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판례 / 취득세등 경정거부처분취소
판례 정보 서울고등법원 일반행정

취득세등 경정거부처분취소

재건축조합인 원고는 재건축사업 과정에서 상가와 유치원 부지를 취득하고 취득세 등을 신고ㆍ납부한 뒤, 그 일부가 소형임대주택 및 정비기반시설로 무상귀속 내지 기부채납되는 부분이라며 경정청구를 하였으나 피고가 거부하였다. 제1심은 사업시행인가 및 관리처분계획인가 단계에서 무상귀속 내지 기부채납 대상 부지의 위치와 면적이 특정되어 있었고, 해당 취득은 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적ㆍ일시적 조치에 해당한다고 보아 경정거부처분 중 차액 부분을 취소하였다. 서울고등법원은 제1심의 사실인정과 판단이 정당하다고 보아 피고의 항소를 기각하였고, 대법원도 상고이유가 상고심절차에 관한 특례법상 심리 사유에 해당하지 않는다고 보아 상고를 기각하였다.

2025누6143 2025.11.13 기각 마지막 업데이트 2026.05.25

기본 정보

법원
서울고등법원
사건번호
2025누6143
사건구분
누
선고일
2025.11.13
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 재건축조합이 취득한 상가 대지권 부속토지 및 유치원 부지 중 무상귀속 내지 기부채납 비율 상당 부분이 지방세법 제9조 제2항의 취득세 비과세 대상인지 여부
  • 집합건물의 대지권 형태로 취득한 토지에 대해서도 기부채납 비율 상당 부분을 ‘귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’으로 볼 수 있는지 여부
  • 사업시행인가 및 관리처분계획인가 단계에서 기부채납 대상 토지의 위치와 면적이 특정되었다고 볼 수 있는지 여부
  • 기존 관련 판례인 대법원 2020두50904 판결을 이 사건에 적용할 수 있는지 여부
  • 소형임대주택 부지면적이 관리처분계획인가와 매매계약 사이에 일부 차이가 있는 경우 비과세 판단에 영향을 미치는지 여부

판례 포인트

  • 기부채납 대상 부지의 위치와 면적이 사업시행인가 등에서 구체적으로 특정되어 있으면, 이후 취득한 토지 중 해당 비율 상당 부분은 취득세 비과세 대상이 될 수 있다.
  • 집합건물의 대지권은 위치와 면적이 특정되기 어렵더라도 전체 대지에 대한 관념적 지분이라는 특성을 고려하여 기부채납 비율 상당 부분을 비과세 대상으로 볼 수 있다고 판단하였다.
  • 소형임대주택 부속토지는 구 도시정비법 제30조의3 제3항에 따라 인수자에게 기부채납한 것으로 보고, 새로 설치한 정비기반시설은 같은 법 제65조 제2항에 따라 국가 또는 지방자치단체에 무상귀속된다.
  • 부동산 취득이 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적ㆍ일시적 조치에 불과한 경우 취득세를 비과세하는 지방세법 제9조 제2항의 입법취지가 강조되었다.
  • 사업 대상 토지가 100필지를 초과하고 기부채납 대상 면적과 가액이 구체적으로 증명되지 않은 사건과 달리, 이 사건은 대상 토지와 기부채납 면적 등이 구체적으로 특정되어 있어 기존 판례와 사실관계가 다르다고 보았다.
  • 소형임대주택 부지면적이 관리처분계획인가상 면적과 매매계약상 면적 사이에 미미한 차이가 있더라도, 그 사정만으로 일괄적으로 비과세 대상성을 부정할 수 없다고 보았다.

자주 묻는 질문

Q 재건축조합이 기부채납 예정 부지를 취득한 경우 취득세 비과세를 받을 수 있나요?

A 이 판례는 재건축조합이 상가와 유치원 부지를 취득한 뒤 그 일부를 소형임대주택, 도로, 공원, 광장 부지로 무상귀속 또는 기부채납한 사안입니다. 법원은 사업시행인가와 관리처분계획인가 단계에서 기부채납할 부지의 위치와 면적이 이미 구체적으로 특정되어 있었다면, 그 비율에 해당하는 토지는 지방세법 제9조 제2항의 취득세 비과세 대상에 해당한다고 보았습니다.

Q 상가 대지권 형태로 취득한 토지도 기부채납 비율만큼 취득세 비과세가 인정되나요?

