세무조사 사전통지를 하면 증거인멸의 우려가 있어 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에 해당함. 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니할 것을 위반했는지 여부는 이사의 실제 선임일을 기준으로 판단함.

사 건

2024누30610 증여세부과처분취소

원 고

재단법인 제ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단

피 고

ㅇㅇ세무서장 

변 론 종 결

2024. 7. 12.

판 결 선 고

2024. 9. 6.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2019. 10. 18. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 증여세 ×,×××,×××,××1원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고가 당심에서 주장하는 내용은 제1심에서의 주장 내용과 크게 다르지 아니한바, 원고의 주장을 제1심 및 당심에 제출된 증거들과 함께 다시 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다.

따라서 이 법원이 이 판결에 기재할 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰고 아래 제2항에서 추가 판단을 기재하는 외에는, 제1심판결의 이유 부분(제1심판결문 별지 포함) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

[고쳐 쓰는 부분]

○ 제1심판결문 제3쪽 표 아래 제3~4행의 “○○지방국세청은 2018. 10. 29.부터 2019. 3. 21.까지 원고의 성실공익법인 사후관리요건 위반 등에 관한 증여세 조사를 실시하여” 부분을 “○○지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2018. 10. 29.부터 2019. 3. 21.까지 원고의 성실공익법인 요건 위반 등에 관한 증여세 조사를 실시하여(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제3쪽 밑에서 제5행의 “○○지방국세청” 부분을 “조사청”으로 고쳐쓴다.

○ 제1심판결문 제8쪽 제7행 다음에 “2021. 1. 1. 시행” 부분을 “2012. 1. 1. 시행”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제16쪽 제13행의 “의사” 부분을 “이사”로 고쳐 쓴다.

2. 추가 판단

가. 원고의 주장 요지

 1) 조사청은 정당한 사유 없이 원고에 대하여 세무조사 사전통지를 생략하여 국세기본법 제81조의7 제1항을 위반하였고, 생략 사유를 구체적으로 제시하지 아니하여 같은 조 제4항을 위반하였으며, 납세자권리헌장도 교부하지 않았는바, 이 사건 세무조사에는 위와 같은 절차상 하자가 존재하므로, 위법한 세무조사에 터 잡아 이루어진 이 사건 처분도 위법하다(이하 ‘제1 주장’이라 한다).

 2) (가) 주위적으로, 성실공익법인 요건은 사업연도 말을 기준으로 하는데, D는 2017. 12. 5. 이사로 선임되고 같은 달 26. 보건복지부장관의 승인이 있었으나 법인등기부에는 2018. 2. 12. 등재되고 같은 해 11. 12.에 사임 등기가 경료되었으므로, 원고는 2018. 12. 31. 이전에 성실공익법인 요건 위반 사유를 해소하여 성실공익법인 지위를 상실한 적이 없는바, 원고가 2017년 당시 구 상증세법상 성실공익법인의 지위를 상실하였음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다(이하 ‘제2-1 주장’이라 한다).

 (나) 예비적으로, 원고는 2017년까지 성실공익법인 지위를 유지하였으므로 2017. 12. 31. 기준 가액을 근거로 증여세 과세가액을 계산한 이 사건 처분은 정당세액을 초과하는 범위에서 위법하다(이하 ‘제2-2 주장’이라 한다).

 3) 이 사건 처분은 국세기본법 제18조 제1항에 반하므로 위법하다(이하 ‘제3 주장’이라 한다).

나. 제1 주장에 대한 판단

  1) 관련 규정

가) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의7 제1항은 “세무공무원은 세무조사(｢조세범 처벌절차법｣에 따른 조세범칙조사는 제외한다)를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 ‘사전통지’라 한다)하여야 한다.

다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.”고 규정하고 있고, 제4항 본문은 “세무공무원은 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 세무조사를 하는 경우 세무조사를 개시할 때 다음 각 호의 사항이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부하여야 한다.”고 규정하면서, 제1호에 “사전통지 사항”, 제2호에 “사전통지를 하지 아니한 사유”, 제3호에 “그 밖에 대통령령으로 정하는 사항”을 규정하고 있다.

