특허권의 귀속자가 누구인지

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2021. 11. 1. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 법인세 5,958,850원, 2019년 귀속 법인세 11,640,500원, 2020년 귀속 법인세 9,610,830원의 각 부과처분을, 2021. 11. 6. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 2억 원의 소득금액변동통지처분, 2019년 귀속 2억 원의 소득금액변동통지처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1996. 9. 20. 설립되어 토목 및 건축기초설계에 대한 지질조사, 토목 측량과 설계, 토목공사업 등을 영위하는 법인이다. 원고의 임원으로는 대표이사 aaa, 사내이사 bbb, 감사 ccc이 있고, 감사 ccc은 대표이사 aaa의 배우자이다.

aaa는 원고의 발행주식 24,000주 중 13,050주를 보유하고 있고, ccc은 3,750주를 보유하고 있다.

나. aaa는 2017. 2. 3. ○○○○○ 블록(이하 ‘이 사건 제1발명’이라고 한다)에 관한 특허(이하 ‘이 사건 제1특허권’이라고 한다)를 출원하여 위 특허가 2017. 8. 29. 등록되었고(등록번호 xx-xxxxxxx), 2017. 4. 26. ○○○ ○○○○○ 콘크리트패널 및 이를 이용한 옹벽 시공방법(이하 ‘이 사건 제2발명’이라고 하고, 이 사건 제1발명과 이 사건 제2발명을 통틀어 ‘이 사건 각 발명’이라고 한다)에 관한 특허(이하 ‘이 사건 제2특허권’이라고 하고, 이 사건 제1특허권과 이 사건 제2특허권을 통틀어 ‘이 사건 각 특허권’이라고 한다)를 출원하여 위 특허가 2017. 11. 21. 등록되었다(등록번호 xx-xxxxxxx).

다. 1) 원고는 2017. 9. 27. aaa로부터 이 사건 제1특허권을 대금 2억 원에 양수하였고, 이에 따라 2017. 10. 19. aaa에게 기타소득에 대한 원천징수세액을 제외한 나머지 금액 191,200,000원을 지급하였다. 2017. 9. 29. 이 사건 제1특허권에 관하여 원고 앞으로 이전등록이 마쳐졌다.

2) 원고는 2019. 1. 17. aaa로부터 이 사건 제2특허권을 대금 2억 원에 양수하였고(이하 이 사건 제1특허권에 관한 2017. 9. 27. 자 양도와 이 사건 제2특허권에 관한 2019. 1. 17. 자 양도를 통틀어 ‘이 사건 각 양도’라고 한다), 이에 따라 2019. 2. 13. aaa에게 기타소득에 대한 원천징수액을 제외한 나머지 금액 182,400,000원을 지급하였다(이하 이 사건 각 양도의 각 대금을 통틀어 ‘이 사건 각 양도대금’이라고 한다). 2019. 1. 25. 이 사건 제2특허권에 관하여 원고 앞으로 이전등록이 마쳐졌다.

라. 원고는 이 사건 제1특허권을 2017 사업연도의 자산(특허권)으로 계상하였고, 이 사건 제2특허권을 2019 사업연도의 자산(특허권)으로 계상하였다. 원고는 이 사건 제1특허권에 대한 감가상각비를 2018, 2019, 2020 각 사업연도의 손금에, 이 사건 제2특허권에 대한 감가상각비를 2019, 2020 각 사업연도의 손금에 각 산입하여 해당 사업연도 법인세를 신고하였다.

마. 피고는 원고의 위 라.항의 해당 법인세 신고에 대하여 해명자료 제출 요구 및 그 검토를 거쳐, 이 사건 각 특허권이 원고 소유임에도 aaa가 이를 aaa 명의로 등록한 후 원고에게 양도하는 방식을 취하여 원고의 이 사건 각 양도대금이 사외로 유출된 것이고, 이 사건 각 특허권이 무수익자산에 해당하는 것으로 판단하였다.