A 법원은 상가가 집합건물이라 대지권의 위치와 면적이 개별적으로 특정되지 않더라도, 전체 토지 중 일부가 무상귀속 또는 기부채납 대상으로 특정되어 있었다는 점을 중시했습니다. 따라서 상가 대지권 중 무상귀속 또는 기부채납 비율에 해당하는 부분은 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적·일시적 취득으로 보아 취득세 비과세 대상이 될 수 있다고 판단했습니다.

Q 유치원 부지 중 소형임대주택 대지권으로 제공된 부분도 취득세 비과세 대상인가요?

A 서울고등법원은 유치원 부지를 포함한 공동주택 및 근린생활시설 부지에 소형임대주택을 위한 대지권이 설정된 점을 보았습니다. 그중 소형임대주택의 부지로 제공된 부분, 즉 기부채납 비율에 상당하는 면적은 ‘귀속 등을 조건으로 취득하는 부동산’에 해당한다고 판단했습니다.

Q 기부채납할 토지의 위치와 면적이 언제 특정되어야 취득세 비과세가 인정되나요?

A 법원은 이 사건 고시, 사업시행인가, 관리처분계획인가 단계에서 소형임대주택과 정비기반시설로 무상귀속 또는 기부채납할 부지의 위치와 면적이 특정되어 있었다고 보았습니다. 그 상태에서 조합이 상가와 유치원 부지를 취득했다면, 해당 비율의 토지는 국가 등에 귀속될 것이 사실상 확정된 것으로 평가했습니다.

Q 소형임대주택 매매계약이 부지 취득 후 체결되었어도 취득세 비과세가 인정되나요?

A 이 사건에서 조합은 상가와 유치원 부지를 취득한 뒤인 2018년 7월 27일 서울특별시와 소형주택 매매계약을 체결했습니다. 법원은 소형임대주택 세대 수가 사업시행인가 이후의 112세대와 일치하고, 부지면적 차이도 미미하다고 보아 이러한 사정만으로 취득세 비과세 대상에서 제외할 수 없다고 판단했습니다.

Q 서울고등법원 2025누6143 사건에서 경정거부처분은 왜 취소되었나요?

A 피고는 상가 대지권이 설정된 부속토지와 유치원 부지가 기부채납을 조건으로 취득한 당해 부동산이 아니라며 경정청구를 거부했습니다. 그러나 법원은 해당 토지 중 무상귀속 또는 기부채납 비율에 해당하는 부분은 취득세 비과세 대상이라고 보아, 경정거부처분 중 차액 176,435,880원 부분을 취소한 제1심 판단을 유지했습니다.

Q 대법원은 2025두35876 취득세 사건에서 어떤 결론을 내렸나요?

A 대법원은 2026년 4월 2일 2025두35876 사건에서 상고를 기각했습니다. 상고이유가 상고심절차에 관한 특례법상 심리 사유를 포함하지 않거나 원심판결에 영향을 미치지 않는 경우에 해당한다고 보아, 서울고등법원의 판단이 그대로 유지되었습니다.

Q 이 사건에서 법원이 기존 대법원 2020두50904 판결을 그대로 적용하지 않은 이유는 무엇인가요?

A 피고는 대법원 2020두50904 판결 등을 근거로 들었지만, 법원은 그 사건과 이 사건의 사실관계가 다르다고 보았습니다. 기존 판례는 사업 부지가 100필지를 초과하고 토지별 용도와 세율 등이 달랐으며 기부채납 대상 면적과 가액이 구체적으로 증명되지 않은 사안인 반면, 이 사건은 귀속 또는 기부채납 대상 토지의 면적과 가액이 구체적으로 특정되어 있었다고 판단했습니다.

판결 내용

취득세등 경정거부처분취소

[대법원 2026. 4. 2. 2025두35876 기각]
[서울고등법원 2025. 11. 13. 2025누6143 기각]
[서울행정법원 2025. 2. 12. 2023구단56517 처분청 패소]

■ 3심 2025두35876 (선고일자-20260402) 취득세

※ 본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【판결요지】

재건축조합이 상가 및 유치원 부지를 매입하기 전 사업시행인가 등을 통해 기부채납할 소형임대주택과 정비기반시설의 위치 및 면적이 이미 특정되어 있었다면 , 집합건물의 대지권 형태로 취득했더라도 그 기부채납 비율에 해당하는 부분은 국가 귀속을 위한 일시적 조치이므로 지방세법상 취득세 비과세 대상에 해당함


【전문】


【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.

