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판례 / 이 사건 각 부동산이 종교목적에 직접 사용되어 재산세 면제 대상에 해당하는지 여부
판례 정보 서울고등법원 일반행정

이 사건 각 부동산이 종교목적에 직접 사용되어 재산세 면제 대상에 해당하는지 여부

원고는 종교사업을 목적으로 하는 단체로서 이 사건 각 부동산을 소유하고 있었고, 피고는 그 부동산이 지방세특례제한법 제50조 제2항의 ‘해당 사업에 직접 사용하는 부동산’에 해당하지 않는다는 이유로 재산세와 지역자원시설세 등을 부과하였다. 제1심은 1층 카페 부분을 제외한 2 내지 6층을 종교 사업에 직접 사용한 것으로 보아 일부 처분을 취소하였으나, 항소심은 2, 4, 5, 6층의 노동자 도서관, 상담·교육실, 직원 사무실, 쉼터 사용은 종교 목적 사업 자체 또는 종교행위와 직접 관련된 사용으로 보기 부족하다고 판단하였다. 항소심은 피고 패소 부분을 취소하고 그 부분 원고 청구를 모두 기각하였으며, 대법원은 원고의 상고를 기각하였다.

2024누36045 2024.11.21 처분청 승소 마지막 업데이트 2026.05.29

기본 정보

법원
서울고등법원
사건번호
2024누36045
사건구분
누
선고일
2024.11.21
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 지방세특례제한법 제50조 제2항의 ‘해당 사업에 직접 사용’ 또는 ‘종교목적에 직접 사용되는 부동산’의 의미
  • 노동자 도서관, 상담실, 교육실, 직원 사무실, 쉼터 등이 종교행위 목적 사업에 직접 사용된 부동산인지 여부
  • 종교단체의 선교·봉사·사회복지 활동과 재산세 면제 대상인 종교 목적 직접 사용의 구별
  • 부동산의 취득 목적과 실제 사용 관계를 기준으로 비과세요건을 판단하는 방법
  • 재산세 등 감면요건에 관한 증명책임의 소재
  • 조세감면요건 규정의 엄격해석 원칙

판례 포인트

  • ‘종교목적에 직접 사용되는 부동산’은 종교 목적 사업 자체 또는 종교행위와 직접 관련성이 있는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용되는 부동산으로 해석된다.
  • 종교적 활동을 위한 공간으로 부수적으로 사용된다는 사정만으로 재산세 및 지역자원시설세 면제 대상에 포함된다고 볼 수 없다.
  • 수익사업에 사용되거나 임대되어 일반 대중을 상대로 영업하는 부분은 종교단체의 해당 사업에 직접 사용하는 경우로 보기 어렵다.
  • 비영리사업자의 부동산 사용 여부는 사업 목적, 취득 목적, 실제 사용 관계를 기준으로 객관적으로 판단한다.
  • 감면요건 또는 비과세요건에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다.
  • 조세감면 규정은 조세법률주의와 조세공평의 원칙상 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석할 수 없다.
  • 항소심은 제1심과 달리 2, 4, 5, 6층의 노동자센터 관련 사용을 종교 목적 사업에 직접 사용한 것으로 인정하지 않았다.

자주 묻는 질문

Q 종교단체 건물의 노동자 도서관·상담실·쉼터가 재산세 면제 대상인 종교목적 직접 사용에 해당하나요?

A 서울고등법원은 이 사건 건물의 2층 도서관, 4층 상담실·교육실, 5층 사무실, 6층 쉼터가 종교 목적 사업 자체나 종교행위와 직접 관련된 용도라고 보기 어렵다고 판단했습니다. 노동자를 위한 센터 운영은 종교 목적 사업에 부수될 수는 있어도, 제출된 증거만으로 재산세 면제 대상인 직접 사용을 인정하기 부족하다고 보았습니다.

Q 종교단체가 임대한 1층 카페는 재산세 면제 대상이 될 수 있나요?

