조세특례제한법 제38조에 따른 과세이연 대상을 주식의 포괄적 교환 당시 확정된 양도소득세라 말할 수 없음

상세내용

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 1. 11. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 000,000,000원의 경정청구거부처분을 취소한다.

1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심에서 제출된 증거에다가 이 법원에서 추가로 제출된 증거를 보태어 살펴보더라도, 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 따라서 이 법원의 판결이유는 제1심판결의 별지를 이 판결의 별지로 교체하고, 아래 제2항과 같이 고치거나 추가ㆍ삭제하는 이외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고치거나 추가ㆍ삭제하는 부분

○ 제1심판결 제2면 제11, 12행의 “(2019. 3. 20. 기획재정부령 제726호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)”를 “(2017. 3. 10. 기획재정부령 제606호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제2면 표 마지막 행의 “90,463,837,500”을 “90,362,587,500”으로 고쳐쓴다.

○ 제1심판결 제7면 제9행의 “조세특례제한법 시행규칙”을 “구 조특법 시행규칙”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제8면 제3행의 “포괄절”을 “포괄적”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제8면 제4행의 “현물출자”를 “포괄적 주식교환”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제8면 제11행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

『나아가 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 조특법이 개정되면서, 제38조 제1항에 주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례가 신설되었고, 그 제정ㆍ개정 이유로 ‘기업이 자산의 대부분을 양도하고 그 대가로 상대방 기업의 주식을 받고, 청산하거나 「상법」에 따라 주식을 포괄적 교환ㆍ이전하고 다른 기업의 100퍼센트 자회사가 되는 경우 경제적 실질이 합병과 유사하므로 양도차익에 대한 과세를 이연함’이라고 밝히고 있으므로, 당초의 입법취지에 의하더라도 과세이연 대상은 양도차익으로 보아야 한다(을 제2호증

참조).』

○ 제1심판결 제9면 제13, 14행의 “(2019. 3. 20. 기획재정부령 제726호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)”를 삭제한다.

○ 제1심판결 제9면 마지막 행의 “행정청의”부터 제10면 제4행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『위 신청서 양식이 비록 부령의 형식으로 되어있으나 그 내용은 과세이연신청 절차를 위한 것으로 행정청 내의 사무처리준칙에 불과하여 대외적 구속력을 가진다고 볼 수 없다. 따라서 조특법 시행규칙의 신청서 양식에 과세이연금액 뿐 아니라 세율을 곱한 과세이연세액까지 기재하도록 되어있다는 사정만으로 상위법령인 구 조특법과 구 조특법 시행령에서 명시적으로 정하고 있는 방식의 과세이연이 아니라 포괄적 주식교환 당시의 세율을 적용한 확정된 양도소득세액이 과세이연되었다고 볼 수 없다.

나아가 원고는, 주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례를 규정한 구 조특법 제38조 제1항은 “주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 … 과세를 이연받을 수 있다”라고, 주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례를 규정한 구 조특법 제38조의2 제1항은 “그 현물출자로 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 … 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다”로 되어있어 그 문구의 차이가 있음을 들어, 전자는 양도세액을, 후자는 양도차익을 과세이연하는 것이고 그 차이를 반영하여 신청서 서식도 달리 만들어 진 것이라고 주장한다. 그러나 위 각 특례가 과세이연 대상을 달리 할 합리적인 이유를 찾기 어렵고, 주식의 현물출자에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례는 구 조특법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제38조의2 제1항에서 “주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대하여는 … 과세를 이연받을 수 있다”로 규정되었다가 조특법이 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되면서 위의 구 조특법 문구로 바뀌었는데, 원고의 주장대로라면 이와 같은 문구 개정에 대해 과세특례신청서 서식도 ‘과세이연세액’란이 있다가 ‘주식과세이연금액’란까지만 있는 것으로 변경되었어야 할 것이지만, 2010. 1. 1. 개정 전 시행규칙상 신청서 서식도 ‘과세이연세액’란 없이 ‘주식과세이연금액’란만 있다. 따라서 구 조특법 시행규칙상 신청서 서식을 모법의 해석에 참고하기 어렵다.』

○ 제1심판결 제11면 제16행의 “2017. 12. 19. 법률 제15229호”를 “2017. 12. 19. 법률 제15227호”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제12면 제11행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

『또한, 원고는 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것)제21조 제2항 제2호는 예정신고 납부하는 소득세의 납세의무 성립시기를 ‘과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일’로 규정하고, 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제1항은 주식 양도에 따른 양도소득세에 대하여 그 양도일이 속하는 분기의 말일부터 2개월 내에 예정신고 납부하도록 규정하는데, 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제3조에 따라 납세의무의 성립과 확정에 관한 내용은 각 세법의 특례 규정보다 우선하므로, 구 조특법 특례에도 불구하고 납세의무 성립시기를 구 국세기본법이 정하는 바와 달리 할 수는 없어 과세이연의 대상은 주식의 포괄적 교환에 대해 납세의무가 성립한 ‘양도소득세’가 되는 것이지 ‘양도차익’이 될 수 없다고 주장한다. 살피건대, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호는 ‘주식 등이 양도된 경우 양도소득세의 과세대상이 되는 양도소득은 해당 과세기간에 주식의 양도로 발생하는 소득으로 한다.’고 규정하고 있다. 그런데 이 사건 과세이연금액인 완전자회사 주식의 양도차익은 원고가 이 사건 과세특례신청을 함에 따라 2016년도 양도소득세의 과세대상이 되는 양도소득이 되지 않았고, 구 조특법 시행령 제35조의2 제3, 4항에 의하여 향후 완전모회사 주식의 처분시점에 완전모회사 주식의 취득가액에서 이를 차감하게 되었다. 즉 과세이연금액(완전자회사 주식의 양도차익)을 별도의 독립된 과세대상으로 보지 않고 완전모회사 주식의 양도차익에 포함시킨 후 완전모회사 주식의 양도소득만을 과세대상으로 하는 것이므로, 그 납세의무의 성립시기 역시 완전모회사 주식을 양도한 때가 된다. 원고가 지적하는 구 국세기본법의 조항은 과세표준이 되는 금액이 실현되어 그 연도에 납부하여야 함을 전제로 납세의무 성립시기를 정한 것이어서, 과세이연 대상을 양도차익으로 보더라도 구 국세기본법상 해석에 반하지 않는다(원고가 완전모회사인 XXX 주식을 처분하지 않고 영구히 보유한다면 조특법에서 정한 과세이연 중단사유를 제외하고는 추가적인 양도소득세 신고ㆍ납부의무가 없을 것이라는 점에서도 그러하다). 따라서 이 사건 포괄적 주식교환이 발생(2016. 6. 16.)한 달의 말일(2016. 6. 30.)에 납세의무가 성립되었다고 볼 수는 없다. 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.』

○ 제1심판결 제13면 제10행, 제19행의 각 “시행령 제35조의2 제1항”을 “시행령 제35조의2 제4항”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제14면 제19행의 “(90,463,837,500원×20%)”를 삭제한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.