【이유】

「상고심절차에 관한 특례법」은 대법원이 법률심으로서의 기능을 효율적으로 수행하고 법률관계를 신속하게 확정하도록 제4조 제1항 각 호에서 원심판결에 중대한 법령위반에 관한 사항이 있는 경우 등으로 심리 사유를 한정하고, 상고이유에 관한 주장이 각 호의 어느 하나의 사유를 포함하지 아니하거나 위 사유를 포함하는 경우에도 같은 조 제3항 각 호에 해당할 때에는 판결로 상고를 기각한다고 규정한다.

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 「상고심절차에 관한 특례법」 제4조 제1항 각 호에서 정한 사유를 포함하지 아니하거나 같은 조 제3항 제2호에서 정한 원심판결에 영향을 미치지 아니하는 때에 해당한다.

「상고심절차에 관한 특례법」 제5조에 따라 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

■ 2심 2025누6143 (선고일자-20251113) 취득세

※ 본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【전문】


【주문】

 
1.  피고의 항소를 기각한다.
 
2.  항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】

 
1.  제1심판결의 인용

피고가 이 법원에서 주장하는 사유는 제1심에서 주장한 내용과 크게 다르지 않고, 제1심법원에 제출된 증거들에 이 법원에서 제출된 증거를 보태어 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원의 판결이유는 아래와 같이 고치는 것 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지 2를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제4쪽 표 다음에 아래 내용을 추가한다.

“이 사건 재건축사업 부지 96,964.8㎡ 중 분양주택 및 상가 부속토지 83,057.67㎡와소형임대주택 부지 3,404.13㎡의 합계 86,461.8㎡는 이 사건 재건축사업으로 신축된 공동주택(소형임대주택 포함) 및 근린생활시설의 부지로 제공되었는데, 재건축사업 완료 후 종전 지적(○○동 ○, ○-○)이 폐쇄되고 집합건물인 공동주택 등의 부지로 제공된 86,461.8㎡는 ‘○○동 1280 대 86,461.8㎡’, 정비기반시설 부지로 제공된 나머지 토지는 ‘○○동 ○-○ 도로 769.8㎡’, ‘○○동 ○-○ 공원 1,628.2㎡’, ‘○○동 ○-○ 공원 2,478㎡’, ‘○○동 ○-○ 공원 5,627㎡’로 지번과 지목이 변경되었다. 이에 따라 이 사건 소형주택 매매계약에 따라 소형임대주택의 소유권을 취득한 서울특별시는 신축된 공동주택 등의 부지인 ‘○○동 1280 대 86,461.8㎡’에 대하여 각 소형임대주택의 소유자로서 그 지분 비율에 해당하는 대지권을 취득하였다.

○ 제1심판결 제6쪽 14행부터 15행까지의 “2011. 11. 1.”을 “2011. 11. 10.”로 고친다.

○ 제1심판결 제8쪽 18, 19행의 각 “이 사건 재개발사업”을 “이 사건 재건축사업”으로 각 고친다.

○ 제1심판결 제8쪽 마지막 행, 제9쪽 4행부터 9행까지의 각 “대지사용권”을 “대지권”으로 각 고친다.

○ 제1심판결 제9쪽 1행부터 3행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

“볼 수 없다(피고가 원용하는 대법원 2021. 2. 4. 자 2020두50904 판결 및 그 원심판결인 서울고등법원 2020. 9. 25. 선고 2019누55325 판결은 정비사업의 부지로 편입되는 토지가 100필지를 초과하고 각 토지의 용도, 위치 등이 서로 달라 토지별로 그 가액과 취득세 적용세율이 상이한 상황에서, 사업시행자인 원고가 귀속 또는 기부채납의 대상이 되는 부동산의 면적과 가액을 구체적으로 주장ㆍ증명하지 않은 채 단순히 유상으로 취득한 전체 부동산 면적 중 일정 비율에 해당하는 부분에 대한 취득세의 비과세를 주장한 사건으로, 앞서 본 바와 같이 귀속 또는 기부채납의 대상이 되는 토지의 면적과 가액이 구체적으로 특정되어 있는 이 사건과는 사실관계를 달리하여 이 사건에 그대로 적용할 수 없다.”

○ 제1심판결 제9쪽 10행 “합리적이다.” 다음에 아래 내용을 추가한다.

