기반시설이 기업부설연구소용 감면 또는 본점 중과세 해당 여부

【전문】

【주문】

 
1.  상고를 기각한다.
 
2.  상고비용은 원고가 부담한다.

【이유】

상고이유를 이 사건 기록 및 원심판결과 대조하여 살펴보았으나,상고이유에 관한 주장은「상고심절차에 관한 특례법」제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 않거나 받아들일 수 없는 것으로 판단된다.
그러므로 상고를 기각하기로 하여,관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

【전문】

【주문】

 
1.  원고의 항소를 기각한다.
 
2.  항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

▣청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다.피고가2015. 11. 16.원고에 대하여 한 취득세 등 경정청구 거부처분 중 별지 표 기재‘라.이 사건에서의 환급청구세액’란 기재 금액 합계10,585,550,725원 부분을 취소한다.
▣이 유

 
1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래 제2항과 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다(제1심 법원에 제출된 증거들에다가 원고가 이 법원에서 추가로 제출한 증거들을 보태어 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정되고,거기에 원고가 항소이유로 주장한 바와 같은 잘못이 없다).
 
2. 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

○제1심 판결 제7쪽 제1행의“13호증의 각 기재”를「28호증의 각 기재 또는 영상」로 고쳐 쓴다.
○제1심 판결 제7쪽 제8~9행의“기업부설연구소에 단순 사용을 위한 취득을”을「단순히 기업부설연구소를 위한 용도로도 사용되고 있다는 사정만으로」으로 고쳐 쓴다.
○제1심 판결 제8쪽 제1행의“없다”다음에 아래 내용을 추가한다.
「[원고는 이 사건 부동산 각 취득 당시 이미 이 사건 사업장에 설치되어 있던 기업부설연구소를 기준으로 이 사건 부동산 중 기업부설연구소 전용면적이 차지하는 비율을 산정하여 취득세 감면을 주장하고 있고,위 기업부설연구소 전용면적에는2001년경 설치한‘R3정보통신연구소’, 2005년경 설치한‘R4디지털연구소’등 이 사건 각 부동산을 취득하기 훨씬 전에 설치한 기업부설연구소의 전용면적까지 포함되어 있다.원고 주장대로라면 이미 오래 전에 취득하면서 취득세 감면 혜택을 받은 기존 기업부설연구소 건물 자체에는 아무런 변화가 없음에도,이와 별개의 건축물로 설치된 공용시설을 노후화,새로운 건축물 설립에 따른 용량 부족 등을 이유로 신·증축하는 때마다 기존 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 인정하고 계속하여 취득세를 감면하게 되어 이 사건 감면규정에 따른 취득세 감면 대상이 기간의 제한 없이 무한정 확대될 수 있다.이는 구 지방세특례법 시행령(2013. 1. 1.대통령령 제24297호로 개정되기 전의 것, 2013. 3. 23.대통령령24425호로 개정되기 전의 것, 2014. 12. 31.대통령령25958호로 개정되기 전의 것, 2016. 9. 22.대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것)제23조에서 이 사건 감면규정에 따른 취득세 감면 혜택을 받는 기업부설연구소를 부동산 취득 후 일정한 기간{2014. 12. 31.이전에는4년, 2015. 1. 1.이후에는1년(건축법에 따른 신축·증축 또는 대수선을 하는 경우에는2년)}이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에 따른 엄격한 기준을 갖추어 교육과학기술부장관(미래창조과학부장관)에게 신고하여 인정을 받은 것으로 한정하고 있는 취지에도 부합하지 않는다]」

