토지와 건물의 가액구분이 불분명한 경우에 해당하는지 여부

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 9. 1. 원고에게 한 2021년 제1기 부가가치세 000,000,000원(가산세 포함)

부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 6. 29. 00 00 00동 00-0 대지 000㎡(이하 ‘쟁점 토지’라 한다)와 그 지상에 지하 1층 및 지상 6층의 건물(이하 ‘쟁점 건물’이라 하고, 쟁점 토지와 함께 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 임의 경매를 원인으로 취득하였고, 2020. 5. 29.부터 이 사건 부동산에서 ‘BBBB’이라는 상호로 숙박업을 영위하였다.

나. 원고는 2021. 1. 20.경 재단법인 CCCC(이하 ‘매수법인’이라 한다)과 사이에 매매대금을 X0억 원(쟁점 토지가액: X0억 원, 쟁점 건물 가액: 0원)으로 정하여 이 사건 부동산에 관한 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였고, 부가적으로 ‘쟁점 건물은 매수법인이 이 사건 부동산을 인도받는 즉시 철거하고, 이에 따라 쟁점 건물의 부가가치세법상 과세표준은 없는 것임을 상호 확인한다‘는 내용이 기재된 ’이 사건 매매계약 중 건물 분 부가세 관련 합의서‘(이하 ’관련 합의서‘라한다)를 작성하였다.

다. 원고는 2021. 3. 31. 매수법인에게 이 사건 부동산에 대한 소유권이전등기를 마쳐주었고, 같은 날 위 숙박업에 대한 폐업신고를 하였고, 2022. 6. 3.경 쟁점 건물에 대한 철거공사를 완료한 후 건축물 멸실신고를 하였고, 2022. 10. 4. 건물멸실등기를 마쳤다.

라. 한편 원고는 안양세무서장에게 쟁점 토지의 양도가액은 X0억 원, 쟁점 건물의 양도가액은 0원으로 하여 2021년 귀속 양도소득세를 신고하였고, 00세무서장은 위 양도소득세 신고를 검토하는 과정에서 원고가 쟁점 건물 양도에 대한 부가가치세 신고를 누락한 것으로 보고 피고에게 과세자료를 통보하였다.

마. 이에 따라 피고는 2023. 9. 1. 구 부가가치세법(2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라고만 한다) 제29조 제9항 단서 제2호, 같은 법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라 한다) 제64조 제1항 제1호 본문에 따라 0,000,000,000원을 쟁점 건물의 공급가액으로 산정한 후 원고에게 2021년 제1기 부가가치세 000,000,000원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024.6. 26. 원고의 심판청구에 대한 기각결정을 하였다.

[인정근거]

다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 7호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

가. 서울고등법원 2007. 6. 13. 선고 2006누24475(그 상고심인 대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두14350 판결), 부산지방법원 2013. 4. 18. 선고 2012구합4952, 서울행정법원 2011. 8. 9. 선고 2010구합43952 판결1), 조세심판원 2021. 5. 24. 2020서2875 결정(결정이유에서 대법원 1989. 1. 17. 선고 88누4713 판결 인용) 등에 따르면, 부동산 매매계약을 체결하면서 매매대금에 건물부분의 가치가 포함되어 있다고 하더라도, 건물이 철거될 운명이었고, 실제 철거·명실신고까지 마쳐진 경우 매매대금에 포함된 기존 건물의 가치에 해당하는 부분은 건축물의 철거에 따른 손실보상금의 성격을 가질 뿐이고 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당하지 않는다고 할 것인바, 이 사건 매매계약의 매매대금에 포함된 쟁점 건물의 가치에 해당하는 부분은 ‘쟁점 건물의 철거에 따는 손실보상금의 성격’을 가질 뿐이고 부가가체세 과세대상인 ‘재화의 공급’이 있다고 볼 수 없다.

나. 또한 2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정된 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서 및 2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정된 부가가치세법 시행령에서 제64조 제2항 제2호에 따르면 ‘토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하도록’ 규정하고 있는바, 이와 같은 부가가치세법령의 개정 경과에 비추어 보더라도 이 사건 매매대금에 쟁점 건물의 가치가 포함되어 있다는 사정만으로 쟁점 건물에 대한 재화의 공급이 있다고 볼 수는 없다.