“또 이 사건 유치원 부지를 포함한 86,461.8㎡가 이 사건 재건축사업으로 신축된 공동주택(소형임대주택 포함) 및 근린생활시설의 부지로 제공되었고, 그에 따라 86,461.8㎡에 대하여 소형임대주택을 위한 대지권이 설정되었으므로, 이 사건 유치원 부지 중 소형임대주택의 부지로 제공된 부분(기부채납비율에 상당하는 면적)은 ‘귀속 등을 조건으로 취득하는 부동산’에 해당한다.”

 
2.  결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 모두 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 기각한다.

별지 1

표

(단위: 원)

구분

취득세

지방교육세

농어촌특별세

합계

당초 세액

1,252,607,380

125,260,640

62,630,270

1,440,498,290

정당세액

1,099,184,900

109,918,400

54,959,110

1,264,062,410

차액

153,422,480

15,342,240

7,671,160

176,435,880

경정청구 액수

174,665,160

17,466,500

8,733,180

200,864,840



 
끝. 

■ 1심 2023구단56517 (선고일자-20250212) 취득세

※ 본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【전문】


【주문】

 
1.  피고가 2020. 11. 6. 원고에게 한 200,864,840원의 취득세 등 경정거부처분 중 별지1 표 ‘차액’란 기재 부분을 취소한다.
 
2.  소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

 
1.  처분의 경위

가. 원고의 주택재건축정비사업 진행 경과

1) 원고는 서울 강남구 ○○동 140 대 96,616.1㎡, 같은 동 ○-○ 대 348.7㎡ 합계 96,964.8㎡의 토지에서 주택재건축정비사업(이하 ‘이 사건 재건축사업’이라 한다)을 추진하였다.

2) 서울특별시장은 2012. 9. 27. ‘○○택지개발지구(공동주택) 제1종지구단위계획 결정(변경)과 ○○○○○단지 주택재건축 정비계획수립ㆍ정비구역지정 및 지형도면’을 고시하였는데(서울특별시 고시 제2012-261호, 이하 ‘이 사건 고시’라 한다), 이 사건 고시에 소형(임대)주택은 110세대(= 전용 49㎡ 32세대 + 전용 59㎡ 78세대), 기부채납할 정비(공공)기반시설은 도로 769.8㎡, 공원 8,105㎡, 광장 1,628.2㎡ 합계 10,503㎡라고 기재되어 있고, 이 사건 고시에 따른 정비계획 결정에 관한 지형도면은 아래 그림과 같다.

img164271279


3) 원고는 2014. 5. 21. 피고로부터 소형(임대)주택은 112세대(= 49A 32세대 + 59A 80세대)로 변경되고, 새로이 설치할 정비기반시설의 토지면적은 이 사건 고시와 동일한 내용으로 하는 사업시행인가(이하 ‘이 사건 사업시행인가’라 한다)를 받았는데, 그 인가조건 중 제11항은 ‘새로이 설치하는 정비기반시설(도로, 공원)은 조합부담으로 시설공사를 완료하여 준공인가신청 전까지 무상귀속(기부채납) 조치하여야 하며, 순부담률, 상계처리에 관하여는 관련 부서 협의 결과에 따라 이행하여야 한다’고 기재되어 있다.

4) 원고는 이 사건 재건축사업에 대하여 2015. 2. 4. 피고로부터 관리처분계획인가(이하 ‘이 사건 관리처분계획인가’라 한다)를 받았는데, 그 인가서에는 소형(임대)주택이 112세대, 그 대지면적이 3,427.26㎡라고 기재되어 있고, 신설 정비기반시설의 토지면적은 이 사건 고시와 동일한 내용으로 기재되어 있다.

5) 원고는 2018. 7. 27. 서울특별시와 사이에, 원고가 서울특별시에 소형(임대)주택 112개(= 49형 31세대 + 59형 81세대)를 14,210,349,000원에 매도하기로 하는 ‘재건축 소형주택 매매(분양) 계약’(이하 ‘이 사건 소형주택 매매계약’이라 한다)을 체결하였는데, 이 사건 소형주택 매매계약서에는 기부채납하는 소형(임대)주택의 대지면적이 3,404.132㎡라고 기재되어 있다.

6) 한편 원고는 2015. 12. 30. 이 사건 재건축사업에 따른 공사를 시작하여 2019. 1. 29. 그 공사를 완료하고 2019. 2. 26. 준공인가를 받았다.

이 사건 재건축사업 부지의 무상귀속 내지 기부채납된 토지 등의 현황은 아래 표 기재와 같고, 이 사건 재건축사업 부지의 택지(공동주택 및 근린생활시설) 중 소형(임대)주택 부지의 비율은 약 3.94%[= 3,404.13 ÷ (83,057.67 + 3,404.13) × 100]이다.