○제1심 판결 제8쪽 제20행의“주소지를”을「건축시기와 주소지 등을」로 고쳐 쓴다.
○제1심 판결 제9쪽 제3행의“없다”다음에 아래 내용을 추가한다.
「[이 사건 부동산42개의 각 취득 당시 각 부동산이 공용으로 사용될 이 사건 사업장 내 전체 건축물 및 기업부설연구소의 범위를 분명하게 확정할 수도 없다.이 사건 사업장은1969년경 부지 면적 약122,000㎡위에 처음 설치되어2018년경 부지 전체 면적이 약1,720,000㎡에 이르게 되기까지 약50년에 걸쳐 부지와 인적·물적 시설들을 계속 확장하여 왔고,이에 따라 공용시설도 계속 신·증축되어 왔다.이 사건 사업장 내 연구소도1980년 설치된 종합연구소를 시작으로2013년 설치된 모바일 연구소 등까지 오랜 기간에 걸쳐 여러 연구소가 이 사건 사업장 내 곳곳에 설치되었고,그 과정에서 일부 연구소는 철거,이전되거나 통합되었다.이 사건 부동산 또한 위와 같이 이 사건 사업장을 확장·정비하는 과정에서 이 사건 사업장 내 건축물(장차 새로 건축될 건축물까지 포함)전체를 지원하거나 노후 시설을 교체하기 위하여 신·증축한 것으로 보일 뿐이고,이 사건 부동산이 공용으로 사용될 이 사건 사업장 내 건축물 및 그중 기업부설연구소의 범위를 한정하여 취득한 것으로는 보이지 않는다.이를테면 원고는 이 사건 부동산 중2012년에 취득한 부동산의 경우 그 일부를2013년 취득할 기업부설연구소(R5모바일 연구소,전자소재 연구단지)에 직접 사용할 것을 예정하여 설치하였고,실제로2013년 취득한 위 기업부설연구소에 직접 사용하고 있다고 주장하면서도,정작 위 부동산 중 기업부설연구소 전용면적이 차지하는 비율을 산정함에 있어서는 그 취득 당시 이미 설치되어 있던 기업부설연구소 전용면적만을 기준으로 산정할 뿐2013년 취득한 기업부설연구소의 전용면적은 위 비율에 반영하지 않고 있다.이에 의하더라도 이 사건 부동산 중2012년에 취득한 부동산의 경우 그 취득 당시 어느 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득한 것인지,즉 위 부동산 중 기업부설연구소 전용면적이 차지하는 비율이 얼마인지 확정하기 어렵다{게다가 위 부동산은 이 사건 사업장 내 기존 건축물과2013년 취득할 기업부설연구소 외에 이 사건 사업장에 새로 설치되는 건축물(기업부설연구소 포함)이 있는 경우 이를 위한 공용시설로도 사용될 것을 예정하고 신·증축된 것으로 보인다}.이와 같은 상황에서 이 사건 부동산 중 일정 비율에 해당하는 부분을 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당한다고 쉽게 인정할 수 없다]」

○제11쪽 제6행의“타당하지 않은 점”을 아래와 같이 고쳐 쓴다.
「타당하지 않으며,앞서 본 바와 같이 이 사건 사업장 전체의 운영을 위한 공용시설인 이 사건 부동산 중 기업부설연구소용 면적 비율을 구분하여 확정할 수도 없는 점」

 
3. 결론

제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소를 기각한다.

【판결요지】

ㅁ 사업장 전체가 공통적으로 사용하는 기반시설(변전소, 주차장, 오폐수처리장 등)이 기업부설연구소용 건물의 공용부분으로 보아 감면대상인지

기업부설연구소 전용면적이 차지하는 비율 상당 부분이 중과대상(본점사무소용 신·증축)에 해당하는지 여부





ㅁ 이 사건 부동산은 기업부설연구소의 운영에 이바지하거나 연구소의 효용을 부수적으로 증가시켜주는 측면이 있다고 하더라도 이를 기업부설연구소 건물 내에 있는 전용부분의 이용에 필수적인 공용부분과 동일하게 볼 수는 없고, 기업부설연구소에 직접 사용되고 있거나 직접 사용을 목적으로 취득되었다는 점이 충분히 증명되었다고도 볼 수 없음

서초사옥에 있던 원고의 본사 기능이 이 사건 사업장으로 이전된 점 등 이 사건 부동산은 그 전부가 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산의 부대시설임이 명확하고, 기업부설연구소가 본점용 부동산에 해당하는지 여부와 상관없이 그 전부가 본점용 부동산에 해당

【전문】

【주문】

 
1.  이 사건 소 중 피고가 2015. 11. 16. 원고에 대하여 한 취득세 등 경정청구 거부처분에 대하여 8,566,852,070원을 초과하여 취소를 구하는 부분을 각하한다.
 