나) 구 조사사무처리규정(2018. 5. 2. 국세청훈령 제2253호로 일부 개정되어 2020. 7. 10. 제2379호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 규정’이라 한다) 제21조 제1항은 “세무조사를 실시하는 경우에는 ｢국세기본법｣ 제81조의7(세무조사의 통지와 연기 신청) 제1항에서 정하는 바에 따라 세무조사 사전통지(별지 제1호 서식)를 작성하여 조사개시 15일 전에 납세자 또는 납세관리인에게 송달하고 송달을 확인할 수 있는 근거서류를 보관하여야 한다. 다만, 조세범칙조사 또는 ｢국세기본법｣ 제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청) 제1항 단서에 따라 사전통지를 하면 증거인멸 등의 우려가 있어 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 조사관서장의 승인을 받아 사전통지를 생략하고 조사를 시작할 수 있다.”고 규정하고, 제2항에 “제1항 단서에 따라 세무조사를 시작한 경우에는 세무조사 시작 시 사전통지를 하지 않은 사유 등이 기재된 세무조사 통지(별지 제2호 서식)를 교부하여야 한다.”고 규정하고 있다.

 2) 구체적 판단

앞서 든 증거들 및 갑 제36호증, 갑 제38호증의 4, 갑 제42, 43호증, 을 제2, 3호증의 각 1, 2, 을 제4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 등을 종합하여 볼 때, ① 조사청 내지 그 소속 세무공무원(이하 통틀어 ‘조사청’이라고만 한다)이 이 사건 세무조사를 시작하기에 앞서 원고에게 사전통지를 하면 증거인멸 등의 우려가 있어 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에 해당한다고 봄이 상당하므로, 구 국세기본법 제81조의7 제1항 단서에 따라 이 사건 세무조사에 대한 사전통지를 생략할 수 있다고 봄이 타당하고, ② 조사청은 구 국세기본법 제81조의7 제4항 본문에 따라 이 사건 세무조사를 개시할 때 세무조사통지서로써 원고에게 그러한 사전통지를 생략한 사유를 비교적 구체적으로 제시하였다고 할 것이며,

③ 조사청은 구 국세기본법 제81조의2 제2항에서 정한 납세자권리헌장도 원고에게 교부하였다고 봄이 상당하다.

따라서 이 사건 세무조사절차에 원고가 주장하는 바와 같은 하자가 있다고 보기 어렵다 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 조사청은 2018. 10. 29.부터 2019. 3. 21.까지 원고에 대하여 이 사건 세무조사를 실시하였는데, 그 세무조사 사유는 ”① 등기임원 중 계열사에서 퇴직 후 5년 내 등재되어 성실공익법인 요건을 위반한 혐의, ② 의결권 있는 동일 내국법인 주식 보통주를 5%를 초과하여 보유한 혐의, ③ 익명기부자가 기부한 현금에 대해 공익목적 외 사용한 혐의”였다.

나) (1) 조사청은 위 세무조사 사유 중 “③ 익명기부자가 기부한 현금(9억 원)의 공익목적 외 사용한 혐의”에 대하여는, 원고가 구 상증세법 제50조의3(공익법인등의 결산서류등의 공시의무)에 따라 국세청의 인터넷 홈페이지에 게재하는 방법으로 공시한 서류인 아래와 같은 ‘(2016 사업연도) 출연자 및 이사등 주요 구성원 현황 명세서’(을 제2호증의 2)에서 그 혐의를 확인하였다.

 (2) 위 익명기부자를 제외하고 위 공시서류에 기재된 2016년에 원고에 대한 출연자들은 모두 A계열사와 A그룹의 명예회장이자 당시 원고의 이사장인 B인데, 9억 원이나 되는 거액이 ‘익명기부자’라는 이름으로 출연되었다고 기재되어 있고, ‘이사장과의 관계’에 ‘부’라고 기재되어 있다.

 (3) 이 사건 세무조사 과정에서 원고는 그 익명기부자가 C라고 소명하였는데(원고는 그 당시 소명자료로서 기부금 영수증을 제출하였는데, 그 발행일자는 2017. 8. 30.인바, 위와 같이 9억 원이 원고에게 ‘대체입금’된 일자는 2016. 8. 2.로서 위 기부금영수증은 그와 같이 대체입금된 날로부터 1년이 지난 시점에 발행된 것이다), C는 당시 원고의 대표자인 B의 아들인바, 원고의 소명대로라면 결국 구 상증세법 제50조의3에 따른 공시를 허위로 한 것으로 볼 여지가 있고, 이러한 점 등에 비추어 보더라도, 조사청으로서는 이 사건 세무조사를 시작하기에 앞서 원고에게 사전통지를 하면 증거인멸 등의 우려가 있어 조사목적을 달성할 수 없다고 충분히 판단할 수 있는 합리적인 이유가 있다고 볼 수 있다.

