중소기업 졸업 후 복귀 시 유예기간 재차 적용 여부

상세내용

청 구 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 2. 22. 원고에게 한, 2017년 귀속 법인세 15,198,000원, 2018년 귀속 법인세 31,752,890원, 2019년 귀속 법인세 31,811,230원 및 2020년 귀속 법인세와 농어촌특별세 합계 96,145,760원의 각 경정고지처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 기재할 이유는 아래와 같이 일부 내용을 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결의 “1. 처분의 경위” 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 2쪽 18행의 “중소기업 유예기간 적용대상자”를 “중소기업 유예기간 제도적용대상자”로 고친다.

○ 제1심판결 2쪽 19행의 “31,752,900원”을 “31,752,890원”으로 고친다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 중소기업이 중소기업에 해당되지 않게 됨에 따라 발생하는 조세부담 증가를 완화하는 규정으로, 2010. 12. 30. 개정을 통하여 위 시행령 조항에서 ’최초 1회에 한하여‘라는 문구를 ’최초로‘로 변경하는 방식으로 유예기간 제도의 적용횟수의 제한을 없앴다고 보아야 하므로, 원고가 종전에 1회 유예기간 제도의 적용을 받았다고 하더라도 이 사건 기간은 재차 유예기간 제도의 적용 대상이된다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2001두731 판결, 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

관계 법령의 규정 내용, 앞서 인정한 증거들 및 을 제1, 2, 4호증의 각 기재에의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 기간은 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제2조 제2항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)1)에서 정한 유예기간 제도의 적용 대상에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

가) 2020. 12. 29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법은 제5조 제1항에서 2) ‘중소기업 등 투자 세액공제’라는 제목 하에 대통령령으로 정하는 중소기업이 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산에 투자하는 경우 등 일정한 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하였다. 그런데 중소기업의 요건에 관하여, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항은 조세특례제한법 제5조 제1항의 ‘대통령령으로 정하는 중소기업’의 요건의 하나로 ‘상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(중소기업기준) 이내일 것’을 규정하고 있었고, 같은 조 제2항 본문은 ‘중소기업이 중소기업기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 위 유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당 여부를 판정한다’고 규정하고 있었다.

2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 이 사건 조항은 ‘중소기업이 중소기업기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 위 유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당 여부를 판정한다’는 내용으로 개정되었다.

나) 위에서 본 바와 같이 이 사건 조항은 그 본문 전단에서 중소기업이었다가 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우 ‘최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터’, 즉 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 때가 속하는 과세연도부터 그 다음 3개 과세연도 동안 중소기업으로 보는 유예기간 제도를 적용한다고 규정하는 한편, 그 본문 후단에서는 중소기업에 해당하지 않게 되었다가 다시 중소기업에 해당하게 되는 경우 혹은 중소기업으로 복귀하였다가 다시 중소기업에 해당하지 않게 된 경우를 구분하지 않고 ‘유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로’ 제1항의 중소기업기준에 따라 중소기업 해당 여부를 판정한다고 규정하고 있다. 이 사건 조항의 본문 전단만을 놓고 보면, 중소기업이었다가 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 ‘최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 본다’고 규정하고 있으므로, 중소기업이었다가 중소기업에 해당하지 않게 되기만 하면 그 사유가 발생한 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 반복적으로 유예기간 제도가 적용될 수 있는 것으로 해석할 여지가 있으나, 이 사건 조항은 그 본문 후단에서 ‘유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 중소기업 해당 여부를 판정한다’고 규정하고 있는바, 이와 같은 이 사건 조항의 규정 형태와 내용에 의하면, 이 사건 조항은 그 본문 후단에 의하여 본문 전단이 규정한 유예기간 제도의 적용 범위를 제한한 것으로 봄이 타당하다.

따라서 어떤 중소기업이 매출액 등 중소기업기준을 초과하여 최초로 중소기업에 해당하지 않게 됨으로써 이 사건 조항의 본문 전단에 따라 4개 사업연도 동안 유예기간 제

도를 적용받아 투자세액 공제 혜택을 받았다면, 위 유예기간이 경과한 이후의 과세연도부터는 이 사건 조항의 본문 후단에 의하여 제1항의 중소기업기준에 따른 중소기업해당 여부에 따라 투자세액 공제 혜택을 받을 수 있는지 여부가 결정된다고 봄이 타당

하다.