A 법원은 이 사건 건물 1층이 외부 사업자에게 임대되어 카페로 운영된 사실에 다툼이 없다고 보았습니다. 일반 대중에게 커피를 판매하는 매장은 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하는 경우가 아니므로 재산세 등 면제 대상이 아니라고 판단했습니다.

Q 재산세 면제에서 ‘종교목적에 직접 사용’은 어떻게 판단하나요?

A 법원은 ‘종교목적에 직접 사용되는 부동산’을 소유자가 종교 목적 사업 자체 또는 종교행위와 직접 관련성이 있는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 부동산으로 보았습니다. 단순히 부수적으로 종교적 활동을 위한 공간으로 쓰이는 부분까지 포함된다고 보지는 않았습니다.

Q 성경 공부나 신자 모임 장소로 가끔 사용하면 종교목적 직접 사용으로 인정되나요?

A 서울고등법원은 신도들이 미사 외 시간에 성경 공부, 사도직 모임, 회의, 식사, 행사 장소로 사용했다는 주장을 인정하더라도 그 시설이 종교 사업에 필요불가결하다고 볼 수는 없다고 판단했습니다. 따라서 부수적 사용만으로 재산세 면제 대상인 종교목적 직접 사용을 인정하기는 어렵다고 보았습니다.

Q 종교단체 부동산의 재산세 감면요건은 누가 증명해야 하나요?

A 법원은 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다고 보았습니다. 이 사건에서도 원고가 제출한 증거만으로 2층, 4층, 5층, 6층이 종교 목적 사업에 직접 사용되었다고 인정하기 부족하다고 판단했습니다.

Q 서울고등법원 2024누36045 사건에서 1심과 2심 판단은 왜 달랐나요?

A 1심은 건물 2층부터 6층까지가 원고의 종교 사업에 직접 사용되었다고 보아 일부 부과처분을 취소했습니다. 그러나 서울고등법원은 3층을 제외한 2층, 4층, 5층, 6층은 노동자센터 운영에 사용된 것으로 보이고 종교 목적 사업 자체나 직접 관련 업무라고 보기 어렵다며 피고 패소 부분을 취소하고 원고 청구를 모두 기각했습니다.

Q 대법원은 종교단체 노동자센터 재산세 면제 사건에서 어떤 결론을 냈나요?

A 대법원은 2025년 4월 3일 상고를 기각했습니다. 상고이유가 상고심절차에 관한 특례법상 사유를 포함하지 않거나 원심판결에 영향을 미치지 않는다고 보아, 처분청 승소 취지의 원심 판단이 유지되었습니다.

판결 내용

이 사건 각 부동산이 종교목적에 직접 사용되어 재산세 면제 대상에 해당하는지 여부

[대법원 2025. 4. 3. 2024두66372 처분청 승소]
[서울고등법원 2024. 11. 21. 2024누36045 처분청 승소]
[인천지방법원 2024. 2. 7. 2023구합55041 처분청 일부 패소]

■ 3심 2024두66372 (선고일자-20250403) 재산세

※ 본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【판결요지】

’종교목적에 직접 사용되는 부동산‘의 의미는 ‘부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 종교 목적 사업 자체 혹은 종교행위와 직접적인 관련성이 있는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것’으로 해석하여야할 뿐, 부수적으로 종교적 활동을 위한 공간으로 사용되는 부분까지 포함되는 개념으로 볼 수 없음


【전문】


【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.

【이유】


▣이 유

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나 상고인의 상고이유에 관한 주장은「상고심절차에 관한 특례법」제4조 제1항 각 호에서 정한 사유를 포함하지 아니하거나 원심판결에 영향을 미치지 아니하는 때에 해당한다.
그러므로「상고심절차에 관한 특례법」제5조에 따라 상고를 기각하기로 하여,관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

■ 2심 2024누36045 (선고일자-20241121) 재산세

※ 본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【전문】


【주문】

 
1.  제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 모두 기각한다.
 
2.  소송 총비용은 원고가 부담한다.