2.  원고의 나머지 청구를 기각한다.
 
3.  소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

▣청 구 취 지

피고가2015. 11. 16.원고에 대하여 한 취득세 등 경정청구 거부처분 중 별지 표 기재‘라.이 사건에서의 환급청구세액’란 기재 금액 합계10,585,550,725원 부분을 취소한다.
▣이 유

 
1. 처분의 경위

 
가. 원고는 전자제품 제조,판매업 등을 영위하는 법인으로,수원시 영통구○○동416외35필지에 연구복합단지를 조성하여 사업장(이하‘이 사건 사업장’이라 한다)을 운영하고 있고,위 단지 내에는 본점 사무소,연구소,공장 등이 갖추어져 있다.
 
나. 원고는2012. 5.부터2015. 8.까지 이 사건 사업장 내에 신축 또는 증축한 모바일 연구소,전자소재 연구소 건물 등14건의 부동산(이하‘이 사건 외 부동산’이라 한다)과 이 사건 사업장 전체가 공통적으로 사용하는 기반시설로서의 변전소,주차장,오폐수처리장 등42건의 부동산(이하‘이 사건 부동산’이라 한다)을 취득하면서 취득세 등으로50,063,631,147원(=이 사건 외 부동산 부분32,425,124,867원+이 사건 부동산 부분17,638,506,280원)을 신고·납부하였다.한편 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1.법률 제11618호로 일부 개정되기 전의 것, 2014. 12. 31.법률 제12955호로 일부 개정되기 전의 것, 2015. 12. 29.법률 제13637호로 일부 개정되기 전의 것,이하 같다)제46조에 따르면 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세가 감면되는데(이하‘이 사건 감면규정’이라 한다),원고가 신고·납부한 위 취득세 등은 이 사건 외 부동산의 연구소 건물 중 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소로서 인정받은 전용면적에 대한 취득세 감면이 적용된 금액이다.
 
다. 원고는2015. 9. 15.①이 사건 외 부동산 중 기업부설연구소로 인정받은 건물의 공용부분에 대하여 해당 연구소 건물의 전용면적에서 기업부설연구소로 인정받은 전용면적이 차지하는 비율에 해당하는 부분과②이 사건 사업장의 공용시설인 이 사건 부동산에 대하여는 이 사건 사업장 내 전체 건축물의 전용면적에서 기업부설연구소로 인정받은 전용면적이 차지하는 비율에 해당하는 부분이,각 이 사건 감면규정에 적용대상에 해당한다는 전제 아래 피고를 상대로 취득세 등 합계23,495,018,111원(=이 사건 외 부동산 부분14,928,166,041원+이 사건 부동산 부분8,566,852,070원)의 환급을 구하는 취지의 취득세 등 경정청구를 하였다(구체적 내역은 별지[별표1], [별표2]기재와 같다).
 
라. 피고는2015. 11. 16.①이 사건 외 부동산 중 기업부설연구소로 인정받은 건물의 공용부분에 대하여 해당 연구소 건물의 전용면적에서 기업부설연구소로 인정받은 전용면적이 차지하는 비율에 해당하는 부분은‘기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당된다고 보아 취득세 등15,756,628,510원을 환급하는 한편,②이 사건 사업장의 공용시설인 이 사건 부동산에 대하여는 기업부설연구소용 건물에 존재하는 공용부분과 달리 다른 곳에 별도로 설치된 부속시설물이라는 이유로‘기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당되지 않는다고 보아 경정청구를 거부(이하‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
 
마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 2019. 5. 16.기각되었다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑1, 2호증,을1호증(가지번호 포함)의 각 기재,변론 전체의 취지