바. 1) 이에 따라 피고는 2021. 11. 1., 원고가 2018, 2019, 2020 각 사업연도의 손금에 계상한 감가상각비(2018년: 31,716,400원, 2019년: 54,433,333원, 2020년:56,800,000원)를 각 손금불산입하여, 원고에게 ① 2018 사업연도 5,958,850원, ② 2019년 사업연도 11,640,500원, ③ 2020 사업연도 9,610,830원의 각 법인세를 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 제1처분’이라고 한다).

2) 피고는 2021. 11. 6., ① 이 사건 제1특허권 양도에 대한 대금 2억 원을 2017사업연도의 익금에 산입함과 동시에 aaa에 대한 상여로 소득처분하고 아울러 손금산입 유보처분을 하여, 2017 사업연도에 관한 위 상여처분에 대한 소득금액변동통지를 하였고, ② 이 사건 제2특허권 양도에 대한 대금 2억 원을 2019 사업연도의 익금에 산입함과 동시에 aaa에 대한 상여로 소득처분하고 아울러 손금산입 유보처분을 하여, 2019 사업연도에 관한 위 상여처분에 대한 소득금액변동통지 하였다(이하 위 각 소득금액변동통지를 ‘이 사건 제2처분’이라고 하고, 이 사건 제1, 2처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

사. 원고는 이 사건 각 처분에 관하여 조세심판청구를 하였고, 조세심판원은 2022. 10. 31. 원고의 청구를 기각하는 내용의 결정을 하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑1, 2호증, 을1, 6 내지 8호증의 각 기재(가지번호가 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

이 사건 각 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

가) 이 사건 제2처분과 관련하여

(1) 이 사건 각 발명은 aaa의 개인 발명에 해당하고 aaa의 직무발명에 해당하지 않는다. 설령 이 사건 각 발명이 aaa의 직무발명에 해당하더라도, 이 사건각 양도대금 중 일부는 aaa의 직무발명에 대한 정당한 보상금으로 볼 수 있으므로, 이 사건 각 양도대금 중 정당한 보상금을 초과하는 부분만이 부당행위계산의 부인대상에 해당한다.

(2) 이 사건 각 특허권은 무수익 자산이 아니다. 설령 이 사건 각 특허권이 무수익 자산이라 하더라도, 원고가 이 사건 각 양도대금을 회수할 때까지의 기간 동안 그 대금 상당액을 aaa에게 대여한 것으로 재구성하여 그 기간 동안의 인정이자 상당액을 익금에 산입하고 그에 따른 소득금액변동통지를 해야 한다.

나) 이 사건 제1처분과 관련하여

이 사건 각 특허권은 무수익 자산이 아니므로, 피고가 이 사건 각 특허권이 무수익 자산이라고 보아 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비를 손금에 불산입한 것은 위법하다.

2) 피고의 주장

가) 이 사건 제2처분과 관련하여

이 사건 각 특허권의 실질적 귀속자는 원고이다. 이 사건 각 발명이 aaa의 직무발명에 해당하더라도, 원고가 aaa에게 발명진흥법이 정한 절차에 따른 정당한 보상을 한 것이 아니므로, 이 사건 각 양도대금 전체가 부당행위계산의 부인대상에 해당한다.

나) 이 사건 제1처분과 관련하여

이 사건 각 특허권은 무수익 자산이므로, 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비는 손금에 산입될 수 없다. 설령 이 사건 각 특허권이 무수익 자산이 아니라 하더라도, 이 사건 각 특허권은 현재까지도 사업화되지 못하여 원고의 수익에 전혀 기여하고 있는 바가 없으므로 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비는 법인세법 제19조에서 정한 손금산입의 요건을 갖추지 못하였다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 처분사유의 추가의 허용 여부

가) 과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결 시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분 당시의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다(대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두1994 판결 등 참조).

