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판례 / 농업용면세유류판매업자지정취소처분취소
판례 정보 대법원 일반행정

농업용면세유류판매업자지정취소처분취소

원고는 2008년부터 면세유류판매업자로 지정되어 농어민에게 면세유를 판매해 왔는데, 2022. 6. 6. 농업인 소외인이 면세유류 구입카드로 경유 200ℓ를 결제한 뒤 실제로는 보일러용 등유를 공급받았고, 원고는 해당 결제를 취소하지 않은 채 부가가치세 등 99,500원을 환급·공제받았다. 이에 세무서장은 감면세액을 추징하였고, 피고는 이를 이유로 원고의 면세유류판매업자 지정을 취소하였다. 대법원은 감면세액 추징사유 자체는 인정된다고 보면서도, 면세유 부정유통 제재 시에는 위반 경위, 귀책 정도, 반복 가능성, 공익과 불이익의 비교형량 등을 종합적으로 고려해야 한다고 판시하였다. 그리고 이 사건은 1회의 소액 초과 환급·공제에 그치고, 고의적 세액 탈루나 부정유통으로 단정하기 어려우며, 장기간 다른 위반 전력이 없고, 지정취소로 인한 불이익이 큰 점 등을 들어 지정취소처분이 재량권을 일탈·남용하였을 여지가 크다고 보아 원심판결을 파기하고 환송하였다.

2024두45689 선고 2025.12.04 판결 마지막 업데이트 2026.05.24

기본 정보

법원
대법원
사건번호
2024두45689
사건구분
두
선고일
2025.12.04
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

선고

핵심 쟁점

  • 면세유 부정유통에 대한 제재처분에서 행정청이 어떤 사정을 고려하여 재량권을 행사해야 하는지
  • 구 조세특례제한법상 감면세액 추징사유가 발생한 경우 면세유류판매업자 지정취소사유가 인정되는지
  • 면세유류판매업자 지정취소처분의 재량권 일탈·남용 여부를 어떤 기준과 방법으로 판단할 것인지
  • 초과 환급·공제 신청이 고의적 세액 탈루인지, 착오 또는 과실인지가 지정취소의 비례성 판단에 미치는 영향
  • 장기간 위반 전력 부재, 위반 규모, 반복 가능성, 생계상 불이익 등이 제재처분 적법성 판단에서 갖는 의미

판례 포인트

  • 대법원은 면세유 제도의 실효성과 조세정의를 위해 면세유 부정유통에 대한 엄중한 제재 필요성을 인정하면서도, 제재처분에서는 행정기본법상 비례원칙에 따라 구체적 사정을 종합 고려해야 한다고 보았다.
  • 면세유류판매업자 지정취소는 지정취소일부터 5년간 재지정 신청이 제한되는 중대한 제재이므로, 위반 경위, 횟수, 액수, 부정유통 결과 또는 위험성, 과거 위반 전력, 반복 가능성 등을 공익과 불이익 측면에서 비교·형량해야 한다고 판시하였다.
  • 감면세액 추징사유가 발생하였다는 이유만으로 곧바로 지정취소가 정당화되는 것은 아니고, 재량권 일탈·남용 여부는 별도로 엄격하게 심사되어야 한다.
  • 이 사건에서는 초과 환급·공제 금액이 99,500원에 불과하고, 해당 거래 1건 외 다른 초과 신청 내역이 확인되지 않았으며, 고의적 세액 탈루 목적이라고 단정하기 어렵다는 점이 중요하게 고려되었다.
  • 세무서장이 구 조세특례제한법상 가산세를 추징하지 않은 사정은 부당한 방법에 의한 초과 환급·공제 여부나 위반 정도를 평가하는 간접 사정으로 고려되었다.
  • 약 14년간 동일 법령 위반 자료가 없고 반복 가능성도 단정하기 어렵다는 점, 면세유 매출 비중이 상당하여 지정취소가 생계에 미치는 영향이 크다는 점이 비례성 판단에서 중시되었다.

자주 묻는 질문

Q 농업용 면세유 카드로 경유를 결제하고 실제로 등유를 공급하면 면세유류판매업자 지정이 바로 취소될 수 있나요?

