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판례 / 취득세등부과처분취소
판례 정보 대법원 일반행정

취득세등부과처분취소

대법원은 종교단체인 원고가 취득세를 면제받아 취득한 토지에 관하여, 취득일부터 3년이 지나도록 교회 건물 사용승인을 받지 못한 사안에서 상고를 기각하였다. 원고는 교회 건물을 건축 중인 것만으로 종교사업에 직접 사용한 것이고, 행정지도와 코로나19 확산으로 준공이 지연되었으므로 정당한 사유가 있다고 주장하였다. 하급심은 건물 착공은 직접 사용이 아니라 준비행위에 불과하고, 행정지도와 코로나19 사정만으로 3년 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유를 인정하기 어렵다고 보아 취득세 등 추징처분을 적법하다고 판단하였다. 대법원은 상고이유가 상고심절차에 관한 특례법상 심리 사유를 포함하지 않거나 원심판결에 영향을 미치지 않는 경우에 해당한다고 보아 상고를 기각하였다.

2025두35776 2024.03.12 기각 마지막 업데이트 2026.06.01

기본 정보

법원
대법원
사건번호
2025두35776
사건구분
두
선고일
2024.03.12
상단 광고
상단 광고
목차 사실관계 판단 결과 핵심 쟁점 판례 포인트 자주 묻는 질문 판결 내용 관련 법령 관련 판례

사실관계

정리된 사실관계가 없습니다.

판단 결과

정리된 판단 결과가 없습니다.

핵심 쟁점

  • 종교단체가 취득세를 면제받은 토지 위에 교회 건물을 건축 중인 상태를 종교사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지
  • 지방세특례제한법 제50조 제1항 단서 제2호의 ‘정당한 사유 없이 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’에 해당하는지
  • 교회 건물 규모 등에 관한 행정지도가 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 되는지
  • 코로나바이러스감염증-19 확산이 유예기간 내 준공 지연의 정당한 사유가 되는지
  • 상고이유가 상고심절차에 관한 특례법 제4조의 심리 사유에 해당하는지

판례 포인트

  • 건물의 착공행위는 토지를 목적사업에 직접 사용하는 행위가 아니라 이를 위한 준비행위에 불과하다고 보았다.
  • 교회 용도 건물이라고 하더라도 준공되어 실제 종교사업에 사용되기 전까지는 부지의 용도가 확정되었다고 보기 어렵다고 판단하였다.
  • 종교사업에 사용하기 위한 부동산 취득세 면제도 지방세특례제한법상 직접 사용 요건과 추징 요건의 적용을 받는다.
  • 행정지도는 지도, 권고, 조언 등에 해당하고 그 자체로 상대방을 구속하거나 제재적 효력을 가지지 않으므로, 그 사정만으로 외부적 장애사유가 인정되기 어렵다고 보았다.
  • 코로나19 유행이 있었다는 사정만으로 취득일부터 3년 내 준공할 수 없을 정도의 명백한 장애사유가 있었다고 보기 어렵다고 판단하였다.
  • 대법원은 원심의 판단을 본안에서 구체적으로 다시 설시하지 않고 상고심절차에 관한 특례법에 따라 상고를 기각하였다.

자주 묻는 질문

Q 종교단체가 취득세를 감면받은 토지에 교회를 건축 중이면 종교 목적에 직접 사용한 것으로 볼 수 있나요?

A 이 판례는 교회가 취득세를 면제받은 토지에 지교회 건물을 신축했지만, 취득일부터 3년이 지난 뒤에야 사용승인을 받은 사안입니다. 법원은 건물 착공이나 건축행위는 토지를 직접 사용하는 행위라기보다 준비행위에 불과하다고 보았습니다. 따라서 교회 건물을 건축 중이었다는 사정만으로 종교사업 용도로 직접 사용했다고 보기 어렵다고 판단했습니다.

Q 교회 건물은 종교 목적으로만 쓰일 수 있다는 주장만으로 취득세 추징을 막을 수 있나요?