【이유】


▣청구취지 및 항소취지

 
1. 청구취지

피고가 별지1표‘처분일’란 기재 각 일자에 원고에 대하여 한 같은 표 기재 각 부과처분을 모두 취소한다.
 
2. 항소취지

주문과 같다.
▣이 유

 
1. 이 법원의 심판범위

원고는 제1심에서 피고가 별지1표‘처분일’란 기재 각 일자에 원고에 대하여 한 각 부과처분의 취소를 청구하였는데,제1심법원은 그 중 별지1표 순번1번 기재 부과처분 취소 청구는 일부 인용하고,같은 표 순번2, 3, 4번 기재 각 부과처분 취소 청구를 전부 인용하였다.이에 대하여 피고만이 피고 패소 부분에 대하여 항소하였으므로,이 법원의 심판범위는 제1심판결 중 피고 패소 부분(제1심법원이 인용한 별지1표 순번1번 기재1,440,130원 중339,770원을 초과하는 부분 및 같은 표 순번2, 3, 4번 기재 각 부과처분에 대한 각 취소 청구 부분)에 한정된다.
 
2. 처분의 경위 및 관계 법령

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는,아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결의 이유 제1항 및 제2항 기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.
○제1심판결 제3쪽5 ~ 12행을 아래와 같이 고쳐 쓴다.
「마.피고 측 담당공무원이2021. 10. 14.현장에 출장하여 파악한 이 사건 건물의 층별 공부상 용도,면적,구체적인 이용실태 등은 아래 표 기재와 같다

층별

공부상 용도

면적(㎡)

사용구분

이용실태

1층

제1종

근린생활시설(휴게음식점)

95.37

임대

카페

2층

제1종

근린생활시설(소매점)

133.13

직접

노동자 작은도서관

3층

기타사무소

133.13

직접

미사(종교행사) 및 노동자 교육실

4층

기타사무소

133.13

직접

노동자 심리상담실 및 소교육실

5층

기타사무소

133.13

직접

노동자센터 직원 사무실

6층

주택

129.48

직접

노동자 쉼터(주택)



」

○제1심판결 제3쪽13행의“을 제1내지6호증의 각 기재”를“을 제1내지6, 8호증의 각 기재”로 고쳐 쓴다.
 
3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

 
가. 원고의 주장 요지

원고는 이 사건 각 부동산에서 예배,기도 등의 종교행위를 하고 있다.특히 원고가 이 사건 각 부동산에서 야외에서 근무하는 노동자들을 대상으로 한 선교활동은 그 자체로 종교행위에 해당한다.따라서 이 사건 각 부동산은 원고가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하고 해당 사업에 직접 사용하는 부동산이어서,지방세특례제한법에서 정한 재산세와 지역자원시설세 면제 대상에 해당하므로,피고가 이 사건 각 부동산에 재산세와 지역자원시설세 등을 부과한 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
 
나. 판단

1)관련 규정 및 법리

가)지방세특례제한법 제50조 제2항은‘제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)및 지방세법 제146조 제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.다만,수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.’고 규정하고 있다.구 지방세법 시행령(2021. 7. 13.대통령령 제31889호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제119조1)에서는 재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재 현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상 현황에 따라 재산세를 부과한다고 규정하고 있다.
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주1)구 지방세법 시행령 제119조(재산세의 현황부과)

재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재 현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상 현황에 따라 재산세를 부과한다.
-------------------------------------------------------------------------------------------------

나)한편,비영리사업자가 해당 부동산을‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 비영리사업 자체에 직접 사용하는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 해당 비영리사업자의 사업 목적과 취득 목적을 고려하여 그 실제의 사용 관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원2009. 5. 28.선고2009두4708판결,대법원2015. 9. 15.선고2014두557판결 등 참조).
다)조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고,합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며,특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원2020. 6. 11.선고2017두36953판결 등 참조).또한 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건,공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다고 할 것이다(대법원2009. 7. 9.선고2007두4049판결 등 참조).
2)이 사건 건물 중1층 카페(95.37㎡)부분에 관한 판단