다) 조사청은 위 “③ 익명기부자가 기부한 현금(9억 원)의 공익목적 외 사용한 혐의”는 그 자체로서 뿐만 아니라 “① 등기임원 중 계열사에서 퇴직 후 5년 내 등재되어 성실공익법인 요건을 위반한 혐의, ② 의결권 있는 동일 내국법인 주식 보통주를 5%를 초과하여 보유한 혐의”와 결합하여 이른바 자금세탁과 연계된 것으로 볼 만한 우려가 있는 것으로 보아 사전통지를 하면 조사 목적을 달성하기 어렵다고 판단하여 조사관서장의 승인을 받아 사전통지를 생략하였던 것으로 보인다.

라) 조사청은 이 사건 세무조사 과정에서 위 “③ 익명기부자가 기부한 현금(9억원)의 공익목적 외 사용한 혐의”에 대하여 위 나) (3)항 등과 같이 실제로 조사를 실시하였다.

마) 조사청은 2018. 10. 29. 원고에게 ‘수신자 원고 대표 B 귀하’, ‘제목 세무조사 통지’를 기재하고 그 아래 ‘귀하(귀사)에 대한 세무조사를 아래와 같이 실시하게 되었음을 알려드립니다(근거: 국세기본법 제81조의7 제4항).’라고 기재하면서, 그 조사 사유로 ‘국세기본법 제81조의6 제3항 제4호의 규정에 따라 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 세무조사 실시’로 기재하였으며, 그 아래쪽에 ‘세무조사를 하기 앞서 사전통지를 하고 있으나 귀하(귀사)에 대해서는 국세기본법 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 하지 아니하였습니다.’라는 내용이 기재된 세무조사통지서[이는, 이 사건 규정 제21조 제2항에 따른 세무조사통지서 양식을 사용한 것으로 보인다(을 제4호증)]를 교부하였다(을 제5호증).

바) 조사청은 2018. 10. 29. 당시 원고의 대표자 B로부터 아래와 같은 내용의 ‘납세자권리헌장 등 수령 및 낭독 확인서’를 제출받았는바, 그 당시 원고는 조사청으로부터 ‘납세자권리헌장’을 낭독 받고 교부받았다고 보인다.

다. 제2-1, 2-2 주장에 대한 판단

 1) 원고의 주장 요지

원고는, 구 상증세법 시행령 제13조 제3항 제2호가 정하고 있는 ‘이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니할 것’을 위반했는지 여부를, ① 이사의 실제 선임일이 아닌, 등기를 한 날을 기준으로 ② 사업연도의 종료일에 국한하여 판단하여야 한다는 취지로 주장한다.

 2) 관련 규정 및 법리

가) 민법 제54조는 설립등기 이외의 등기의 효력과 등기사항의 공고에 관하여 규정하면서 제1항에 “설립등기 이외의 본절의 등기사항은 그 등기후가 아니면 제삼자에게 대항하지 못한다.”고 규정하고, 제2항에 “등기한 사항은 법원이 지체없이 공고하여야 한다.”고 규정하고 있다.

나) 민법 제54조 제1항에 의하면 설립등기 이외의 법인등기는 대항요건으로 규정되어 있으므로 이사 변경의 법인등기가 경료되었다고 하여 등기된 대로의 실체적 효력을 갖는 것은 아니다(대법원 2000. 1. 28. 선고 98다26187 판결 등 참조).

다) 한편, 구 상증세법 시행령 제13조 제5항에는 “법 제16조 제2항 각 호 외의 부분에 따른 성실공익법인등(이하 ‘성실공익법인등’이라 한다)은 해당 요건을 모두 충족하였는지 여부를 주무관청을 통하여 기획재정부장관에게 확인받아야 하고, 이후 5년마다 재확인받아야 한다.”고 규정하고, 제6항 본문은 “제5항에 따른 성실공익법인등이 해당 요건을 모두 충족하였는지의 여부는 대상 사업연도 전체를 기준으로 판단한다.”고 규정하고 있다.

 3) 구체적 판단

가) 갑 제1호증, 을 제3호증의 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 원고의 등기사항전부증명서 중 임원에 관한 사항란에는 ‘이사 D’와 관련하여 ‘2017년 12월 5일 취임, 2018. 2. 12. 등기’, ‘2018년 11월 12일 사임, 2018년 11월 12일 등기’라고 기재되어 있는 사실, ② 보건복지부장관의 위와 같은 D에 관한 이사선임 승인은 2017. 12. 26.에 있었던 사실, ③ 원고가 국세청홈택스에 공시한 바에 따르면, 원고는 2017 사업연도 공익법인 결산서류 등의 공시상 구비서류 중 ‘출연자 및 이사등 주요 구성원 현황 명세서’의 ‘2. 이사 등 주요 구성원 현황’란에 ‘D’를 기재하여 ‘공시’한 사실을 인정할 수 있다.