(단위: ㎡)

이 사건 재건축사업 부지

분양주택 및 상가 부속토지

무상귀속 내지 기부채납 대상 토지

소계

임대주택

도로

공원

광장

96,964.8

83,057.67

13,907.13

3,404.13

769.8

8,105

1,628.2

100%

85.66%

14.34%

3.51%

0.79%

8.36%

1.68%



나. 원고의 상가 및 유치원 취득과 취득세 등 납부

1) 원고는 이 사건 재건축사업을 추진하면서 2015. 11. 20.부터 2017. 6. 22.까지 순차적으로 서울 강남구 ○○동 140 지상의 상가 15개(이하 통칭하여 ‘이 사건 상가’라 한다)를 취득하였고, 2016. 4. 15. 같은 동 ○-○ 토지(이하 ‘이 사건 유치원 부지’라 한다) 및 그 지상 건물(이하 이 사건 유치권 부지와 합하여 ‘이 사건 유치원’이라 한다)을 취득하였다.

2) 원고는 이 사건 상가와 이 사건 유치원에 대하여 2015. 11.경부터 순차적으로 취득세 과세표준을 31,315,186,275원으로 하여 취득세 1,252,607,380원, 지방교육세 125,260,640원, 농어촌특별세 62,630,270원의 합계 1,440,498,290원을 피고에게 신고ㆍ납부하였다.

다. 원고의 경정청구 등

1) 원고는 2020. 9. 11. 이 사건 상가의 대지권이 설정된 부속토지 및 이 사건 유치원 부지 중 소형임대주택ㆍ도로ㆍ공원ㆍ광장으로 무상귀속 내지 기부채납된 비율 14.34%에 해당하는 토지의 가액에 대한 취득세는 지방세법 제9조 제2항 본문에 따라 비과세되므로, 과다납부된 취득세 등 200,864,840원의 환급을 구하는 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 피고에게 하였다.

2) 피고는 2020. 11. 6. 원고에게 ‘이 사건 상가의 대지권이 설정된 부속토지 및 이 사건 유치원 부지는 기부채납을 조건으로 취득하는 당해 부동산이 아니다’는 이유로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 10, 11, 15, 17호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

 
2.  관계 법령

별지2 기재와 같다.

 
3.  이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고가 취득한 이 사건 상가의 대지권이 설정된 부속토지 및 이 사건 유치원 부지 중에서 무상귀속 내지 기부채납된 비율만큼은 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 ‘국가 등’이라 한다)에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당하므로 지방세법 제9조 제2항 본문에 따라 취득세가 비과세되어야 한다. 따라서 이 사건 처분 중 별지1 표 ‘차액’란 기재 부분은 위법하여 취소되어야 한다.'2)

나. 판단

1) 관련 규정 및 법리

지방세법 제9조 제2항 본문은 ‘국가 등에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 ’귀속 등‘이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있다.'3) 2015. 12. 29. 법률 제13636호로 지방세법 제9조 제2항 단서가 개정되어 취득세를 부과하는 경우로 ‘국가 등에 귀속등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우’가 추가되었고(제2호), 그 개정규정은 이 법 시행 후 취득하는 분부터 적용되나(부칙 제3조 참조), 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제73조의2 제1항은 ‘지방세법 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 2018년 12월 31일까지 취득세를 면제한다’고 규정하고 있다.

지방세법 제9조 제2항 본문의 입법취지는, 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세 및 등록세를 비과세하겠다는 데에 있다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2010두6977 판결 참조).

위 규정에서 비과세 요건으로 규정한 ‘기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’의 의미에 관하여, 사업자가 주택건설사업계획승인을 받고 그 승인조건에서 나타난 기부채납 등의 조건에 맞추어 취득한 토지가 이에 해당함은 당연하고, 나아가 주택건설사업계획승인 이전이라도 이미 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 행정관청과 사이에 기부채납에 대한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 경우에는, 그 이후에 취득하여 국가 등에 기부채납한 토지도 ‘기부채납을 조건으로 취득한 토지’로서 비과세 대상에 해당한다(대법원 2011. 11. 1. 선고 2011두17363 판결 참조).

