아들여졌나요?

A 법원은 이 사건 조사 이전의 지방국세청 감사나 다른 사람에 대한 양도소득세조사를 원고에 대한 금지되는 세무조사로 보기 어렵다고 판단했습니다. 감사는 주로 세무서에 대해 이루어졌고, 이 사건 조사와 납세의무자나 세목도 달랐다는 점 등이 고려됐습니다. 따라서 이 사건 조사가 구 국세기본법상 금지되는 재조사에는 해당하지 않는다고 보았습니다.

Q 서울고등법원 2025누5894 사건에서 항소 결과는 어떻게 되었나요?

A 서울고등법원은 원고의 항소를 기각했습니다. 제1심판결이 정당하다고 보고 그 판단을 대부분 인용했습니다. 그 결과 원고가 구한 법인세 및 증권거래세 부과처분 취소 청구는 받아들여지지 않았습니다.

판결 내용

  • 법인
분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것은 법인세법상 적격분할일 경우에만 가능함 국승
  • 서울고등법원-2025-누-5894
  • 귀속년도 : 2017
  • 심급 : 2심
  • 등록일자 : 2026.04.04.
  • 생산일자 : 2025.12.12.
  • 진행상태 : 진행중
관련 법령
상속세 및 증여세법 시행령 제54조
요지 판결내용 상세내용

요지

상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호의 개정 전·후의 문언이나 개정 취지 등을 고려하면 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것은 법인세법상 적격분할일 경우에만 가능함

판결내용

판결내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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사 건

서울고등법원2025누5894 법인세등부과처분취소

원고, 항소인

AAAAAA 주식회사

피고, 피항소인

ㅇㅇㅇ세무서장

제1심판결

의정부지방법원 2025. 1. 14. 선고 2023구합10469 판결

판결선고

2025.12.12

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 1. 4. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 귀속 법인세 153,034,140원(가산세 0원), 2018 사업연도 귀속 법인세 220,757,890원(가산세 23,186,377원 포함)의 부과처분 및 2021. 2. 1. 원고에 대하여 한 2016. 4. 귀속 증권거래세 15,345,420원(가산세 5,435,240원 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

 원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 아니하고, 이 사건 변론에 제출된 모든 증거와 소송자료를 원고의 주장과 함께 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다.

 이에 항소심인 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하고 원고가 이 법원에서 추가하거나 강조하는 주장에 관하여 제2항 기재 판단을 추가하는 것 외에는 제1심판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제4면 제8행의 “가산세 22,601,638원”을 “가산세 23,186,377원”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제8면 제19행의 “않는다” 다음에 “(원고는 ㅇㅇ지방국세청장이 이 사건 조사 당시 원고를 조사하면서 BBBBBBB를 사실상 같이 조사하였다고 주장할 뿐 BBBBBBB에 대한 조사 내용, 방법, 담당자 등에 관하여 구체적인 주장을 하지않고 있다)”를 추가한다.

○ 제1심판결 제10면 제11행 “것)”을 “것, 이하 같다)”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제12면 제7행의 “하였다.” 다음에 “또한 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호의 개정 전·후의 문언이나 앞서 본 개정 취지 등을 고려할 때 2017. 2. 7.자 개정으로 추가된 ‘적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다‘ 부분(이하 ’이 사건 추가조항‘이라 한다)은 창설적 규정이 아니라 확인적 규정으로 봄이 상당하다.”를 추가한다.

2. 추가 판단

 가. 원고는 이 사건 조사(2020. 7. 6. ~ 2020. 9. 17.) 이전에 실시된 대구지방국세청의 ㅇㅇㅇ세무서 감사(2017. 4.경), ㅇㅇ세무서의 CCC에 대한 양도소득세조사(2017.6.경), ㅇㅇ지방국세청의 ㅇㅇㅇ세무서에 대한 감사(2019. 2.)가 이미 이루어졌으므로 이 사건 조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항을 위반한 재조사에 해당한다고 주장한다.

   살피건대, ① ㅇㅇ지방국세청과 ㅇㅇ지방국세청의 위 각 감사는 ㅇㅇㅇ세무서에 대하여 이루어진 것으로서 각 지방국세청이 원고의 주소지 등에서 원고의 대표자, 임직원 등을 직접 접촉하여 과세표준이나 세액 결정에 관련된 질문을 한 사실은 없는 것으로 보이는 점, ② 원고의 자료 제출도 감사주체인 ㅇㅇ지방국세청, ㅇㅇ지방국세청이 아니라 피감사기관인 ㅇㅇㅇ세무서의 요청에 의하여 이루어진 점, ③ 위 각 감사 과정에서 원고가 제출한 각 자료(갑 제8 내지 10, 20호증)의 내용에 비추어 그 제출에 따른 부담이 원고의 영업의 자유를 실질적으로 제한할 정도에 이르렀을 것으로 보이지 않는 점, ④ 용산세무서의 양도소득세조사는 CCC의 2015년 양도소득세에 관한 것으로 이 사건 조사와는 납세의무자 및 세목이 상이한 점 등을 제1심이 설시한 관련 법리에 비추어 볼 때, 위 각 감사 및 양도소득세조사를 원고에 대한 재조사가 금지되는 원고에 대한 세무조사로 보기 어렵다. 따라서 이 사건 조사는 위 각 감사 및 양도소득세조사와의 관계에서 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당하지 않는다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

  나. 원고는 2021. 5.경 BBBBBBB에 대하여 이루어진 세무조사에 구 국세기본법 제81조의7 제1항, 같은 법 시행령 제63조의6 등을 위반한 절차상 하자가 있다고 주장하나, 위 세무조사는 이 사건 처분 이후에 이루어진 것이어서 이 사건 처분의 적법 여부와 관련이 없으므로, 원고의 이 부분 주장에 관하여는 나아가 판단하지 않는다.