나) 위 관련 규정 및 법리에 의하면, 법인설립등기는 법인성립의 효력발생을 위한 성립요건인데 반해, 그 이외의 분사무소설치등기, 사무소이전등기 및 기타 변경등기 등은 모두 대항요건이라고 할 것인바, 즉 법인은 설립등기를 제외하고는 사무소의 이전이나 이사의 변경 등이 있을 때 이를 등기하지 않았더라도 법인 내부적으로는 효력이 인정되지만, 이를 등기하지 않고서는 제3자에게 사항의 변경이 있음을 가지고 대항할 수 없다고 보아야 한다. 여기서 대항하지 못한다는 것은 법인 측에서 그 등기사항을 제3자에게 주장하지 못한다는 것이지 제3자가 이를 인정하는 것은 무방하다.

다) 구 상증세법 시행령 제13조 제6항 본문은 ‘성실공익법인등이 해당 요건을 모두 충족하였는지의 여부는 대상 사업연도 전체를 기준으로 판단한다’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제2항 제1호의 법문 자체도 “성실공익법인등에 해당하지 아니하게 된 경우”, “성실공익법인등에 해당하지 아니하는 과세기간 또는 사업연도”라고 규정하고 있는 점 등에 비추어, 원고가 성실공익법인의 해당 요건을 모두 충족하였는지의 여부는 대상 사업연도 전체를 기준으로 판단하여야 한다고 봄이 옳다.

라) 원고의 위 주장은 앞서 본 규정의 문언 및 법리에 반할 뿐만 아니라, 나아가 원고의 위 주장 자체에 따를 경우 결국 해당 비영리법인이 이사선임에 관한 등기를 하는 날을 자의적으로 조정함으로써 과세기간 또는 사업연도 종료일에만 성실공익법인에 해당하지 않으면 애당초 위반이 없었던 것으로 된다고 볼 수 있고, 또한 사업연도 중에만 요건 위반이 있도록 하면 법령의 제한을 얼마든지 회피할 수 있게 될 우려가 있어 보인다.

마) 위와 같은 사정 등을 종합하여 볼 때, 원고의 이 부분 주장은 모두 받아들일 수 없다.

라. 제3 주장에 대한 판단

 1) 관련 규정 및 법리

가) 구 국세기본법 제18조 제1항은 “세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.”고 규정하고 있다.

나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

 2) 구체적 판단

가) 원고는 A그룹의 명예회장인 B(2023. 4. 30. 사망, 이하 ‘망 B’라 한다)로부터 2011. 8. 18. 15만 주, 2012. 12. 18. 4만 주, 2013. 10. 11. 391만 주 합계 410만 주의 A홀딩스 발행주식을 증여받았고, 2012. 1. 1.부터 2016. 1. 1.까지 5회에 걸쳐 A홀딩스의 무상주 합계 526,650주를 배당받은 사실, 원고는 2017. 12. 31. 기준 A홀딩스의 총 발행주식 62,020,883주의 7.46%에 해당하는 4,626,650주를 보유하고 있었던 사실은 앞서 본 바와 같다.

나) 위 인정사실과 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 관할 행정기관으로부터 구 상증세법령상의 성실공익법인으로 지정(2013. 6. 29.)되었는데, 망 B는 그로부터 약 3개월 후인 2013. 10. 11. A홀딩스 주식 391만 주를 원고에게 출연하는 방식으로 증여한 점, ② 망 B의 사망(2023. 4. 30.) 직후인 2023. 5. 31. 그 아들인 C(A홀딩스의 대표이사 회장)가 원고의 이사장으로 취임한 점, ③ A홀딩스의 경우 2016. 2. 18.경 C가 27.72%로 1대 주주이고, 원고가 8.01%로 2대 주주였으며, 망 B가 2.61%로 3대 주주였을 뿐만 아니라, 2016. 2. 26. 주주총회소집결의상 의결사항 중에는 이사 선임의 건(제2호 의안) 등이 있었는데, 해당 선임이사는 C와 망 B였고 이들을 3년 임기로 재선임하는 것이 그 내용이었던 점, ④ 원고의 임원으로 2017. 12. 5. 취임한 D는, 위와 같은 출연자인 망 B와 그의 아들인 C 등 친족 등이 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 기업집단 소속 기업인 A홀딩스 퇴직 후 5년이 지나지 않은 임원(감사)이므로, 구 상증세법 제2조 제10호의 특수관계인에 해당하는 점 등을 위 법리 등에 비추어 볼 때, 이 사건 처분이 원고의 주장과 같이 원고에게 지나치게 가혹하여 형평을 잃는 등 구 국세기본법 제18조 제1항을 위반하였다고 보기는 어렵고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 이와 결론을 같이하는 제1심판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.