가)살피건대,원고가 외부 사업자에게 이 사건 건물 중1층 부분을 임대하여 그 곳에서‘A카페’이라는 상호로 카페가 운영되고 있다는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.이는 일반 대중을 대상으로 커피를 만들어 판매하는 매장으로서,원고의 비영리사업(종교행위를 목적으로 하는 사업)에 직접 사용하는 경우에 해당하지 않는다.
나)따라서 이 사건 건물 중1층 및 그에 대한 대지 부분은 지방세특례제한법 제50조 제2항 본문에 따라 지방세 등이 면제되는 비과세대상이라고 볼 수 없으므로,원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
3)이 사건 건물 중2, 4, 5, 6층 부분에 관한 판단

앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정들을 위 규정과 법리에 비추어 보면,원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 각 처분의 기초가 되는 이 사건 건물 중2, 4, 5, 6층 부분이 원고의 종교 목적 사업의 본질적 내용인 예배 및 선교와 밀접한 관련성이 있다고 할 수 없을 뿐만 아니라,이를 위한 필요불가결한 시설로 볼 수도 없으므로,원고가 이 사건 건물 중2, 4, 5, 6층 부분 및 그에 대한 대지부분을 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하였다고 인정하기에는 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.따라서 원고의 이 부분 주장을 받아들일 수 없다.
가)원고는 천주교○○교구에서 실시하는 전교,교육 등 사업에 필요한 토지 및 건물을 소유하며 유지·관리함을 목적으로 하는 재단법인으로서,부동산을 취득하여 종교의식,미사전례,종교교육,선교 등 종교 목적에 직접 사용하는 부동산에 한하여 재산세,지역자원시설세 등을 면제받을 수 있다고 할 것이다.그러나 원고는 노동자들을 위한 공간을 마련하기 위하여 이 사건 각 부동산을 매수한 이후 이 사건 건물 중2층은 노동자들을 위한 도서관으로, 4층은 노동자들을 대상으로 하는 상담실 내지 교육실로, 5층은 원고에 소속된 직원들의 사무실로, 6층은 노동자들을 위한 쉼터의 목적으로 사용하였다.즉 원고는 이 사건 건물 중2, 4, 5, 6층 부분을 노동자들을 위한 센터로 운영하여 왔는데,이는 원고의 종교 목적 사업에 부수되는 것으로 볼 수 있을지언정 종교 목적 사업 자체이거나 이와 직접적인 관련성이 있는 것이라고는 할 수 없다.
나)앞서 본 법리와 같이,재산세와 지역자원시설세 등의 면제 여부의 판단에서‘취득 목적’과‘실제의 사용 관계’가 중요한 고려 요소가 된다.이와 관련하여 제출된 증거들만으로는 원고가 이 사건에서 주장하는 실제의 사용 관계,즉‘노동자들을 대상으로 한 종교교육,예배 등 종교 활동을 통하여 신앙심을 고취시키고 선교하기 위한 것’이라는 목적을 위하여 이 사건 각 부동산을 취득하였다고 보기에는 부족하다.피고 소속 공무원은2021. 10. 14.이 사건 각 부동산을 방문하여 사진을 촬영하였는데,해당 공무원은 이 사건 건물이’노동자 상담 및 교육,쉼터 지원 사업‘을 위하여 사용된다고 파악하였고,해당 사진에 의하면 원고가 이 사건에서 주장한 사정 등에도 불구하고,이 사건 건물 중3층을 제외한 부분이 미사,성경 공부,종교교육,사제 또는 신자들의 모임 장소 등과 같은 종교 활동을 통하여 신앙심을 고취시키고 선교하는 목적에서 활용되고 있었다고 단정하기 어렵다.오히려 이 사건 각 부동산의 외관 현장 사진(피고의2024. 1. 26.자 준비서면4쪽 참조)을 살펴보면,원고는 원고의 정관에서 정한 여러 사업 중 제4조 제10호에 의한 사업인’노동자(이주노동자 포함)상담 및 교육,쉼터 지원‘을 위하여 이 사건 각 부동산을 매수한 후 이 사건 건물 중2, 4, 5, 6층 부분을 노동자들을 위한 센터로 운영하여 온 것으로 보인다.
다)원고는 이 사건 건물 중2, 4, 5, 6층 부분은 노동자들을 대상으로 한 선교,종교교육의 용도로 사용되어 왔는데,이러한 사용은 원고의 종교의식,미사,축전,종교교육 또는 이를 위한 필수적인 준비행위에 해당하는 것으로서 종교 목적 사업과 관련이 없는 용도로 사용하였다고 보기 어렵다는 취지로 주장한다.그러나 지방세특례제한법에서 정한‘직접 사용’의 문구는 특별한 사정이 없는 한‘직접 사용’의 의미에 관한 정의규정인 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호2)에 따라 해석하여야 하므로,지방세특례제한법 제50조 제2항의’종교목적에 직접 사용되는 부동산‘의 의미도 그 문언 및 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호에 따라‘부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 종교 목적 사업 자체 혹은 종교행위와 직접적인 관련성이 있는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것’으로 해석하여야할 뿐,부수적으로 종교적 활동을 위한 공간으로 사용되는 부분까지 포함되는 개념으로 볼 수는 없다.
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주2)지방세특례제한법 제2조(정의)