A 원고는 교회 건물은 오로지 종교사업을 위해서만 사용될 수 있으므로 건축 중인 것만으로도 직접 사용에 해당한다고 주장했습니다. 그러나 법원은 교회 용도로 짓는 건물이라도 종교사업 외 사용이 불가능한 것은 아니고, 준공되어 실제 종교사업에 사용되기 전까지 부지의 용도가 확정되었다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 이에 따라 원고의 주장은 받아들여지지 않았습니다.

Q 종교단체가 취득세를 면제받은 부동산을 3년 안에 직접 사용하지 않으면 어떻게 되나요?

A 지방세특례제한법 제50조는 종교단체가 해당 사업에 사용하기 위해 취득하는 부동산의 취득세를 면제하지만, 정당한 사유 없이 취득일부터 3년이 지나도록 해당 용도로 직접 사용하지 않으면 면제된 취득세를 추징할 수 있다고 정합니다. 이 사건에서 원고는 2019년 7월 12일 토지를 취득했으나 2023년 9월 21일에야 교회 건물 사용승인을 받았습니다. 법원은 3년 내 직접 사용이 인정되지 않는다고 보아 취득세 등 추징처분을 적법하다고 판단했습니다.

Q 행정지도로 교회 설계가 변경되어 준공이 늦어진 경우 취득세 추징의 정당한 사유가 될 수 있나요?

A 원고는 피고의 행정지도로 교회 건물 설계를 변경하면서 준공이 늦어졌다고 주장했습니다. 법원은 행정지도는 지도, 권고, 조언 등에 해당하고 그 자체로 상대방을 구속하거나 특별한 제재적 효력을 가지지 않는다고 보았습니다. 따라서 설령 교회 건물 규모 등에 관한 행정지도가 있었다고 해도, 그 사정만으로 3년 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 판단했습니다.

Q 코로나19로 교회 공사가 지연된 경우 취득세 감면 토지의 3년 유예기간을 넘긴 정당한 사유가 인정되나요?

A 원고는 코로나19 확산도 교회 공사가 늦어진 원인이라고 주장했습니다. 그러나 법원은 취득 후 코로나19가 유행한 기간이 있었더라도, 3년 내 준공할 수 없을 정도로 장기간 공사를 중단해야 하는 명백한 장애사유가 발생했다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 이 사건에서는 코로나19 사정만으로 정당한 사유가 인정되지 않았습니다.

Q 취득세 감면 후 목적사업 직접 사용을 하지 못한 정당한 사유는 어떻게 판단하나요?

A 법원은 정당한 사유에 법령상 금지나 제한처럼 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유뿐 아니라, 정상적인 노력을 다했는데도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함될 수 있다고 보았습니다. 판단할 때는 부동산 취득 목적, 목적사업에 직접 사용하는 데 필요한 준비기간, 법령상·사실상 장애사유와 그 정도, 목적사업 사용을 위한 진지한 노력 등을 종합합니다. 이 사건에서는 행정지도와 코로나19 사정만으로 그러한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 판단했습니다.

Q 대법원 2025두35776 취득세등부과처분취소 사건의 결론은 무엇인가요?

A 대법원은 2025두35776 취득세등부과처분취소 사건에서 원고의 상고를 기각했습니다. 원심은 교회 건물을 건축 중이라는 사정만으로 종교 목적 직접 사용을 인정하기 어렵고, 행정지도나 코로나19도 3년 유예기간을 넘긴 정당한 사유로 보기 어렵다고 판단했습니다. 대법원은 상고이유가 상고심절차에 관한 특례법상 심리 사유에 해당하지 않거나 판결에 영향을 미치지 않는다고 보아 상고를 기각했습니다.

판결 내용

취득세등부과처분취소

[대법원 2024. 3. 12. 2025두35776 기각]
[수원고등법원 2025. 11. 19. 2024누16960 기각]
[수원지방법원 2024. 11. 28. 2024구합65646 처분청 승소]

■ 3심 2025두35776 (선고일자-20240312) 취득세

※ 본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【판결요지】

종교단체가 취득세를 감면받은 토지 위에 교회를 건축 중이라는 사정만으로는 종교 목적에 '직접 사용'한 것으로 볼 수 없고 , 행정지도나 코로나19 사태 역시 3년의 유예기간 내에 건물을 완공하지 못한 '정당한 사유'로 인정하기 어려우므로 , 기존에 면제했던 취득세를 다시 추징한 과세관청의 처분은 적법함


【전문】


【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.

