2010.1.1. 이전에 설립한 프로젝트금융투자회사(PFV)가 2017.1.1. 이후 취득한 부동산에 대하여 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제23조에 따른 취득세 감면여부

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【판결요지】

2010.1.1. 이전 설립 PFV라도, 부동산 취득일이 2016. 12. 31.을 넘으면 취득세 감면 적용 불가

【전문】

【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.

【이유】

「상고심절차에 관한 특례법」은 대법원이 법률심으로서의 기능을 효율적으로 수행하고 법률관계를 신속하게 확정하도록 제4조 제1항 각 호에서 원심판결에 중대한 법령위반에 관한 사항이 있는 경우 등으로 심리 사유를 한정하고,상고이유에 관한 주장이 각 호의 어느 하나의 사유를 포함하지 아니하거나 위 사유를 포함하는 경우에도 같은 조 제3항 각 호에 해당할 때에는 판결로 상고를 기각한다고 규정한다.
이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나,상고인의 상고이유에 관한 주장은「상고심절차에 관한 특례법」제4조 제1항 각 호에서 정한 사유를 포함하지 아니하거나 같은 조 제3항 제2호에서 정한 원심판결에 영향을 미치지 아니하는 때에 해당한다.
「상고심절차에 관한 특례법」제5조에 따라 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여,관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【전문】

【주문】

 
1.  원고의 항소를 기각한다.
 
2.  항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

 
1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고,제1심에서 제출된 증거에다가 당심에서 제출된 증거를 보태어 보더라도,원심에서 적절하게 설시한 바와 같이①관계 법령의 개정 연혁,②법률 제12853호 조세특례제한법(이하‘조특법’이라 한다)및 법률 제12955호 지방세특례제한법(이하‘지특법’이라 한다)부칙 제23조의 개정취지,③법률 제9921호 조특법 일부개정법률 부칙 제76조의 의미 등에 비추어,법률 제12955호 지특법 부칙 제23조의‘법률 제9921호 조특법 일부개정법률 부칙 제76조’및‘종전의 규정’은‘2014. 12. 23.개정된 법률 제12853호의 조특법 부칙 제76조(2010. 1. 1.법률 제9921호)의 개정규정’이라고 본 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다.
따라서 이 법원이 여기에 적을 이유는 아래와 같이 고치고 추가하거나 추가 판단하는 것 이외에는 제1심판결의 이유 부분 기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
 
2. 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

○제1심판결문 제4쪽 제8행의“이 사건 변론종결일까지 심판결정이 이루어지지 않고 있다.”를 아래와 같이 고쳐 쓴다.
「조세심판원은 제1심판결 선고 이후인2023. 7. 25.원고의 심판청구를 기각하는 내용의 결정을 하였다(을 제4호증).」

○제1심판결문 제5쪽 제8행 다음에 아래와 같이 추가한다.
「제2조(일반적 적용례)⑦이 법 중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득 또는 등기하는 분부터 적용한다.」

○제1심판결문 제5쪽 제13행 다음에 아래와 같이 추가한다.
「제120조(취득세의 면제 등)」

○제1심판결문 제5쪽 제19행 다음에 아래와 같이 추가한다.
「제2조(일반적 적용례)⑧이 법 중 취득세,등록면허세,재산세,지방소득세,지역자원시설세,지방교육세,주민세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.~중략~

제45조(지방세 개정 관련 일반적 경과조치) 2013년1월1일 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.」