①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
 
8.  “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」제2조에 따른 수탁자를 포함하며,신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.
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라)종교단체가 그 목적을 달성하기 위하여 선교,봉사,사회복지 등 여러 가지 활동을 할 수 있다는 점을 고려하더라도 마찬가지이다.부수적인 부분에 대한 재산세 등의 면제는 종교단체가 직접 사용하는 부동산의 재산세 및 지역자원시설세 등을 면제함으로써 종교단체를 지원하는 지방세특례제한법의 취지에 부합하는 것으로도 볼 수 없으며,앞서 본 바와 같이 조세법률주의원칙 및 조세형평의 원칙상 비과세요건은 합리적 이유 없이 확장·유추해석 되는 것이 허용되지 않아 종교사업 목적에 사용되었는지 여부는 그 범위를 가급적 엄격하게 해석할 필요가 있다.즉 조세 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하므로,특별한 규정이 없는 한 지방세특례제한법 제50조 제2항에서 말하는 재산세 등의 감면대상인‘종교목적에 직접 사용되는 부동산’의 범위를 확장해석할 수는 없다.이러한 점들을 고려하면,원고 신도들이 미사 등 종교행사가 없는 경우 성경 공부,사도직(使徒職)모임,회의,식사,각종 행사 등의 장소로 이 사건 건물 중2, 4, 5, 6층 부분을 이용하였다는 원고의 주장을 인정하더라도,이와 같은 시설이 반드시 종교 사업에 필요불가결한 시설에 해당한다고 볼 수는 없다.
 
4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 모두 기각하여야 한다.제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로,피고의 항소를 받아들여 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고,그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 모두 기각하기로 한다.

■ 1심 2023구합55041 (선고일자-20240207) 재산세

※ 본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【전문】


【주문】

 
1.  피고가 별지1 표 ‘처분일’란 기재 각 일자에 원고에 대하여 한 같은 표 순번 1번 기재 1,440,130원 중 339,770원을 초과하는 부분 및 순번 2, 3, 4번 기재 각 부과처분을 모두 취소한다.
 
2.  원고의 나머지 청구를 기각한다.
 
3.  소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【이유】


▣청 구 취 지

피고가 별지1표‘처분일’란 기재 각 일자에 원고에 대하여 한 같은 표 기재 각 부과처분을 모두 취소한다.
▣이 유

 
1. 처분의 경위

 
가. 원고는 종교사업을 목적으로 하는 단체로서2012. 7. 4.인천 부평구○○동○○-○○ ○○㎡및 그 지상 건물(이하 위 토지와 건물을 합하여‘이 사건 각 부동산’이라 하고,토지 또는 건물만을 특정하는 경우‘이 사건 토지’, ‘이 사건 건물’과 같이 기재하며,이 사건 건물을 층별로 구분하여 특정하는 경우‘이 사건 건물 중1층’과 같이 기재한다)에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.
 