【이유】

「상고심절차에 관한 특례법」은 대법원이 법률심으로서의 기능을 효율적으로 수행하고 법률관계를 신속하게 확정하도록 제4조 제1항 각 호에서 원심판결에 중대한 법령위반에 관한 사항이 있는 경우 등으로 심리 사유를 한정하고, 상고이유에 관한 주장이 각 호의 어느 하나의 사유를 포함하지 아니하거나 이를 포함하는 경우에도 같은 조 제3항 각 호에 해당할 때에는 판결로 상고를 기각한다고 규정한다.

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나 상고인의 상고이유에 관한 주장은 「상고심절차에 관한 특례법」 제4조 제1항 각 호에서 정한 사유를 포함하지 아니하거나 같은 조 제3항 제2호에서 정한 원심판결에 영향을 미치지 아니하는 때에 해당한다.

「상고심절차에 관한 특례법」 제5조에 따라 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

■ 2심 2024누16960 (선고일자-20251119) 취득세

※ 본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【전문】


【주문】

 
1.  원고의 항소를 기각한다.
 
2.  항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

 
1.  제1심판결의 인용

원고가 이 법원에서 주장하는 항소이유는 제1심에서의 주장 내용과 크게 다르지 않고, 제1심에 제출된 증거들에 이 법원에서의 변론 내용을 종합하여 보더라도 제1심법원의 사실인정과 판단은 정당하다고 인정된다.

이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 제1심판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 인용한다.

원고는, 이 법원에서도 거듭하여 교회나 사찰 등과 같은 건물은 다른 용도로 사용할 것을 상정하기 어렵고, 건축행위 그 자체로 종교행위로 보아야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 제1심법원이 적절히 판시한 바와 같이 건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과하고, 교회 용도로 짓는 건물이라 하여 건축행위만으로 해당 부동산을 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용한 것으로 볼 수는 없다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

 
2.  결 론

제1심판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

■ 1심 2024구합65646 (선고일자-20241128) 취득세

※ 본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【전문】


【주문】

 
1.  원고의 청구를 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

 
1.  처분의 경위 등

가. 원고는 안양시 만안구 ○○로 ○○○에 예배당 건물을 둔 개신교 교회로 비법인사단이다.

나. 원고는 2014. 6. 24. 광명시○○○ 소재 대 1,765.3㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 매매계약을 체결하면서 2019. 6. 24.까지 10차에 걸쳐 분할하여 매매대금을 지급하기로 하였고, 2019. 6. 24. 매매대금을 모두 지급하였다. 원고는 2019. 7. 12. 이 사건 토지에 관하여 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤고, 지방세특례제한법 제50조 제1항에 따라 취득세 등을 면제받았다.

다. 원고는 이 사건 토지에 지교회 건물을 신축하여 2023. 9. 21. 사용승인을 받았다.

라. 피고는 원고가 이 사건 토지를 취득한 날인 2019. 7. 12.부터 3년이 경과하였음에도 정당한 사유 없이 목적 사업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로, 2023. 2. 23. 취득세 ○○○원, 지방교육세 ○○○원, 농어촌특별세 ○○○원을 추징하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2024. 2. 13. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증의 1, 2, 갑제2호증의 1, 제3호증의 6, 을제1, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 
2.  원고의 주장

가. 원고는 교회 건물을 건축하기 위해 이 사건 토지를 취득하였고 교회 건물은 오로지 종교사업을 위해서만 사용될 수 있으므로, 이 사건 토지 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 교회 건물을 건축 중인 것만으로도 종교사업 용도로 직접 사용한 것으로 보아야 한다.

나. 피고는 원고가 건축하려고 하는 교회 건물이 너무 작아 주변 경관과 어울리지 않는다면서 더 크게 지으라고 행정지도를 하였고, 그에 따라 설계를 변경하는 과정에서 준공이 늦어졌다. 또한 코로나바이러스감염증-19의 확산 등도 공사가 늦어진 원인이 되었다. 이런 사정을 종합하면 원고가 이 사건 토지를 해당 용도에 직접 사용하지 아니한 데에는 정당한 사유가 있다.