○제1심판결문 제10쪽 제6행 다음에 아래와 같이 추가한다.
「또한 부칙이란 원래 본칙에 부수하여 그 시행기일,경과적 조치,그밖에 관련되는 법령의 개폐 등에 관한 사항을 그 내용으로 하고 있는 것인 만큼 본칙과 독립하여 존재할 수 없고 그 본칙에 대한 부수적,보충적 효력을 지니고 있다고 할 것인데(대법원1985. 10. 22.선고85누500판결 등 참조),법률 제12955호 지특법 부칙 제23조 규정에 대하여 보면,종전 조특법에서 규정하던 지방세 감면에 대한 사항을 지특법에서 규정하도록 일원화하면서 법체계의 통일성 및 개정의 시차에 따른 법 집행상의 혼란을 방지하기 위한 과정에서 위 법률 제12955호 지특법에 위 부칙과 관련된 본칙 규정이 존재하지 아니한 채 부칙만 규정하게 된 것이므로,위 부칙 제23조 규정은 위 법률 제12955호 지특법보다 먼저 개정된 조특법 본칙 규정인‘법률 제12853호 조특법 제120조(삭제)및 조특법 부칙 제76조(2010. 1. 1.법률 제9921호)에 관한 개정조항’에 대하여 부수적,보충적 효력만을 지니고 있다고 봄이 타당하다.」

 
3. 추가 판단

 
가. 원고의 주장

2010. 1. 1.이전에 설립된 원고는 법률 제7216호 조특법 제120조 제4항 소정의 취득세 감면조항을 신뢰하여,이 사건 사업을 추진하고 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결하였으며 이 사건 건물에 대한 신축공사에 착공하는 등 원인행위를 하였다.그럼에도 원고에 대하여 취득세 감면을 인정하지 아니한 이 사건 거부처분은 신뢰보호의 원칙에 반하여 위법하므로 취소되어야 한다(2024. 8. 13.자 준비서면).
 
나. 판단

1)관련 법리

○조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전·후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라 할 것이나,조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할…세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고,납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면,이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로,납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이나,이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로,원칙으로 돌아가 종전 규정이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원2015. 9. 24.선고2015두42152판결 등 참조).
○조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고,납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며,특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다(대법원2009. 8. 20.선고2008두11372판결 등 참조).
○일반적으로 법률은 현실상황의 변화나 입법정책의 변경 등으로 언제라도 개정될 수 있는 것이기 때문에 원칙적으로 법률의 개정은 예측할 수 있다고 보아야 한다(헌법재판소2004. 8. 26.선고2003헌마337전원재판부 결정 참조).또한 납세의무자로서는 구법질서에 의거하여 적극적인 신뢰행위를 하였다든가 하는 사정이 없는 한 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 과세기간 중에 변함없이 유지되리라고 신뢰하고 기대할 수는 없다.그렇게 되면 국가 조세·재정정책의 탄력적·합리적 운용이 불가능하기 때문이다(헌법재판소1998. 11. 26.선고97헌바58전원재판부 결정 참조).
2)구체적 판단

