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판례 / 법 제9270호 부칙 제14조에 따른 일반세율 적용 여부
판례 정보 서울고등법원 일반행정

법 제9270호 부칙 제14조에 따른 일반세율 적용 여부

서울고등법원은 원고가 2012년 11월 19일 취득하여 2020년 7월 17일 양도한 주택에 대한 2020년 귀속 양도소득세 부과처분과 관련해, 일반세율 적용 여부 및 장기보유특별공제 배제 여부를 판단하였다. 제1심은 중과세율이 아닌 일반세율이 적용되어야 하므로 정당세액을 초과하는 부분은 취소하되, 장기보유특별공제는 적용될 수 없다고 판단하였다. 항소심은 원고가 항소심에서 한 주장도 제1심 주장과 크게 다르지 않고, 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 규정의 문언상 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 보아 원고의 항소를 기각하였다.

서울고등법원-2024-누-55534 2025.04.03 마지막 업데이트 2026.05.28

기본 정보

법원
서울고등법원
사건번호
서울고등법원-2024-누-55534
사건구분
누
선고일
2025.04.03
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 법률 제9270호 부칙 제14조에 따라 해당 기간 취득 자산에 일반세율을 적용할 수 있는지
  • 일반세율이 적용되는 경우에도 조정대상지역 소재 1세대 3주택에 장기보유특별공제가 배제되는지
  • 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 규정이 이 사건 주택 양도소득 계산에 적용되는지
  • 중과세율 적용 여부와 장기보유특별공제 적용배제가 반드시 연동되는지
  • 이 사건 주택이 장기보유특별공제가 적용되는 1세대 1주택으로 보는 주택에 해당하는지

판례 포인트

  • 법률 제9270호 부칙 제14조에 따라 일반세율이 적용되더라도, 조정대상지역에 있는 대통령령으로 정하는 1세대 3주택에 해당하면 장기보유특별공제는 배제될 수 있다.
  • 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 규정은 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산을 장기보유특별공제 대상에서 제외하는 문언으로 해석되었다.
  • 중과세율 규정이 적용되지 않는다는 사정만으로 해당 주택이 장기보유특별공제가 적용되는 1세대 1주택으로 보는 주택이 되는 것은 아니라고 판단하였다.
  • 항소심은 제1심판결의 이유를 대부분 인용하고 일부 문구만 고쳐 제1심의 결론을 유지하였다.
  • 항소심에서 추가 제출된 증거를 보더라도 원고 주장을 받아들일 수 없다고 보았다.

자주 묻는 질문

Q 법률 제9270호 부칙 제14조에 따라 일반세율이 적용되는 주택도 장기보유특별공제를 받을 수 있나요?

A 서울고등법원은 법률 제9270호 부칙 제14조에 따라 해당 기간에 취득한 자산에는 일반세율이 적용될 수 있다고 보았습니다. 그러나 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택에 해당하면 장기보유특별공제는 배제된다고 판단했습니다.

Q 조정대상지역 1세대 3주택 양도에서 중과세율이 적용되지 않으면 장기보유특별공제가 인정되나요?

A 이 판결은 중과세율 규정이 적용되지 않는다고 해서 곧바로 장기보유특별공제가 적용되는 것은 아니라고 보았습니다. 법원은 이 사건 주택이 장기보유특별공제가 적용되는 ‘1세대 1주택으로 보는 주택’에 해당하게 되는 것은 아니라고 판단했습니다.

Q 2020년에 양도한 조정대상지역 주택의 양도소득세에서 장기보유특별공제를 배제한 처분은 적법하다고 보았나요?

A 원고는 2012년 11월 19일 취득해 보유하다가 2020년 7월 17일 양도한 주택에 대해 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장했습니다. 서울고등법원은 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 규정의 문언에 비추어 원고 주장을 받아들이기 어렵다고 보아 항소를 기각했습니다.

Q 서울고등법원 2024누55534 사건에서 양도소득세 부과처분은 어느 범위에서 문제 되었나요?

A 원고는 세무서장이 2022년 10월 13일 한 2020년 귀속 양도소득세 157,157,540원 부과처분의 취소를 구했습니다. 제1심은 일반세율을 기준으로 계산한 정당세액 80,972,298원을 초과하는 부분을 취소했고, 항소심은 원고의 항소를 기각했습니다.

Q 서울고등법원은 2024누55534 사건에서 원고의 항소를 왜 기각했나요?

A 서울고등법원은 원고가 항소심에서 한 주장이 제1심 주장과 크게 다르지 않다고 보았습니다. 추가 증거까지 살펴보아도 이 사건 주택 양도에 장기보유특별공제가 적용된다고 볼 수 없고, 원고 주장은 구 소득세법 제95조 제2항의 문언에 반한다고 판단했습니다.

