조정대상지역 내 1세대 3주택 보유자가 양도한 주택에 대하여 소득세법 부칙 제14조가 적용되는 상황에서 장기보유특별공제를 적용할 수 없음

상세내용

1. 원고들의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고들이 부담한다.

제1심판결을 취소한다. 피고가 2024. 4. 30. 원고 유○○○에게 한 2018년 귀속 양도소득세 00,000,000원(가산세 포함) 및 2024. 5. 2. 원고 소○○에게 한 2018년 귀속 양도소득세 00,000,000원(가산세 포함)의 각 경정거부처분을 취소한다.

  원고들의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고 원고들의 주장을 다시 살펴보더라도 제1심에서의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 따라서 이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 아래 제2항과 같이 일부 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지 및 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

○ 제1심판결 제3면 제7행의 “이 사건 양도에 대하여도”부분 다음에 “양도차익 전부에 대하여”를 추가한다.

○ 제1심판결 제4면 제2행의 “고가주택에 대하여는” 부분 다음에 “9억 원을 초과하는 양도차익 부분에 대해서도”를 추가한다.

○ 제1심판결 제7면 제2행의 “특별공제가 인정될 경우” 부분 다음에 “양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 대하여 적용되는”을 추가한다.

○ 제1심판결 제7면 제5~6행의 “양도차익으로 인정하고 있고” 부분 다음에 “(구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호에서는 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 양도차익은 ‘구 소득세법 제95조 제1항에 따른 양도차익’과 ‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있다)”를 추가한다.

○ 제1심판결 제7면 제13행의 “이는” 부분 다음에 “양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택의 경우“를 추가한다.

○ 제1심판결 제9면 제13행의 ”그렇다면“ 부분 다음에 ”2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지 취득한 주택의 장기보유 특별공제와 관련하여서는 이 사건 부칙규정에 아무런 규정을 두고 있지 않은 상태에서, 위 2018. 1. 1. 이후 양도가 이루어진“을 추가한다.

○ 제1심판결 제12면 제2행의 ”해당한다.“ 부분을 ”해당한다[구 소득세법의 개정이유에서도 ‘물가안정과 주택정책을 뒷받침하기 위하여 장기보유특별공제율을 합리적으로 조정하고, 부동산 투기를 억제하기 위하여 2주택 이상 보유자가 조정대상지역 내 주택 양도시 장기보유특별공제의 적용을 배제한다’는 점이 명시되어 있었다(을 제1호증 참조)].“로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제14면 제2행의 ”어렵다“ 부분을 ”어렵다(원고는, 임대주택사업자가 일시적 2주택이 된 경우 중과세율이 적용되지 않고 장기보유특별공제가 적용된다는 행정해석을 신뢰하였다고 주장하면서 이에 부합하는 증거로 갑 제7, 8, 9호증을 제출하기도 하였으나, 이는 원고의 경우와 달리 장기임대주택을 보유하고 있는 경우 거주주택 양도시 일시적 2주택 특례를 적용받을 수 있다는 취지일 뿐, 이 사건 양도 당시의 관련 법령상 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택에 해당하는 주택을 양도한 경우에 대하여도 원고 주장과 같이 장기보유특별공제가 적용된다고 해석할 근거가 된다고 보기는 어렵다)“로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제14면 제2행 아래에 다음의 내용을 추가한다.

  『원고들은, 국세청이 2019. 2. 14.자 질의회신(갑 제10호증)으로 고가주택의 경우 9억 원 초과분에 대하여 중과세율이 적용되고 장기보유특별공제가 적용되지 않는다는 취지의 답변을 함으로써 종전의 해석을 변경하였고, 이는 새로운 해석이나 관행에 의한 소급과세에 해당하므로 국세기본법 제18조 제3항에 위반된다는 취지로 주장하기도 한다.

  그러나 해당 질의회신은, 소득세법이 2017. 12. 19. 개정됨에 따라 그 개정 소득세법 규정이 적용되는 사안에 관한 답변인 반면, 원고들이 지적하는 종전의 질의회신들은 모두 위 소득세법 개정 전 법령이 적용되는 사안에 관한 것일 뿐이다. 따라서 구체적 사안에 대한 세액 산정 등이 법령의 개정으로 달라지게 된 것을 가리켜 과세관청이 종전과 달리 그 해석을 새롭게 변경한 경우에 해당한다고 볼 수는 없다. 원고들의 위 주장 역시 받아들일 수 없다.』

3. 결론

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.