 
2. 본안전 항변에 대한 판단

 
가. 당사자의 주장

원고는 이 사건 소송을 통해 이 사건 부동산에 대한 취득세 등의 경정청구가 거부된 것에 대한 취소를 구하고 있다.원고는 이 사건 경정청구 후에 면적비율 재산정 등의 이유로 이 사건 부동산에 대한 취득세 등 경정청구 금액을 당초의8,566,852,070원에서8,862,961,890원으로 정정하였다고 주장하고 있으며,감사원 심사청구 및 이 사건 소송에 이르러서는 재차 면적비율을 재산정하여 계산을 한 결과 환급받아야 할 세액이10,585,550,725원이라고 주장하면서 위10,585,550,725원에 대한 경정청구 거부처분의 취소를 구하고 있다.
이에 대하여 피고는,원고가 이 사건 부동산에 대한 취득세 등에 관하여 경정청구하면서 환급받아야 할 세액으로 신고한 금액은8,566,852,070원이고 이 사건 처분은 위 경정청구한 금액에 대한 것이므로,이 사건 소 중 원고가 위 금액을 초과하여 거부처분에 대한 취소를 구하는 부분은 거부처분 자체가 존재하지 않으므로 부적법하다고 항변한다.
 
나. 판단

납세의무자가 경정거부처분 취소소송에서 취소를 구할 수 있는 대상은 당초 납세의무자가 과세표준 및 세액에 관하여 경정청구한 것에 대하여 피고가 한 거부처분일 뿐이고 그 경정청구한 세액을 초과한 신고·납부세액에 대해서까지 취소를 구하는 것은 당초부터 존재하지 않는 거부처분을 대상으로 하는 것이어서 부적법하다.원고가 이 사건 부동산에 대한 취득세 등에 관하여 경정청구하면서 환급받아야 할 세액으로 신고한 금액은8,566,852,070원이고1)피고가 원고의 위 경정청구에 대하여 이 사건 거부처분을 한 것임을 앞서 본 바와 같다.따라서 이 사건 소 중 당초의 환급청구세액8,566,852,070원을 초과하여 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 부분은 존재하지 않는 거부처분의 취소를 구하는 것으로서 그 자체로 부적법하다.
--------------------------------------------------------------------

주1)원고는 이 사건 경정청구 후에8,862,961,890원으로 경정청구 금액을 정정하였다고 주장하나,정정한 금액에 대하여 다시 경정청구가 이루어졌다거나 그에 대하여 거부처분이 있었다고 볼 만한 아무런 자료가 없다.
--------------------------------------------------------------------

원고는 이 사건 경정청구 당시 특정한 세액을 초과하여 청구취지를 확장한 것은 기존 세액 산정방법에 잘못이 있어 이를 정정하여 세액을 재산정한 것에 불과하고 이미 동일한 쟁점에 대하여 피고의 거부처분이 있었던 이상 원고로 하여금 정정된 세액으로 다시금 경정청구를 제기하고 다시 거부처분을 받아서 불복하도록 하는 것은 무의미한 절차의 반복에 불과하므로 확장된 청구금액에 대해서도 다툴 수 있다고 주장하나,원고가 경정청구 이후에 확장한 금액에 대해서는 경정거부처분 자체가 이루어진 바 없고 납세자가 경정거부처분에 대한 불복과정에서 일방적으로 경정청구금액을 확장하는 것을 허용하고 행정소송에서 그 금액 전부를 다툴 수 있다고 한다면 지방세기본법상 경정청구의 요건,절차에 관한 규정을 몰각시키는 것으로 허용될 수 없을 뿐만 아니라,원고가 주장하는 사정만으로는 세액을 정정하거나 확장하여 다시 경정청구를 거치도록 하는 것이 너무나 가혹하여 위와 같은 절차를 생략할 수 있는 경우에 해당한다고 볼 수도 없으므로,원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
 