다. 가사 쟁점 건물의 양도가 부가가치세 과세대상에 해당하여 이를 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서에 따라 쟁점 건물의 공급가액을 산정하는 것이 정당하다고 하더라도, 이 사건 매매계약서에는 쟁점 건물에 대한 부가가치세를 별도로 표시하고 있지 않았으므로, 구 부가가치세법 제29조 제7항 등에 따라 쟁점 건물 양도로 인한 부가가치세 과세표준은 위 0,000,000,000원의 110분의 100에 해당하는 0,000,000,000원이 되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 쟁점 건물을 양도한 것이 ‘재화의 공급’에 해당하는지 여부

1) 관련 규정 및 법리

가) 관련 규정

(1) 구 부가가치세법 제29조 제1항에서는 “재화 도는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다”고 규정하고 있고, 같은 조 제9항에서는 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다”고 규정하면서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우(제1호), 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우(제2호)“를 정하고 있다.

그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항에서는 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 항 제1호 본문에서는 ”토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액“으로 규정하고 있다.

(2) 한편 구 부가가치세법은 2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정됨에 따라 제29조 제9항 제2호 단서가 신설되어 “다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다”고 규정하였고, 위 신설 규정의 위임에 따라 2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정된 부가가치세법 시행령에서 제64조 제2항이 신설되어 “법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다”고 규정하면서 ‘다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우’(제1호), ‘토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’(제2호)를 규정하고 있다(이하 이를 합하여 ‘개정된 부가가치세법령 규정’이라 한다).

그러나 개정된 부가가치세법령 규정 중 위 개정된 부가가치세법의 부칙(2021. 12. 8.) 제7조에서는 위 개정된 부가가치세법의 시행(2022. 1. 1.) 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 종전의 규정에 따르도록 정하고 있고, 위 개정된 부가가치세법 시행령의 부칙(2022. 2. 15.) 제1조 제2호에 따르면 부가가치세법 시행령 제64조 제2항은 그 시행일인 2022. 2. 15. 이후 재화나 용역을 공급하는 경우 등에 적용된다.

나) 관련 법리

구 부가가치세법 제9조 제1항, 제2항, 구 부가가치세법 시행령 제18조 제1항 제1호는 ‘매매계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것’을 ‘재화의 공급’으로 규정하고 있다. 매매계약 당시 매수인이 현존 건물을 그대로 사용할 의도가 없어 그 건물이 어차피 철거될 운명에 처해 있고 또한 실제로 매도인이 매수인 측과의 약정에 따라 잔대금 지급일 이전에 이를 철거하고 매도인 이름으로 멸실신고 및 멸실등기를 함으로써 매수인에게 인도와 소유권이전등기를 경료해 줄 대상이 존재하지 않게 되었다는 등 특별한 사정이 있는 경우에는 매매계약 당시 건물이 현존하였고, 그 토지 가격 속에 건물 값을 보상하는 의미의 금액이 포함되어 있다고 하더라도, 여기에는 부가가치세의 과세요건으로서의 재화(건물)의 공급은 없었다고 보아야 할 것이지만(대법원 1986. 2. 25. 선고 85누747 판결, 1989. 1. 17. 선고 88누4713 판결 등 참조), 일반적으로는 건물 및 그 부지인 토지를 한꺼번에 매도하는 매매계약에 있어서, 그 매매대금을 대지와 건물을 포함하여 토지의 평당가로 정하여 매도하였고 그 중 건물의 가액을 특정하지 않았다고 하더라도, 위 매매계약에 의하여 건물 역시 매매의 목적물로서 매도된 것으로 보아 부가가치세의 과세요건인 재화의 공급이 있었다고 보아야 할 것이다(서울고등법원 2024. 6. 13. 선고 2023누66698 판결의 상고심인 대법원 2024. 10. 31. 선고 2024두48763 판결 등 참조).

2) 판단

위 관련 규정 및 법리에 비추어 살피건대, 앞서 본 사실 및 증거들, 갑 제6 내지 9호증, 을 제2 내지 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 사실 및 사정들을 종합해 보면, 쟁점 건물이 이 시건 매매계약의 목적물로서 양도된 것으로 봄이 상당하므로 쟁점 건물 양도에 따른 부과가치세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 이 사건 매매계약서(갑 제1호증)의 기재에 따르면, 원고와 매수법인은 매매물건에 쟁점 토지 외에도 ‘건축물 포함’이라고 명시하였는바, 원고와 매수법인 사이에 쟁점 건물을 매매 목적물로 삼겠다는 의사가 분명하게 합치되었던 것으로 보인다.

나) 또한 원고가 쟁점 건물을 양도하기 직전연도인 2020년 귀속 종합소득세 신고에서 BBBB의 재무제표상에는 쟁점 건물의 가액이 000,000,000원으로 기재(을 제3호증)되어 있을 뿐 아니라, 위 모텔에 대한 2021년 1기 부가가치세도 총 매출세액 00,000,000원으로 신고되어 있는 점(을 제2호증) 등에 비추어 보더라도, 쟁점 건물의 가치가 존재하지 않는다고 보기는 어렵다.