다툼 없는 사실,갑 제3내지7, 17, 28, 29호증,을 제1, 2호증의 각 기재(각 가지번호 포함),변론 전체의 취지 등에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면,이 사건 거부처분이 신뢰보호의 원칙에 위배된 것으로 볼 수 없으므로,원고의 위 주장은 이유 없다.
가)①2014. 12. 13.개정된 법률 제12853호 조특법이2010. 1. 1.전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 부동산을 취득한 경우에도 일몰조항을 규정함으로써 원고에게 불리하게 개정된 점,②위와 같은 개정규정 시행 이전에 프로젝트금융투자회사인 원고는 한국토지주택공사와 협약을 체결하고, 2008. 1. 11.경 위 한국토지주택공사와 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결하였으며(갑 제4호증), 2012. 4.경 이 사건 건물 신축공사에 착공한 점 등은 인정된다.
그러나 법률 제12853호 조특법에서 원고와 같이2010. 1. 1.이전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여2016. 12. 31.까지 취득한 부동산에 대하여 등록세와 취득세를 감면하여 주는 경과규정을 두었는데,원고의 설립일(2007. 12. 31.),원고의 이 사건 부동산에 대한 매매계약 체결일(2008. 1. 11.)및 이 사건 건물에 대한 착공일(2012. 4.경)등에 비추어 위 경과규정 기한이 부당하게 짧은 것으로는 보이지 아니한다.
나)조특법은 조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행하는 것을 목적으로 하고 있고(조특법 제1조),당초 프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면은 기업의 구조조정 및 건설경기 활성화를 위한 정책적인 고려에서 마련된 것이며,앞서 본 바와 같이 기본적으로 법률은 현실상황의 변화나 입법정책의 변경 등으로 언제라도 개정될 수 있는 것이기 때문에 원칙적으로 법률의 개정은 예측할 수 있다고 보아야 할 것이며,특정한 세목과 과세대상에 있어서 어떠한 세율 체계를 택할 것인지는 원칙적으로 입법자가 국가나 지방자치단체의 재정,사회경제,국민소득,국민생활 등의 실태에 관하여 정확한 자료를 기초로 하여 정책적,기술적인 판단에 의하여 정할 문제로,입법자가 선택한 세율 체계가 입법목적,해당 세목의 과세객체나 과세대상의 특징 등에 비추어 현저히 자의적이라고 보기 어려운 이상 이를 조세평등주의에 위반된다고 보기 어렵다고 할 것이므로[헌법재판소2017. 9. 28.선고2016헌바143, 214, 277, 304, 305, 306, 385, 402, 2017헌바151, 167, 168, 194(병합)전원재판부 결정 참조],위와 같은 법률 제12853호 조특법 일몰조항(제120조 삭제)및 경과규정은 조세의 부과에 관한 입법자의 입법형성권의 범위 내에 속한다고 봄이 타당하다.
다)법률 제9921호 조특법 제120조는 프로젝트금융투자회사가2012. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대하여 취득세를50%감면하는 것으로 개정하여 일몰기한을 신설하면서,다만2010. 1. 1.이전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사에 대해서는 당초 일몰기한이 존재하지 않았을 당시 기존 특례조치를 신뢰하여 참여한 투자회사들의 신뢰를 보호하기 위하여 일정기간 동안 예외 규정을 적용하도록 한 것으로 보인다.이처럼 원고가 이 사건 사업을 위한 공사에 착공하기 이전에도 프로젝트금융투자회사에 대한 일몰기한이 적용되는 방향으로 법령의 개정이 이루어지고 있었고,원고는 위와 같은 입법개정 경과에 비추어 지방재정 여건,사회적 환경의 변화,정책적 필요 등에 따라 향후 어느 시점에 이르러서는 프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 경감제도가 더 이상 적용되지 않을 수 있거나 적용되더라도 그 내용이 변경될 수 있다는 점을 충분히 예상할 수 있었을 것으로 보이므로,이후 법 개정으로 인해 위 감경규정의 적용이 제한되었다고 하더라도,종전 규정을 믿고 이 사건 사업을 진행하기 위하여 과도한 비용을 지출하는 등으로 불의의 손해를 입는다거나 납세의무자의 권리가 과도하게 제한된다고 보이지는 않는다.
라)원고의 주장과 같이 해석한다면2010. 1. 1.전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 부동산을 취득할 경우 영구히 취득세 감면대상이 된다는 것이어서,법인 설립·등기가 특정 시점 이전에 이루어졌다는 사정만으로 과도한 감면혜택을 주는 것이 되는 불합리한 결론에 이르게 되므로,설사 원고가 종전의 취득세 경감제도가 계속하여 동일한 내용으로 시행될 것으로 믿었다고 하더라도 이는 주관적 기대에 불과할 뿐 그 신뢰가 마땅히 법적인 보호를 받아야 할 정도에 이르렀다고 볼 수는 없다.
 
4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다.제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로,원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지1

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【전문】

【주문】

 
1.  원고의 청구를 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

 
1. 처분의 경위

 
가. 원고는2007. 12. 31. ‘경기도○○○○택지개발사업지구 내 복합단지PF사업’(이하‘이 사건 사업’이라 한다)을 수행하기 위하여 설립된 법인으로,구 법인세법(2008. 12. 26.법률 제9267호로 개정되기 전의 것)제51조의2제1항 제6호의 요건을 갖춘 프로젝트금융투자회사이다.
 