판결 내용

  • 양도
법 제9270호 부칙 제14조에 따른 일반세율 적용 여부 국승
  • 서울고등법원-2024-누-55534
  • 귀속년도 : 2020
  • 심급 : 2심
  • 등록일자 : 2025.04.09.
  • 생산일자 : 2025.04.03.
  • 진행상태 : 진행중
관련 법령
소득세법 제95조
요지 판결내용 상세내용

요지

법률 제9270호 부칙 제14조에 따라 해당기간에 취득한 자산은 일반세율은 적용하나
조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택은 장기보유특별
공제는 배제됨

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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[세 목]

양도

[판결유형]

국승

[사건번호]

서울고등법원-2024-누-55534(2025.04.03.)

[직전소송사건번호]

서울행정법원-2023-구단-78036(2024.07.17)

[제 목]

법 제9270호 부칙 제14조에 따른 일반세율 적용 여부

[요 지]

법률 제9270호 부칙 제14조에 따라 해당기간에 취득한 자산은 일반세율은 적용하나

조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택은 장기보유특별

공제는 배제됨

[판결내용]

판결 내용은 붙임과 같습니다.

[관련법령]

소득세법 제95조【양도소득금액과 장기보유특별공제액】

법 제9270호 부칙 제14조에 따른 일반세율 적용 여부

사 건

2024누55534 양도소득세부과처분취소

원 고

이OO

피 고

OOO세무서장

변 론 종 결

2025. 03. 06.

판 결 선 고

2025. 04. 03.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2022. 10. 13. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 157,157,540원(가산세

포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

 제1심판결을 변경한다. 청구취지 기재와 같다[제1심은 피고가 중과세율을 적용하고

장기보유특별공제를 배제한 청구취지 기재 부과처분에 대하여, 장기보유특별공제는 적용될

수 없으나 중과세율이 아닌 일반세율이 적용되어야 하며 이에 따라 계산한 정당세액인

80,972,298원(가산세 포함)을 초과하는 부분은 위법하여 취소한다는 판결을 선고하였다].

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고가 이 법원에서 주장하는 사유, 즉 ① 원고가 2012. 11. 19. 취득하여 보유하다가

2020. 7. 17. 양도한 이 사건 주택의 양도소득을 계산함에 있어 구 소득세법(2017. 12.

19. 법률 제15225호로 개정되고, 2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하

같다) 제95조 제2항 본문 괄호 규정이 적용되지 않는다는 주장, ② 제1심은 2017. 12.

19. 소득세법이 개정되면서 ‘중과세율 적용’ 및 ‘장기보유특별공제 적용배제’ 를 연동

시키고자 하는 입법취지를 오해하여 일반세율을 적용하면서도 장기보유특별공제를 배제

하는 잘못을 저질렀다는 주장 등은 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않다.

  원고의 주장을 제1심에 제출된 증거들 및 이 법원에서 추가로 제출된 증거들(갑 제

12 내지 21호증)과 함께 다시 살펴보아도, ‘원고가 주장하는 사정만으로 이 사건 주택

의 양도에 관하여 장기보유특별공제가 적용된다고 볼 수 없고, 원고의 주장은 구 소득

세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산을 장기보유특별공제 대상이 되는 자산에서 제외

하고 있는 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 규정의 문언에 명백히 반하는 것으로서

받아들일 수 없다.’는 등의 이유로 원고의 이 부분 청구를 기각한 제1심판결은 결과적

으로 정당하다.

이 법원이 이 판결에 기재할 이유는, 제1심판결 이유 제8면 제1행의 “반하는 것으로서

받아들일 수 없다.”를 “반하는 것이고, 이 사건 주택을 양도함에 있어 중과세율에 관한

규정이 적용되지 않는다고 하여 이 사건 주택이 장기보유특별공제가 적용되는 ‘1세대

1주택으로 보는 주택’에 해당하게 되는 것은 아니므로(대법원 2012. 4. 26. 선고 2011

두32874 판결의 취지 참조), 이를 받아들일 수 없다.”로 고치는 것 이외에는 제1심판결의

이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여

약어와 별지를 포함하여 그대로 인용한다.

2. 결론

  그렇다면 제1심판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과

같이 판결한다.

법 제9270호 부칙 제14조에 따른 일반세율 적용 여부

관련 법령

소득세법 제95조 구 소득세법 제95조 제2항 구 소득세법 제104조 제7항 법률 제9270호 부칙 제14조 행정소송법 제8조 제2항 민사소송법 제420조 대법원 2012. 4. 26. 선고 2011두32874 판결 서울행정법원 2023구단78036 판결

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