나) 위 법리에 비추어 보건대, 피고가 당초 이 사건 제1처분의 사유로 삼은 것은 이 사건 각 특허권이 무수익 자산이므로, 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비가 손금에 산입될 수 없다는 것이고, 피고가 이 법원에서 이 사건 제1처분의 사유로 추가한 것은 이 사건 각 특허권이 원고의 수익에 전혀 기여하고 있는 바가 없어 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비가 법인세법 제19조에서 정한 손금산입의 요건을 갖추지 못하였다는 것이다. 그런데 위 각 처분사유는 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비의 손금산입행위를 법률적으로만 달리 평가한 것에 불과할 뿐 그 기본적 사실관계는 동일하다고 봄이 타당하므로, 피고가 이 법원에서 한 위 처분사유의 추가는 허용된다.

2) 부당행위계산부인 등에 관한 관련 법리

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재는 납세의무자에게 그 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가고(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누2851 판결 등 참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

법인세법 제52조에 규정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라고 한다) 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 12. 28. 선고 2017두47519 판결 등 참조).

또한 구 법인세법 시행령 제88조 제1항은 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 관하여 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에서 개별적․구체적인 행위 유형을 정하고, 제9호에서는 '그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우'라고 하여 개괄적인 행위 유형을 정하고 있다(대법원 2020. 3. 26. 선고2018두56459 판결 등 참조).

3) 이 사건 각 발명이 개인발명에 해당하는지 여부

가) 발명진흥법 제2조 제2호에서는 직무발명에 관하여 “종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 ‘종업원등’이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 ‘사용자등’이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다”고 규정하고 있고, 같은 조 제3호에서는 개인발명가에 대하여 ‘직무발명 외의 발명을 한자를 말한다’고 규정하고 있다.

나) 위 법리에 비추어 보건대, 갑4 내지 6호증, 을2 내지 5호증의 각 기재에 변론전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 고려하면, 이 사건 각 발명은 발명진흥법 제2조 제2호가 정하는 직무발명이 아닌 aaa의 개인발명에 해당한다고 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

(1) 이 사건 제1발명인 ○○○○○ 블록과 이 사건 제2발명인 ○○○ ○○○○○ 콘크리트패널 및 이를 이용한 옹벽 시공방법은 토목 및 건축기초설계에 대한 지질조사, 토목 측량과 설계 등을 영위하는 원고의 업무 범위에 속한다고 보인다.

(2) 이 사건 각 특허권 출원 전에는 aaa 단독 또는 aaa와 다른 사람들이 공동 발명자로서 한 발명들에 관하여 원고의 명의로 특허권을 출원 및 등록하기도 하였다(2003. 9. 24. 출원하여 2006. 4. 26. 등록한 ○○○ ○○ ○○○ 및 시공방법, 2003. 9. 24. 출원하여 2004. 1. 15. 등록한 ○○○ ○○ ○○○, 2004. 8. 20. 출원하여 2006. 3. 27. 등록한 ○○○용 스패너, 2008. 5. 22. 출원하여 2008. 12. 2. 등록한 ○○○○○ 블록 및 이의 시공방법, 2017. 5. 12. 출원하여 2018. 1. 8. 등록한 옹벽 축조용 ○○○○. 특히 마지막 2개 특허권들은 이 사건 각 특허권과 관련이 있다).

(3) 피고가 이 사건 각 특허권과 관련한 세무조사를 하는 과정에서, aaa는 이 사건 각 특허의 개발동기를 ‘현재의 지반설계 및 지반조사 업무로는 회사 성장의 한계가 분명하여 토질 및 기초분야 특허개발 및 사업화를 통한 제2의 도약을 모색하고자’ 개발한 것으로 기재하였다.

이에 대하여 피고가 이 사건 각 특허권의 착안 동기에도 불구하고 aaa의 개인 특허로 등록한 사유를 제출할 것을 요청하자, aaa는 ‘원고 명의로 등록한 기존특허 및 시제품을 제작하여 사업화를 시도하였으나, 현실적으로 사업화가 곤란하고, 참여 발명자들에게 성과를 보여줄 수 없어 어려움이 많았다. 개인특허를 등록한 가장 큰 이유는 특허 관련 사업의 진행을 2003년부터 하였으나, 그 성과가 없어 구성원들에게 면목이 없는 점도 큰 이유로 생각함.’이라고 기재하였다.