나. 원고는 이 사건 사업을 위해2017.부터2018.까지 아래 표1과 같이○○시○○구○○동 일대의 토지를 매수하여 취득하였고(이하‘이 사건 토지’라 한다), 2018. 3. 23.경 이 사건 토지 위에 표2와 같이 건물2채를 건축하여 취득하였다(이하‘이 사건 건물’이라 하고,이 사건 토지와 이 사건 건물을 통틀어‘이 사건 부동산’이라 한다).




 
다. 원고는2018.초 이 사건 부동산에 대하여 총1,033,307,566,366원을 과세표준으로 하여 취득세 등43,490,682,560원을 신고·납부하였고, 2018. 11. 15.과소신고분473,314,040원(가산세 포함)을 수정신고·납부하였다.원고가 납부한 총 취득세 등 내역은 아래와 같다.
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이후 피고가 원고에 대한 세무조사를 진행하여2021. 2. 3.이 사건 부동산에 대하여 취득세 등284,422,930원

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라. 원고는 취득세 등 신고 당시 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31.법률 제12955호로 개정된 것)부칙 제23조에 따른 취득세50%감면을 적용하지 아니하였으므로,과다 신고·납부한 취득세 등을 환급하여달라는 취지로 별지1기재와 같은 과다신고분에 대하여2021. 8. 17.경정청구를 하였으나,피고는2021. 11. 17.경정청구를 거부하였다(이하‘이 사건 거부처분’이라 한다)

 
마. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여2021. 12. 2.조세심판원에 심판청구를 제기하였으나,심판청구접수일로부터90일이 지나서도 심판청구결정통지를 받지 못하여 이 사건 소를 제기하였고,이 사건 변론종결일까지 심판결정이 이루어지지 않고 있다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지10호증(가지번호 포함)의 각 기재,변론 전체의 취지

 
2. 관계 법령

 
가. 관계 법령의 기재

별지 기재와 같다.
 
나. 쟁점 조항들 목록

쟁점 조항들의 목록은 아래 표4와 같다.아래에서는 편의상‘법률 제0000호 제120조 제4항 제3호’와 같은 방식으로 칭한다.

[표 4]
순번	법률 구분	내용
1	법률 제7216호 개정일: 2004. 7. 26. 시행일: 2004. 7. 26.	조세특례제한법 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산
2	법률 제9921호 개정일: 2010. 1. 1. 시행일: 2010. 1. 1.	조세특례제한법 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 3. 프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지취득하는 부동산
		조세특례제한법 부칙 <법률 제9921호, 2010. 1. 1.> 제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조제6항제3호 및 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
3	법률 11614호 개정일: 2013. 1. 1. 시행일: 2013. 1. 1.	조세특례제한법 ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「지방세법」 제13조제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 「지방세법」 제13조제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다. 3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산
4	법률 제12853호 개정일: 2014. 12. 23. 시행일: 2015. 1. 1.	제120조 삭제
		조세특례제한법 부칙 제72조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
		조세특례제한법 부칙 제76조 <법률 제9921호, 2010.1.1.>를 아래와 같이 개정 이 법 시행전에 설립·등기한 프로젝트금융회사가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조제6항제3호 및 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
5	법률 제12955호 개정일: 2014. 12. 31. 시행일: 2015. 1. 1.	지방세특례제한법부칙 제23조 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2제1항제9호에 해당하는 회사가 2010.1.1. 이전에 설립등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

 
3. 원고의 주장

이 사건 거부처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.
 
가. 법률 제12955호 부칙 제23조의‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’및‘종전의 규정’은 위 법률 시행 시점 이전의 규정,즉 법률 제9921호 부칙 제76조를 가리키므로, 2009. 12. 31.이전 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에는,위 각 규정에 따라 법률 제7216호 제120조 제4항 제3호가 계속 적용되어,이 사건 부동산에 대한 취득세는50%감면되어야 한다.
 