A 이 판결은 이런 경우 감면세액 추징사유가 발생해 지정취소 처분의 사유 자체는 인정될 수 있다고 보았습니다. 다만 대법원은 지정취소가 곧바로 정당하다고 본 것은 아니고, 위반 경위와 고의성, 반복 가능성, 불이익의 정도 등을 함께 따져 재량권 일탈·남용 여부를 판단해야 한다고 보았습니다.

Q 대법원 2024두45689 판결에서 면세유류판매업자 지정취소가 재량권 남용인지 판단할 때 무엇을 봐야 하나요?

A 대법원은 위반행위의 동기, 목적과 방법, 결과, 횟수, 귀책사유의 정도, 시정 노력 등을 살펴야 한다고 했습니다. 또한 초과 환급·공제의 경위와 액수, 부정 유통의 발생 여부나 위험성, 과거 동종 위반 전력, 반복 가능성, 그리고 지정취소로 인한 5년간 재지정 제한과 영업상 불이익을 함께 비교·형량해야 한다고 보았습니다.

Q 이 사건에서 대법원이 지정취소 처분을 위법할 여지가 크다고 본 이유는 무엇인가요?

A 대법원은 문제된 거래가 1회이고, 양은 200리터, 초과 환급·공제 세액도 99,500원에 불과하다는 점 등을 들었습니다. 원고가 고의로 세액을 탈루했다고 단정하기 어렵고, 실제 면세유를 다른 일반 유류로 부정 유통한 자료도 없으며, 약 14년 동안 다른 위반 자료가 없고 지정취소 시 생계에 미치는 영향이 큰 점도 함께 고려했습니다.

Q 면세유 관련 초과 환급·공제 신청이 있으면 언제나 고의적인 세액 탈루로 보나요?

A 이 판결은 초과 환급·공제 신청이 있었다는 사정만으로 곧바로 고의적인 세액 탈루라고 단정하기는 어렵다고 보았습니다. 당시 거래 경위와 금액 규모, 다른 부정 유통 정황의 유무, 가산세 추징 여부 등을 종합하면 착오나 과실에 의한 것일 가능성도 살펴야 한다는 취지입니다.

Q 면세유류판매업자 지정이 취소되면 어떤 불이익이 문제 되었나요?

A 판결문에 따르면 지정이 취소되면 취소일부터 5년간 면세유류판매업자 지정 신청을 할 수 없습니다. 대법원은 원고 주유소에서 면세유 매출 비중이 전체 매출의 약 37%에서 38%에 이른 점을 들어, 이런 처분이 영업과 생계에 미치는 영향이 적지 않다고 보았습니다.

판결 내용

농업용면세유류판매업자지정취소처분취소

[대법원 2025. 12. 4. 선고 2024두45689 판결]

【판시사항】


[1] 구 조세특례제한법 제106조의2에서 정한 면세유 제도에 반하는 면세유 부정유통에 대하여 행정청이 제재처분을 할 때 고려할 사항

[2] 구 조세특례제한법 제106조의2 제13항 제1호에 따른 면세유류판매업자 지정 취소에 재량권 일탈·남용의 위법이 인정되는지 판단하는 방법

【참조조문】

[1] 구 조세특례제한법(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제106조의2, 행정기본법 제22조 제2항, 행정기본법 시행령 제3조
[2] 구 조세특례제한법(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제106조의2 제1항 제1호, 제2항, 제12항 제3호, 제13항 제1호, 행정소송법 제27조

【참조판례】

[1] 헌법재판소 2010. 12. 28. 선고 2009헌바171 전원재판부 결정(헌공171, 157)


【전문】

【원고, 상고인】

원고 (소송대리인 법무법인 정행인 담당변호사 이창희)

【피고, 피상고인】

농업협동조합중앙회

【원심판결】

부산고법 2024. 5. 29. 선고 (창원)2023누11507 판결

【주 문】

원심판결을 파기하고, 사건을 부산고등법원에 환송한다.

【이 유】

상고이유를 판단한다. 
1.  사안의 개요
원심판결 이유와 기록에 의하면 다음 사실이 인정된다.
 
가.  피고는 구 조세특례제한법(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제106조의2 제7항에 따른 면세유류 관리기관이다.
 