3. 이 사건 처분의 적법 여부

 
가. 원고 주장의 요지

1)이 사건 부동산은 이 사건 사업장 내의 본점 사무소,기업부설연구소,공장 등이 공통적으로 사용하는 시설인데 비록 기업부설연구소 건물 내에 설치되어 있는 것은 아니지만 기업부설연구소의 정상적인 이용을 위한 필수적인 시설이며 기업부설연구소 건물 내의 공용부분과 기능상 아무런 차이가 없으므로,이 사건 부동산 중 적어도 이 사건 사업장 내 전체 건축물의 전용면적에서 기업부설연구소로 인정받은 전용면적이 차지하는 비율(이하‘기업부설연구소 전용면적이 차지하는 비율’이라 한다)에 해당하는 부분은‘기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당하여 이 사건 감면규정이 적용되어야 하고 이 사건 처분은 취소되어야 한다.
2)설령 이 사건 부동산이 취득세 감면대상에 해당되지 않는다고 하더라도 기업부설연구소는 지방세법상 중과세율이 적용되는‘본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(부대시설용 부동산 포함)’에 해당하지 않고 이 사건 부동산 중 기업부설연구소 전용면적이 차지하는 비율 상당 부분도 마찬가지이므로,기업부설연구소의 부대시설로 볼 수 있는 이 사건 부동산 중 기업부설연구소 전용면적이 차지하는 비율 상당 부분에는 중과세율이 아닌 일반세율이 적용되어야 한다.
 
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
 
다. 판단

1)이 사건 부동산 중 기업부설연구소 전용면적이 차지하는 비율 상당에 대하여 이 사건 감면규정이 적용되는지 여부

가)조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고,합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고,특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원2004. 5. 28.선고2003두7392판결 등 참조).
나)앞서 본 증거들과 갑4, 8내지13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면,이 사건 부동산은‘기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’으로 볼 수 없으므로,이 사건 부동산 중 기업부설연구소 전용면적이 차지하는 비율에 해당하는 부분에 대하여 이 사건 감면규정이 적용된다고 볼 수 없다.따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
①이 사건 감면규정은 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 적용되는 것인데,위 감면규정의 취지에 비추어‘기업부설연구소에 직접 사용하기 위한 취득’은 조세법률주의의 원칙상 엄격하게 해석하여야 한다.따라서 기업부설연구소에 단순 사용을 위한 취득을 직접 사용을 위한 취득으로 확대해석하거나,기타 다른 목적으로 토지나 건축물을 취득한 후에 그 부동산이 기업부설연구소에 직접 사용하게 되었다고 하여 이를 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 유추해석할 수 없다.
②기업부설연구소 직원 등은 기업부설연구소로 인정받은 전용부분의 정상적인 이용 및 연구개발 활동을 위하여 기업부설연구소 건물 내의 공용부분을 필수불가결하게 사용할 수밖에 없고,그러한 범위 내에서는 전용부분의 이용에 필수적인 공용면적으로서 그 공용부분 중 기업부설연구소용 전용면적의 비율에 해당하는 부분은 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 볼 수 있다.그러나 기업부설연구소와는 그 설치시기,주소 등을 달리하고 이 사건 사업장 전체의 운용을 위해 별도로 취득·설치된 이 사건 부동산은 가사 기업부설연구소의 운영에 이바지하거나 연구소의 효용을 부수적으로 증가시켜주는 측면이 있다고 하더라도 이를 기업부설연구소 건물 내에 있는 전용부분의 이용에 필수적인 공용부분과 동일하게 볼 수는 없고,기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 확대해석할 수 없다.
③원고는 이 사건 부동산을 기업부설연구소를 위한 일종의 부대시설로 주장하나,구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙(2016. 9. 23.미래창조과학부령 제81호로 일부 개정되기 전의 것)제2조 제1항 제3호에 따르면 기업부설연구소의 부대시설은‘기업부설연구기관의 연구개발 활동을 위하여 제작한 구축물과 연구전담요원 등이 전용으로 사용하는 회의실,기숙사 등 연구개발 활동에 필요한 편의시설로서 기업부설연구기관의 주소지에 있을 것’을 요건으로 하고 있다.그런데 이 사건 부동산은 애초에 이 사건 사업장 전체의 운영을 위한 공용 건축물로서 사업장 상주인력 증가 및 편리성을 위해 지속적으로 신·증축된 것일 뿐 기업부설연구소의 필요 및 설립계획에 따라 건축된 것이 아니고,기업부설연구소 및 연구소 직원 외에 다른 건물 및 직원과 공용으로 활용하기 위해 취득한 부동산으로서 기업부설연구소 전용이 아닐뿐더러,기업부설연구소와 멀리 떨어진 다른 단지에 위치하거나 이 사건 사업장 곳곳에 별도로 존재하는 등으로 기업부설연구소 부대시설의 인정기준에 부합하지 않는다.
④이 사건 부동산에는 버스승강장,중앙문 보안부스,보안초소,지하연결 통로,주차타워 진입로 등이 포함되어 있는데,위 부동산들은 그 자체로도 기업부설연구소의 운영을 위한 필수불가결한 시설도 아니어서 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 보기 어렵다.
⑤기업부설연구소 건물 내에 있는 기업부설연구소용 전용면적의 비율에 해당하는 공용부분은 연구소 용도로 직접 사용하기 위해 건축하는 것임이 그 자체로서 확인되지만 주소지를 달리하는 등 별개의 부동산의 경우에는 애초 다른 목적으로 건축하였다가 추후 연구소용으로 사용할 수 있는 것이므로 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 쉽사리 인정할 수 없고,원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 부동산42개가 기업부설연구소에 직접 사용되고 있거나 직접 사용을 목적으로 취득되었다는 점이 충분히 증명되었다고도 볼 수 없다.
2)이 사건 부동산 중 기업부설연구소 전용면적이 차지하는 비율 상당에 대하여 중과세율이 아닌 일반세율이 적용되는지 여부

