건물의 실지거래가액이 0원이라고 하더라도 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한때로 의제됨

상세내용

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2022. 8. 22. 원고에게 한 #,###,###원의 양도소득세경정처분 중 ###,###원을 초과하는 부분을 취소한다.

가. 원고는 아래 표와 같이 ○○ △△구 □동 ##-1 외 5필지 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 단독 또는 동생 이BB과 공동으로 소유하고 있었고, 이 사건 토지 중 ○○ △△구 □동 ###-1 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하다)을 단독으로 소유하고 있었다.

나. 원고와 이BB은 2021. 4. 8. 주식회사 DDD(이하 ‘DDD’라 한다)에게 이 사건 토지와 건물을 매매대금 ###억 원에 양도하는 매매계약(이하 ‘이 사건매매계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 매매계약의 주요 내용은 아래와 같다.

다. 원고는 2021. 6. 30. 이 사건 건물 부분은 양도가액을 0원으로 하고, 이 사건 토지 중 원고 소유 부분에 대하여는 양도가액을 #,###원, 취득가액을 #,###원, 기타 필요경비를 #,###원으로 하여 2021년 귀속 양도소득세 #,###원을 신고 및 납부하였다.

라. □□지방국세청장은 이 사건 매매계약과 관련하여 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 원고가 이 사건 토지와 건물의 양도시 토지 및 건물을 구분하지 않고 양도하면서 양도가액 전부를 토지금액으로만 신고한 부분에 대하여 소득세법 제100조 제2항 및 제3항에 따라 이 사건 토지와 건물의 양도가액이 기준시가 등에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있어 이 사건 토지와 건물의 양도가액을 기준시가로 안분하고, 이 사건 토지 중 일부 토지에 대하여 비사업용 토지의 세율을 적용하여 다시 양도소득세를 과세할 것을 피고에게 통보하였다.

마. 위 통보에 따라 피고는 2022. 8. 22. 원고에게 아래와 같이 다시 안분하여 계산한 양도가액에 따라 이 사건 토지 중 원고 소유 부분 및 이 사건 건물에 대한 양도소득세 #,###원(가산세 포함)을 결정·부과 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 11. 8. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2023. 4. 26. 심판청구가 기각되었다.[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

 2. 원고 주장의 요지

이 사건 건물은 노후하여 사용가치가 극히 적었고, DDD의 개발사업 시행을 위하여 철거되어야 할 예정이었으므로, 원고와 DDD는 이 사건 매매계약을 체결하며 이 사건 건물의 자산가치가 없는 것을 전제로 이 사건 토지에 대하여만 평당 #,###만 원으로 계산하여 합계 ###억 원으로 매매대금을 정하였다.

그런데 소득세법 제100조 제3항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 해당하는 경우에 예외없이 토지와 건물의 가액이 구분 불분명한 경우로 간주한다면 이 사건 건물과 같이 실제가치가 없는 경우에는 실질적인 양도 소득이 없음에도 불구하고 추가적인 양도소득세를 부담하게 되어 헌법상 재산권이 침해된다.

건축을 위한 용지를 취득하는 매수자 입장에서는 기존 건물의 취득은 재산적 가치가 없고, 오히려 철거비용만 추가로 발생함에도 불구하고 기존 건물에 대한 부가가치세가 과세되는 것은 부당하다는 반성적 고려에 따라 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 그 건물의 실제 거래가격을 재화의 공급가격으로 보는 것으로 부가가치세법 제29조 제9항과 동법 시행령 제64조가 개정된 점까지 고려하면 이 사건 조항을 예외를 인정하지 않는 간주규정으로 해석할 수는 없다.

따라서 이 사건 토지와 건물의 양도에 대하여는 소득세법 제100조 제1항에 따라 실지거래가액에 따라 양도차익이 계산되어야 하고, 이와 달리 이 사건 조항을 적용하여 이 사건 토지와 건물을 기준시가에 따라 안분하여 다시 양도가액을 산정한 후 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

 3. 판단
가. 관계 법령
별지 기재와 같다.

나. 관계 법령의 해석

1) 소득세법 제100조 제2항은 ‘양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다’고 규정하고, 이 사건 조항은 ‘제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다’고 규정하고 있다.

2) 아래에서 보는 바와 같은 이 사건 조항의 입법취지, 문언의 내용, 조세법률주의의 원칙 등에 비추어 볼 때, 이 사건 조항은 위 조항의 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석함이 타당하다.