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주2) 원고는 2024. 12. 10. 자 청구취지 변경신청서 및 준비서면을 통하여 이 사건 유치원 부지의 경우 이 사건 경정청구 때와 달리 ‘전체 공동주택 및 근린생활시설 부지 중 소형임대주택으로 기부채납된 비율 3.94%’만큼은 지방세법 제9조 제2항 본문에 따라 취득세가 비과세되어야 한다고 주장하고 있다.

주3) 2015. 12. 29. 법률 제13636호로 지방세법 제9조 제2항 단서가 개정되어 취득세를 부과하는 경우로 ‘국가 등에 귀속등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우’가 추가되었고(제2호), 그 개정규정은 이 법 시행 후 취득하는 분부터 적용되나(부칙 제3조 참조), 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제73조의2 제1항은 ‘지방세법 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 2018년 12월 31일까지 취득세를 면제한다’고 규정하고 있다.

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2) 구체적 판단

위 인정사실과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합해 보면, 원고가 취득한 이 사건 상가의 대지권이 설정된 부속토지 및 이 사건 유치원 부지 중에서 무상귀속 내지 기부채납비율에 해당하는 토지는 지방세법 제9조 제2항에 따라 ‘국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분 중 별지1 표 ‘차액’란 기재 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

가) 앞서 살펴본 이 사건 고시와 이 사건 사업시행인가 및 이 사건 관리처분계획인가의 내용에다가, 구 도시 및 주거환경정비법(2015. 8. 28. 법률 제13499호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 도시정비법’이라 한다) 제30조의3에서 재건축 용적률 완화에 따른 소형주택 건설 면적을 구체적으로 정하고 있는 점을 더하여 보면, 이 사건 고시, 이 사건 사업시행인가 및 이 사건 관리처분계획인가 단계에서 이미 원고가 향후 소형임대주택ㆍ도로ㆍ공원ㆍ광장으로 무상귀속 내지 기부채납할 부지의 구체적인 위치와 면적 등이 특정되어 있었다고 볼 수 있다. 이후 원고는 현금청산대상자 등으로부터 이 사건 상가 및 이 사건 유치원을 취득한 후 건축물은 철거하였고, 이 사건 상가의 대지권이 설정된 부속토지 중 앞서 본 표 기재와 같이 14.34%에 해당하는 면적은 소형임대주택 부지, 도로, 공원, 광장으로 무상귀속 내지 기부채납하고 나머지는 분양주택 및 상가 부속토지로, 이 사건 유치원 부지 중 앞서 본 바와 같이 3.94%에 해당하는 면적은 소형임대주택 부지로 기부채납하고 나머지는 분양주택 및 상가 부속토지로 각 편입하여 이 사건 사업시행인가의 조건을 이행하였다. 따라서 이 사건 상가의 대지권이 설정된 부속토지 및 이 사건 유치원 부지 중에서 무상귀속 내지 기부채납비율에 해당하는 토지는 국가 등에 귀속 내지 기부채납될 것이 사실상 확정되어 있었다고 봄이 타당하다.

나) 구 도시정비법 제30조의3 제3항은 사업시행자는 제1항에 따라 정비계획상 용적률을 초과하여 건축하는 경우 그 초과한 용적률에 제2항에 따라 시ㆍ도조례로 정하는 비율을 곱한 용적률에 해당하는 면적에 제2항에 따라 건설한 소형주택을 국토교통부장관, 시ㆍ도지사, 시장, 군수, 구청장 또는 주택공사등(이하 이 조에서 ’인수자‘라 한다)에 공급하여야 하고, 이 경우 부속토지는 인수자에게 기부채납한 것으로 본다고 규정하고, 제65조 제2항은 시장ㆍ군수 또는 주택공사등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로이 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다고 규정하는바, 향후 소형임대주택ㆍ도로ㆍ공원ㆍ광장으로 무상귀속 내지 기부채납할 부지는 구 도시정비법 제30조의3 제3항 및 제65조 제2항에 따른 무상귀속 내지 기부채납이 법률상 예정되어 있었다. 원고가 앞서 본 바와 같이 무상귀속 내지 기부채납할 부지의 구체적인 위치와 면적 등이 특정된 상태에서 이 사건 상가 및 이 사건 유치원을 취득한 것은, 그 부지를 취득하여 소형임대주택 및 정비기반시설을 설치한 후 그 소형임대주택 부지 및 정비기반시설을 구 도시정비법 제30조의3 제3항 및 제65조 제2항에 따라 국가 등에 무상귀속 내지 기부채납하기 위한 것이고, 이는 ’부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치‘에 불과하므로, 이 경우 ’귀속 등을 조건으로 취득하는 부동산‘에 해당한다고 보아 취득세를 비과세하는 것이 지방세법 제9조 제2항 본문의 입법취지에 부합한다.