  다. 원고는 상법 제530조의10, 구 법인세법 제46조 제1항, 관련 예규 등에 의하면 인적분할된 분할신설법인의 사업영위기간은 적격분할 또는 비적격분할 여부와 관계없이 분할 전 분할법인의 사업개시일부터 기산하여야 하므로 BBBBBBB의 사업영위기간은 원고의 사업개시일인 1986. 10. 1.부터 기산하여야 하고, BBBBBBB는 사업개시 후 3년 미만의 법인이 아니므로 BBBBBBB의 1주당 가액 산정 시 구 상증세 법 시행령 제54조 제4항 제2호가 아닌 같은 조 제1항이 적용된다고 주장한다.

  살피건대, ① 상법 제530조의10이나 구 법인세법 제46조 제1항은 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산한다는 내용의 법 조항이 아닌 점, ② 법인세 및 증권거래세 부과에 관한 이 사건에서 상법 조항에 따라 과세가 이루어져야 한다고 볼 근거가 없는 점, ③ 구 법인세법은 과세이연과 관련하여 적격분할과 비적격분할을 구분하고 있는 점, ④ 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호가 사업 개시 후 3년 미만의 법인 등이 발행한 비상장주식의 1주당 가액의 산정방법을 정하고 있을 뿐 사업개시일의 기산점에 관하여 명시적으로 규정한 바 없으나, 신설법인의 사업개시일은 해당 법인의 사업개시일부터 기산함이 원칙이라 할 것이고, 따라서 위 조항에 2017. 2. 7.자 개정으로 이 사건 추가조항이 더해진 것은 이에 대한 예외를 명확히 규정한 것으로 볼 수 있는 점, ⑤ 원고가 이 사건 추가조항이 생기기 전 적용되었다고 주장하는 기존 예규는 구 법인세법상 적격분할의 요건을 갖춘 법인을 전제로 적용되어 온 것으로 보이고, 설령 그렇지 않다고 하더라도 기존 예규가 원고에 대한 과세관청의 공적인 견해표명에 해당한다고 볼 수 없는 점, ⑥ 원고가 원용하고 있는 서면 상속증여 2015-1201(2015. 8. 10.)의 경우 그 말미에 기존 해석사례인 기획재정부 재산세제과-118, 2009. 1. 21.를 참고하라고 되어있는데, 이는 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 법인세법 제46조 제1항이 적용되는 인적 분할(적격분할)의 경우에만 분할신설법인의 사업영위기간을 분할법인의 사업개시일부터 기산한다고 되어 있는 점 등을 종합하면, 원고가 원용하는 상법 또는 구 법인세법 조항이나 예규들을 근거로 비적격분할된 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산하여야 한다고 해석할 수는 없다[서울고등법원 2025. 5. 15. 선고 2024누56063 판결(대법원 심리불속행 기각) 참조]. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것은 법인세법상 적격분할일 경우에만 가능함

관련 법령

상속세 및 증여세법 시행령 제54조 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호 행정소송법 제8조 제2항 민사소송법 제420조 구 국세기본법 제81조의4 제2항 구 국세기본법 제81조의7 제1항 국세기본법 시행령 제63조의6 상법 제530조의10 구 법인세법 제46조 제1항 서울고등법원 2025. 5. 15. 선고 2024누56063 판결 서면 상속증여 2015-1201(2015. 8. 10.) 기획재정부 재산세제과-118, 2009. 1. 21.

관련 판례

1) 상속등기가 이루어지지 않았고, 사실상 소유자를 신고하지 아니한 경우 재산세 납세의무자 판단2) 과세기준일 이후 상속재산분할심판이 확정된 경우 상속재산분할 효력을 상속개시일로 소급하여 과세기준일에 영향을 미칠 수 있는지 여부 | 일반행정 | 2023누49716 일반행정 · 2023누49716 이 사건 수수료가 근로소득인지 사업소득인지 여부 | 일반행정 | 2024누73297 일반행정 · 2024누73297 취득세등 부과처분취소 | 일반행정 | 2024누16960 일반행정 · 2024누16960 명의대여 해당 여부 | 일반행정 | 2023누15311 일반행정 · 2023누15311 (제1심판결과 같음) 공탁시 제출한 공탁금 회수제한신고만으로 유죄판결 확정 후 공탁금 회수권리를 포기한다고 보기 어려우므로, 공탁금 회수청구권에 대한 압류는 유효한 것임 | 일반행정 | 2024누12180 일반행정 · 2024누12180 원고들이 교개협에 기부한 헌금은 사업자의 필요경비 공제대상 또는 근로소득자의 특별세액 공제대상인 기부금에 해당하지 않음 | 일반행정 | 2025누3899 일반행정 · 2025누3899 이 사건 오피스텔은 공부상 용도 역시 업무시설이므로 부가가치세 과세대상임 | 일반행정 | 2024누63726 일반행정 · 2024누63726 이 사건 부동산에는 가격변동의 특별한 사정이 존재하므로 이 사건 감정가액을 평가기준일인 증여일 현재 이 사건 부동산의 시가로 볼 수 없음 | 일반행정 | 2023누10781 일반행정 · 2023누10781 주식 명의신탁 관련 과점주주 간주취득세 | 일반행정 | 2021누10855 일반행정 · 2021누10855 과세전적부심사는 과세처분의 필수전제가 아니며, 공동사업 개시일을 동업계약서상 명시된 날짜로 보아 과세한 처분은 적법함 | 일반행정 | 2023누50150 일반행정 · 2023누50150
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