가)구 지방세법(2015. 12. 29.법률 제13636호로 개정되기 전의 것)제13조 제1항 및 제16조 제1항 제1호에 따르면,수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에서‘대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산을 취득하는 경우’또는‘토지나 건축물을 취득한 후5년 이내에 해당 토지나 건축물이 본점이나 주사무소의 사업용 부동산에 해당하게 된 경우’중과세율이 적용되는데,구 지방세법 시행령(2015. 12. 31.대통령령 제26836호로 일부 개정되기 전의 것,이하 같다)제25조에 따르면, ‘대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산’(이하‘본점용 부동산’이라 한다)이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사,합숙소,사택,연수시설,체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고는 제외)을 말한다.
위와 같은 관계규정에 비추어 보면,이 사건 부동산은 이 사건 사업장의 운영에 이바지하는 공용 건축물이라고 할 것이므로 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산의 부대시설용 부동산에 해당하고,달리 구 지방세법 시행령 제25조에서 규정하는 기숙사,합숙소 등의 복지후생시설과 같은 제외대상에 해당하지 않는다.따라서 이 사건 부동산은 구 지방세법 제13조 제1항 및 제16조 제1항 제1호의 본점용 부동산에 해당하여 중과세율이 적용된다고 봄이 타당하다.
나)원고는 이 사건 부동산을 취득할 당시 원고의 본점이 이 사건 사업장으로 사실상 이전되지 않았으므로 원고가 본점용 부동산을 취득한 경우에 해당하지 않는다는 취지의 주장을 하나,앞서 본 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들,즉①원고의 본점 소재지는1973년부터 이 사건 사업장 내 수원시 영통구 매탄동416으로 등기되어 있는 점,②토지나 건축물을 취득한 후5년 이내에 해당 토지나 건축물이 본점용 부동산에 해당하게 된 경우에도 중과세율이 적용되는데(구 지방세법 제16조 제1항 제1호),원고가 이 사건 부동산을 취득한 후5년이 경과되지 않은2016. 3.경 서초사옥에 있던 원고의 본사 기능이 이 사건 사업장으로 이전된 점 등을 고려하면,결국 이 사건 부동산의 취득은 본점용 부동산의 취득에 해당하여 중과세율이 적용될 수 있으므로,원고의 위 주장은 이유 없다.
또한 원고는 기업부설연구소가 본점용 부동산에 해당하지 않음을 전제로 이 사건 부동산이 기업부설연구소의 부대시설로도 사용되기 때문에 이 사건 부동산 중 기업부설연구소 전용면적이 차지하는 비율 상당 부분은 본점용 부동산의 취득으로 볼 수 없어 일반세율이 적용되어야 한다고 주장하나,이 사건 사업장은 공업지역 내 공장과 임대부동산 등을 제외하고는 나머지 전체가 유기적으로 결합되어 본점으로서 중추적인 의사결정을 수행하는 역할을 하는 것으로 보이는 점,이 사건 기업부설연구소가 별도의 연구단지로 구획되어 있는 것이 아니라 이 사건 사업장 내에 함께 존재하는 점 등에 비추어 보면,이 사건 기업부설연구소는 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산 또는 그 부대시설용 부동산의 범주에 포함된다고 봄이 타당하므로,원고의 위 주장도 이유 없다.
가사 이 사건 기업부설연구소가 본점용 부동산이 아니라고 하더라도,①이 사건 부동산은 그 전부가 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산의 부대시설임이 명확하고 기업부설연구소가 없더라도 본점용 부동산을 위한 필수적 부대시설로서 기능하는 점,②이 사건 부동산은 당초부터 본점용 부동산의 부대시설로서 기능할 것을 주된 목적으로 취득된 것이고 기업부설연구소의 부대시설로서 동시에 이용된다는 사정만으로 이 사건 부동산의 취득 용도를 본점용 부동산용과 기업부설연구소용으로 면적을 구분하여 과세하는 것은 타당하지 않은 점,③과밀억제권역에서 본점용 부동산을 취득하는 경우 중과세율을 부과하는 취지는 과밀억제권역 안으로의 인구유입과 산업집중의 효과를 억지하고자 하는 것이므로 이 사건 부동산 전체에 대하여 중과세율을 부과하는 것이 구 지방세법 제13조 제1항의 취지에도 부합하는 점 등에 비추어 보면,이 사건 부동산을 본점용 부동산으로 보아 중과세율을 적용하는 데 별다른 방해가 되지 아니한다.
다)결국 기업부설연구소가 본점용 부동산에 해당하는지 여부와 상관없이 이 사건 부동산은 그 전부가 본점용 부동산에 해당한다고 할 것이므로,이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 
4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 소 중 이 사건 경정청구 거부처분에 대하여8,566,852,070원을 초과하여 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
표