 
3.  이 사건 처분의 적법성에 관한 판단

가. 관련 법령

별지 기재와 같다.

나. 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하였는지 여부

원고가 이 사건 토지를 취득한 2019. 7. 12.로부터 3년이 경과한 후인 2023. 9. 21.에야 교회 건물에 대한 사용승인을 받은 사실은 앞서 본 바와 같다. 한편 앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 고려하여 보면, 교회 건물을 건축 중이었다는 사정만으로는 이 사건 토지를 종교사업 용도로 직접 사용하였다고 보기 부족하다.

1) 건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과하다(대법원 2008. 5. 29. 선고 2008두3319 판결 등 참조).

2) 교회 용도로 짓는 건물이라도 종교사업 외의 사용이 불가능한 것은 아니고, 건물이 준공되어 실제 종교사업을 위해 사용되기 전까지는 그 부지의 용도가 확정되었다고 볼 수 없다.

3) 지방세특례제한법은 문화 및 관광에 대한 지원 목적으로 그에 부합하는 사업이나 업무에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산의 취득세에 관해 여러 특례 조항(제50조, 제52 내지 제54조)을 두었고 종교사업도 그중 하나인데, 그 규정에 따라 취득세 감면을 받은 토지에서 건물을 짓고 있는 상태만으로도 사업 용도로 사용했다고 인정한 예를 찾을 수 없고, 종교사업이라고 특혜를 받을 이유는 없다(원고 주장처럼 해석한다면, 종교사업을 내세워 토지를 취득한 후 일단 건물을 착공하기만 하면 아무리 늦게 완공하더라도 취득세를 면제받을 수 있게 된다).

다. 정당한 사유의 존부

1) 관련 법리 등

지방세특례제한법에서 정하는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애 정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다 하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두10213 판결 등 참조).

2) 판단

위 인정사실과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어보면, 이 사건 토지 사용에 관하여 원고 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유가 있었다거나 원고가 이 사건 토지를 해당 용도에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였는데도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘겼다고 보기 어려우므로, 원고에게 이 사건 토지를 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은데 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

가) 이 사건 토지 취득 후 코로나바이러스감염증-19가 유행한 기간이 있었기는 하나, 을제4호증의 기재 등을 고려하면 취득일로부터 3년 내에 준공할 수 없을 정도로 장기간 공사를 중단해야 하는 등의 명백한 장애사유가 발생하였다고 보기는 어렵다.

나) 행정지도란 행정기관이 그 소관 사무의 범위에서 일정한 행정목적을 실현하기 위하여 특정인에게 일정한 행위를 하거나 하지 아니하도록 지도, 권고, 조언 등을 하는 행정작용을 말하는 것으로(행정절차법 제2조 제3호), 이는 그 자체로 상대방을 구속하지 않을 뿐만 아니라 특별한 제재적 효력을 가지고 있지 않다. 따라서 설령 피고가 원고에 대하여 교회 건물의 규모 등에 관한 행정지도를 하였다고 하더라도 그러한 사정만으로 어떤 외부적인 장애사유가 있었다고 보기는 어렵다.

 
4.  결 론

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.

별지

■ 지방세특례제한법

제50조(종교 및 제사 단체에 대한 면제)

① 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

 
1.  수익사업에 사용하는 경우

 
2.  정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

 
3.  해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

관련 법령

지방세특례제한법 제50조 제1항 지방세특례제한법 제50조 제1항 단서 제1호 지방세특례제한법 제50조 제1항 단서 제2호 지방세특례제한법 제50조 제1항 단서 제3호 지방세특례제한법 제52조 지방세특례제한법 제53조 지방세특례제한법 제54조 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제1항 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제3항 제2호 상고심절차에 관한 특례법 제5조 행정소송법 제8조 제2항 민사소송법 제420조 행정절차법 제2조 제3호 대법원 2008. 5. 29. 선고 2008두3319 판결 대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두10213 판결

관련 판례

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