(4) aaa는 이 사건 각 발명이 개인발명이라고 주장하며 연구노트 등을 제출하였으나, aaa가 이를 발명하기 위한 물적 자원 또는 설비들은 모두 원고의 소유물품인 것으로 보인다.

4) 이 사건 각 양도가 부당행위계산의 부인대상에 해당하는지 여부

발명진흥법은 종업원 등의 직무발명보상금에 관한 정당한 보상을 받을 권리를 규정하면서(제15조 제1항), 보상규정의 작성 및 개정절차, 보상에 관한 통지방법을 구체적으로 정하고 있으며(같은 조 제2 내지 4항), 위 절차규정을 준수할 뿐만 아니라 보상액에 있어 직무발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도를 고려한 경우에 한하여 ‘정당한 보상을 한 것’으로 보고 있다(같은 조 제6항).

그런데 이 사건 각 양도대금은 원고가 발명진흥법에 따라 직무발명자에 대한 정당한 보상금 지급절차 등을 준수하지 않은 채 지급된 것이므로, 이 사건 각 양도대금이 발명진흥법에서 정한 ‘정당한 보상금’에 해당한다고 볼 수 없으므로, aaa가 이 사건 각 양도와 관련하여 원고로부터 이 사건 각 양도대금을 지급받을 만한 경제적이고 합리적인 이유가 있다고 볼 수 없다. 결국 원고가 특수관계인인 aaa에게 이 사건 각 양도를 통하여 이 사건 양도대금을 지급한 행위는 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호가 정한 부당행위계산의 부인대상에 해당한다고 보아야 한다.

한편 이와 관련하여 이 사건 소송에서 직무발명에 대한 정당한 보상금의 액수를 산정할 수 있는지가 문제될 수 있는데, 정당한 보상금 산정은 발명진흥법상의 절차 규정을 준수하는 것이 전제되어야만 가능하므로 이 사건 소송에서 이를 산정할 수는 없고, 향후 발명진흥법상의 정당한 보상금 지급절차를 거쳐 원고의 aaa에 대한 보상금 지급의무가 확정될 경우, 해당 보상금은 그 확정일이 속하는 사업연도의 손금에 산입될 수 있다.

따라서 원고가 이 사건 각 양도대금을 2017, 2019 해당 사업연도의 손금에 산입한 부분은 부인되어야 하고, 이 사건 양도대금이 원고의 대표이사인 aaa에게 사외 유출된 것이라고 봄이 타당하다. 그러므로 피고가 이 사건 제2처분을 한 것은 적법하다.

5) 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비를 손금에 산입할 수 있는지 여부

가) 이 사건 각 특허권이 무수익 자산인지 여부

‘무수익 자산’이란 법인의 수익파생에 공헌하지 못하거나 법인의 수익과 관련이 없는 자산으로서 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박한 자산을 말하는데(대법원 2000. 11. 10. 선고 98두12055 판결, 대법원 2006. 1. 13. 선고 2003두13267 판결 등 참조), 이 사건 각 특허권이 원고의 현재 수익 파생에 공헌하지 못하고 있는 것으로 보이기는 하나, 피고가 제출한 자료만으로는 장래에도 이 사건 각 특허권의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박하다고 보기는 부족하므로, 이 사건 각 특허권을 무수익 자산으로 볼 수는 없다.

나) 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비가 법인세법 제19조의 손금산입대상인지 여부

법인세법 제19조 제1항은 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다”고 규정하면서, 다시 제2항에서는 “제1항에 따른 손비는 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다”고 규정하고 있다. 따라서 지출된 비용이나 발생된 손실이 손비로 인정받기 위해서는 사업관련성 및 통상성을 가지거나 수익관련성을 가지고 있어야 한다.

위 법리에 비추어 보건대, 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비와 관련하여 해당 사업연도에 원고 사업의 수익 창출에 이 사건 각 특허권이 활용되지 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 이에 의하면, 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비는 해당 사업연도의 손금에 산입될 수 없으므로, 피고가 이 사건 각 특허권에 대한 해당 감가상각비를 해당 사업연도의 손금에 불산입하여 이 사건 제1처분을 한 것은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.