나.  원고는 경남 산청군 ○○면 (이하 생략)을 사업장소재지로 하여 ‘○○주유소’라는 상호로 사업자등록을 한 석유판매업자이다. 원고는 2008. 5. 29. 피고로부터 구 조세특례제한법 제106조의2 제7항, 「농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정」 제20조의2 제2항에 따라 농어민 등에게 면세유를 판매할 수 있는 석유판매업자로 지정(이하 ‘면세유류판매업자 지정’이라 한다)되었다.
 
다.  소외인은 2022. 6. 6. 원고에게 면세유류 구입카드(9441-17**-****-6374, 이하 ‘이 사건 면세유류 구입카드’라 한다)를 이용하여 316,000원의 결제를 요청하였고, 원고는 농협은행으로부터 위 거래에 관한 승인을 받았다. 원고가 같은 날 위 거래에 관하여 발행한 카드매출전표에는 거래 품목이 ‘경유 200ℓ, 면세유: 농기계’라고 기재되어 있다.
 
라.  국립농산물품질관리원 경남지원 산청사무소장은 소외인이 2022. 6. 6. 원고에게 위와 같이 이 사건 면세유류 구입카드로 농업용 면세유인 경유 200ℓ(이하 ‘이 사건 면세유’라 한다)의 대금을 결제하고서는 실제로 원고로부터 이 사건 면세유가 아닌 보일러용 등유를 공급받은 행위를 적발하여, 원고로부터 "2022. 6. 6. 농업인 소외인이 경유 200ℓ를 주문하여 농장에 배달요청 갔으나, 소외인이 농장에는 필요 없으니 집으로 등유로 변경하여 배달해 달라고 하셔서 등유로 변경하여 배달하였습니다. 기존 결제된 내역은 취소하지 않았습니다."라는 내용의 확인서를 제출받고, 2022. 7. 19. 피고에게 해당 사실을 통보하였으며, 그 무렵 원고의 주유소 소재지를 관할하는 진주세무서장에게도 같은 내용의 통보를 하였다.
 
마.  한편 원고는 위와 같이 소외인으로부터 이 사건 면세유류 구입카드로 이 사건 면세유 대금 결제를 받고 이 사건 면세유가 아닌 등유를 공급하였음에도, 2022년 제1기 부가가치세 확정신고를 하면서 이 사건 면세유 구입 당시 부담한 부가가치세 매입세액 39,010원을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 신고하고, 이 사건 면세유에 관하여 부담한 교통·에너지·환경세 52,600원, 교육세 7,890원 합계 60,490원(= 52,600원 + 7,890원)의 환급을 신청하여, 위 각 세액 합계 99,500원(= 39,010원 + 60,490원)을 환급·공제받았다. 이에 진주세무서장은 2022. 8. 1. 원고에 대하여 원고가 신청한 환급·공제세액이 신청하여야 할 환급·공제세액을 초과하였다는 이유로 구 조세특례제한법 제106조의2 제12항 제3호 (가)목에 따라 합계 99,500원의 부가가치세, 교통·에너지·환경세, 교육세(이하 ‘부가가치세 등’이라 한다) 감면세액을 추징하였으나, (나)목에서 정한 가산세는 추징하지 아니하였다.
 
바.  피고는 2022. 8. 3. 원고에 대하여 위와 같이 감면세액의 추징사유가 발생하였다는 이유로 구 조세특례제한법 제106조의2 제13항에 따라 면세유류판매업자 지정을 취소하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
 
2.  처분사유 부존재 주장에 대하여 
가.  원심은 판시와 같은 이유로, 원고에게 구 조세특례제한법 제106조의2 제12항 제3호 (가)목에서 정한 감면세액 추징사유가 발생하였으므로, 이 사건 처분의 처분사유가 인정된다고 판단하였다.
 
나.  위 사실관계를 관련 법리에 비추어 살펴보면, 원심판단에 상고이유 주장과 같이 구 조세특례제한법 제106조의2에서 정한 감면세액 추징사유와 면세유류판매업자 지정 취소 등에 관한 법리를 오해하거나 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 
3.  재량권 일탈·남용 주장에 대하여 
가.  제재적 행정처분이 재량권의 범위를 일탈하였거나 남용하였는지는, 처분사유인 위반행위의 내용과 그 위반의 정도, 그 처분에 의하여 달성하려는 공익상의 필요와 개인이 입게 될 불이익 및 이에 따르는 여러 사정 등을 객관적으로 심리하여 공익침해의 정도와 처분으로 인하여 개인이 입게 될 불이익을 비교·교량하여 판단하여야 한다(대법원 2022. 4. 14. 선고 2021두60960 판결 등 참조).
 