다) 원고는 매수법인으로부터 이 사건 매매계약에 따른 대금을 지급받은 후 쟁점건물을 포함한 이 사건 건물에 대하여 2021. 3. 31. 소유권이전등기를 마쳐주었고, 이에 따라 매수법인은 그 소유자로서 쟁점 건물의 양도 후 약 1년 3개월이 지난 시점인 2022. 6. 3. 쟁점 건물의 철거에 따른 건축물 철거·멸실신고를 마친 것으로 보이는바, 이와 같이 이 사건 매매계약상 잔대금 지급일 당시 쟁점 건물이 철거되었다거나 멸실 신고 및 멸실등기가 이루어져서 매수법인에게 인도와 소유권이전등기를 경료해 줄 대상이 존재하지 않았다고 볼 수 없는 이상, 쟁점 건물에 대한 재화의 공급이 존재하지 않았다고 볼 수도 없다.

라) 비록 매수법인이 이 사건 부동산을 매수한 이후 쟁점 건물을 철거라고 그 부지에 새로운 건물을 건축할 계획이었다고 하더라도, 이는 어디까지나 이 사건 매매계약에 의하여 쟁점 건물이 매수법인에 양도되고 난 이후의 사정에 불과하고, 쟁점 건물의 취득 목적이나 쟁점 건물이 취득 후 곧 철거되었다는 사정은 쟁점 건물의 공급과 관련된 부가가치세 산정에 있어 고려하여야 할 요소라고 볼 수 없다.

마) 한편 원고가 그 주장의 근거로 제시한 ① 대법원 2007두14350 판결(서울고등법원 2006누24475 판결)은 매도인이 건물 철거·멸실 신고를 하고 매수인에게 토지만을 인도한 사안인 점, ② 서울행정법원 2010구합43952 판결은 토지와 건물을 모두 매매대상으로 하나 매수인에게 건물에 대한 소유권이전등기를 마치기 전 건물이 철거된 사안인 점, ③ 부산지방법원 2012구합4952 판결은 토지와 건물에 대한 수용재결이 있는 경우로서 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것)

제4조 제4항에 따라 ‘도시 및 주거환경정비법·공익사업법 등에 따른 수용절차에 있어서 수용대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니한다’는 규정에 따른 사안인 점, ④ 조세심판원 결정례에서 근거로 들고 있는 대법원 88누4713 판결은 토지와 건물을 포함하여 토지 평당가격으로 매도하였으나, 매도인이 건물을 철거하고 멸실등기를 완료함으로써 매수인에게 인도와 소유권이전등기를 해 줄 대상이 존재하지 않게 된 특별한 사정이 있는 사안인 점 등을 고려하면, 위 판결 등은 이 사건과는 구체적인 달리하므로 이 사건에 그대로 적용될 수 없다.

바) 또한 원고가 주장하는 개정 부가가치세법령 규정은 2022. 2. 15. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용이 가능한 것으로 그 이전에 이루어진 쟁점 건물의 양도에는 적용될 수 없는바, 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 받아들이지 않는다.

나. 구 부가가치세법 제29조 제7항 적용 여부

1) 구 부가가치세법 제29조 제7항은 “사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다.”고 규정하고 있고, 국세청 내부 업무처리기준인 2018년 개정된 부가가치세 집행기준 29-0-4 제3항에서는 “부가가치세 과세대상거래를 오인하여 영세율 또는 면세거래로 보아 공급가액만을 수수한 경우”를 공급가액과 세액이 불분명한 경우의 예시로 규정하고 있다.

2) 위 규정의 취지는 사업자가 재화 또는 용역의 공급대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되었는지 불분명하거나 부가가치세 과세대상거래를 오인하는 등 부가가치세가 포함되었다고 볼 여지가 있는 경우에 실제 공급가액에 따른 정당한 세액을 산출하기 위한 데 있다.

3) 이와 같이 구 부가가치세법 제29조 제7항은 사업자가 장차 과세관청에 부가가치세를 납부할 의사를 가지고 상대방으로부터 부가가치세를 포함한 금액을 대가로 받은 경우를 전제로 하므로, 이 사건 매매계약과 관련 합의서에 따르면 원고와 매수법인은 건물가액을 0원으로 정하고 쟁점 건물에 대한 부가가치세 과세대상이 없는 것으로 합의하는 등 원고에게는 처음부터 쟁점 건물에 대한 부가가치세를 신고·납부할 의사가 없었던 것으로 보이므로, 위 규정이 적용될 수 있는 경우에 해당하지 않는다. 원고의이 부분 주장도 이유 없다.

5. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.