가) 소득세법 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령 제166조 제6항(2023. 2. 28. 대통령령 제33267호로 개정되기 전의 것), 구 부가가치세법 시행령(2022. 1. 21. 대통령령 제32352호로 개정되기 전의 것) 제64조 제1호에 의하면, 토지와 건물 등을 함께 양도하고 그 양도가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우, 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 때에는 양도 당시의 기준시가 등에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한다고 규정하고 있는바, 여기서 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때라함은 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하고자 하는 그 입법 취지에 비추어 볼 때, 토지와 건물 등을 가액 구분 없이 양도한 경우뿐만 아니라 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있기는 하지만 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래 관행에 현저히 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지로 해석된다.
나) 이 사건 조항은 그 문언상 납세자가 토지ㆍ건물 등을 함께 양도하는 경우 양도소득의 계산을 위하여 자산별로 구분하여 기장한 가액이 자산별 기준시가 등에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이나는 경우에는 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때로본다’고 규정하여 단순한 추정규정이 아니라 간주규정 형태를 취하면서 예외를 허용하는 단서를 규정하지 않고 있다.

다) 자산별로 구분하여 기장한 가액이 자산별 기준시가 등에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 가액 구분이 불분명한 때로 보아 개별 사안에 대한 고려 없이 일률적으로 안분계산을 하도록 정한 것은, 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있으나 그것이 당사자의 진정한 합의에 기한 것인지, 조세회피 목적으로 그와 같이 기재한 것인지를 명확히 입증하기가 어렵다는 사정을 고려하여 소득세법 제100조 제2항의 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때’의 판단 기준을 명확히 하려는 취지인 것으로 보인다. 이 사건 조항이 토지와 건물 등을 일괄양도하면서 그 가액을 구분하기는 하였으나 구분한 가액이 위와 같이 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때로 본다’고 규정하고 있는 것은 결국,자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 위한 것으로 볼 수 있다.

라) 이 사건 조항이 신설되기 전 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로개정되기 전의 것) 제100조에서는 이 사건 조항과 같이 토지와 건물의 안분계산한 가액이 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다는 규정을 두고 있지 아니하였다. 그런데 이 사건 조항을 그 문언에도 불구하고 위 규정의 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정으로 본다면 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증만 있으면 이 사건 조항을 적용하지 않을 수 있게 되어 이 사건 조항을 간주규정의 형식을 취하여 조세 법률관계를 명확히 하고자 한 입법취지에 위배되는 결과를 초래한다.

다. 구체적 판단

 1) 원고가 이 사건 매매계약을 통해 DDD에게 이 사건 토지와 건물을 일괄하여 양도하면서 이 사건 건물의 가액은 0원으로 합의한 사실, 이 사건 토지와 건물의 기준시가 등을 고려하여 안분계산한 양도가액이 이 사건 건물은 #,###원,이 사건 토지 중 원고 소유 부분은 #,###원인 사실은 앞서 본 바와 같다.

    2) 원고의 주장과 같이 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 건물의 실지거래가액이 이 사건 건물의 경우 0원이라고 하더라도, 이 사건 건물의 경우 그 실지거래가액은 위와 같이 기준시가 등을 고려하여 안분계산한 가액과 30% 이상 차이가 있으므로, 앞서본 이 사건 조항의 취지 등에 의하면 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 토지와 이 사건 건물의 양도차익을 계산함에 있어서는 이 사건 조항에 따라 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 때로 ‘의제되어’ 소득세법 제100조 제2항에 따라 기준시가 등을 고려하여 안분계산한 양도가액을 기준으로 양도차익을 계산하여야 한다. 따라서 이 사건 토지 및 건물에 관하여 이 사건 조항 및 소득세법 제100조 제2항에 따라 토지와 건물 등의 가액구분이 불명확한 때로 보아 기준시가로 안분계산을 하여 행한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다

3) 원고는 이 사건 건물의 양도가액을 0원으로 한 것은 매수인과의 합의에 따른 실지거래가액이므로 양도소득세 계산시 소득세법 제100조 제1항만이 적용될 뿐 소득세법 제100조 제2항 및 이 사건 조항이 적용되지 않는다는 취지로 주장한다. 그러나 원고의 주장은 앞서 본 바와 같이 이 사건 조항이 소득세법 제100조 제1항을 적용할 때 소득세법 제100조 제2항에서 규정한 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때’의 판단 기준을 명확히 하는 규정이고, 일정한 예외를 두어 이 사건 조항을 배제할 수 있도록 하는 것은 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하고자 하는 이 사건 조항의 입법취지에 반하는 것으로 받아들일 수 없다. 원고가 주장하는 부가가치세법 개정규정은 공급한 물건이 재화로서 가치가 있는지 여부에 따라 과세표준으로 삼을지 여부가 문제되는 부가가치세의 부과에 대한 것으로, 개인의 소득을 과세표준으로 삼아 과세하는 소득세법에서 고려할 바는 아니다.

 4. 결론

 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.