나. 법률 제12955호 부칙 제23조의‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’가2014. 12. 23.개정된 법률 제12853호‘조세특례제한법 부칙 제76조<법률 제9921호, 2010. 1. 1.>’개정 규정을 가리키는 것이라 하더라도,법률 제12955호 부칙 제23조는 위2014. 12. 23.자 개정규정 중‘2016년12월31일까지 취득하는 부동산’부분을 인용하고 있지 않으므로,이 사건 부동산에 대한 취득세는 여전히 감면되어야 한다.
 
4. 판단

 
가. 적용 조항에 대한 판단

갑 제11내지14호증,을 제1내지3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하면,법률 제12955호 부칙 제23조의‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’및‘종전의 규정’은2014. 12. 23.개정된 법률 제12853호의‘조세특례제한법 부칙 제76조<법률 제9921호, 2010. 1. 1.>’의 개정규정을 가리킨다고 봄이 상당하다.이 부분 원고의 주장은 받아들이지 않는다.
1)관계 법령의 개정 연혁

가)구 법인세법이2004. 1. 29.법률 제7117호로 개정되면서 소득공제 대상에 프로젝트금융투자회사를 포함하는 제51조의2제1항 제6호가 신설되었고,법률 제7216호[구 조세특례제한법(2004. 7. 26.법률 제7216호로 개정된 것)]제120조 제4항 제3호에 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대하여 취득세를50%를 감면하는 내용의 규정이 신설되었다.이는 회사의 자산을 사회간접자본시설투자 등 대규모사업에 운용하기 위하여 설립되는 투자회사의 창업 및 활성화 등을 유도하기 위한 목적이었던 것으로 보인다.
나)법률 제9921호[구 조세특례제한법(2010. 1. 1.법률 제9921호로 개정된 것)]제120조는 프로젝트금융투자회사가2012년12월31일까지 취득하는 부동산에 대하여 취득세를50%감면하였고,법률 제11614호[구 조세특례제한법(2013. 1. 1.법률 제11614호로 개정된 것)]제120조에서는 그 기한을2014. 12. 31.까지 연장하였다.
다)법률 제12853호[구 조세특례제한법(2014. 12. 23.법률 제12853호로 개정된 것)]제120조에서는 프로젝트금융투자회사의 부동산 취득세 감면규정이 삭제되었고,부칙 제72조에“2014. 12. 31.이전에 설립·등기한 프로젝트금융회사가2015. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대해서는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.”고 규정하였고,위 법 부칙<법률 제9921호, 2010. 1. 1.>제76조를“이 법 시행 전에 설립·등기한 프로젝트금융회사가2016. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대한 취득세의 면제에 대해서는 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다”고 개정하였다.
라)법률 제12955호[구 지방세특례제한법(2014. 12. 31.법률 제12955호로 개정된 것)은 부칙 제23조에서“법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라「법인세법」제51조의2제1항 제9호에 해당하는 회사가2010년1월1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우,해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다”는 규정을 신설하였다.
2)법률 제12853호 및 법률 제12955호 부칙 제23조의 개정취지

가)입법과정에서 이루어진 논의에 비추어 볼 때(을 제1호증 참조),법률 제12853호가2010년1월1일 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사의 경우2016년12월31일까지 취득한 부동산에 대해서만 취득세를 감면하도록 규정한 것은2010년1월1일 전에 설립ㆍ등기하였다는 이유로 부동산 취득기한의 제한 없이 부동산 취득세를 계속 감면할 경우2010년1월1일 이후에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사와의 형평성 문제가 발생할 수 있는 점,정책 목적이 달성되었음에도 특정 주체에게 계속 감면혜택을 주는 것이 적절하지 않은 점 등을 고려한 것으로 보인다.
나)법률 제12955호는 종전 조세특례제한법에서 규정하던 지방세 감면에 대한 사항을 지방세특례제한법에서 규정하도록 일원화하면서,프로젝트금융투자회사 등에 대한 부동산 취득세의 경우 프로젝트금융투자회사의 활성화 등 위 감면 규정을 도입할 당시의 정책적 목적이 어느 정도 달성되었다는 점을 고려하여 그 감면 혜택을 종료하되,기존에 설립된 회사들의 신뢰 보호를 위하여 법률 제12955호 부칙 제23조에서 종전의 규정에 따라2010년1월1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여는 일정 기간 동안 예외 규정을 적용하도록 한 것으로 보인다.
3) ‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’의 의미