나.  원심은, 구 조세특례제한법 제106조의2의 입법 목적과 연혁, 면세유류를 공급하는 면세유류 판매업자에 의하여 이루어지는 면세유 부정유통에 대한 제재 필요성, 원고의 위반행위 경위와 그 정도 등을 고려하면, 이 사건 처분이 재량권을 일탈·남용하였다고 인정하기 어렵다고 판단하였다.
 
다.  그러나 원심의 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍하기 어렵다.
1) 구 조세특례제한법 제106조의2는 대통령령으로 정하는 농민, 임업에 종사하는 자 및 어민(이하 ‘농어민 등’이라 한다)이 농업·임업 또는 어업에 사용하기 위한 석유류에 대해 부가가치세 등의 세금을 감면하도록 규정하고 있다(이하 위 제도를 ‘면세유 제도’라 한다). 면세유 제도의 입법 취지는 농기계 등에 사용할 목적으로 공급되는 석유류에 대해서 부가가치세 등을 감면함으로써 관련 비용을 절감시켜 농어민 등의 소득증대를 지원하는 한편, 농기계 등의 보급을 촉진하여 농어업생산성을 제고함과 동시에 농어촌 노동력 부족 현상에 대비하기 위한 것이다. 면세유 제도가 그 입법 목적을 달성하기 위해서는 면세유가 실제로 농어민 등에게 공급되고, 또한 그 면세유가 실제로 농어업에 사용되어야 한다(헌법재판소 2010. 12. 28. 선고 2009헌바171 전원재판부 결정 참조). 따라서 면세유 제도의 실효성을 확보하고 조세정의를 실현하기 위하여 면세유 부정 유통에 대하여는 원칙적으로 엄중하게 제재할 필요성을 부정할 수는 없지만, 그러한 경우에도 행정청으로서는 제재처분을 할 때 행정기본법 제22조 제2항, 같은 법 시행령 제3조에 따라 위반행위의 동기, 목적 및 방법, 위반행위의 결과, 위반행위의 횟수, 위반행위자의 귀책사유 유무와 그 정도, 위반행위자의 법 위반상태 시정·해소를 위한 노력 유무를 고려하여 재량권을 적정하게 행사하여야 한다.
석유판매업자는 농어민 등에게 면세유를 공급한 경우 그 신청에 따라 부가가치세 등 면제되는 세액을 환급·공제받을 수 있다(구 조세특례제한법 제106조의2 제2항, 제1항 제1호). 그런데 위와 같이 석유판매업자가 신청한 부가가치세 등 환급·공제세액이 신청하여야 할 환급·공제세액을 초과하는 경우 면세유류판매업자 지정을 취소할 수 있고, 면세유류판매업자 지정이 취소된 석유판매업자는 지정취소일부터 5년간 면세유류판매업자 지정 신청을 할 수 없게 된다(구 조세특례제한법 제106조의2 제13항 제1호, 제12항 제3호). 이처럼 면세유류판매업자 지정 취소 처분이 석유판매업자에 미치는 영향이 중대함에도 구 조세특례제한법령은 면세유류판매업자 지정 취소 처분을 할 수 있는 기준이나 이를 면제할 수 있는 사유를 따로 정하고 있지 아니하다. 따라서 면세유류판매업자 지정 취소 처분에 재량권 일탈·남용의 위법이 인정되는지는 부가가치세 등 환급·공제 초과 신청 경위와 그 횟수 및 액수, 면세유 부정 유통 결과 발생 여부 또는 그 위험성의 정도, 과거 동종 위반 행위 유무 및 반복 가능성 등 여러 사정을 종합적으로 살펴 해당 면세유류판매업자 지정 취소 처분으로 달성하려는 공익 목적과 그 처분으로 인하여 석유판매업자가 입게 될 불이익을 비교·형량하여 판단하여야 할 것이다.
2) 원심판결 이유와 기록에 의하여 알 수 있는 다음 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 면세유 부정 유통에 대한 엄중한 제재의 필요성을 고려하더라도, 이 사건 처분은 재량권을 일탈·남용한 것으로서 위법하다고 볼 여지가 크다.
가) 원고는 일관하여 ‘당초 농어민 소외인에게 이 사건 면세유를 공급하려 하였으나 소외인의 요청에 따라 보일러용 등유를 공급하였고, 이후 이 사건 면세유류 구입카드로 결제한 내역을 미처 취소하지 못하였다.’고 주장하고 있고, 소외인 역시 원심법원에 같은 취지의 탄원서를 제출하였다.