다) 이 사건 재개발사업의 대상 토지는 서울 강남구 ○○동 140 대 96,616.1㎡, 같은 동 140-1 대 348.7㎡의 2필지뿐이어서 이 사건 재개발사업으로 무상귀속 내지 기부채납할 토지의 위치와 면적이 원고의 이 사건 상가 및 이 사건 유치원 부지 취득 이전에 특정되었고, 그 가격도 전유부분과 일체화된 대지사용권 형태로 차이가 있다고 볼 수 없다(피고가 원용하는 대법원 2021. 2. 4. 선고 2020두50904 판결은 사업 대상 토지가 100여 필지를 초과하는 등 이 사건과 사실관계를 달리하여 이 사건에 그대로 적용할 수 없다).

라) 원고가 취득한 이 사건 상가는 집합건물로서 그 대지사용권은 전유부분과 분리하여 처분할 수 없어 이 사건 상가를 취득하면 당연히 지분 비율에 해당하는 대지사용권도 취득하고, 그 대지사용권은 그 성격상 위치와 면적이 특정될 수 없으나, 전체 대지의 소유권을 지분만큼 가지는 관념적인 권리라는 특성이 공유와 유사하므로 대지사용권이 설정된 토지 중 일부가 무상귀속 내지 기부채납할 토지로 특정되었다면 그 대지사용권 중 무상귀속 내지 기부채납비율만큼은 ’귀속 등을 조건으로 취득하는 부동산‘에 해당하는 것으로 봄이 합리적이다.

마) 비록 원고가 이 사건 상가 및 이 사건 유치원 부지를 취득한 이후인 2018. 7. 27. 서울특별시와 이 사건 소형주택 매매계약을 체결하였고 그 매매계약서에 기재된 소형임대주택 부지면적 3,404.13㎡는 이 사건 관리처분계획인가상 소형임대주택 부지면적 3,427.26㎡와 다소 차이가 있으나, 이 사건 소형주택 매매계약상 소형임대주택 세대 수는 112세대로 이 사건 사업시행인가 이후 소형임대주택 세대 수 112세대와 일치하고, 이 사건 소형주택 매매계약상 소형임대주택 부지면적도 이 사건 관리처분계획인가상 소형임대주택의 부지면적 3,427.26㎡와 비교하여 미미하게 감소하였을 뿐이다. 만일 이러한 미세한 변동만으로 소형임대주택 부지에 해당하는 부분이 일괄적으로 지방세법 제9조 제2항 본문의 취득세 비과세 대상에 해당하지 않는다고 보게 되면, 부동산 취득의 실질이 ‘국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치’에 불과함에도 이를 반영하지 못하게 되어 부당하다.

 
4.  결론

렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지1

표

(단위: 원)

구분

취득세

지방교육세

농어촌특별세

합계

당초 세액

1,252,607,380

125,260,640

62,630,270

1,440,498,290

정당세액

1,099,184,900

109,918,400

54,959,110

1,264,062,410

차액

153,422,480

15,342,240

7,671,160

176,435,880

경정청구 액수

174,665,160

17,466,500

8,733,180

200,864,840



별지2

관계 법령

■ 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것)

제9조(비과세)

② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 "귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우에는 취득세를 부과한다.

부칙 <법률 제13636호, 2015. 12. 29.>

제1조(시행일)

이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)

제2조(일반적 적용례)

이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제3조(국가등 귀속 및 기부채납에 관한 적용례)

제9조 제2항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 취득하는 분부터 적용한다.

■ 지방세법

제9조(비과세)

② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

 
1.  국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

 
2.  국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

■ 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것)

제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면)

① 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 이 조에서 "귀속등"이라 한다)의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 2018년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

② 제1항의 경우 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 국가등에 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우에는 그 면제된 취득세를 추징한다.

[본조신설 2015. 12. 29.]

