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판례 / 종합소득세부과처분등취소
판례 정보 대법원 일반행정

종합소득세부과처분등취소

이 사건은 원고의 2011년 귀속 종합소득세 및 부가가치세에 대하여 이미 3차례 세무조사가 이루어진 뒤, 검찰의 고발의뢰를 계기로 다시 실시된 세무조사 결과에 따라 세무서장이 종합소득세와 부가가치세를 증액경정한 처분의 적법성이 문제 된 사안이다. 원심은 이 사건 세무조사가 앞선 제1, 2, 3차 조사 모두와의 관계에서 같은 세목과 같은 과세기간에 대한 것으로서 구 국세기본법 제81조의4 제2항이 원칙적으로 금지하는 재조사에 해당한다고 보았다. 또한 피고들이 주장한 예외적 허용사유인 조세탈루 또는 조세범칙행위 혐의를 인정할 만한 명백한 자료의 존재, 각종 과세자료 처리를 위한 재조사 사유도 인정하지 않았다. 대법원은 이러한 원심판단에 법리오해나 심리미진의 잘못이 없다고 보아 피고들의 상고를 모두 기각하였다.

2023두38998 선고 2025.12.04 판결 마지막 업데이트 2026.05.24

기본 정보

법원
대법원
사건번호
2023두38998
사건구분
두
선고일
2025.12.04
상단 광고
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목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

선고

핵심 쟁점

  • 이미 3차례 이루어진 세무조사 이후 검찰의 고발의뢰로 실시된 추가 세무조사가 같은 세목 및 같은 과세기간에 관한 금지되는 재조사에 해당하는지 여부
  • 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호의 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'에 해당하는지 여부
  • 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호의 '각종 과세자료의 처리를 위한 재조사를 하는 경우'에 해당하는지 여부
  • 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제3호의 '조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'에 해당하는지 여부

판례 포인트

  • 검찰의 고발의뢰를 계기로 한 세무조사라도, 앞선 조사들과 동일한 세목 및 과세기간을 대상으로 하면 원칙적으로 재조사 금지 규정의 적용 대상이 된다.
  • 재조사 예외사유는 엄격하게 판단되며, 조세탈루나 조세범칙행위 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있다는 주장만으로 곧바로 예외가 인정되지 않는다.
  • 각종 과세자료 처리를 위한 재조사라는 사유 역시 본문상 이 사건에서는 인정되지 않았다.
  • 대법원은 원심의 재조사 해당성 및 예외사유 부존재 판단을 그대로 수긍하였다.

자주 묻는 질문

Q 같은 세목과 같은 과세기간에 이미 세무조사를 세 차례 받았는데, 검찰 고발의뢰 후 다시 조사해 세금을 더 부과할 수 있나요?

A 이 사건에서 대법원은 2011년 귀속 종합소득세와 부가가치세에 대해 이미 3차례 세무조사가 이루어진 뒤, 검찰의 고발의뢰로 다시 실시한 조사는 같은 세목과 같은 과세기간에 대한 재조사라고 보았습니다. 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 이런 재조사는 원칙적으로 금지되므로, 이를 바탕으로 한 증액경정 처분은 취소 대상이 될 수 있다고 판단한 원심을 그대로 유지했습니다.

Q 검찰의 고발의뢰로 진행한 세무조사는 재조사 금지의 예외에 해당하나요?

A 대법원은 이 사건에서 검찰의 고발의뢰로 진행된 세무조사라고 해서 곧바로 예외적으로 허용되는 재조사에 해당한다고 보지 않았습니다. 같은 세목과 같은 과세기간에 대한 조사라면, 구체적인 예외 사유가 인정되어야 하는데 이 사건에서는 그런 사유가 없다고 판단했습니다.

Q 재조사가 허용되려면 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있어야 하나요?

A 원심과 대법원은 피고들이 주장한 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'에 해당한다는 주장을 받아들이지 않았습니다. 단순히 그런 사유를 주장하는 것만으로는 부족하고, 기록과 사실관계에 비추어 예외 요건이 인정되어야 하는데 이 사건에서는 그렇지 않다고 본 것입니다.

Q 과세자료 처리나 조세범칙행위 혐의 자료가 있으면 같은 세목에 대한 재조사가 허용되나요?

A 피고들은 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 조세범칙행위 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당한다고도 주장했습니다. 그러나 법원은 이 사건 세무조사가 그러한 예외 사유에 해당하지 않는다고 보아, 재조사 금지 원칙을 뒤집지 않았습니다.

Q 대법원 2023두38998 사건에서 최종 판단은 어떻게 나왔나요?

A 대법원은 2025년 12월 4일 선고한 2023두38998 판결에서 피고들의 상고를 모두 기각했습니다. 원심의 재조사 금지 위반 판단에 법리오해나 심리미진이 없다고 보았고, 상고비용도 피고들이 부담하도록 했습니다.

판결 내용

종합소득세부과처분등취소

[대법원 2025. 12. 4. 선고 2023두38998 판결]

【판시사항】


甲의 2011년 귀속 종합소득세 및 부가가치세에 대하여 이미 3차례에 걸쳐 세무조사가 이루어졌는데, 이후 검찰의 고발의뢰로 관할 지방국세청장이 실시한 甲에 대한 세무조사 결과에 따라 관할 세무서장이 종합소득세 및 부가가치세를 증액경정 한 사안에서, 검찰의 고발의뢰로 진행한 세무조사는 그 전에 있었던 조사 모두와의 관계에서 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 이루어진 것으로서 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 원칙적으로 금지되는 재조사에 해당하고, 재조사가 허용되는 예외적 사유에 해당하지 않는다고 본 원심판단을 수긍한 사례

【참조조문】

구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제63조의2


【전문】

【원고, 피상고인】

원고 (소송대리인 홍익법무법인 외 2인)

【피고, 상고인】

반포세무서장 외 1인 (소송대리인 법무법인(유한) 대륙아주 외 1인)

【원심판결】

서울고법 2023. 3. 7. 선고 2021누37801 판결

【주 문】

상고를 모두 기각한다. 상고비용은 피고들이 부담한다.

【이 유】

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 각 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
원심은, 이 사건 세무조사가 그 전에 있었던 제1, 2, 3차 조사 모두와의 관계에서 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 이루어진 것으로서 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항에 따라 원칙적으로 금지되는 재조사에 해당한다고 판단한 다음, 이를 예외적으로 허용되는 재조사로 보아야 한다는 피고들의 주장, 즉 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호의 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’ 또는 같은 항 제7호의 위임에 따른 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제63조의2 제2호의 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사를 하는 경우’나 제3호의 ‘「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당한다는 주장을 판시와 같은 이유로 모두 배척하였다.
원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 예외적인 재조사 허용 사유 등에 관한 법리를 오해하거나 필요한 심리를 다하지 아니하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
그러므로 상고를 모두 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하게 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 오경미(재판장) 권영준 엄상필(주심) 박영재

관련 법령

구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제7호 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제63조의2 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제3호 조세범 처벌절차법 제2조 제1호 서울고법 2023. 3. 7. 선고 2021누37801 판결

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