가)위와 같은 개정 연혁 및 입법 취지에 비추어 볼 때,법률 제12955호에 지방세 감면 규정을 이관하면서 프로젝트금융투자회사의 부동산 취득세 감면제도에 대해 법률 제12853호에서 드러난 입법 의사와 반대되는 입법을 하려는 의도가 있었다고 보이지는 않는다.이는 행정안전부가 각 시·도에 당해년도 지방세특례제한법 등 주요내용을 알리면서 작성한 자료에서도 확인된다(을 제2호증 참조).원고의 주장과 같이 해석할 경우2010. 1. 1.전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 부동산을 취득할 경우 영구히 취득세 감면대상이 되는 것이어서,위 개정 연혁 및 취지에 부합하지 않는다.
나)위와 같은 개정 연혁 및 각 법률의 제·개정문,각 행정부처의 홍보자료 등에서 알 수 있는 입법 의도를 원고 또한 잘 알고 있었던 것으로 보이므로,위와 같은 해석이 법적 안정성을 해친다고 보기도 어렵다.이 사건 사업의 경우 원고의 설립일로부터10년이 지난 후에야 이 사건 부동산 취득이 이루어진 것이어서,프로젝트금융회사에 대하여 부동산 취득세를 감면하기 위한 제도적 취지에 부합하는 사례인지도 다소 의문이다.
다)구 농어촌특별세법 시행령(2015. 2. 27.대통령령 제26125호로 개정된 것)부칙 제4조 제1항은‘프로젝트금융회사에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 관한 경과조치’라는 제목으로“법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라2010년1월1일 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가2016년12월31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조 제6항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다”고 규정한다.위 시행령의 문언에 비추어 볼 때 법률 제12955호 또한 위와 같은 취지로 개정되었음을 추단할 수 있다.
라)한편 법률 제12955호와 제12853호는 각2015. 1. 1.시행되어 모두 효력을 갖게 되는데,원고 주장에 의할 경우 법률 제12955호는 원고에 대한 취득세 등 면제를,법률 제12853호는 원고에 대한 취득세 등 부과를 규정하는 것이 되어 동일한 수범자에 대해 모순되는 내용을 규정하게 되고,결국 법률 제12853호에서 법률 제9921호의 부칙 제76조를 개정한 부분은 무익하게 되는 것이어서,법령의 체계적 해석의 측면에서도 원고의 해석이 적절하다고 보기 어렵다.
마)따라서 법률 제12955호의‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’및‘종전의 규정’은 모두 법률 제12853호의 해당 부분을 가리키는 것이라고 보는 것이 타당하다.
 
나. 법률 제12955호 부칙 제23조의 해석

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 비추어 볼 때 법률 제12955호 부칙 제23조는 법률 제12853호의 부칙 개정규정 중‘2016년12월31일까지 취득하는 부동산’부분 역시 인용하고 있다고 봄이 타당하다.이 부분 원고의 주장 역시 받아들이지 않는다.
1)법률 제12955호 부칙 제23조는“법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2제1항 제9호에 해당하는 회사가2010.1.1.이전에 설립등기한 경우,해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.”고 규정한다.
2) 5번 법률의‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’및‘종전의 규정’은 모두 법률 제12853호의 해당 부분을 가리키는 것이라고 보는 것이 타당함은 앞서 본 바와 같다.위 조항을 해석함에 있어 원고 주장과 같이 문언상‘2016. 12. 31.까지 취득한 부동산’부분만을 제외하고 적용하는 것이 오히려 부자연스러우며,입법 취지에 비추어 보아도 마찬가지이다.법률 제12955호 부칙 제23조는 법률 제12853호의 부칙 개정 규정을 인용하였으므로 동일 조항 내의 어구 반복을 피하기 위하여 종전 감면규정의 적용 시한을 명기하지 않은 것으로 보인다.원고와 같이 해석할 경우 법률 제12955호 부칙 제23조에서 굳이‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’부분을 인용한 이유가 설명되지 않는다.
 