나. 피고는2021. 7. 10.및2021. 9. 10.이 사건 각 부동산에 대하여 지방세특례제한법 제50조 제2항 본문에서 정한‘해당 사업에 직접 사용하는 부동산’에 해당하지 않음을 이유로 별지1표‘이 사건 최초처분’란 기재와 같은 각 부과처분을 하였다(이하 통틀어‘이 사건 최초처분’이라 한다).
 
다. 원고는2021. 10. 8.이 사건 최초처분에 대한 이의신청을 제기하였고,피고는2021. 12. 6. ‘이 사건 건물 중3층에 대하여는 지방세특례제한법 제50조 제2항 본문에 따라 재산세 및 지역자원시설세가 면제되고,위3층을 제외한 나머지 부분에 대하여는 원고의 이의신청을 기각한다‘는 취지의 결정을 하였다.그 결과 이 사건 최초처분 중 현재 최종적으로 남은 부과처분 내역은 별지1표’이 사건 각 처분‘란 기재 각 금액과 같다(이하 최종적으로 남은 부과처분 내역을 통틀어‘이 사건 각 처분’이라 한다).
 
라. 원고는2022. 3. 7.이 사건 각 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고,조세심판원은2023. 4. 11.원고의 심판청구를 기각하였다.
 
마. 이 사건 건물의 층별 면적,이용현황 등은 아래 표 기재와 같다.

층별

공부상

(용도)

면적(㎡)

사용구분

이용실태

1층

제1종

근린생활시설

95.37

임대

카페

2층

제1종

근린생활시설

133.13

직접

도서관

3층

기타사무소

133.13

직접

미사(종교행사) 및 노동자교육실

4층

기타사무소

133.13

직접

심리상담 및 교육실

5층

기타사무소

133.13

직접

사무실

6층

주택

129.48

직접

주택



[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1호증,을 제1내지6호증의 각 기재,변론 전체의 취지

 
2. 관계 법령

별지2기재와 같다.
 
3. 원고의 주장

이 사건 각 부동산은 종교목적에 직접 사용하고 있으므로 지방세특례제한법 제50조 제2항 본문에 따라 재산세 및 지역자원시설세가 면제되어야 한다.피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 각 처분은 위법하다.
 
4. 판단

 
가. 관계 법령 및 관련 법리

1)지방세특례제한법 제50조 제2항은‘제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)및「지방세법」제146조제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.다만,수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.’고 규정하고 있다.
2)한편 비영리사업자가 해당 부동산을‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 비영리사업 자체에 직접 사용하는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 해당 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원2009. 5. 28.선고2009두4708판결 등 참조).
 
나. 이 사건 건물 중1층

원고가‘카페in’이라는 상호로 카페를 운영하는 사업자에게 이 사건 건물 중1층 을 임대한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고,해당 시설은 일반 대중을 대상으로 영업하고 있는 사실이 인정되는바,이는 지방세특례제한법 제50조 제2항 본문에서 정한‘해당 사업에 직접 사용’하는 경우로 볼 수 없다.따라서 원고의 이 부분 주장을 받아들일 수 없다.
 