■ 구 도시 및 주거환경정비법(2015. 8. 28. 법률 제13499호로 개정되기 전의 것)

제30조의3(주택재건축사업 등의 용적률 완화 및 소형주택 건설 등)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 정비사업(「도시재정비 촉진을 위한 특별법」 제2조 제1호에 따른 재정비촉진지구에서 시행되는 주택재건축사업 및 주택재개발사업은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 시행하는 경우 그 사업시행자(이하 이 조에서 “사업시행자”라 한다)는 제4조에 따라 정비계획(이 법에 따라 정비계획으로 의제되는 계획을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)으로 정하여진 용적률에도 불구하고 같은 조 제4항에 따른 지방도시계획위원회의 심의를 거쳐 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제78조 및 관계 법률에 따른 용적률의 상한(이하 이 조에서 “법적상한용적률”이라 한다)까지 건축할 수 있으며, 사업시행자가 정비계획으로 정하여진 용적률을 초과하여 건축하고자 하는 경우에는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제78조에 따라 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시 또는 군의 조례로 정한 용적률 제한 및 정비계획으로 정한 허용세대수 제한을 받지 아니한다.

 
1.  「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역(이하 “과밀억제권역”이라 한다)에서 시행하는 주택재건축사업 및 주택재개발사업

 
2.  제1호 외의 경우 시ㆍ도조례로 정하는 지역에서 시행하는 주택재건축사업 및 주택재개발사업

② 사업시행자는 법적상한용적률에서 정비계획으로 정하여진 용적률을 뺀 용적률의 다음 각 호에 따른 비율에 해당하는 면적에 주거전용면적 60제곱미터 이하의 소형주택을 건설하여야 한다.

 
1.  과밀억제권역에서 시행하는 주택재건축사업의 경우 100분의 30 이상 100분의 50 이하로서 시ㆍ도조례로 정하는 비율

 
2.  과밀억제권역에서 시행하는 주택재개발사업의 경우 100분의 50 이상 100분의 75 이하로서 시ㆍ도조례로 정하는 비율

 
3.  과밀억제권역 외의 지역에서 시행하는 주택재건축사업의 경우 100분의 50 이하로서 시ㆍ도조례로 정하는 비율

 
4.  과밀억제권역 외의 지역에서 시행하는 주택재개발사업의 경우 100분의 75 이하로서 시ㆍ도조례로 정하는 비율

③ 사업시행자는 제1항에 따라 정비계획상 용적률을 초과하여 건축하는 경우 그 초과한 용적률에 제2항에 따라 시ㆍ도조례로 정하는 비율을 곱한 용적률에 해당하는 면적에 제2항에 따라 건설한 소형주택을 국토교통부장관, 시ㆍ도지사, 시장, 군수, 구청장 또는 주택공사등(이하 이 조에서 “인수자”라 한다)에 공급하여야 한다. 이 경우 소형주택의 공급가격은 「임대주택법」 제16조 제3항에 따라 국토교통부장관이 고시하는 공공건설임대주택의 표준건축비로 하며, 부속토지는 인수자에게 기부채납한 것으로 본다.

⑤ 제1항에 따라 정비계획상 용적률을 초과하여 건축하고자 하는 경우 사업시행자는 사업시행인가를 신청하기 전에 미리 제3항에 따른 소형주택에 관한 사항을 인수자와 협의하여 사업시행계획서에 반영하여야 한다.

제47조(분양신청을 하지 아니한 자 등에 대한 조치)

① 사업시행자는 분양신청을 하지 아니한 자, 분양신청기간 종료 이전에 분양신청을 철회한 자 또는 제48조에 따라 인가된 관리처분계획에 따라 분양대상에서 제외된 자에 대해서는 관리처분계획 인가를 받은 날의 다음 날로부터 90일 이내에 대통령령으로 정하는 절차에 따라 토지ㆍ건축물 또는 그 밖의 권리에 대하여 현금으로 청산하여야 한다.

제65조(정비기반시설 및 토지 등의 귀속)

② 시장ㆍ군수 또는 주택공사등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로이 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 인하여 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 그가 새로이 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위안에서 사업시행자에게 무상으로 양도된다.

 
끝. 

관련 법령

지방세법 제9조 제2항 구 지방세법 제9조 제2항 구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항 구 지방세특례제한법 제73조의2 제2항 구 도시 및 주거환경정비법 제30조의3 구 도시 및 주거환경정비법 제47조 구 도시 및 주거환경정비법 제65조 제2항 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제1호 상고심절차에 관한 특례법 제4조 상고심절차에 관한 특례법 제5조 행정소송법 제8조 제2항 민사소송법 제420조 대법원 2011. 7. 28. 선고 2010두6977 판결 대법원 2011. 11. 1. 선고 2011두17363 판결 대법원 2021. 2. 4. 자 2020두50904 판결 서울고등법원 2020. 9. 25. 선고 2019누55325 판결 서울특별시 고시 제2012-261호

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