5. 결론

원고의 주장은 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지2

관계 법령

■구 법인세법(2004. 1. 29.법률 제7117호로 개정된 것)

제51조의2 (유동화전문회사등에 대한 소득공제)

①다음 각호의1에 해당하는 내국법인이 대통령령이 정하는 배당가능이익의100분의90이상을 배당한 경우 그 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 공제한다.
 
6. 제1호 내지 제5호와 유사한 투자회사로서 다음 각목의 요건을 갖춘 법인일 것

 
가. 회사의 자산을 설비투자,사회간접자본시설투자,자원개발 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것

 
나. 본점외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근인 임원을 두지 아니할 것

 
다. 한시적으로 설립된 회사로서 존립기간이2년 이상일 것

 
라. 상법 그 밖의 법률의 규정에 의한 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립할 것

 
마. 발기인이 기업구조조정투자회사법 제4조제2항 각호의1에 해당하지 아니하고 대통령령이 정하는 요건을 충족할 것

 
바. 이사가 기업구조조정투자회사법 제12조 각호의1에 해당하지 아니할 것

 
사. 감사는 기업구조조정투자회사법 제17조의 규정에 적합할 것.이 경우 동조중"기업구조조정투자회사"는"회사"로 본다.
 
아. 자본금 규모,자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령이 정하는 요건을 충족할 것

■조세특례제한법(2004. 7. 26.법률 제7216호로 개정된 것)

제120조(취득세의 면제등)

④다음 각호의1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세의100분의50에 상당하는 세액을 감면한다.
 
3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산

■조세특례제한법(2010. 1. 1.법률 제9921호로 개정된 것)

제120조(취득세의 면제 등)

④다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세의100분의30(제3호의 경우에는100분의50)에 상당하는 세액을 감면한다.
 
3. 프로젝트금융투자회사가2012년12월31일까지 취득하는 부동산

부칙<법률 제9921호, 2010. 1. 1.>

제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치)

이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조제6항제3호 및 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
■조세특례제한법(2013. 1. 1.법률 제11614호로 개정된 것)

제120조(취득세의 면제 등)

④다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「지방세법」제13조제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을2014년12월31일까지 취득하는 경우에는 취득세의100분의30(제3호의 경우에는100분의50)에 상당하는 세액을 감면한다.이 경우「지방세법」제13조제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.
 
3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산

■조세특례제한법(2014. 12. 23.법률 제12853호로 개정된 것)

제120조 삭제

부칙<법률 제12853호, 2014. 12. 23.>

제72조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 면제 등에 관한 경과조치)

2014년12월31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가2015년12월31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
부칙<법률 제9921호, 2010. 1. 1.>

제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치)

이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가2016년12월31일까지 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조제6항제3호 및 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. <개정2014. 12. 23.>

■지방세특례제한법(2014. 12. 31.법률 제12955호로 개정된 것)

제23조(프로젝트금융회사에 관한 경과조치)

법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라「법인세법」제51조의2제1항제9호에 해당하는 회사가2010년1월1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우,해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
■농어촌특별세법 시행령(2015. 2. 27.대통령령 제26125호로 개정된 것)

부칙<대통령령 제26125호, 2015. 2. 27.>

제4조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 관한 경과조치)

①법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라2010년1월1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가2016년12월31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조제6항제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
②법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제72조에 따라2014년12월31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가2015년12월31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조제6항제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.