다. 이 사건 건물 중2내지6층

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 실제의 사용관계를 판단할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면,이 사건 건물 중2내지6층은 원고의 종교 사업에 직접 사용되었다고 봄이 상당하다.
①원고는 노동자들을 대상으로 한 종교교육,예배,쉼터 등의 공간을 마련하기 위하여 부동산을 물색하여 왔고,이러한 목적에 부합하는 이 사건 각 부동산을 매수한 이후 위와 같은 목적을 반영하여 노동사무국을 조직도에 편성하는 등 이 사건 건물 중 일부를 노동자를 위한 센터로 운영하여 왔다.
②원고는 이 사건 건물 중2층은 신자들의 도서 열람을 위한 도서관으로, 3층은 미사를 드리는 예배당으로, 4층은 상담실 또는 교육실로, 5층은 원고에 소속된 사도들의 사무실로, 6층은 사제관 및 기도실 등의 목적으로 사용하였는데,위와 같은 각층별 사용용도에는 미사,성경 공부,사도직 모임,회의,식사,각종 행사 등의 일정이 포함되어 있어 대체로 종교 활동을 통하여 신앙심을 고취시키고 선교하는 목적이 주된 것으로 볼 수 있다.
③원고가 이 사건 건물 중2, 4, 5, 6층 중 일부를 노동자 센터 등의 운영을 위해 사용한 것으로 보이지만,원고는 노동자들을 대상으로 종교교육 등을 실시하고 있어 그와 같은 사용을 원고의 선교,종교교육 또는 이를 위한 필수적인 준비행위와 분리하여 종교 사업과는 관련이 없는 용도로 사용하였다고 보기는 어려울 뿐만 아니라,원고는 노동자 센터를 운영하지 않는 요일에는 종교 활동을 위해 필수적인 사제 또는 신자들의 모임 장소 등을 위해 위 각 층을 사용하였던 것으로 보인다.
나아가 비과세 요건으로‘오로지 종교목적으로 사용되었을 것’이 요구되는 것은 아닌 점,성당의 특성상 주일인 일요일에 예배가 집중적으로 이루어지기 마련이므로 평일에는 건물을 사용하지 않는 경우가 많을 것인 점,노동자 센터 등의 운영은 평일에 이루어져 이 사건 성당의 예배활동에 별다른 지장을 주지 않았을 것으로 보이며,무상으로 이루어져 이 사건 건물의 주된 이용 목적이라고 보기도 어려운 점 등을 고려하면,원고가 위 각 층을 일부 요일에 다른 목적으로 사용하였다는 이유만으로‘종교목적에 직접 사용하는 부동산’이 아니라고 볼 수는 없다.
④조세법률주의원칙 및 조세형평의 원칙상 비과세요건은 합리적 이유 없이 확장·유추해석 되는 것은 허용되지 않고,지방세특례제한법 제50조 제2항 본문의 적용범위를 넓힐 경우 탈법 목적 부동산 취득이 증가할 우려가 있다는 점이 고려되어야 할 것이지만,앞서 본 이 사건 각 부동산의 취득 목적과 경위,실제 사용 횟수와 빈도 등에 비추어 보면,원고에게 위와 같은 조세회피 목적이 있다고 보이지 않는다.
 
라. 소결론

결국 이 사건 건물 중2내지6층 및 그에 대한 대지는 비과세대상이라 보아야 하므로,이 사건 건물1내지5층(건축물)에 대한 별지1표 순번1번 기재1,440,130원 중339,770원{1층(건축물)에 대한 산출세액}을 초과하는 부분,이 사건 건물6층(주택분)에 대한 같은 표 순번2, 4번 기재 각 부과처분,정당세액을 산출할 수 없는 이 사건 건물1내지5층(토지분)에 대한 같은 표 순번3번 기재 부과처분은 모두 취소되어야 한다.
 
5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고,나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지2

관계 법령

▣지방세특례제한법

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제)

①종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
 
1. 해당 부동산을 취득한 날부터5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

 
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

 
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

②제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)및「지방세법」제146조제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.다만,수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.
 
끝. 

관련 법령

지방세특례제한법 제50조 제2항 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호 지방세법 제112조 지방세법 제146조 제3항 구 지방세법 시행령 제119조 행정소송법 제8조 제2항 민사소송법 제420조 본문 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제1항 상고심절차에 관한 특례법 제5조 대법원 2009. 5. 28. 선고 2009두4708 판결 대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두557 판결 대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 대법원 2025. 4. 3. 선고 2024두66372 판결 서울고등법원 2024. 11. 21. 선고 2024누36045 판결 인천지방법원 2024. 2. 7. 선고 2023구합55041 판결

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