나) 원고가 운영하는 주유소의 면세유 판매로 인한 매출액은 2019년도 401,632,560원, 2020년도 343,936,408원, 2021년도 465,438,550원으로, 전체 매출액의 약 37%~38%에 달한다. 그런데 초과 신청된 원고의 부가가치세 등 환급·공제 내역은 이 사건 면세유에 관한 것뿐이고, 이 사건 면세유의 양은 200ℓ, 그 가액은 316,000원, 초과 환급·공제 세액은 99,500원에 불과하다. 위와 같은 사정을 감안하면, 원고의 이 사건 면세유에 관한 부가가치세 등 초과 환급·공제 신청이 이 사건 면세유 판매를 가장한 고의적인 세액 탈루 목적으로 이루어진 것이라고 단정하기는 어렵고, 오히려 원고가 주장하는 바와 같이 부가가치세 등 환급·공제 신청 과정에서의 착오 또는 과실로 인한 것이라고 볼 여지가 있다.
다) 원고가 소외인에게 공급하지 아니한 이 사건 면세유를 일반 유류로서 공급하는 등 이를 부정 유통하였다고 볼 만한 사정은 찾아볼 수 없다. 오히려 구 조세특례제한법 제106조의2 제12항 제3호에 따르면, 석유판매업자가 부당한 방법으로 면세유에 관한 부가가치세 등 초과 환급·공제 신청을 한 경우에는 감면세액의 40%에 해당하는 금액의 가산세 또한 추징하도록 정하고 있는데, 진주세무서장은 원고에 대하여 위 규정에 따른 가산세를 추징하지 아니하였다.
라) 원고가 2008. 5. 29. 피고로부터 면세유류판매업자 지정을 받은 이래 2022. 8. 3. 이 사건 처분을 받기까지 약 14년간 위 적발 사실 이외에 구 조세특례제한법을 위반하였다고 볼 만한 자료도 없다.
마) 앞서 본 바와 같이 원고의 위반행위가 이 사건 면세유 판매를 가장한 세액의 탈루 목적으로 이루어진 것이라고 단정하기 어렵고, 오히려 부가가치세 등 환급·공제 신청 과정에서의 착오 또는 과실로 인한 것이라고 볼 여지가 상당한 사정 등을 고려하면, 원고에게 동종 위반 행위의 반복 가능성이 있다고 단정하기 어렵다.
바) 이 사건 처분에 따라 원고는 면세유류판매업자 지정취소일부터 5년간 면세유류판매업자 지정 신청조차 할 수 없게 되고, 여기에 원고가 운영하는 주유소의 면세유 판매로 인한 매출액이 상당한 점 등을 보태어 보면, 이 사건 처분으로 인하여 원고의 생계에 미치는 영향도 적지 아니할 것으로 보인다.
3) 그런데도 원심은 이 사건 처분에 재량권 일탈·남용의 위법이 있다고 보기 어렵다는 전제 아래 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 재량권 일탈·남용에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 원고의 상고이유 주장은 이유 있다.
 
4.  결론
그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 권영준(재판장) 오경미 엄상필 박영재(주심)

관련 법령

구 조세특례제한법(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제106조의2 구 조세특례제한법(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제106조의2 제1항 제1호 구 조세특례제한법(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제106조의2 제2항 구 조세특례제한법(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제106조의2 제7항 구 조세특례제한법(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제106조의2 제12항 제3호 구 조세특례제한법(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제106조의2 제13항 제1호 행정기본법 제22조 제2항 행정기본법 시행령 제3조 행정소송법 제27조 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제20조의2 제2항 헌법재판소 2010. 12. 28. 선고 2009헌바171 전원재판부 결정 대법원 2022. 4. 14. 선고 2021두60960 판결

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