다) 이 사건 조항으로의 개정이유에는 ‘최초 중소기업 졸업 시부터 유예기간 4년 동안에는 유예기간 적용횟수 제한을 폐지한다’는 내용이 기재되어 있는데, 그 개정이유를 구체적으로 살펴보면 ‘이 사건 조항 개정 전에는 최초 중소기업을 졸업하였다가 중소기업으로 복귀하고 다시 일반기업이 된 경우 ’최초 1회에 한하여‘라는 문구로 인하여 유예기간 4년 기간 동안에도 최초 1회 중소기업에 해당하지 않게 된 과세연도에 대하여만 유예기간 제도가 적용되었으나, 위 ’최초 1회에 한하여‘를 ’최초로‘로 변경하는 방식으로 개정함으로써 최초 중소기업을 졸업했다가 유예기간 4년 내에 중소기업으로 복귀하고 이후 다시 일반기업이 된 경우에도 그 시기가 잔존 유예기간 이내라면 졸업유예 제도가 적용된다’는 취지가 기재되어 있다. 이와 같은 개정이유에 의하면 이 사건 조항으로의 개정 전에 과세관청은 최초 중소기업에 해당하지 않게 되는 사유가 발생한날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 연도까지 4년의 기간 내에 해당 기업이 중소기업이 되었다가 재차 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생한 경우 ‘최초 1회에 한하여’라는 문구를 근거로, 최초 중소기업에 해당하지 않게 된 과세연도에 대하여만 유예기간 제도가 적용되는 것으로 잘못 해석하고 이를 기초로 해당 기업에 법인세 등을 과세한 것으로 보이는바, 이 사건 조항으로의 개정은 이 사건 조항을 위와 같이 잘못 해석하여 적용하고 있는 과세사례가 있다는 것을 알고 그러한 오류를 방지하기 위한 목적으로 이루어진 것이고, 그 구체적인 개정방법은 기존의 ‘최초 1회에 한하여’라는 문구를 ‘최초로’라는 문구로 변경하는 방법을 선택하였던 것으로 보인다.

원고는 이 사건 조항으로의 개정이유에 ’유예기간 적용횟수 제한 폐지‘라는 내용이 기재되어 있음을 근거로 4년의 유예기간 제도가 적용된 후에도 재차 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생한 경우에는 반복적으로 유예기간 제도가 적용될 수 있다는 취지로 주장하나, 앞서 본 개정이유를 살펴보면 ’유예기간 적용횟수 제한 폐지‘는 전체 4년의 유예기간 내에서 중소기업 졸업유예 제도를 적용하는 횟수의 제한을 폐지함을 의미하는 것으로 판단되므로, 원고의 위 주장은 이 사건 조항으로의 개정이유를 오해함에서 비롯된 주장으로 보일 뿐이다. 따라서 이 사건 조항으로의 개정이유를 근거로, 앞서 본 바와 다르게 최초로 유예기간 제도가 적용된 4년이 경과한 후에 중소기업으로 복귀하였다가 재차 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생하였다고 하더라도 이 사건 조항에 따라 유예기간 제도가 반복 적용된다고 보기는 어렵다.

라) 원고가 주장하는 바와 같이 ’최초 1회에 한하여‘라는 문구가 삭제된 이유가 횟수의 제한 없이 유예기간 제도를 반복적으로 적용하기 위함이라고 해석하게 되면, 해당 기업에 대하여 반복적으로 투자세액 공제 혜택의 부여가 가능해 진다. 이러할 경우 일부 기업들은 4년의 유예기간 제도를 적용받기 위하여 의도적으로 특정 과세연도의 종업원 수를 줄이거나 일부 매출액을 다음 해에 산입되도록 매출을 조정하는 등으로 중소기업 판단 지표를 조작하여 중소기업으로 복귀하였다가 재차 중소기업에 해당되지 않게 함으로써 4년의 유예기간 제도를 반복적으로 적용받아 과세상 혜택을 누리는 방법으로 이 사건 조항을 악용할 가능성도 충분히 상정할 수 있다. 이는 조세공평의 원칙에 정면으로 반하는 것이 되어 부당하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.