<별지>

관계 법령

■구 지방세특례제한법(2013. 1. 1.법률 제11618호로 일부 개정되기 전의 것)

제46조(연구개발 지원을 위한 감면)

①대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의7배 이내인 것으로 한정한다.이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를,과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각2012년12월31일까지 면제한다.다만,연구소 설치 후4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
■구 지방세특례제한법(2014. 12. 31.법률 제12955호로 일부 개정되기 전의 것)

제46조(연구개발 지원을 위한 감면)

대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의7배 이내인 것으로 한정한다.이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를,과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각2014년12월31일까지 면제한다.다만,연구소 설치 후4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
■구 지방세특례제한법(2015. 12. 29.법률 제13637호로 일부 개정되기 전의 것)

제46조(연구개발 지원을 위한 감면)

①대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의7배 이내인 것으로 한정한다.이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의100분의50을,과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의100분의50을2016년12월31일까지 각각 경감한다.
부칙 제24조(기업부설연구소 감면에 관한 경감세율 특례)이 법 시행 전에 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 자가2016년12월31일까지「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조제1항제2호에 따라 미래창조과학부장관에게 기업부설연구소로 신고하여 인정을 받는 경우에는 제46조의 개정규정에도 불구하고2016년12월31일까지 취득세 및 재산세의100분의75를 각각 경감한다.
■구 지방세특례제한법 시행령(2015. 12. 31.대통령령 제26837호로 일부 개정되기 전의 것)

제23조(기업부설연구소)

①법 제46조제1항에서"대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후1년(「건축법」에 따른 신축·증축 또는 대수선을 하는 경우에는2년)이내에「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조제1항제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.
■구 지방세법(2015. 12. 29.법률 제13636호로 일부 개정되기 전의 것)

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과)

① 「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지·유치지역 및「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에1천분의20(이하"중과기준세율"이라 한다)의100분의200을 합한 세율을 적용한다.
제16조(세율 적용)

①토지나 건축물을 취득한 후5년 이내에 해당 토지나 건축물이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 해당 각 호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다.
 
1. 제13조제1항에 따른 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)

■구 지방세법 시행령(2015. 12. 31.대통령령 제26836호로 일부 개정되기 전의 것)

제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산)

법 제13조제1항에서"대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산"이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사,합숙소,사택,연수시설,체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.